一种H5N6亚型流感病毒全基因组测序试剂盒及其测序方法.pdf

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摘要
申请专利号:

CN201711143242.6

申请日:

20171117

公开号:

CN108251557A

公开日:

20180706

当前法律状态:

有效性:

审查中

法律详情:

IPC分类号:

C12Q1/70,C12Q1/6869

主分类号:

C12Q1/70,C12Q1/6869

申请人:

安徽省疾病预防控制中心(省健康教育所)

发明人:

何军,李晓丹,俞俊岭,何兰

地址:

230000 安徽省合肥市繁华大道12560号

优先权:

CN201711143242A

专利代理机构:

苏州翔远专利代理事务所(普通合伙)

代理人:

王华

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内容摘要

本发明公开了一种H5N6亚型流感病毒全基因组测序试剂盒及其测序方法,该方法针对H5N6亚型流感病毒PB2,PB1,PA,HA,NP,NA,MP和NS基因保守区域设计了覆盖基因全长(开放读码框)14对共28条寡核苷酸引物序列,如SEQ ID No.1~SEQ ID No.32所示,并在正反向扩增引物的两端增加了M13正反向引物序列,简化了基因扩增后的测序反应步骤。同时公开了待检样本的处理、RT‑PCR反应体系及反应条件、测序反应体系和反应条件。本发明可以实现对我国大陆流行的H5N6亚型流感病毒全基因组扩增,从而获得H5N6亚型流感病毒的全基因组序列信息,操作简单、应用方便,为我国流行的H5N6亚型流感病毒病原学研究及分子进化分析提供了可行的技术方法。

权利要求书

1.一种H5N6亚型流感病毒全基因组测序试剂盒,其特征在于:所述试剂盒包括16对引物,其碱基序列如SEQIDNo.1~SEQIDNo.32所示。 2.根据权利要求1所述的H5N6亚型流感病毒全基因组测序试剂盒,其特征在于:所述引物两端含有不参与目的片段扩增的通用核苷酸序列,该通用核苷酸序列为13bp的通用测序引物互补序列的寡核苷酸片段。 3.一种H5N6亚型流感病毒全基因组测序方法,其特征在于:包括下列步骤:第一步:从待测样本中提取流感病毒RNA;第二步:采用权利要求1或2所述引物进行一步法RT-PCR扩增;第三步:对第二步所得扩增产物进行电泳,然后根据结果进行判断;当所述反应产物分别均为使用的上下游引物位置之差时,即获得特异性条带,则扩增得到H5N6亚型流感病毒全基因组;第四步:如果扩增得到H5N6亚型流感病毒全基因组,则对第二步所得扩增产物进行纯化和回收,然后进行测序。 4.根据权利要求3所述的H5N6亚型流感病毒全基因组测序方法,其特征在于:根据GenBank数据库中2015至2017年中国地区和GISAID数据库中H5N6亚型流感病毒的HA、NA、PA、PB1、PB2、NP、M和NS基因,设计出16对特异性引物,该特异性引物的碱基序列如SEQIDNo.1~SEQIDNo.32所示。 5.根据权利要求3所述的H5N6亚型流感病毒全基因组测序方法,其特征在于:第二步所得扩增产物的大小在400bp到1500bp之间。 6.根据权利要求3所述的H5N6亚型流感病毒全基因组测序方法,其特征在于:提取流感病毒RNA包括:将140μL样本加入含有5.6μgCarrierRNA的560μL的AVL裂解液中,按QIAampViralRNAMiniHandbook说明书提取病毒RNA。 7.根据权利要求3所述的H5N6亚型流感病毒全基因组测序方法,其特征在于:所述扩增产物采用琼脂糖凝胶切割回收,包括:将25μl的RT-PCR产物于质量分数为1%的琼脂糖凝胶中进行电泳;然后将含有目的片段的琼脂糖凝胶进行切割,去除多余的琼脂糖凝胶,将含有目的条带的凝胶放入1.5ml的离心管中;加入300ul至400ulQC溶液,50℃水浴,每隔5min颠倒一次,直至溶胶全部溶解;将得到的液体转入套有收集管的柱子中,12000rpm离心1min;弃去废液,加入500ulQG溶液,12000rpm离心1min;弃去废液,加入700ulPE溶液,1300rmp离心1min;弃去废液,空管离心,1300rpm离心1min,弃去废液;接着讲离心柱套在新的离心管中,加入30ul预热的纯水,室温放置3到5分钟,然后11000rpm离心2分钟,即得回收产物。

说明书

技术领域

本发明涉及一种H5N6亚型流感病毒的检测方法,属于生物检测技术领域。

背景技术

近些年来禽流感病毒不断地偶发感染人类,由于较高的发病率和死亡率引起公众的广泛关注。甲型H5N1高致病性禽流感病毒(Highly pathogenic avian influenza,HPAI)于1996年在中国广东地区首次发现,而在1997年该病毒在中国香港首次感染人类。目前,H5亚型禽流感病毒血凝素(haemagglutinin,HA)基因不断演化成多个分支,重配了不同的神经氨酸酶 (neuraminidase,NA)基因形成一批新亚型病毒:2008年在鸭子中发现了新型H5N5重配病毒,2010年以后在中国部分地区活禽中也不断发现H5N2、H5N6和H5N8等新亚型禽流感病毒。2014年4月,中国四川省首次发现人感染H5N6禽流感病毒,12月广东省发现第二例 H5N6病例,2015年2月和7月云南省分别发现两例,而安徽省于2016年4月在宣城宁国市发现本省首例H5N6禽流感病例。因此对于禽流感感染病例的治疗和疫情的有效控制,需要建立一套快速、敏感、准确的序列分析方法,而常规监测只能针对该病毒型别进行判断,不能获得有效的全基因组信息,从而无法掌握该病毒的流行特点和变异情况。

发明内容

本发明目的在于提供一种H5N6亚型流感病毒全基因组测序试剂盒及其测序方法。

为实现上述目的,本发明提供的技术方案是:一种H5N6亚型流感病毒全基因组测序试剂盒,其特征在于:所述试剂盒包括16对引物,其碱基序列如SEQ ID No.1~SEQ ID No.32 所示。

优选的技术方案为:所述引物两端含有不参与目的片段扩增的通用核苷酸序列,该通用核苷酸序列为13bp的通用测序引物互补序列的寡核苷酸片段。

为实现上述目的,本发明提供的技术方案是:一种H5N6亚型流感病毒全基因组测序方法,包括下列步骤:

第一步:从待测样本中提取流感病毒RNA;

第二步:采用权利要求1或2所述引物进行一步法RT-PCR扩增;

第三步:对第二步所得扩增产物进行电泳,然后根据结果进行判断;当所述反应产物分别均为使用的上下游引物位置之差时,即获得特异性条带,则扩增得到H5N6亚型流感病毒全基因组;

第四步:如果扩增得到H5N6亚型流感病毒全基因组,则对第二步所得扩增产物进行纯化和回收,然后进行测序。

优选的技术方案为:根据GenBank数据库中2015至2017年中国地区和GISAID数据库中 H5N6亚型流感病毒的HA、NA、PA、PB1、PB2、NP、M和NS基因,设计出16对特异性引物,该特异性引物的碱基序列如SEQ ID No.1~SEQ ID No.32所示。

优选的技术方案为:第二步所得扩增产物的大小在400bp到1500bp之间。

优选的技术方案为:提取流感病毒RNA包括:将140μL样本加入含有5.6μg Carrier RNA 的560μL的AVL裂解液中,按QIAamp Viral RNA Mini Handbook说明书提取病毒RNA。

优选的技术方案为:所述扩增产物采用琼脂糖凝胶切割回收,包括:将25μl的RT-PCR 产物于质量分数为1%的琼脂糖凝胶中进行电泳;然后将含有目的片段的琼脂糖凝胶进行切割,去除多余的琼脂糖凝胶,将含有目的条带的凝胶放入1.5ml的离心管中;加入300ul至400ul QC溶液,50℃水浴,每隔5min颠倒一次,直至溶胶全部溶解;将得到的液体转入套有收集管的柱子中,12000rpm离心1min;弃去废液,加入500ul QG溶液,12000rpm离心1min;弃去废液,加入700ul PE溶液,1300rmp离心1min;弃去废液,空管离心,1300rpm离心1min,弃去废液;接着讲离心柱套在新的离心管中,加入30ul预热的纯水,室温放置3到5分钟,然后11000rpm离心2分钟,即得回收产物。

由于上述技术方案运用,本发明与现有技术相比具有的优点是:

本发明的H5N6亚型流感病毒全基因组测序试剂盒及其测序方法,基因扩增引物扩增的序列涵盖了各个基因开放读码框的区域,扩产物大小在400bp至1500bp之间,方便产物的纯化和回收以及测序后对序列组装的要求。扩增引物两端增加了通用测序引物的互补序列,在进行测序反应时一个流感病毒全基因组只需两条测序引物。同时,由于引物为各测序公司通用,因此将扩增产物送往测序公司进行测序服务时只需提供引物名称,而不用附带大量自行设计的测序引物。本发明所述的测序方法操作简单,应用方便。

附图说明

图1为本发明实施例的检测结果示意图;H5N6亚型流感病毒10稀释后RNA为模板,106copies/μl;环境样本分离H5N6亚型流感病毒100稀释后RNA为模板,105copies/μ l;环境样本分离H5N6亚型流感病毒1000稀释后RNA为模板,104copies/μl。

具体实施方式

以下由特定的具体实施例说明本发明的实施方式,熟悉此技术的人士可由本说明书所揭露的内容轻易地了解本发明的其他优点及功效。

实施例:一种H5N6亚型流感病毒全基因组测序试剂盒及其测序方法

下载GenBank数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/FLU/FLU.html)中2015 至2017年中国地区和GISAID(http://platform.gisaid.org/epi3/frontend)数据库中H5N6亚型流感病毒的HA、NA、PA、PB1、PB2、NP、M和NS基因,软件比对分析不同病毒各个基因序列的一致性,选择相对保守区设计全基因组特异性扩增引物序列。引物设计中允许同一变异位点允许4个及4个以下简并碱基。将所提取的备选引物满足以下要求进行筛选:①特异性扩增序列长度在18bp至26bp之间;②Tm值在50℃至62℃之间;③GC%在40%至60%之间;④polyN≤ 4bp;⑤Hairpin≤4bp;⑥覆盖率>90%;⑦进行BLAST筛选,特异性分数>L×0.4。

