家蚕丝腺特异表达的HLH转录调控因子BmHLH1.pdf

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摘要
申请专利号:

CN200710092546.4

申请日:

20070807

公开号:

CN101139601A

公开日:

20080312

当前法律状态:

有效性:

失效

法律详情:

IPC分类号:

C12N15/12,C07K14/435

主分类号:

C12N15/12,C07K14/435

申请人:

西南大学

发明人:

赵萍,刘春,徐汉福,夏庆友,向仲怀

地址:

400716重庆市北碚区天生路216号

优先权:

CN200710092546A

专利代理机构:

重庆弘旭专利代理有限责任公司

代理人:

周韶红

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内容摘要

一种家蚕丝腺特异表达的HLH转录调控因子BmHLH1,通过对丝腺基因的表达谱进行分析,并经过基因芯片制作及杂交、芯片数据分析等一系列生物技术克隆得到。本发明所获得的HLH型转录调控因子为家蚕丝腺特异表达的新型转录调控因子,荧光定量PCR实验证实其与丝腺的发育、丝腺细胞的分化有重要的联系,对BmHLH1基因的干涉研究表明,HLH型转录因子对细胞分化、器官的特化及基因的特异表达有重要的调控作用。这些研究成果对于提高家蚕产丝量,改善蚕丝品质,促进蚕丝产业发展具有重要意义。

权利要求书

1.一种家蚕丝腺特异表达的HLH转录调控因子BmHLH1,其特征在于其序列如下:CGAATCTTTT TTTTTATGTT CTGAATATTT ATATTATGTT ATTTAAACAT GAAAACAGCA    60AAGAAAGCAT AGTTACATAC TTCTGAGAGT TCTCTTATAT TCGTATAAAA TTGTTAAACT    120TAACATTAAT AAGTAATTGT TAAAATGCAC CTTATAAGTA TTGTTTGTTG ATTTTATACA    180TTTTATTATA TTTTAATATA TTTATAGCCC GAATGTTTTT ACATTTATAT TAATATTTTT    240ATTGCCCCAT TTTGTCAATG TATGTACCTA AATATAACGA TACAATATCT AAAAGTTCTT    300AGTATCTCTG TTGACGCCTT CGCATATCAG AAGCGTGAAC TTCGAAAAAT GCAGAGTTCT    360CGTCTGGTGT GCCGCCTGCA AGCATGTACT CCAAGTGGCG AATGTAACAA ATTGCTATTC    420TCAAACACTC GATTTTGGAG TATTTCTTTT TGGACGGTTT GGTGACGGGC AGTTTTGATC    480TTAAGAGATC AAACGCGCGA TTCATGTCAC GCATTCGAGT CCTTTCTCGG TCACATGCAG    540TTTTCTTGTA TTCTCGTTCC AACTGCAAGG CTCTTTCCTT TAAGCTCAAG ATCGTATCGT    600GGTTGGAGTC GTCATTAGTT TTCATGTTGT CCTGAGAGTC CTGCGAGTAG TCCAACGAGG    660ACTCGGAATT AAGAGTTTCC TGACCCACTA CGGTGTCACG AACGTATTCG TGCTCATAGT    720AACGCGGACC TTCGTGATTG CTAGGCTCGA ATTCGTGAGG CCTGAAGTAT GTTATCCTCT    780TGGGCTCGTA ATCTTCTAGC ACATACGACC GATGATGGGA AATCGTTTTA TCATACTTCT    840TATGAGAAAA CGTGTGTTCT TCCTTCGGTT TGTCGTCCTG CCGTCCTATT TCTAGAATAA    900CTCTTTCTTC CACTTCTCTC TTTTCTTCTT GGTCTTCTTT GACAACGGTG TAATTAGCTA    960TCAGAGGCAA AGGGGCCTCA TCGTCGTATG TTTGATTGTA CATTACGATT TCAAGAAAAA    1020TTTTGCTATG TTGATATTCA TATAAGTACC TGTAGTTGAA AACAACCTCC AAGATATTTT    1080GTTTCAAAGT AAATTTAATG ATGATTTATT AATGTAAACA TTTTCACAAT ATTTTATAAC    1140TAAAAACTAG ACGTATTGAC AAGTGGTGCG TGTGGCGACT ACCTGTTTGA GGATTCGAAT    1200TCCTG                                                                1205 2.一种家蚕丝腺特异表达的HLH转录调控因子BmHLH1编码的蛋白质,其特征在于其序列如下:Met Tyr Asn Gln Thr Tyr Asp Asp Glu Ala Pro Leu Pro Leu Ile1                  5                   10                 15Ala Asn Tyr Thr Val Val Lys Glu Asp Gln Glu Glu Lys Arg Glu                  20                   25                 30Val Glu Glu Arg Val Ile Leu Glu Ile Gly Arg Gln Asp Asp Lys                  35                   40                  45Pro Lys Glu Glu His Thr Phe Ser His Lys Lys Tyr Asp Lys Thr                  50                   55                  60Ile Ser His His Arg Ser Tyr Val Leu Glu Asp Tyr Glu Pro Lys                  65                   70                  75Arg Ile Thr Tyr Phe Arg Pro His Glu Phe Glu Pro Ser Asn His                  80                   85                  90Glu Gly Pro Arg Tyr Tyr Glu His Glu Tyr Val Arg Asp Thr Val                  95                   100                 105Val Gly Gln Glu Thr Leu Asn Ser Glu Ser Ser Leu Asp Tyr Ser                  110                  115                 120Gln Asp Ser Gln Asp Asn Met Lys Thr Asn Asp Asp Ser Asn His                  125                  130                 135Asp Thr Ile Leu Ser Leu Lys Glu Arg Ala Leu Gln Leu Glu Arg                  140                  145                 150Glu Tyr Lys Lys Thr Ala Cys Asp Arg Glu Arg Thr Arg Met Arg                  155                  160                 165Asp Met Asn Arg Ala Phe Asp Leu Leu Arg Ser Lys Leu Pro Val                  170                  175                 180Thr Lys Pro Ser Lys Lys Lys Tyr Ser Lys Ile Glu Cys Leu Arg                  185                  190                 195Ile Ala Ile Cys Tyr Ile Arg His Leu Glu Tyr Met Leu Ala Gly                  200                  205                 210Gly Thr Pro Asp Glu Asn Ser Ala Phe Phe Glu Val His Ala Ser                  215                  220                 225Asp Met Arg Arg Arg Gln Gln Arg Tyr                  230

