核酸碱基序列的测定方法.pdf

发明概述

因此，本发明的目的在于获得一个基于傅立叶变换，从一个较长的、
迁移速率是变化的数据范围内除去噪音从而能够精确测序的方法。

与本发明相对应的测序方法参照图1描述如下。

本发明涉及核酸的序列测定，即对核酸片段样品进行电泳并基于检测
的数据测定碱基序列，包括以下步骤：

(A)步骤(S1，S2)是指利用已设定的峰间距参数，对可检测数据前
部特定的N个点的数据通过傅立叶变换来进行波形定型。

(B)步骤(S3)是指对位于此N个点数据前部的P个点(P＜N)的
数据进行碱基序列测定。

(C)步骤(S4)是指从测序结果获得峰间距。

(D)步骤(S5，S6)是指以已测序的最后一个数据向前L(L＜M)
个点的位置为起点，用已获得的峰间距参数对从该起点往后的N个点数
据通过傅立叶变换来进行波形定型。然后，

(E)步骤(S7)是指对于经历第二次或更后的波形定型的N个点数
据，取位于其中部M个点(M＜N)的数据进行碱基序列测定，这些数
据与前一个步骤中的测序数据相衔接。

步骤(E)→(C)→(D)重复进行，直到数据消失，或者尽管由于
信号的衰减或数据的异常而有数据存在，但已不需要进行分析。

术语“点”代表在电泳的检测位置根据设置的时间间隔进行扫描所俘
获的数据，而点的数目与迁移时间相对应。

N个点宽度的傅立叶变换以及包括在此N个点内部的宽度为P或M
个点的序列测定，是应用峰间距(迁移速率)作为参数的完全独立的过
程，并不依赖于全部数据的数目。

在进行宽度为N个点的傅立叶变换之前所获得的峰间距(迁移速率)
是非常有用途的，可以为过滤函数和测序反应提供合适的参数，从而提
高测序的精度。

根据本发明，通过已获得的峰间距参数对特定点的检测数据应用傅立
叶变换进行波形定型，从而在已进行波形定型的数据的基础上测定碱基
序列，由于与先前进行的波形定型在范围上有部分重叠，从而改进了处
理过程。一般来说，测序后被分析的(定型的)波形对测序也是必要的。
而在本发明中基本上假定被分析的波形是不连续的，局部的点以重叠的
方式有规律地进行傅立叶变换，从而可简单地通过连接已测序的部分，
方便地获得被分析的波形。

当对全部数据均进行傅立叶变换时，由于气泡或污染的影响而出现的
不连续部分的数据，可能会对正常部分的数据造成不良影响。但根据本
发明，在到达不连续部分前不会造成影响。

另外，傅立叶变换的宽度和测序的宽度是固定的，互相独立的，但当
增加新的规则或处理时，可达到高的灵活性。

通过下面有关本发明的具体描述，结合附图图例，本发明前述的以及
其它的目标，特征，状况，优点将更加明显。