得到如下所示的引物序列。

引物名称 引物序列(5’-3’) H5N6-PB1-F1(SEQ ID No.1) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCRAAAGCAGGCA H5N6-PB1-R1208(SEQ ID No.2) CAGGAAACAGCTATGACCAGAGGTCTTATYTTYTCDATTTTCTY H5N6-PB1-F1089(SEQ ID No.3) TGTAAAACGACGGCCAGTATGTTCGARAGYAARAGYATGAAR H5N6-PB1-R2341(SEQ ID No.4) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAAACAAGGCATTT H5N6-PB2-F1(SEQ ID No.5) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCRAAAGCAGGTCA H5N6-PB2-R1214(SEQ ID No.6) CAGGAAACAGCTATGACCCCTTGGAACATCCTAGTGTCT H5N6-PB2-F1123(SEQ ID No.7) TGTAAAACGACGGCCAGTGGRTATGARGARTTCACAATGG H5N6-PB2-R2341(SEQ ID No.8) CAGGAAACAGCTATGACCTAGTAGAAACAAGGTCGTTT H5N6-PA-F7(SEQ ID No.9) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCAGGTACTGATCCAAAAT H5N6-PA-R1255(SEQ ID No.10) CAGGAAACAGCTATGACCAATTCRYTCTGRAYCCARCW H5N6-PA-F1137(SEQ ID No.11) TGTAAAACGACGGCCAGTTGAGAAYATGGCACCDGARA H5N6-PA-R2233(SEQ ID No.12) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAAACAAGGTACTTTTT H5N6-HA-F1(SEQ ID No.13) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCAAAAGCAGGGGT H5N6-HA-R1115(SEQ ID No.14) CAGGAAACAGCTATGACCCCATTCCYTGCCAYCCTCC H5N6-HA-F928(SEQ ID No.15) TGTAAAACGACGGCCAGTATAAAYTCHAGYATGCC H5N6-HA-R1776(SEQ ID No.16) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAAACWAGGGTGTTTT H5N6-NP-F1(SEQ ID No.17) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCAAAAGCAGGGTA H5N6-NP-R1167(SEQ ID No.18) CAGGAAACAGCTATGACCATKGYYTCCATGTTCTCATT H5N6-NP-F899(SEQ ID No.19) TGTAAAACGACGGCCAGTGTRGCYAGYGGRTAYGA H5N6-NP-R1565(SEQ ID No.20) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAAACAAGGGTATTTTT H5N6-NA-F1(SEQID No.21) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCAAAAGCAGGGTSAA H5N6-NA-R1126(SEQ ID No.22) CAGGAAACAGCTATGACCCYTTRCTAATWGTYCTHCCAAGCC H5N6-NA-F841(SEQ ID No.23) TGTAAAACGACGGCCAGTCAYATHGARGARTGYTCNTGCC H5N6-NA-R1461(SEQ ID No.24) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAWACAAGGGTSTTTTT H5N6-MP-F1(SEQ ID No.25) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCRAAAGCAGGTAGAT H5N6-MP-R674(SEQ ID No.26) CAGGAAACAGCTATGACCTCATWGCYTGCACCATYTGYCT H5N6-MP-F605(SEQ ID No.27) TGTAAAACGACGGCCAGTGGRTCDAGYGARCARGCAGC H5N6-MP-R1027(SEQ IDNo.28) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAAACAAGGTAGTTTTT H5N6-NS-F1(SEQ ID No.29) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCRAAAGCAGGGTG H5N6-NS-R639(SEQ ID No.30) CAGGAAACAGCTATGACCTTCYCCAAGCGAATCTYTGTA H5N6-NS-F507(SEQ ID No.31) TGTAAAACGACGGCCAGTTCACCATTACCTTCTCTTCC H5N6-NS-R890(SEQ ID No.32) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAAACAAGGGTGTTTT

以上所述的32条16对引物中,每对引物中其中一条与病毒基因的正向序列互补,另一条与病毒基因的反向序列互补。

本实施例的H5N6亚型流感病毒全基因组测序试剂盒包括上述32条16对特异性引物。还包括下列测序方法中的试剂。

引物包括长度为32~46bp的用于扩增不同基因的寡核苷酸片段。

引物用于扩增不同基因中,所述基因包括PB1、PB2、PA、HA、NA、NP、MP和NS。

所述引物具体为:H5N6-PB1-F1和H5N6-PB1-R1208、H5N6-PB1-F1089和H5N6-PB1-R23417、 H5N6-PB2-F1和H5N6-PB2-R1214、H5N6-PB2-F1123和H5N6-PB2-R2341、H5N6-PA-F7和 H5N6-PA-R1255、H5N6-PA-F1137和H5N6-PA-R2233、H5N6-HA-F1和H5N6-HA-R1115、 H5N6-HA-F928和H5N6-HA-R1776、H5N6-NP-F1和H5N6-NP-R1167、H5N6-NP-F899和 H5N6-NP-R1565、H5N6-NA-F1和H5N6-NA-R1126、H5N6-NA-F841和H5N6-NA-R1461、H5N6-MP-F1 和H5N6-MP-R674、H5N6-MP-F605和H5N6-MP-R1027、H5N6-NS-F1和H5N6-NS-R639、H5N6-NS-F507 和H5N6-NS-R890;所述引物序列依次如SEQ ID No.1~SEQ ID No.32所示。

扩增PB1基因的引物包括:

引物名称 引物序列(5’-3’) H5N6-PB1-F1(SEQ ID No.1) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCRAAAGCAGGCA H5N6-PB1-R1208(SEQ ID No.2) CAGGAAACAGCTATGACCAGAGGTCTTATYTTYTCDATTTTCTY H5N6-PB1-F1089(SEQ ID No.3) TGTAAAACGACGGCCAGTATGTTCGARAGYAARAGYATGAAR H5N6-PB1-R2341(SEQ ID No.4) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAAACAAGGCATTT

扩增PB2基因的引物包括:

引物名称 引物序列(5’-3’) H5N6-PB2-F1(SEQ ID No.5) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCRAAAGCAGGTCA H5N6-PB2-R1214(SEQ ID No.6) CAGGAAACAGCTATGACCCCTTGGAACATCCTAGTGTCT H5N6-PB2-F1123(SEQ ID No.7) TGTAAAACGACGGCCAGTGGRTATGARGARTTCACAATGG H5N6-PB2-R2341(SEQ ID No.8) CAGGAAACAGCTATGACCTAGTAGAAACAAGGTCGTTT

扩增PA基因的引物包括:

引物名称 引物序列(5’-3’) H5N6-PA-F7(SEQ ID No.9) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCAGGTACTGATCCAAAAT H5N6-PA-R1255(SEQ ID No.10) CAGGAAACAGCTATGACCAATTCRYTCTGRAYCCARCW H5N6-PA-F1137(SEQ ID No.11) TGTAAAACGACGGCCAGTTGAGAAYATGGCACCDGARA H5N6-PA-R2233(SEQ ID No.12) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAAACAAGGTACTTTTT

扩增HA基因的引物包括:

引物名称 引物序列(5’-3’) H5N6-HA-F1(SEQ ID No.13) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCAAAAGCAGGGGT H5N6-HA-R1115(SEQ ID No.14) CAGGAAACAGCTATGACCCCATTCCYTGCCAYCCTCC H5N6-HA-F928(SEQ ID No.15) TGTAAAACGACGGCCAGTATAAAYTCHAGYATGCC H5N6-HA-R1776(SEQ ID No.16) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAAACWAGGGTGTTTT

扩增NP基因的引物包括:

引物名称 引物序列(5’-3’) H5N6-NP-F1(SEQ ID No.17) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCAAAAGCAGGGTA H5N6-NP-R1167(SEQ ID No.18) CAGGAAACAGCTATGACCATKGYYTCCATGTTCTCATT H5N6-NP-F899(SEQ ID No.19) TGTAAAACGACGGCCAGTGTRGCYAGYGGRTAYGA H5N6-NP-R1565(SEQ ID No.20) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAAACAAGGGTATTTTT

扩增NA基因的引物包括:

引物名称 引物序列(5’-3’) H5N6-NA-F1(SEQID No.21) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCAAAAGCAGGGTSAA H5N6-NA-R1126(SEQ ID No.22) CAGGAAACAGCTATGACCCYTTRCTAATWGTYCTHCCAAGCC H5N6-NA-F841(SEQ ID No.23) TGTAAAACGACGGCCAGTCAYATHGARGARTGYTCNTGCC H5N6-NA-R1461(SEQ ID No.24) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAWACAAGGGTSTTTTT

扩增MP基因的引物包括:

引物名称 引物序列(5’-3’) H5N6-MP-F1(SEQ ID No.25) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCRAAAGCAGGTAGAT H5N6-MP-R674(SEQ ID No.26) CAGGAAACAGCTATGACCTCATWGCYTGCACCATYTGYCT H5N6-MP-F605(SEQ ID No.27) TGTAAAACGACGGCCAGTGGRTCDAGYGARCARGCAGC H5N6-MP-R1027(SEQ IDNo.28) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAAACAAGGTAGTTTTT

扩增NS基因的引物包括:

引物名称 引物序列(5’-3’) H5N6-NS-F1(SEQ ID No.29) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCRAAAGCAGGGTG H5N6-NS-R639(SEQ ID No.30) CAGGAAACAGCTATGACCTTCYCCAAGCGAATCTYTGTA H5N6-NS-F507(SEQ ID No.31) TGTAAAACGACGGCCAGTTCACCATTACCTTCTCTTCC H5N6-NS-R890(SEQ ID No.32) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAAACAAGGGTGTTTT

优选地,所述引物两端含有不参与目的片段扩增的通用核苷酸序列。

优选地,所述通用核苷酸序列为13bp的通用测序引物互补序列的寡核苷酸片段。

第二方面,本发明提供了一种H5N6亚型流感病毒全基因组扩增方法,包括以下步骤:从待测样本中提取流感病毒RNA,采用权利要求1所述引物进行一步法RT-PCR扩增。

优选地,所述扩增产物大小在400bp到1500bp之间。

第三方面,本发明提供了一种H5N6亚型流感病毒的检测方法,采用前述扩增方法对待测样本中提取的流感病毒RNA进行一步法RT-PCR扩增,所得扩增产物进行电泳,然后根据结果进行判断;所述反应产物分别均为使用的上下游引物位置之差时,即获得特异性条带,则扩增得到H5N6亚型流感病毒全基因组。

第四方面,本发明提供了一种H5N6亚型流感病毒全基因组测序方法,包括以下步骤:

从待测样本中提取流感病毒RNA,采用权利要求1所述引物进行一步法RT-PCR扩增,所得 RT-PCR扩增产物进行纯化和回收后,进行测序。

本发明针对H5N6亚型流感病毒PB1,PB2,PA,HA,NP,NA,MP和NS基因保守区域设计了覆盖基因全长(开放读码框)16对共32条寡核苷酸引物序列,如SEQ ID No.1~SEQ ID No.32所示,并在正反向扩增引物的两端增加了M13正反向引物序列,简化了基因扩增后的测序反应步骤。同时公开了待检样本的处理、RT-PCR反应体系及反应条件、测序反应体系和反应条件。本发明可以实现对我国大陆流行的H5N6亚型流感病毒全基因组扩增,从而获得H5N6亚型流感病毒的全基因组序列信息,操作简单、应用方便,为我国流行的H5N6亚型流感病毒病原学研究及分子进化分析提供了可行的技术方法。

H5N6亚型流感病毒全基因组测序方法包括下列步骤:

一、检测未知病毒。

1.病毒RNA的提取:

取140μL样本(血浆,血清,尿液,细胞培养基,无细胞体液),加入含有5.6μg Carrier RNA的560μL的AVL裂解液中,按QIAamp Viral RNA Mini Handbook(Qiagen公司, catalog#52904/52906)说明书提取病毒RNA,洗脱体积50μL。

2.rRT-PCR反应:

1)体系配置:使用Takara的PrimeScriptTM One Step RT-PCR Kit Ver.2(RR055A)反应液,配置组分如下:

2)rRT-PCR:将加好上述反应体系的反应管放于PCR仪进行rRT-PCR,反应程序如下:

3.RT-PCR产物检测:各取1ul产物于1%Agrorose gel进行电泳观察结果。

4.结果判断:16个反应产物均分别为使用的上下游引物位置之差时(获得特异性条带),则扩增得到H5N6亚型流感病毒全基因组;若所有反应无特异性条带,则扩增H5N6亚型流感病毒全基因组失败。若部分反应得到特异性条带,则只能获得H5N6亚型流感病毒部分基因序列。

5.检测评价:

灵敏度评价:选择一株人咽拭子标本分离的H5N6亚型流感病毒毒株进行10倍梯度稀释,当反应体系中核酸的拷贝数大于10000个拷贝时,用本发明的16对引物对模板进行PCR反应扩增即可得到所有阳性产物。如图1所示。当拷贝数为104、105、106时,均可得到所有阳性产物 (见图1)。

通用性评价:共选取我国近两年流行H5N6亚型流感病毒6株,96个反应全部获得阳性扩增产物。

二、回收RT-PCR产物。

将经扩增获得的扩增产物采用琼脂糖凝胶切割回收,具体如下:

