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本发明提供了一种从发酵液中分离和纯化非达霉素的工艺,包括:放线菌桔橙指孢囊菌Dactylosporangium aurantiacum hamdenensis亚种NRRL18085菌株发酵结束后,极性有机溶剂浸提菌丝体;浸提液浓缩后过大孔吸附树脂柱,收集含有非达霉素的解析液;解析液浓缩后用有机溶剂萃取;萃取液浓缩后经正向柱层析,得到非达霉素粗品;该粗品经高压制备液相色谱设备,用含水的极性溶剂作为流。