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本发明公开了一种鉴定待测小麦是否为Pina-D1b缺失型小麦的方法及其应用。本发明提供的方法,包括如下步骤:1)以待测小麦的基因组DNA为模板,用特异引物对进行PCR扩增;所述特异引物对,为序列表的序列1和序列表的序列2所示核苷酸序列组成的引物对;2)检测PCR扩增产物,扩增产物中有776bp条带的待测小麦为候选的Pina-D1b缺失型小麦;所述Pina-D1b缺失型小麦是基因组DNA中缺失序列表。