1)将25μlRT-PCR产物于1%的琼脂糖凝胶中进行电泳。

2)将含有目的片段的琼脂糖凝胶进行切割,尽可能去除多余的琼脂糖凝胶,将含有目的条带的凝胶放入1.5ml的离心管中,写好编号。

3)加入300ul至400ul QC溶液(Qiagen试剂盒,catalog#28706),50℃水浴,每隔5min 颠倒一次,直至溶胶全部溶解。

4)将步骤3溶解得到的液体转入套有收集管的柱子中,12000rpm离心1min。

5)弃去废液,加入500ul QG溶液,12000rpm离心1min。

6)弃去废液,加入700ul PE溶液(PE溶液事先加入无水乙醇),1300rmp离心1min。

7)弃去废液,空管离心,1300rpm离心1min,弃去废液。

8)将步骤7中的离心柱套在新的离心管中,加入30ul预热的纯水,室温放置3到5分钟,然后11000rpm离心2分钟。即得回收产物。

三、回收产物测序方法。

将经实施例3回收得到的产物进行测序,具体步骤如下:

1.在96孔板中进行测序反应体系配置( Terminator Cycle Sequencing kit, AppliedBiosystem,catalog#4336921)如下:

2.测序反应程序

3.按照每个反应加入如下试剂对测序反应产物进行纯化(XterninatorTM purification kit catalog#4376486)。

用封板膜将反应板进行密封后置于混匀仪上,1800rpm混匀30分钟。混匀结束后,离心机中1000rpm离心一分钟。

4.将反应板放入Applied Biosystem DNA analyzer中,选择运行模块进行序列读取,运行结束后对序列进行拼接即可获得H5N6亚型流感病毒的全基因组序列,如SEQ ID No.33所示。

综上所述,本发明提供了32条用扩增H5N6亚型流感病毒8个基因的寡核苷酸引物序列,并提供了RT-PCR的扩增基因、RT-PCR产物回收以及回收产物测序反应。

本发明可以将RT-PCR技术应用FluH5N6亚型流感病毒全基因组的扩增中,后续测序反应只需两种通用测序引物即可进行测序反应,简化了基因扩增后的测序反应中引物的选择。本发明涵盖的H5N6亚型流感病毒全基因组扩增引物通用性强,能有效扩增得到该亚型病毒的8个基因序列,为H5N6亚型流感病毒以基因序列为基础的分子进化以及病原学研究提供了技术手段。

上述实施例仅例示性说明本发明的原理及其功效,而非用于限制本发明。任何熟悉此技术的人士皆可在不违背本发明的精神及范畴下,对上述实施例进行修饰或改变。因此,举凡所属技术领域中具有通常知识者在未脱离本发明所揭示的精神与技术思想下所完成的一切等效修饰或改变,仍应由本发明的权利要求所涵盖。

