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本发明公开了一种莲子蛋白多肽的制备方法:用低浓度弱碱Ca(OH)2取代强碱NaOH浸提莲子蛋白,大大降低了强碱对原料的影响,降低了蛋白质凝聚和所剩莲子淀粉在提取过程中的变性,所提蛋白质色泽、口感俱佳,同时湘莲淀粉可另作其它莲子食品原料。另外,低浓度Ca离子更利于人类吸收蛋白质,也可弥补缺钙,不必去除,在蛋白提取过程中无去盐步骤。另外,酸性蛋白酶水解过程不用调节pH,水解工艺简化,同时无需回调,省略。