说明书



技术领域

本发明涉及生物技术领域,特别是涉及一种来自于家蚕丝腺特异表达的转录调控因 子。

背景技术

丝腺是家蚕唯一能生产茧丝的器官,是整个蚕丝业的生物学基础,一头家蚕一般经过 25d左右的生长发育,在幼虫期食下鲜桑叶约22g,合成并分泌0.5~1g的丝蛋白,特别 是在5龄中、后期,家蚕能够以惊人的效率将桑叶蛋白转变成丝蛋白。它合成蛋白质的能 力和效率,是迄今为止发现的所有生物组织器官中最强最高的一种。根据合成蛋白质的初 步推测,这种高效率的蛋白质合成,不但需要众多基因的相互协调,而且基因的表达,大 多数都具有高度的组织和时期特异性。家蚕只在其5龄中期后期,丝胶基因于中部丝腺大 量表达合成丝胶蛋白,丝素基因(Fib-H,Fib-L,P25)在后部丝腺特异表达合成表达丝 素蛋白。研究发现,丝蛋白基因的特异表达是受丝腺组织一些特异的转录调控因子调控, 同时一些泛在的转录调控因子也协作参与这一过程。根据丝腺中与蚕丝基因转录有关的转 录因子的特性、细胞分别、结合位置以及它们在蚕丝基因表达调节中的作用将转录因子分 为两类,一种是组织特异因子,如SGF-1、SGF-2、SGF-B和PSGF。另一种是泛在的共同 因子,包括SGF-3、SGF-4、TRIO、UB2a、UB2b及BMFA、FBF-A1。

家蚕丝腺高效合成丝蛋白的一个重要的生物学基础就是家蚕丝腺细胞特殊的分裂方 式——细胞不分裂,核分裂。家蚕丝腺起源于外胚层的器官,丝腺细胞仅在胚胎期发生10 次细胞分裂,产生约2000个丝腺细胞,目前研究发现多丝量品种的家蚕丝腺细胞比少丝 量品种多;幼虫期,丝腺细胞不再发生分裂,细胞数不再增加,只发生细胞的肥大生长,, 细胞核在细胞内只发生核的复制和分裂。在家蚕5龄后期的一个丝腺细胞,核内DNA的 复制次数可以达到29~30次,少丝量蚕品种约复制29次,多丝量蚕品种约复制30次。 家蚕丝腺细胞数的多少及细胞核的复制次数都与家蚕的产丝量紧密相关,而对于家蚕丝腺 细胞产生及细胞核复制分裂的理论研究目前还比较少,也还没有找到相关的调控因子。因 此,发现与家蚕丝腺细胞分化和控制细胞分裂的调控因子对于提高家蚕产丝量,改善蚕丝 品质,促进我国蚕丝产业兴隆方面具有重要的意义。