序列表

<110>安徽省疾病预防控制中心

<120>一种H5N6亚型流感病毒全基因组测序试剂盒及其测序方法

<160>33

<210>1

<211>32

<212>DNA

<213>人工序列

<400>1

TGTAAAACGA CGGCCAGTAG CRAAAGCAGG CA

<210>2

<211>44

<212>DNA

<213>人工序列

<400>2

CAGGAAACAG CTATGACCAG AGGTCTTATY TTYTCDATTT TCTY

<210>3

<211>42

<212>DNA

<213>人工序列

<400>3

TGTAAAACGA CGGCCAGTAT GTTCGARAGY AARAGYATGA AR

<210>4

<211>35

<212>DNA

<213>人工序列

<400>4

CAGGAAACAG CTATGACCAG TAGAAACAAG GCATTT

<210>5

<211>33

<212>DNA

<213>人工序列

<400>5

TGTAAAACGA CGGCCAGTAG CRAAAGCAGG TCA

<210>6

<211>39

<212>DNA

<213>人工序列

<400>6

CAGGAAACAG CTATGACCCC TTGGAACATC CTAGTGTCT

<210>7

<211>40

<212>DNA

<213>人工序列

<400>7

TGTAAAACGA CGGCCAGTGG RTATGARGAR TTCACAATGG

<210>8

<211>38

<212>DNA

<213>人工序列

<400>8

CAGGAAACAG CTATGACCTA GTAGAAACAA GGTCGTTT

<210>9

<211>38

<212>DNA

<213>人工序列

<400>9

TGTAAAACGA CGGCCAGTAG CAGGTACTGA TCCAAAAT

<210>10

<211>38

<212>DNA

<213>人工序列

<400>10

CAGGAAACAG CTATGACCAA TTCRYTCTGR AYCCARCW

<210>10

<211>38

<212>DNA

<213>人工序列

<400>10

CAGGAAACAG CTATGACCAA TTCRYTCTGR AYCCARCW

<210>11

<211>38

<212>DNA

<213>人工序列

<400>11

TGTAAAACGA CGGCCAGTTG AGAAYATGGC ACCDGARA

<210>12

<211>39

<212>DNA

<213>人工序列

<400>12

CAGGAAACAG CTATGACCAG TAGAAACAAG GTACTTTTT

<210>13

<211>33

<212>DNA

<213>人工序列

<400>13

TGTAAAACGA CGGCCAGTAG CAAAAGCAGG GGT

<210>14

<211>37

<212>DNA

<213>人工序列

<400>14

CAGGAAACAG CTATGACCCC ATTCCYTGCC AYCCTCC

<210>15

<211>35

<212>DNA

<213>人工序列

<400>15

TGTAAAACGA CGGCCAGTAT AAAYTCHAGY ATGCC

<210>16

<211>38

<212>DNA

<213>人工序列

<400>16

CAGGAAACAG CTATGACCAG TAGAAACWAG GGTGTTTT

<210>17

<211>33

<212>DNA

<213>人工序列

<400>17

TGTAAAACGA CGGCCAGTAG CAAAAGCAGG GTA

<210>18

<211>38

<212>DNA

<213>人工序列

<400>18

CAGGAAACAG CTATGACCAT KGYYTCCATG TTCTCATT

<210>19

<211>35

<212>DNA

<213>人工序列

<400>19

TGTAAAACGA CGGCCAGTGT RGCYAGYGGR TAYGA

<210>20

<211>39

<212>DNA

<213>人工序列

<400>20

CAGGAAACAG CTATGACCAG TAGAAACAAG GGTATTTTT

<210>21

<211>35

<212>DNA

<213>人工序列

<400>21

TGTAAAACGA CGGCCAGTAG CAAAAGCAGG GTSAA

<210>22

<211>42

<212>DNA

<213>人工序列

<400>22

CAGGAAACAG CTATGACCCY TTRCTAATWG TYCTHCCAAG CC

<210>23

<211>40

<212>DNA

<213>人工序列

<400>23

TGTAAAACGA CGGCCAGTCA YATHGARGAR TGYTCNTGCC

<210>24

<211>39

<212>DNA

<213>人工序列

<400>24

CAGGAAACAG CTATGACCAG TAGAWACAAG GGTSTTTTT

<210>25

<211>35

<212>DNA

<213>人工序列

<400>25

TGTAAAACGA CGGCCAGTAG CRAAAGCAGG TAGAT

<210>26

<211>40

<212>DNA

<213>人工序列

<400>26

CAGGAAACAG CTATGACCTC ATWGCYTGCA CCATYTGYCT

<210>27

<211>38

<212>DNA

<213>人工序列

<400>27

TGTAAAACGA CGGCCAGTGG RTCDAGYGAR CARGCAGC

<210>28

<211>39

<212>DNA

<213>人工序列

<400>28

CAGGAAACAG CTATGACCAG TAGAAACAAG GTAGTTTTT

<210>29

<211>33

<212>DNA

<213>人工序列

<400>29

TGTAAAACGA CGGCCAGTAG CRAAAGCAGG GTG

<210>30

<211>39

<212>DNA

<213>人工序列

<400>30

CAGGAAACAG CTATGACCTT CYCCAAGCGA ATCTYTGTA

<210>31

<211>38

<212>DNA

<213>人工序列

<400>31

TGTAAAACGA CGGCCAGTTC ACCATTACCT TCTCTTCC

<210>32

<211>38

<212>DNA

<213>人工序列

<400>32

CAGGAAACAG CTATGACCAG TAGAAACAAG GGTGTTTT

<210>33

<211>38

<212>DNA

<213>人工序列

<400>33

ATGGAGAAAA TAGTGCTTCT TCTTGCAGTG GTTAGCCTTG TTAAAGGTGA TCAGATTTGC 60

ATTGGTTACC ATGCAAACAA CTCGACTGAG CAGGTTGACA CGATAATGGA AAAAAACGTC 120

ACTGTTACAC ATGCTCAAGA CATACTGGAA AAGACACACA ACGGGAAGCT CTGCGATCTG 180

AATGGAGTGA AACCTCTGAT TTTAAAGGAT TGTAGTGTAG CTGGATGGCT TCTTGGAAAC 240

CCAATGTGCG ACGAGTTCAT CAGAGTGCCG GAATGGTCTT ACATAGTGGA AAGGGCTAAC 300

CCAGCCAATG ACCTCTGTTA CCCAGGGAAC CTCAATGACT ATGAAGAACT GAAACACCTA 360

TTGAGCAGAA TAAATCATTT TGAGAAGACT CTGATCATCC CCAAGAGTTC TTGGCCCAAT 420

CATACATCAC CAGGGGTGAG CGCAGCATGT CCATACCTGG GAATGCCCTC CTTTTTCAGA 480

AATGTGGTAT GGCTTACCAA GAAGAACGAT TCATACCCAA CAATAAAGAT GAGCTACAAT 540

AACACCAATA GGGAAGATCT TTTGATACTG TGGGGGATTC ATCATTCCAA CAATGCAGCA 600

GAGCAGACAA ATCTCTATAA AAACCCAACC ACCTATGTTT CCGTTGGGAC ATCAATATTA 660

AACCAGAGAT TGGTGCCAAA AATAGCTACT AGATCCCAAG TAAACGGGCA AAGTGGAAGA 720

ATGGATTTCT TCTGGACAAT TTTAAAACCG AACGATGCAA TCCACTTTGA AAGTAATGGA 780

AATTTTATTG CTCCAGAATA TGCATACAAA ATTGTCAAGA AAGGGGACTC AACAATTATG 840

AAAAGTGAAA TGGAATATGG CCATTGCAAC ACCAAATGTC AAACTCCAAT AGGGGCGATA 900

AACTCTAGTA TGCCATTCCA CAATATACAT CCTTTCACTA TCGGGGAGTG CCCCAAATAC 960

GTGAAATCAA ACAAATTAGT CCTTGCGACT GGGCTCAGAA ATAGTCCTCT AAGAGAAAGA 1020

AGAAGAAAAA AAAGAGGACT ATTTGGAGCC ATAGCAGGGT TTATAGAGGG AGGATGGCAA 1080

GGAATGGTAG ATGGTTGGTA TGGGTACCAC CATAGCAATG AGCAAGGGAG TGGGTATGCT 1140

GCAGACAGAG AATCCACCCA AAAGGCAATA GATGGAGTTA CCAATAAGGT CAACTCGATA 1200

ATTGACAAAA TGAACACTCA ATTTGAGGCC GTTGGAAGGG AATTTAATAA CTTAGAACGG 1260

AGAATAGAGA ATTTAAATAA GAAAATGGAA GACGGATTCC TAGATGTCTG GACTTATAAT 1320

GCTGAACTTT TAGTTCTCAT GGAAAATGAG AGAACTCTAG ATTTCCATGA TTCAAATGTC 1380

AAGAATCTTT ATGACAAAGT CCGACTACAG CTTAGGGATA ATGCAAAGGA GCTGGGTAAT 1440

GGTTGTTTCG AGTTCTATCA CAAATGTGAT AATGAATGTA TGGAAAGTGT GAGAAATGGG 1500

ACGTATGACT ACCCCCAGTA TTCAGAAGAA GCAAGATTAA AAAGGGAAGA AATAAGCGGA 1560

GTGAAATTGG AATCAATAGG AACTTACCAA ATACTGTCAA TTTATTCAAC AGTGGCGGGT 1620

TCCCTAGCAC TGGCAATCAT TGTGGCTGGT CTATCTTTAT GGATGTGCTC CAATGGGTCG 1680

TTACAATGCA GAATTTGCAT TTAAATTTGT GAGCTCAGAT TGTAATTAA 1729

ATGAGTCTTC TAACCGAGGT CGAAACGTAC GTTCTCTCTA TCATTCCATC AGGCCCCCTC 1789

AAAGCCGAAA TCGCGCAGAG ACTTGAGGAT GTTTTTGCAG GGAAGAACGC AGATCTCGAG 1849

GCTCTCATGG AGTGGATAAA GACAAGACCA ATCTTGTCAC CTCTGACTAA GGGGATTTTA 1909

GGGTTTGTGT TCACGCTCAC CGTGCCCAGT GAGCGAGGAC TGCAGCGTAG ACGTTTTGTC 1969

CAAAACGCCC TAAATGGGAA TGGAGACCCA AACAACATGG ACAAGGCAGT TAAATTGTAC 2029

AAGAAACTGA AGAGAGAAAT GACATTTCAT GGAGCTAAGG AAGTTGCACT CAGTTACTCA 2089

ACTGGTGCGC TTGCCAGCTG CATGGGTCTC ATATACAACA GGATGGGGAC AGTAACTGCA 2149

GAAGGGGCTC TTGGACTAGT ATGTGCCACT TGTGAGCAGA TTGCTGACGC ACAACATCGG 2209

TCCCACAGGC AGATGGCGAC TACTACCAAC CCACTAATTA GGCATGAGAA TAGAATGGTA 2269

CTAGCCAGCA CTACAGCTAG GGCTATGGAG CAGATGGCTG GATCAAGTGA ACAGGCAGCG 2329

GAAGCCATGG AAGTCGCAAG TCAGGCCAGG CAAATGGTGC AGGCTATGAG AACAGTCGGG 2389

ACACACCCTA ACTCCAGTAC AGGTCTAAAG GATGATCTTA TTGAAAATTT GCAGGCTTAC 2449

CAAAACCGGA TGGGAGTGCA ACTGCAGCGA TTCAAGTGAT CCCCTCGTTG TTGCAGCTAA 2509

CATTATTGGG ATATTGCACC TGATATTGTG GATTCTTGAT CGTCTTTTCT TCAAATGCAT 2569

TTATCGTCGC TTTAAATACG GTTTGAAAAG AGGGCCTTCT ACGGAAGGGA TACCTGAGTC 2629

TATGAGGGAA GAATATCGGC AGGAACAGCA GAATGCTGTG GATGTTGACG ATGGTCATTT 2689

TGTCAACATA GAGCTGAAGT AA 2711

ATGAATCCAA ATCAAAAGAT AACATGCATT TCAGCAACAG GAGTAACACT ATCCGTAGTA 2771

AGCCTACTAA TAGGAATCGC CAATTTGGGC CTAAATATCG GACTACACTA CAGAGTGAGT 2831

GATTCAACAA CTATAAACAC CCCAAACATG AATGAGACCA ACCCAACAAC AACAAACATC 2891

ACCAACATTA TAGTGAATAA GAACGAAGAA AGAACATTTC TCAACTTGAT CAAGCCGCTA 2951

TGTGAAGTCA ACTCATGGCA CATTCTATCA AAAGACAATG CAATAAGAAT AGGTGAGGAT 3011

GCTCATATAC TGGTCACTAG GGACCCTTAC TTGTCCTGTG ACCCACAGGG ATGCAGAATG 3071

TTTGCTCTGA GTCAAGGCAC AACACTCAGA GGGCGACATG CGAATGGAAC CATACATGAT 3131

AGGGGCCCAT TTCGAGCTCT TATAAGTTGG GAAATGGGTC AGGCACCCAG TCCATATAAT 3191

ACTAGGGTCG AATGCATAGG ATGGTCAAGC ACGTCATGCC ATGATGGCAT ATCAAGGATG 3251

TCAATATGCA TATCAGGACC GAATGACAAT GCATCGGCAG TGGTGTGGTA CAGGGGAAGA 3311

CCAGTAACAG AAATCCCATC ATGGGTAGGG AACATTCTCA GGACTCAAGA ATCAGAATGT 3371

GTATGCCATA AAGGAATCTG CCCAGTGGTC ATGACAGATG GTCCAGCWAA CAACAAGGCA 3431

GCAACTAAAA TAATCTACTT CAAGGAGGGA AAGATACAGA AAGTTGAAGA ACTGCAGGGG 3491

AACGCCCAAC ACATCGAAGA GTGTTCATGC TACGGAGCTG CAGGGATGAT CAAATGTGTA 3551

TGCAGAGACA ATTGGAAGGG GGCAAATAGA CCAATAATCA CTATAGATCC CGAAATGATG 3611

ACCCACACAA GCAAATACTT GTGTTCAAAA ATCTTAACCG ACACAAGTCG TCCTAATGAC 3671

