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本发明公开了重组牛肠激酶轻链突变体和重组牛肠激酶重链结构域-轻链突变体融合蛋白,其中重链结构域和轻链突变体通过短肽相连接,本发明进一步公开了上述突变体和融合蛋白的氨基酸序列、其制备方法和其作为融合蛋白切割剂的用途。本发明公开的上述重组牛肠激酶轻链突变体和重组牛肠激酶重链结构域-轻链突变体融合蛋白可以通过简单的分离纯化步骤得到,具有活性高的优点。。