发明内容

本发明将家蚕丝腺组织基因的特异表达调控研究和家蚕丝腺的应用研究相结合,其目 的在于提供一类来自于家蚕丝腺的特异表达的含HLH结构域的新型的转录调控因子。该 类型的转录调控因子对胚胎期器官的特异化,细胞分裂及基因的特异表达有重要的调控作 用,对于家蚕丝腺的理论研究和产业应用有重要的应用价值。

本发明申请人对丝腺基因的表达谱进行了分析,结果发现一个丝腺特异表达的转录调 控因子,并对其氨基酸序列分析发现此基因具有HLH结构域且能与DNA序列特异结合, 基因命名为BmHLH1。在家蚕丝腺转录调控因子研究方面,已报道的丝腺特异的转录调控 因子中大部分为含homeodomain的转录调控因子,本研究以前尚未发现含HLH结构域的 转录调控因子。通过荧光定量PCR实验,证实BmHLH1仅在家蚕丝腺特异表达,因此认 为BmHLH1为家蚕丝腺组织特异表达的新型转录调控因子。目前对HLH结构域的转录调 控因子的研究表明,它们对胚胎器组织器官的特异化和细胞分裂等有重要的调控作用;同 时,果蝇的唾液腺的研究结果表明一个含HLH结构域名为Sage的基因对唾液腺基因的特 异表达有重要调控作用,而编号为BmHLH1的基因通过分析发现就是果蝇Sage基因的同 源基因。因此,BmHLH1基因对丝腺组织的特化和细胞分裂及基因的特异表达有重要调控 作用。

本发明申请人进行了HLH基因克隆,具体方法如下:

(1)基因芯片制作及杂交:共设计22987条探针,探针包含了家蚕全部预测基因和 部分EST序列所代表的转录物,将探针以点阵(微阵列)的形式排布在醛基片上;提取家 蚕大造品种5龄3天的不同组织的RNA并经纯化后与探针杂交;

(2)芯片数据分析:首先对总体的荧光强度值进行矫正,使各张芯片的总荧光强度 接近该批次芯片总荧光强度的平均值;采用Lowess方法进行芯片内数据的归一化处理; 以丝腺芯片数据为分析对象,首先对数据进行过滤,选取实验重复数据半数以上信号强度 大于400的探针进行分析;丝腺特异表达基因的筛选在丝腺表达基因中进行筛选,以丝腺 组织信号强度大于任一非丝腺组织信号强度2倍以上,且p<0.01的探针为分析对象;通过 对家蚕5龄3天不同组织表达芯片的分析,获得在家蚕丝腺特异表达的含HLH结构域的 转录调控因子,其对应的蛋白质序列编号为BmHLH1;

(3)序列同源性分析:结构域分析在SMART元件中进行,分析结果表明含有HLH 结构域;相似性比较在NCBI站点上用BLAST完成,BLAST分析表明,BmHLH1与果蝇 的sage蛋白有很高的序列相似性,sage转录因子对果蝇唾液腺特异表达基因有重要的调控 作用,BmHLH1转录调控因子对家蚕丝腺基因的特异表达和细胞特化有重要的调控作用。

(4)BmHLH1基因的克隆分析:根据BmHLH1基因预测序列设计引物进行RT-PCR, 扩增片段克隆到pMD18-T(Takara)载体上,序列测定(上海Sangon)结果与预测的基因 序列一致,针对核酸序列推测其氨基酸序列,发现克隆的片段包括完整的ORF编码框;

(5)BmHLH1基因干涉载体的构建:将获得的全长cDNA序列亚克隆到干涉载体 L4440中,用于表达dsRNA,用于该转录因子对丝腺的功能研究。

上述方法获得的BmHLH1基因核酸序列及其推测的氨基酸序列如下:

caggaattcgaatcctcaaacaggtagtcgccacacgcaccacttgtcaatacgtctagtttttagttataaaatattgtgaaaatgtt

tacattaataaatcatcattaaatttactttgaaacaaaatatcttggaggttgttttcaactacaggtacttatatgaatatcaacat

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 Y   T   V   V   K   E   D   Q   E   E   K   R   E   V   E   E   R   V   I   L   E   I   G