CCCACCAATG GGAACTGTGA TGCGCCAATA ATAGGAGGGA GCCCAGACCC AGGGGTAAAA 3731

GGGTTTGCAT TCCTAGATGG GGAGAATTCA TGGCTTGGAA GGACAATTAG CAAAGACTCC 3791

AGATCAGGCT ACGAAATGTT AAAGGTCCCA AATGCAGAAA CTGACACTCA ATCAGGGCCA 3851

ACCTCATACC AGCTGATTGT CAACAACCAA AATTGGTCAG GGTACTCAGG GGCATTTATA 3911

GACTACTGGG CAAACAAGGG ATGCTTCAAC CCTTGCTTTT ATGTGGAGCT AATCAGAGGG 3971

AGACCCAAAG AGATTGATGT ACAGTGGACT TCCAGTAGCA TGGTAGCTCT CTGTGGATCC 4031

AGGGAGCGAT TGGGATCATG GTCCTGGCAT GATGGTGCAG AAATCATCTA CTTTAAGTAG 4091

AAAAGTTAA 4100

ATGGCGTCTC AAGGCACCAA ACGATCCTAT GAACAGATGG AAACTGGTGG GGAACGCCAG 4160

AATGCTACTG AGATCAGGGC ATCTGTTGGA AGAATGGTCA GCGGAATTGG GAGATTCTAC 4220

ATACAGATGT GTACAGAACT CAAACTCAGT GACAATGAAG GGAGGCTGAT TCAGAACAGT 4280

ATAACAATAG AGAGAATGGT ACTCTCTGCA TTTGATGAAC GAAGGAACAG ATACCTGGAA 4340

GAGCACCCCA GTGCAGGAAA GGACCCTAAG AAAACTGGAG GTCCAATTTA CAGGAGAAGA 4400

GACGGAAAAT GGGTGAGAGA GCTGATCCTA TATGACAAAG AGGAAATCAG GAGAATTTGG 4460

CGACAAGCGA ACAATGGAGA GGATGCAACT GCTGGTCTTA CCCATCTGAT GATATGGCAT 4520

TCCAACCTGA ATGATGCTAC CTATCAGAGA ACGAGAGCTC TTGTGCGTAC TGGAATGGAT 4580

CCCCGGATGT GCTCTCTGAT GCAAGGATCA ACTCTCCCGA GGAGATCTGG AGCTGCAGGT 4640

GCAGCAGTGA AGGGGATAGG GACAATGGTG ATGGAACTGA TTCGGATGAT AAAACGAGGG 4700

ATCAACGACC GGAATTTCTG GAGAGGCGAA AATGGAAGAA GGACAAGAAT TGCATATGAG 4760

AGAATGTGCA ACATCCTCAA AGGGAAATTC CAAACAGCAG CACAAAGAGC AATGATGGAT 4820

CAAGTGCGAG AAAGCAGAAA TCCTGGGAAT GCTGAAATAG AAGATCTCAT TTTTCTGGCA 4880

AGGTCTGCAC TCATCCTGAG AGGATCAGTG GCTCATAAAT CCTGCTTGCC TGCCTGTGTG 4940

TACGGGCTTG CAGTGGCTAG TGGATATGAC TTTGAGAGAG AAGGGTACTC CTTGGTTGGA 5000

ATAGATCCTT TCCGTCTGCT TCAAAACAGC CAGGTCTTTA GTCTCATTAG ACCAAATGAG 5060

AACCCAGCAC ACAAGAGCCA ACTAGTGTGG ATGGCATGCC ACTCTGCAGC GTTTGAGGAC 5120

CTTAGGGTCT CAAGTTTCAT TAGAGGAACA AGAATGGTTC CAAGAGGACA GCTGTCCACT 5180

AGAGGAGTTC AAATTGCTTC AAATGAGAAC ATGGAAGCAA TGGACTCCAA TACTCTTGAA 5240

CTGAGAAGTA GATATTGGGC TATAAGAACC AGAAGCGGAG GGAACACCAA CCAACAGAGG 5300

GCATCTGCAG GACAGGTCAG CGTTCAACCC ACTTTCTCAG TACAGAGAAA CCTTCCTTTC 5360

GAAAGAGCAA CCATTATGGC AGCATTTACA GGAAATACTG AGGGTAGAAC GTCTGACATG 5420

AGGACTGAAA TCATAAGAAT GATGGAAAGT GCCAGACCAG AAGATGTGTC ATTCCAGGGG 5480

CGGGGAGTCT TCGAGCTCTC GGACGAAAAG GCAACGAACC CGATCGTGCC TTCCTTTGAC 5540

ATGAATAATG AAGGATCTTA TTTCTTCGGA GACAATGCAG AGGAGTATGA CAATTGA 5597

ATGGATTCCA ACACTGTGTC AAGCTTCCAG GTAGACTGCT TTCTTTGGCA TGTCCGCAAA 5657

CGGTTTGCAG ACCAAGAACT GGGTGATGCC CCATTTCTAG ACCGGCTTCG CCGAGACCAG 5717

AAGTCCCTGA GAGGAAGAAG CAGCACTCTT GGTCTGGACA TCAGAACAGC AACTCGTGAA 5777

GGAAAGCATA TAGTGGAGCG AATTTTGGAG GAAGAGTCAG ACGAAGCATT TAAAATGACT 5837

ATTGCTTCAG TGCCAGCTCC ACGCTATCTA ACTGACATGA CTCTTGAAGA AATGTCAAGA 5897

AATTGGTTGA TGCTCATACC CAAACAGAAA GTGACAGGGT CCCTTTGTAT TAAAATGGAC 5957

CAAGCAATAG TGGACAAAAC CATCACATTG AAAGCAAATT TCAGTGTAAT TTTCAATCGA 6017

TTGGAAGCCC TAATACTACT TAGAGCTTTT ACGGATGAAG GAGCAATAGT GGGCGAAATC 6077

TCACCATTAC CTTCTCTTCC AGGACATACT GACAAGGATG TCAAAAATGC AATTGAGGTC 6137

CTCATCGGAG GATTTGAATG GAATGATAAC ACAGTTCGAG TCTCTGAAAC TCTACAGAGA 6197

TTCGCTTGGA GAAGCAGCGA TGAGGATGGG AGACCTCCAC TCTCTCCAAA GTAGGAACGG 6257

AAAATGGAGA GAACAATTAA GCCAGAAGTT CGAAGAAATA AGATGGTTGA TTGAAGAAGT 6317

ACGACATAGG TTAAAGATTA CAGAGAATAG CTTTGAACAA ATAACTTTTA TGCAAGCCTT 6377

ACAACTATTG CTTGAAGTGG AGCAAGAGAT AAGAACTTTC TCGTTTCAGC TTATTTAATG 6437

ATAA 6441

ATGGAAGGCT TTGTGCGACA GTGCTTCAAT CCAATGATTG TCGAGCTTGC GGAAAAGGCA 6501

ATGAAAGAAT ATGGGGAAGA TCCGAAAATC GAAACAAACA AATTCGCATC AATATGCACA 6561

CACTTAGAAG TCTGCTTCAT GTACTCTGAT TTCCACTTCA TCGACGAACG AGGCGAATCA 6621

ACTATAATAG AATCTGGCGA TCCAAATGCG CTGCTGAAAC ACCGATTTGA AATAATCGAA 6681

GGGAGAGACC GAACAATGGC CTGGACAGTG GTGAATAGTA TCTGCAACAC CACAGGAGCC 6741

GAAAAACCCA AATTTCTCCC GGATCTGTAT GACTACAAGG AAAACCGTTT CATTGAAATT 6801

GGAGTGACGA GGAGGGAAGT TCACATATAT TACCTAGAGA AAGCCAACAA AATAAAATCC 6861

GAGAAGACAC ACATCCATAT TTTTTCATTC ACTGGAGAAG AGATGGCCAC CAAAGCAGAT 6921

TACACTCTTG ACGAAGAAAG CAGGGCAAGA ATCAAAACCA GGCTGTTCAC CATAAGGCAG 6981

GAAATGGCCA GCAGGGGTCT ATGGGATTCC TTTCGTCAGT CCGAAAGAGG CGAAGAAACA 7041

ATTGAAGAAA GATTTGAAAT CACAGGAACC ATGCGCAGGC TTGCCGACCA AAGTCTCCCA 7101

CCGAACTTCT CCAGCCTTGA AAACTTTAGA GCCTATGTGG ATGGATTCGA ACCGAACGGT 7161

TGCATTGAGG GCAAGCTTTC TCAGATGTCA AAAGAAGTGA ACGCCAGAAT TGAGCCATTT 7221

CTAAGAACAA CACCACGCCC TCTCAGATTG CCCAATGGGC CTCTCTGCTC TCAGCGGTCG 7281

AAGTTCTTGC TGATGGATGC TCTGAAACTA AGCATTGAGG ACCCGAGCCA CGAAGGGGAG 7341

GGAATACCGC TACATGATGC GATCAAATGC ATGAAAACGT TCTTCGGGTG GAAAGAGCCC 7401

AACATCATCA AACCACATGA GAAAGGCATA AACCCCAATT ATCTCCTGGC TTGGAAGCAA 7461

GTGCTAGCAG AACTTCAGGA CATTGAAAAT GAAGAGAAGA TTCCAAGGAC AAAGAACATG 7521

AAGAAAACAA GCCAATTAAA GTGGGCACTA GGTGAAAACA TGGCACCGGA GAAGGTGGAC 7581

TTTGAGGATT GCAAAGATGT CAACGACTTG AAACAGTACA ACAGTGATGA GCCAGAGCCC 7641

AGATCACTAG CATGTTGGAT CCAGAATGAA TTCAACAAGG CGTGTGAACT GACTGACTCA 7701

AGTTGGGTAG AACTTGATGA AATAGGGGAA GATGTTGCCC CAATCGAACA CATTGCAAGC 7761

ATGAGACGGA ACTATTTTAC AGCAGAGGTG TCCCACTGTA GAGCTACTGA GTATATAATG 7821

AAGGGAGTGT ACATAAATAC AGCTTTGCTC AATGCATCTT GCGCAGCCAT GGATGACTTT 7881

CAATTGATTC CAATGATAAG CAAATGTAGA ACCAAAGAAG GAAGACGGAA AACAAACCTG 7941

TATGGATTCA TTGTAAAAGG AAGATCTCAT TTGAGGAATG ATACCGACGT GGTAAACTTT 8001

GTAAGTATGG AATTTTCCCT TACCGACCCA AGGTTGGAGC CACATAAATG GGAAAAGTAT 8061

TGTGTTCTTG AAATAGGGGA CATGCTCCTG CGAACTGCAG TAGGCCAAGT GTCAAGACCC 8121

ATGTTTCTGT ATGTGAGAAC CAATGGGACC TCCAAGATCA AGATGAAATG GGGTATGGAA 8181

ATGAGACGCT GCCTTCTTCA ATCTCTCCAA CAGATTGAGA GCATGATTGA AGCTGAATCC 8241

TCCGTCAAAG AGAAAGACCT GACCAAAGAA TTCTTTGAAA ACAAATCAGA AACATGGCCA 8301

ATTGGAGAGT CACCTAAAGG AGTGGAGGAA GGTTCCATCG GGAAGGTGTG CAGAACCTTA 8361

CTAGCAAAAT CTGTATTCAA CAGCCTGTAC GCATCTCCGC AACTCGAGGG GTTCTCAGCT 8421

GAGTCGAGAA AACTGCTACT CATTGTTCAG GCGCTTAGGG ATAACCTGGA ACCTGGGACC 8481

TTTGATCTTG AAGGGCTATA TGAAGCAATC GAGGAGTGCC TGATTAATGA TCCCTGGGTT 8541

TTGCTTAATG CATCTTGGTT CAACTCCTTC CTCACACATG CACTAAGATA G 8592

ATGGATGTCA ATCCGACTTT ACTTTTCTTG AAAGTGCCAG TGCAAAATGC TATAAGTACC 8652

ACTTTCCCTT ATACTGGAGA CCCTCCATAC AGCCATGGGA CAGGAACAGG ATACACCATG 8712

GACACAGTCA ACAGAACACA TAAATACTCA GAAAAAGGAA AATGGACAAC GAACACAGAA 8772

ACTGGAGCAC CCCAACTCAA TCCAATTGAT GGACCATTAC CTGAGGACAA TGAGCCGAGT 8832

GGGTATGCAC AAACGGATTG TGTATTGGAA GCAATGGCTT TCCTTGAAGA ATCTCACCCA 8892

GGGATTTTTG AAAACTCGTG TCTCGAAACG ATGGAAATTG TTCAGCAAAC AAGAGTGGAT 8952

AAACTAACCC AAGGCCGCCA GACCTATGAC TGGACGTTGA ATAGAAATCA GCCGGCTGCT 9012

ACCGCATTGG CCAACACTAT AGAGGTGTTT AGATCAAATG GCCTGACAGC CAATGAATCA 9072

GGAAGGTTGA TCGATTTCCT CAAGGATGTG ATGGATTCAA TGGACAAGGA AGAAATGGAG 9132

ATTACAACAC ATTTCCAGAG GAAGAGGAGA GTGAGGGACA ACATGACCAA GAAAATGGTA 9192

ACACAAAGAA CAATAGGGAA GAAAAAGCAA AGACTGAACA AAAGGAGCTA CTTAATAAGA 9252

GCACTGACAT TGAACACAAT GACAAAGGAT GCTGAAAGAG GCAAGCTGAA AAGGAGGGCA 9312

ATCGCAACAC CCGGGATGCA AATCAGAGGA TTCGTGTATT TTGTGGAAGC ACTAGCGAGG 9372

AGCATCTGTG AGAAACTTGA GCAATCTGGC CTCCCTGTCG GAGGGAATGA GAAGAAAGCT 9432

AAATTGGCAA ATGTTGTGAG GAAGATGATG ACTAATTCAC ATGATACAGA GCTCTCCTTC 9492

ACAATTACTG GGGACAACAC CAAATGGAAT GAGAATCAAA ACCCCCGGAT GTTTCTAGCA 9552

ATGATAACAT ACATTACAAG AAACCAGCCA GAATGGTTTA GAAATGTCTT AAGCATTGCT 9612

CCTATAATGT TCTCAAACAA GATGGCGAGA TTAGGAAAAG GGTACATGTT CGAAAGTAAG 9672

AGTATGAAGT TACGGACACA AGTACCAGCG GAAATGCTCG CAAATATTGA CCTGAAATAC 9732

TTCAACAAAT CAACAAGAGA GAAAATCGAG AAAATAAGAC CTCTACTGAT AGATGGCACA 9792

GCTTCATTGA GTCCTGGGAT GATGATGGGC ATGTTCAACA TGTTGAGCAC AGTCTTAGGA 9852

