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本发明涉及一种利用高速逆流反应器合成生物柴油的方法。反应体系为液/液两相或液/液/固三相,两相时游离酶溶液(水相)构成固定相或流动相,三相时由固定化酶与水(流态化型的液相)构成固定相或流动相。一方面两液相在螺旋缠绕的管柱的行星式离心运动所产生的强度和方向周期变化的作用力和在波纹管内径向和轴向周期变化力的共同作用下,进行高频率的混合与澄清,强化酶或微生物与脂肪酸底物的接触及传递速率,提高底物的转化率。