CGG CAG GAC GAC AAA CCG AAG GAA GAA CAC ACG TTT TCT CAT AAG AAG TAT GAT AAA ACG ATT TCC CAT

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CAT CGG TCG TAT GTG CTA GAA GAT TAC GAG CCC AAG AGG ATA ACA TAC TTC AGG CCT CAC GAA TTC GAG

 H   R   S   Y   V   L   E   D   Y   E   P   K   R   I   T   Y   F   R   P   H   E   F   E

CCT AGC AAT CAC GAA GGT CCG CGT TAC TAT GAG CAC GAA TAC GTT CGT GAC ACC GTA GTG GGT CAG GAA

 P   S   N   H   E   G   P   R   Y   Y   E   H   E   Y   V   R   D   T   V   V   G   Q   E

ACT CTT AAT TCC GAG TCC TCG TTG GAC TAC TCG CAG GAC TCT CAG GAC AAC ATG AAA ACT AAT GAC GAC

 T   L   N   S   E   S   S   L   D   Y   S   Q   D   S   Q   D   N   M   K   T   N   D   D

TCC AAC CAC GAT ACG ATC TTG AGC TTA AAG GAA AGA GCC TTG CAG TTG GAA CGA GAA TAC AAG AAA ACT

 S   N   H   D   T   I   L   S   L   K   E   R   A   L   Q   L   E   R   E   Y   K   K   T

GCA TGT GAC CGA GAA AGG ACT CGA ATG CGT GAC ATG AAT CGC GCG TTT GAT CTC TTA AGA TCA AAA CTG

 A   C   D   R   E   R   T   R   M   R   D   M   N   R   A   F   D   L   L   R   S   K   L

CCC GTC ACC AAA CCG TCC AAA AAG AAA TAC TCC AAA ATC GAG TGT TTG AGA ATA GCA ATT TGT TAC ATT

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CGC CAC TTG GAG TAC ATG CTT GCA GGC GGC ACA CCA GAC GAG AAC TCT GCA TTT TTC GAA GTT CAC GCT

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本发明的优点是:

在家蚕丝腺转录调控研究方面,本发明所获得的HLH型转录调控因子为家蚕丝腺特异 表达的新型转录调控因子,荧光定量PCR实验证实BmHLH1仅在家蚕丝腺中特异表达,证 实其与丝腺的发育、丝腺细胞的分化有重要的联系,对BmHLH1基因的干涉研究表明,注 射dsRNA后丝腺细胞发育明显异常,HLH型转录因子对细胞分化、器官的特化及基因的特 异表达有重要的调控作用。这些研究成果对于提高家蚕产丝量,改善蚕丝品质,促进蚕丝 产业发展具有重要意义。

具体实施方式:

实施例:

通过家蚕基因芯片的信息分析,发现了探针号为sw15083对应的基因在家蚕丝腺特异 表达,其对应的家蚕的编码蛋白编号为Bmb030021,基因命名为BmHLH1;将其蛋白序列在 SMART结构域预测软件进行结构域预测,表明它们是含有HLH结构域的蛋白;在NCBI中运 行BLAST程序进行同源基因检索,检索结果BmHLH1蛋白与果蝇的唾液腺特异表达的转录 因子Sage有最高相似性,其值为E=1e-24;分析结果表明,这个在丝腺特异表达的转录因 子为新型家蚕丝腺特异表达的bHLH转录调控因子;根据其同源基因的功能研究,表明它 们对家蚕丝腺细胞的分化、特化及基因的特异表达有非常重要的作用;根据BmHLH1基因 的核酸序列设计引物(BmHLH1F:ATGTACAATCAAACATAC,BmHLH1R:GTATCTCTGTTGACGCCT), 以家蚕丝腺cDNA为模板进行PCR扩增,对PCR产物回收并克隆到pMD18-T载体中,对阳 性克隆测序验证,证实获得了BmHLH1的全长cDNA。

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一种家蚕丝腺特异表达的HLH转录调控因子BmHLH1,通过对丝腺基因的表达谱进行分析,并经过基因芯片制作及杂交、芯片数据分析等一系列生物技术克隆得到。本发明所获得的HLH型转录调控因子为家蚕丝腺特异表达的新型转录调控因子,荧光定量PCR实验证实其与丝腺的发育、丝腺细胞的分化有重要的联系,对BmHLH1基因的干涉研究表明,HLH型转录因子对细胞分化、器官的特化及基因的特异表达有重要的调控作用。这些研。

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