GTTTCAATTC TGAATCTCGG GCAGAAGAAG TACACCAAAA CCACATATTG GTGGGACGGA 9912

CTCCAATCCT CAGATGACTT CGCCCTCATA GTGAATGCAC CGAACCATGA GGGAATACAG 9972

GCAGGAGTAG ATAGGTTCTA TAGAACCTGC AAATTAGTTG GGATAAACAT GAGCAAGAAG 10032

AAATCCTACA TAAATCGGAC AGGAACATTC GAATTCACAA GCTTTTTCTA CCGCTATGGA 10092

TTCGTAGCTA ACTTCAGTAT GGAGTTGCCC AGTTTTGGAG TGTCCGGGAT TAATGAATCA 10152

GCTGACATGA GCGTTGGTGT TACAGTAATA AAGAACAATA TGATAAACAA CGATCTTGGA 10212

CCAGCAACAG CCCAAATGGC CCTTCAGCTA TTTATCAAAG ACTACAGATA CACATACCGA 10272

TGTCACAGGG GTGATACGCA AATTCAAACA AGGAGAGCAT TCGAGCTGAA GAAGCTGTGG 10332

GAGCAGACCC GTTCGAAGGC TGGACTGTTG GTTTCAGATG GAGGGCCAAA CCTGTACAAT 10392

ATCCGGAACC TCCACATTCC CGAGGTCTGC TTGAAATGGG AATTGATGGA TGAAGATTAC 10452

CAAGGCAGAT TGTGTAATCC TATGAACCCG TTTGTCAGTC ATAAGGAAAT TGATTCAGTC 10512

AACAATGCTG TGGTGATGCC AGCTCATGGC CCCGCCAAAA GCATGGAGTA TGATGCCGTT 10572

GCAACCACAC ATTCATGGAT CCCTAAGAGG AATCGCTCCA TTCTCAACAC CAGCCAAAGG 10632

GGGATTCTTG AGGACGAACA GATGTACCAG AAGTGCTGCA ACCTATTCGA AAAGTTCTTC 10692

CCCAGCAGTT CGTACAGGAG GCCAGTTGGA ATTTCTAGCA TGGTGGAGGC CATGGTGTCT 10752

AGGGCCCGAA TTGACGCACG AATTGACTTC GAATCTGGAA GGATTAAGAA AGAAGAGTTT 10812

GCTGAGATCA TGAAGATCTG TTCCACCATT GAAGAGCTCA GACGGCAAAA ATAGTGAATT 10872

TAGCTTGTCC TTCATGAA 10890

ATGGAAAGAA TAAAAGAACT AAGAGATTTG ATGTCACAGT CTCGCACTCG CGAGATACTG 10950

ACAAAAACAA CAGTGGACCA TATGGCCATA ATCAAGAAAT ATACATCAGG AAGACAGGAA 11010

AAGAATCCTG CCCTTAGGAT GAAGTGGATG ATGGCGATGA AATATCCAAT CACAGCAGAC 11070

AAAAGGATAA TGGAGATGAT CCCGGAAAGA AATGAGCAAG GTCAGACCCT TTGGAGCAAG 11130

ACAAATGATG CCGGATCAGA CAGGGTGATG GTGTCACCTC TGGCTGTGAC GTGGTGGAAT 11190

AGAAACGGAC CAACAACAAG CACAGTCCAT TATCCAAAGG TCTACAAAAC CTATTTTGAA 11250

AAGGTCGAAA GGCTAAAACA TGGAACCTTT GGCCCCGTTC ACTTCCGAAA CCAAGTTAAA 11310

ATACGCCGCA GGGTTGACAT AAACCCAGGT CATGCAGATC TTAGTGCTAA AGAAGCACAA 11370

GATGTCATCA TGGAGGTCGT ATTCCCAAAC GAAGTTGGAG CCAGAATACT GACATCAGAG 11430

TCACAGTTAA CGATAACCAG AGAAAAGAAG GAGGAGCTTC AGGACTGCAA AATTGCTCCT 11490

TTAATGGTGG CATACATGTT GGAGAGAGAA CTGGTTCGCA AAACAAGGTT TCTACCAGTG 11550

GCTGGAGGGA CAAGCAGTGT GTATATCGAA GTATTGCATT TGACTCAAGG GACCTGCTGG 11610

GAGCAAATGT ACACACCAGG AGGGGAAGTG AGAAATGATG ATGTTGATCA GAGTTTAATT 11670

ATTGCTGCTA GAAATATTGT CAGAAGAGCA ACAGTATCAG CAGACCCGTT GGCTTCGCTT 11730

TTGGAGATGT GCCATAGTAC ACAGATTGGA GGGGTTAGGA TGGTTGACAT CCTTAGACAA 11790

AACCCAACAG AGGAACAGGC TGTGGATATA TGCAAAGCAG CAATGGGTCT AAGGATCAGT 11850

TCATCCTTCA GCTTTGGAGG TTTCACTTTT AAAAGGACAA GTGGGTCATC TGTCAAAAGG 11910

GAAGAAGAAG TGCTCACAGG CAACCTCCAA ACATTGAAAA TAAGAGTACA TGAAGGATAT 11970

GAGGAATTCA CAATGGTTGG GAGAAGAGCA ACAGCCATTC TAAGGAAAGC AACCAGGAGA 12030

CTGATTCAAC TGATAGTGAG TGGGAAAGAC GAGCAATCAA TCGCTGAGGC GATCATAGTG 12090

GCAATGGTGT TCTCACAAGA GGATTGTATG ATAAAGGCAG TGAGAGGTGA TTTGAACTTT 12150

GTCAACAGAG CGAACCAGCG GCTAAATCCC ATGCATCAAC TCCTGAGGCA TTTCCAAAAG 12210

GATGCAAAGG TCCTGTTTCA AAACTGGGGA ATTGAGCCCA TTGACAATGT AATGGGGATG 12270

ATCGGAATAT TGCCTGACAT GACCCCCAGC ACAGAGATGT CCTTGAGAGG AGTGAGAGTT 12330

AGTAAAATGG GAGTAGATGA ATATTCCAGT ACAGAGAGAG TGGTCGTGAG TATTGATCGT 12390

TTCTTGAGGG TTCGAGACCA GAGAGGAAAC ATACTCCTGT CTCCTGAGGAG GTTAGTGAA 12450

ACACAGGGAA CAGAAAAGCT GACTATAACA TATTCATCGT CCTTGATGTGG GAAATCAAT 12510

GGTCCGGAAT CAGTGCTAGT TAACACATAT CAATGGATCA TTAGAAATTGG GAAACTGTA 12570

AAGATTCAAT GGTCTCAGGA CCCTACAATT CTGTACAATA AGATGGAATTT GAACCCTTT 12630

CAATCCCTAG TGCCCAAAGC TGCCAGAGGC CAATATAGTG GATTCGTAAGG GTCCTATTC 12690

CAGCAGATGC GTGACGTACT GGGGACTTTC GACACCGTCC AAATAATAAAG CTACTACCA 12750

TTTGCAGCAG CCCCGCCGAA ACAGAGTAGG ATGCAGTTCT CTTCTCTAACT GTGAACGTA 12810

AGAGGTTCAG GAATGAGAGT GGTTGTGAGA GGCAATTCTC CAGTGTTCAAC TACAACAAG 12870

GCAACAAAGA GGCTTACAGT GCTTGGGAAG GATGCAGGTG CATTAATGGAA GACCCAGAC 12930

GAGGGAACAG CAGGAGTAGA ATCTGCGGTA TTGAGAGGAT TTCTGATTCTA GGCAAAGAA 12990

GACAAAAGAT ATGGGCCAGC GTTGAGCATC AACGAGTTGA GCAACCTTGCG AAGGGGGAA 13050

AAGGCTAATG TGTTGATAGG GCAAGGAGAC GTGGTGTTGG TAATGAAACGG AAACGGGAC 13110

TCTAGCATAC TTACTGACAG TCAGACAGCG ACCAAAAGAA TTCGGATGGCC ATCAATTAA 13170

一种H5N6亚型流感病毒全基因组测序试剂盒及其测序方法.pdf_第1页
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1、(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请号 201711143242.6 (22)申请日 2017.11.17 (71)申请人 安徽省疾病预防控制中心 (省健康 教育所) 地址 230000 安徽省合肥市繁华大道12560 号 (72)发明人 何军李晓丹俞俊岭何兰 (74)专利代理机构 苏州翔远专利代理事务所 (普通合伙) 32251 代理人 王华 (51)Int.Cl. C12Q 1/70(2006.01) C12Q 1/6869(2018.01) (54)发明名称 一种H5N6亚型流感病毒全基因组测序试剂 盒及其测序方。

2、法 (57)摘要 本发明公开了一种H5N6亚型流感病毒全基 因组测序试剂盒及其测序方法, 该方法针对H5N6 亚型流感病毒PB2,PB1,PA,HA,NP,NA,MP和NS基 因保守区域设计了覆盖基因全长(开放读码框) 14对共28条寡核苷酸引物序列, 如SEQIDNo.1 SEQIDNo.32所示, 并在正反向扩增引物的两 端增加了M13正反向引物序列, 简化了基因扩增 后的测序反应步骤。 同时公开了待检样本的处 理、 RT-PCR反应体系及反应条件、 测序反应体系 和反应条件。 本发明可以实现对我国大陆流行的 H5N6亚型流感病毒全基因组扩增,从而获得H5N6 亚型流感病毒的全基因组序列信。

3、息, 操作简单、 应用方便, 为我国流行的H5N6亚型流感病毒病原 学研究及分子进化分析提供了可行的技术方法。 权利要求书1页 说明书8页 序列表12页 附图1页 CN 108251557 A 2018.07.06 CN 108251557 A 1.一种H5N6亚型流感病毒全基因组测序试剂盒, 其特征在于: 所述试剂盒包括16对引 物, 其碱基序列如SEQ ID No.1SEQ ID No.32所示。 2.根据权利要求1所述的H5N6亚型流感病毒全基因组测序试剂盒, 其特征在于: 所述引 物两端含有不参与目的片段扩增的通用核苷酸序列, 该通用核苷酸序列为13bp的通用测序 引物互补序列的寡核苷。

4、酸片段。 3.一种H5N6亚型流感病毒全基因组测序方法, 其特征在于: 包括下列步骤: 第一步: 从待测样本中提取流感病毒RNA; 第二步: 采用权利要求1或2所述引物进行一步法RT-PCR扩增; 第三步: 对第二步所得扩增产物进行电泳, 然后根据结果进行判断; 当所述反应产物分 别均为使用的上下游引物位置之差时, 即获得特异性条带, 则扩增得到H5N6亚型流感病毒 全基因组; 第四步: 如果扩增得到H5N6亚型流感病毒全基因组, 则对第二步所得扩增产物进行纯 化和回收, 然后进行测序。 4.根据权利要求3所述的H5N6亚型流感病毒全基因组测序方法, 其特征在于: 根据 GenBank数据库中。

5、2015至2017年中国地区和GISAID数据库中H5N6亚型流感病毒的HA、 NA、 PA、 PB1、 PB2、 NP、 M和NS基因, 设计出16对特异性引物, 该特异性引物的碱基序列如SEQ ID No.1SEQ ID No.32所示。 5.根据权利要求3所述的H5N6亚型流感病毒全基因组测序方法, 其特征在于: 第二步所 得扩增产物的大小在400bp到1500bp之间。 6.根据权利要求3所述的H5N6亚型流感病毒全基因组测序方法, 其特征在于: 提取流感 病毒RNA包括: 将140 L样本加入含有5.6 g Carrier RNA的560 L的AVL裂解液中, 按QIAamp Vir。

6、al RNA Mini Handbook说明书提取病毒RNA。 7.根据权利要求3所述的H5N6亚型流感病毒全基因组测序方法, 其特征在于: 所述扩增 产物采用琼脂糖凝胶切割回收, 包括: 将25 l的RT-PCR产物于质量分数为1的琼脂糖凝胶 中进行电泳; 然后将含有目的片段的琼脂糖凝胶进行切割, 去除多余的琼脂糖凝胶,将含有 目的条带的凝胶放入1.5ml的离心管中; 加入300ul至400ul QC溶液, 50水浴, 每隔5min颠 倒一次, 直至溶胶全部溶解; 将得到的液体转入套有收集管的柱子中, 12000rpm离心1min; 弃去废液, 加入500ul QG溶液, 12000rpm离。

7、心1min; 弃去废液, 加入700ul PE溶液, 1300rmp 离心1min; 弃去废液, 空管离心, 1300rpm离心1min, 弃去废液; 接着讲离心柱套在新的离心 管中, 加入30ul预热的纯水, 室温放置3到5分钟, 然后11000rpm离心2分钟, 即得回收产物。 权利要求书 1/1 页 2 CN 108251557 A 2 一种H5N6亚型流感病毒全基因组测序试剂盒及其测序方法 技术领域 0001 本发明涉及一种H5N6亚型流感病毒的检测方法, 属于生物检测技术领域。 背景技术 0002 近些年来禽流感病毒不断地偶发感染人类, 由于较高的发病率和死亡率引起公众 的广泛关注。。

8、 甲型H5N1高致病性禽流感病毒(Highly pathogenic avian influenza, HPAI) 于1996年在中国广东地区首次发现, 而在1997年该病毒在中国香港首次感染人类。 目前, H5 亚型禽流感病毒血凝素(haemagglutinin,HA)基因不断演化成多个分支, 重配了不同的神 经氨酸酶 (neuraminidase,NA)基因形成一批新亚型病毒: 2008年在鸭子中发现了新型 H5N5重配病毒, 2010年以后在中国部分地区活禽中也不断发现H5N2、 H5N6和H5N8等新亚型 禽流感病毒。 2014年4月, 中国四川省首次发现人感染H5N6禽流感病毒, 1。

9、2月广东省发现第 二例 H5N6病例, 2015年2月和7月云南省分别发现两例, 而安徽省于2016年4月在宣城宁国 市发现本省首例H5N6禽流感病例。 因此对于禽流感感染病例的治疗和疫情的有效控制, 需 要建立一套快速、 敏感、 准确的序列分析方法, 而常规监测只能针对该病毒型别进行判断, 不能获得有效的全基因组信息, 从而无法掌握该病毒的流行特点和变异情况。 发明内容 0003 本发明目的在于提供一种H5N6亚型流感病毒全基因组测序试剂盒及其测序方法。 0004 为实现上述目的, 本发明提供的技术方案是: 一种H5N6亚型流感病毒全基因组测 序试剂盒, 其特征在于: 所述试剂盒包括16对引。

10、物, 其碱基序列如SEQ ID No.1SEQ ID No.32 所示。 0005 优选的技术方案为: 所述引物两端含有不参与目的片段扩增的通用核苷酸序列, 该通用核苷酸序列为13bp的通用测序引物互补序列的寡核苷酸片段。 0006 为实现上述目的, 本发明提供的技术方案是: 一种H5N6亚型流感病毒全基因组测 序方法, 包括下列步骤: 0007 第一步: 从待测样本中提取流感病毒RNA; 0008 第二步: 采用权利要求1或2所述引物进行一步法RT-PCR扩增; 0009 第三步: 对第二步所得扩增产物进行电泳, 然后根据结果进行判断; 当所述反应产 物分别均为使用的上下游引物位置之差时, 。

11、即获得特异性条带, 则扩增得到H5N6亚型流感 病毒全基因组; 0010 第四步: 如果扩增得到H5N6亚型流感病毒全基因组, 则对第二步所得扩增产物进 行纯化和回收, 然后进行测序。 0011 优选的技术方案为: 根据GenBank数据库中2015至2017年中国地区和GISAID数据 库中 H5N6亚型流感病毒的HA、 NA、 PA、 PB1、 PB2、 NP、 M和NS基因, 设计出16对特异性引物, 该 特异性引物的碱基序列如SEQ ID No.1SEQ ID No.32所示。 0012 优选的技术方案为: 第二步所得扩增产物的大小在400bp到1500bp之间。 说明书 1/8 页 。

12、3 CN 108251557 A 3 0013 优选的技术方案为: 提取流感病毒RNA包括: 将140 L样本加入含有5.6 g Carrier RNA 的560 L的AVL裂解液中, 按QIAamp Viral RNA Mini Handbook说明书提取病毒RNA。 0014 优选的技术方案为: 所述扩增产物采用琼脂糖凝胶切割回收, 包括: 将25 l的RT- PCR 产物于质量分数为1的琼脂糖凝胶中进行电泳; 然后将含有目的片段的琼脂糖凝胶 进行切割, 去除多余的琼脂糖凝胶,将含有目的条带的凝胶放入1.5ml的离心管中; 加入 300ul至400ul QC溶液, 50水浴, 每隔5min。

13、颠倒一次, 直至溶胶全部溶解; 将得到的液体转 入套有收集管的柱子中, 12000rpm离心1min; 弃去废液, 加入500ul QG溶液, 12000rpm离心 1min; 弃去废液, 加入700ul PE溶液, 1300rmp离心1min; 弃去废液, 空管离心, 1300rpm离心 1min, 弃去废液; 接着讲离心柱套在新的离心管中, 加入30ul预热的纯水, 室温放置3到5分 钟, 然后11000rpm离心2分钟, 即得回收产物。 0015 由于上述技术方案运用, 本发明与现有技术相比具有的优点是: 0016 本发明的H5N6亚型流感病毒全基因组测序试剂盒及其测序方法, 基因扩增引。

14、物扩 增的序列涵盖了各个基因开放读码框的区域, 扩产物大小在400bp至1500bp之间, 方便产物 的纯化和回收以及测序后对序列组装的要求。 扩增引物两端增加了通用测序引物的互补序 列, 在进行测序反应时一个流感病毒全基因组只需两条测序引物。 同时, 由于引物为各测序 公司通用, 因此将扩增产物送往测序公司进行测序服务时只需提供引物名称, 而不用附带 大量自行设计的测序引物。 本发明所述的测序方法操作简单, 应用方便。 附图说明 0017 图1为本发明实施例的检测结果示意图; H5N6亚型流感病毒10稀释后RNA为模板, 106copies/ l; 环境样本分离H5N6亚型流感病毒100稀释。

15、后RNA为模板, 105copies/ l; 环境 样本分离H5N6亚型流感病毒1000稀释后RNA为模板, 104copies/ l。 具体实施方式 0018 以下由特定的具体实施例说明本发明的实施方式, 熟悉此技术的人士可由本说明 书所揭露的内容轻易地了解本发明的其他优点及功效。 0019 实施例: 一种H5N6亚型流感病毒全基因组测序试剂盒及其测序方法 0020 下载GenBank数据库(http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/FLU/FLU.html)中 2015 至2017年中国地区和GISAID(http:/platform.gisaid.org/ep。

16、i3/frontend)数据库 中H5N6亚型流感病毒的HA、 NA、 PA、 PB1、 PB2、 NP、 M和NS基因, 软件比对分析不同病毒各个基 因序列的一致性, 选择相对保守区设计全基因组特异性扩增引物序列。 引物设计中允许同 一变异位点允许4个及4个以下简并碱基。 将所提取的备选引物满足以下要求进行筛选: 特异性扩增序列长度在18bp至26bp之间; Tm值在50至62之间; GC在40至60 之间; polyN 4bp; Hairpin4bp; 覆盖率90; 进行BLAST筛选, 特异性分数L 0.4。 0021 得到如下所示的引物序列。 0022 引物名称 引物序列(5 -3 )。

17、 H5N6-PB1-F1(SEQ ID No.1) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCRAAAGCAGGCA 说明书 2/8 页 4 CN 108251557 A 4 H5N6-PB1-R1208(SEQ ID No.2) CAGGAAACAGCTATGACCAGAGGTCTTATYTTYTCDATTTTCTY H5N6-PB1-F1089(SEQ ID No.3) TGTAAAACGACGGCCAGTATGTTCGARAGYAARAGYATGAAR H5N6-PB1-R2341(SEQ ID No.4) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAAACAAGGCATTT H5N。

18、6-PB2-F1(SEQ ID No.5) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCRAAAGCAGGTCA H5N6-PB2-R1214(SEQ ID No.6) CAGGAAACAGCTATGACCCCTTGGAACATCCTAGTGTCT H5N6-PB2-F1123(SEQ ID No.7) TGTAAAACGACGGCCAGTGGRTATGARGARTTCACAATGG H5N6-PB2-R2341(SEQ ID No.8) CAGGAAACAGCTATGACCTAGTAGAAACAAGGTCGTTT H5N6-PA-F7(SEQ ID No.9) TGTAAAACGACGGCCA。

19、GTAGCAGGTACTGATCCAAAAT H5N6-PA-R1255(SEQ ID No.10) CAGGAAACAGCTATGACCAATTCRYTCTGRAYCCARCW H5N6-PA-F1137(SEQ ID No.11) TGTAAAACGACGGCCAGTTGAGAAYATGGCACCDGARA H5N6-PA-R2233(SEQ ID No.12) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAAACAAGGTACTTTTT H5N6-HA-F1(SEQ ID No.13) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCAAAAGCAGGGGT H5N6-HA-R1115(SE。

20、Q ID No.14) CAGGAAACAGCTATGACCCCATTCCYTGCCAYCCTCC H5N6-HA-F928(SEQ ID No.15) TGTAAAACGACGGCCAGTATAAAYTCHAGYATGCC H5N6-HA-R1776(SEQ ID No.16) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAAACWAGGGTGTTTT H5N6-NP-F1(SEQ ID No.17) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCAAAAGCAGGGTA H5N6-NP-R1167(SEQ ID No.18) CAGGAAACAGCTATGACCATKGYYTCCATGTTC。

21、TCATT H5N6-NP-F899(SEQ ID No.19) TGTAAAACGACGGCCAGTGTRGCYAGYGGRTAYGA H5N6-NP-R1565(SEQ ID No.20) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAAACAAGGGTATTTTT H5N6-NA-F1(SEQID No.21) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCAAAAGCAGGGTSAA H5N6-NA-R1126(SEQ ID No.22) CAGGAAACAGCTATGACCCYTTRCTAATWGTYCTHCCAAGCC H5N6-NA-F841(SEQ ID No.23) TGTAA。

22、AACGACGGCCAGTCAYATHGARGARTGYTCNTGCC H5N6-NA-R1461(SEQ ID No.24) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAWACAAGGGTSTTTTT H5N6-MP-F1(SEQ ID No.25) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCRAAAGCAGGTAGAT H5N6-MP-R674(SEQ ID No.26) CAGGAAACAGCTATGACCTCATWGCYTGCACCATYTGYCT H5N6-MP-F605(SEQ ID No.27) TGTAAAACGACGGCCAGTGGRTCDAGYGARCARGCAGC H。

23、5N6-MP-R1027(SEQ IDNo.28) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAAACAAGGTAGTTTTT H5N6-NS-F1(SEQ ID No.29) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCRAAAGCAGGGTG H5N6-NS-R639(SEQ ID No.30) CAGGAAACAGCTATGACCTTCYCCAAGCGAATCTYTGTA H5N6-NS-F507(SEQ ID No.31) TGTAAAACGACGGCCAGTTCACCATTACCTTCTCTTCC H5N6-NS-R890(SEQ ID No.32) CAGGAAACAGCTATG。

24、ACCAGTAGAAACAAGGGTGTTTT 0023 以上所述的32条16对引物中, 每对引物中其中一条与病毒基因的正向序列互补, 另一条与病毒基因的反向序列互补。 0024 本实施例的H5N6亚型流感病毒全基因组测序试剂盒包括上述32条16对特异性引 物。 还包括下列测序方法中的试剂。 0025 引物包括长度为3246bp的用于扩增不同基因的寡核苷酸片段。 0026 引物用于扩增不同基因中, 所述基因包括PB1、 PB2、 PA、 HA、 NA、 NP、 MP和NS。 0027 所述引物具体为: H5N6-PB1-F1和H5N6-PB1-R1208、 H5N6-PB1-F1089和H5N。

25、6-PB1- R23417、 H5N6-PB2-F1和H5N6-PB2-R1214、 H5N6-PB2-F1123和H5N6-PB2-R2341、 H5N6-PA-F7 说明书 3/8 页 5 CN 108251557 A 5 和 H5N6-PA-R1255、 H5N6-PA-F1137和H5N6-PA-R2233、 H5N6-HA-F1和H5N6-HA-R1115、 H5N6-HA-F928和H5N6-HA-R1776、 H5N6-NP-F1和H5N6-NP-R1167、 H5N6-NP-F899和 H5N6-NP- R1565、 H5N6-NA-F1和H5N6-NA-R1126、 H5N6。

26、-NA-F841和H5N6-NA-R1461、 H5N6-MP-F1 和 H5N6-MP-R674、 H5N6-MP-F605和H5N6-MP-R1027、 H5N6-NS-F1和H5N6-NS-R639、 H5N6-NS- F507 和H5N6-NS-R890; 所述引物序列依次如SEQ ID No.1SEQ ID No.32所示。 0028 扩增PB1基因的引物包括: 0029 引物名称 引物序列(5 -3 ) H5N6-PB1-F1(SEQ ID No.1) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCRAAAGCAGGCA H5N6-PB1-R1208(SEQ ID No.2) CAGG。

27、AAACAGCTATGACCAGAGGTCTTATYTTYTCDATTTTCTY H5N6-PB1-F1089(SEQ ID No.3) TGTAAAACGACGGCCAGTATGTTCGARAGYAARAGYATGAAR H5N6-PB1-R2341(SEQ ID No.4) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAAACAAGGCATTT 0030 扩增PB2基因的引物包括: 0031 引物名称 引物序列(5 -3 ) H5N6-PB2-F1(SEQ ID No.5) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCRAAAGCAGGTCA H5N6-PB2-R1214(SEQ ID N。

28、o.6) CAGGAAACAGCTATGACCCCTTGGAACATCCTAGTGTCT H5N6-PB2-F1123(SEQ ID No.7) TGTAAAACGACGGCCAGTGGRTATGARGARTTCACAATGG H5N6-PB2-R2341(SEQ ID No.8) CAGGAAACAGCTATGACCTAGTAGAAACAAGGTCGTTT 0032 扩增PA基因的引物包括: 0033 引物名称 引物序列(5 -3 ) H5N6-PA-F7(SEQ ID No.9) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCAGGTACTGATCCAAAAT H5N6-PA-R1255(SE。

29、Q ID No.10) CAGGAAACAGCTATGACCAATTCRYTCTGRAYCCARCW H5N6-PA-F1137(SEQ ID No.11) TGTAAAACGACGGCCAGTTGAGAAYATGGCACCDGARA H5N6-PA-R2233(SEQ ID No.12) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAAACAAGGTACTTTTT 0034 扩增HA基因的引物包括: 0035 引物名称 引物序列(5 -3 ) H5N6-HA-F1(SEQ ID No.13) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCAAAAGCAGGGGT H5N6-HA-R1115(S。

30、EQ ID No.14) CAGGAAACAGCTATGACCCCATTCCYTGCCAYCCTCC H5N6-HA-F928(SEQ ID No.15) TGTAAAACGACGGCCAGTATAAAYTCHAGYATGCC H5N6-HA-R1776(SEQ ID No.16) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAAACWAGGGTGTTTT 0036 扩增NP基因的引物包括: 0037 引物名称 引物序列(5 -3 ) H5N6-NP-F1(SEQ ID No.17) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCAAAAGCAGGGTA H5N6-NP-R1167(SEQ ID。

31、 No.18) CAGGAAACAGCTATGACCATKGYYTCCATGTTCTCATT H5N6-NP-F899(SEQ ID No.19) TGTAAAACGACGGCCAGTGTRGCYAGYGGRTAYGA 说明书 4/8 页 6 CN 108251557 A 6 H5N6-NP-R1565(SEQ ID No.20) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAAACAAGGGTATTTTT 0038 扩增NA基因的引物包括: 0039 引物名称 引物序列(5 -3 ) H5N6-NA-F1(SEQID No.21) TGTAAAACGACGGCCAGTAGCAAAAGCAG。

32、GGTSAA H5N6-NA-R1126(SEQ ID No.22) CAGGAAACAGCTATGACCCYTTRCTAATWGTYCTHCCAAGCC H5N6-NA-F841(SEQ ID No.23) TGTAAAACGACGGCCAGTCAYATHGARGARTGYTCNTGCC H5N6-NA-R1461(SEQ ID No.24) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAWACAAGGGTSTTTTT 0040 扩增MP基因的引物包括: 0041 引物名称 引物序列(5 -3 ) H5N6-MP-F1(SEQ ID No.25) TGTAAAACGACGGCCAGTAGC。

33、RAAAGCAGGTAGAT H5N6-MP-R674(SEQ ID No.26) CAGGAAACAGCTATGACCTCATWGCYTGCACCATYTGYCT H5N6-MP-F605(SEQ ID No.27) TGTAAAACGACGGCCAGTGGRTCDAGYGARCARGCAGC H5N6-MP-R1027(SEQ IDNo.28) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAAACAAGGTAGTTTTT 0042 扩增NS基因的引物包括: 0043 引物名称 引物序列(5 -3 ) H5N6-NS-F1(SEQ ID No.29) TGTAAAACGACGGCCAGTA。

34、GCRAAAGCAGGGTG H5N6-NS-R639(SEQ ID No.30) CAGGAAACAGCTATGACCTTCYCCAAGCGAATCTYTGTA H5N6-NS-F507(SEQ ID No.31) TGTAAAACGACGGCCAGTTCACCATTACCTTCTCTTCC H5N6-NS-R890(SEQ ID No.32) CAGGAAACAGCTATGACCAGTAGAAACAAGGGTGTTTT 0044 0045 优选地, 所述引物两端含有不参与目的片段扩增的通用核苷酸序列。 说明书 5/8 页 7 CN 108251557 A 7 0046 优选地, 所述通用核。

35、苷酸序列为13bp的通用测序引物互补序列的寡核苷酸片段。 0047 第二方面, 本发明提供了一种H5N6亚型流感病毒全基因组扩增方法, 包括以下步 骤: 从待测样本中提取流感病毒RNA, 采用权利要求1所述引物进行一步法RT-PCR扩增。 0048 优选地, 所述扩增产物大小在400bp到1500bp之间。 0049 第三方面, 本发明提供了一种H5N6亚型流感病毒的检测方法, 采用前述扩增方法 对待测样本中提取的流感病毒RNA进行一步法RT-PCR扩增, 所得扩增产物进行电泳, 然后根 据结果进行判断; 所述反应产物分别均为使用的上下游引物位置之差时, 即获得特异性条 带, 则扩增得到H5N。

36、6亚型流感病毒全基因组。 0050 第四方面, 本发明提供了一种H5N6亚型流感病毒全基因组测序方法, 包括以下步 骤: 0051 从待测样本中提取流感病毒RNA, 采用权利要求1所述引物进行一步法RT-PCR扩 增, 所得 RT-PCR扩增产物进行纯化和回收后, 进行测序。 0052 本发明针对H5N6亚型流感病毒PB1,PB2,PA,HA,NP,NA,MP和NS基因保守区域设计 了覆盖基因全长(开放读码框)16对共32条寡核苷酸引物序列, 如SEQ ID No.1SEQ ID No.32所示, 并在正反向扩增引物的两端增加了M13正反向引物序列, 简化了基因扩增后的 测序反应步骤。 同时公。

37、开了待检样本的处理、 RT-PCR反应体系及反应条件、 测序反应体系和 反应条件。 本发明可以实现对我国大陆流行的H5N6亚型流感病毒全基因组扩增,从而获得 H5N6亚型流感病毒的全基因组序列信息, 操作简单、 应用方便, 为我国流行的H5N6亚型流感 病毒病原学研究及分子进化分析提供了可行的技术方法。 0053 H5N6亚型流感病毒全基因组测序方法包括下列步骤: 0054 一、 检测未知病毒。 0055 1.病毒RNA的提取: 0056 取140L样本(血浆, 血清, 尿液, 细胞培养基, 无细胞体液), 加入含有5 .6g Carrier RNA的560 L的AVL裂解液中, 按QIAam。

38、p Viral RNA Mini Handbook(Qiagen公司, catalog#52904/52906)说明书提取病毒RNA, 洗脱体积50 L。 0057 2.rRT-PCR反应: 0058 1)体系配置: 使用Takara的PrimeScriptTM One Step RT-PCR Kit Ver.2(RR055A) 反应液, 配置组分如下: 0059 0060 0061 2)rRT-PCR: 将加好上述反应体系的反应管放于PCR仪进行rRT-PCR, 反应程序如 说明书 6/8 页 8 CN 108251557 A 8 下: 0062 0063 3.RT-PCR产物检测: 各取1。

39、ul产物于1Agrorose gel进行电泳观察结果。 0064 4.结果判断: 16个反应产物均分别为使用的上下游引物位置之差时(获得特异性 条带), 则扩增得到H5N6亚型流感病毒全基因组; 若所有反应无特异性条带, 则扩增H5N6亚 型流感病毒全基因组失败。 若部分反应得到特异性条带, 则只能获得H5N6亚型流感病毒部 分基因序列。 0065 5.检测评价: 0066 灵敏度评价: 选择一株人咽拭子标本分离的H5N6亚型流感病毒毒株进行10倍梯度 稀释, 当反应体系中核酸的拷贝数大于10000个拷贝时, 用本发明的16对引物对模板进行 PCR反应扩增即可得到所有阳性产物。 如图1所示。 。

40、当拷贝数为104、 105、 106时, 均可得到所有 阳性产物 (见图1)。 0067 通用性评价: 共选取我国近两年流行H5N6亚型流感病毒6株, 96个反应全部获得阳 性扩增产物。 0068 二、 回收RT-PCR产物。 0069 将经扩增获得的扩增产物采用琼脂糖凝胶切割回收, 具体如下: 0070 1)将25 lRT-PCR产物于1的琼脂糖凝胶中进行电泳。 0071 2)将含有目的片段的琼脂糖凝胶进行切割, 尽可能去除多余的琼脂糖凝胶,将含 有目的条带的凝胶放入1.5ml的离心管中, 写好编号。 0072 3)加入300ul至400ul QC溶液(Qiagen试剂盒, catalog#。

41、28706), 50水浴, 每隔 5min 颠倒一次, 直至溶胶全部溶解。 0073 4)将步骤3溶解得到的液体转入套有收集管的柱子中, 12000rpm离心1min。 0074 5)弃去废液, 加入500ul QG溶液, 12000rpm离心1min。 0075 6)弃去废液, 加入700ul PE溶液(PE溶液事先加入无水乙醇), 1300rmp离心1min。 0076 7)弃去废液, 空管离心, 1300rpm离心1min, 弃去废液。 0077 8)将步骤7中的离心柱套在新的离心管中, 加入30ul预热的纯水, 室温放置3到5分 钟, 然后11000rpm离心2分钟。 即得回收产物。 。

42、0078 三、 回收产物测序方法。 0079 将经实施例3回收得到的产物进行测序, 具体步骤如下: 00801.在96孔板中进行测序反应体系配置( Terminator Cycle Sequencing kit, AppliedBiosystem,catalog#4336921)如下: 说明书 7/8 页 9 CN 108251557 A 9 0081 0082 2.测序反应程序 0083 00843 .按 照 每 个 反 应 加 入 如 下 试 剂 对 测 序 反 应 产 物 进 行 纯 化 ( XterninatorTM purification kit catalog#4376486)。。

43、 0085 0086 用封板膜将反应板进行密封后置于混匀仪上, 1800rpm混匀30分钟。 混匀结束后, 离心机中1000rpm离心一分钟。 0087 4.将反应板放入Applied Biosystem DNA analyzer中, 选择运行模块进行序列读 取, 运行结束后对序列进行拼接即可获得H5N6亚型流感病毒的全基因组序列, 如SEQ ID No.33所示。 0088 综上所述, 本发明提供了32条用扩增H5N6亚型流感病毒8个基因的寡核苷酸引物 序列, 并提供了RT-PCR的扩增基因、 RT-PCR产物回收以及回收产物测序反应。 0089 本发明可以将RT-PCR技术应用FluH5N。

44、6亚型流感病毒全基因组的扩增中, 后续测 序反应只需两种通用测序引物即可进行测序反应, 简化了基因扩增后的测序反应中引物的 选择。 本发明涵盖的H5N6亚型流感病毒全基因组扩增引物通用性强, 能有效扩增得到该亚 型病毒的8个基因序列, 为H5N6亚型流感病毒以基因序列为基础的分子进化以及病原学研 究提供了技术手段。 0090 上述实施例仅例示性说明本发明的原理及其功效, 而非用于限制本发明。 任何熟 悉此技术的人士皆可在不违背本发明的精神及范畴下, 对上述实施例进行修饰或改变。 因 此, 举凡所属技术领域中具有通常知识者在未脱离本发明所揭示的精神与技术思想下所完 成的一切等效修饰或改变, 仍应。

45、由本发明的权利要求所涵盖。 说明书 8/8 页 10 CN 108251557 A 10 序列表 安徽省疾病预防控制中心 一种H5N6亚型流感病毒全基因组测序试剂盒及其测序方法 33 1 32 DNA 人工序列 1 TGTAAAACGA CGGCCAGTAG CRAAAGCAGG CA 2 44 DNA 人工序列 2 CAGGAAACAG CTATGACCAG AGGTCTTATY TTYTCDATTT TCTY 3 42 DNA 人工序列 3 TGTAAAACGA CGGCCAGTAT GTTCGARAGY AARAGYATGA AR 4 35 DNA 人工序列 4 CAGGAAACAG C。

46、TATGACCAG TAGAAACAAG GCATTT 5 33 DNA 人工序列 5 TGTAAAACGA CGGCCAGTAG CRAAAGCAGG TCA 6 39 DNA 人工序列 序列表 1/12 页 11 CN 108251557 A 11 6 CAGGAAACAG CTATGACCCC TTGGAACATC CTAGTGTCT 7 40 DNA 人工序列 7 TGTAAAACGA CGGCCAGTGG RTATGARGAR TTCACAATGG 8 38 DNA 人工序列 8 CAGGAAACAG CTATGACCTA GTAGAAACAA GGTCGTTT 9 38 DNA 人。

47、工序列 9 TGTAAAACGA CGGCCAGTAG CAGGTACTGA TCCAAAAT 10 38 DNA 人工序列 10 CAGGAAACAG CTATGACCAA TTCRYTCTGR AYCCARCW 10 38 DNA 人工序列 10 CAGGAAACAG CTATGACCAA TTCRYTCTGR AYCCARCW 11 38 DNA 人工序列 11 TGTAAAACGA CGGCCAGTTG AGAAYATGGC ACCDGARA 12 序列表 2/12 页 12 CN 108251557 A 12 39 DNA 人工序列 12 CAGGAAACAG CTATGACCAG 。

48、TAGAAACAAG GTACTTTTT 13 33 DNA 人工序列 13 TGTAAAACGA CGGCCAGTAG CAAAAGCAGG GGT 14 37 DNA 人工序列 14 CAGGAAACAG CTATGACCCC ATTCCYTGCC AYCCTCC 15 35 DNA 人工序列 15 TGTAAAACGA CGGCCAGTAT AAAYTCHAGY ATGCC 16 38 DNA 人工序列 16 CAGGAAACAG CTATGACCAG TAGAAACWAG GGTGTTTT 17 33 DNA 人工序列 17 TGTAAAACGA CGGCCAGTAG CAAAAGCAGG GTA 18 38 DNA 人工序列 序列表 3/12 页 13 CN 108251557 A 13 18 CAGGAAACAG CTATGACCAT KGYYTCCATG TTCTCATT 19 35 DNA 人工序列 19 TGTAAAACGA CGGCCAGTGT RGCYAGYGGR TAYGA 20 39 DNA 人工序列 20 CAGGAAACAG CTATGACCAG TAGAAACAAG GGTATTT。

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