一种鉴定H5亚型AIV、N6亚型AIV和AIV的引物组合及其应用.pdf

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摘要
申请专利号:

CN201610554720.1

申请日:

20160714

公开号:

CN105950789A

公开日:

20160921

当前法律状态:

有效性:

审查中

法律详情:

IPC分类号:

C12Q1/70,C12Q1/68,C12N15/11,C12R1/93

主分类号:

C12Q1/70,C12Q1/68,C12N15/11,C12R1/93

申请人:

广西壮族自治区兽医研究所

发明人:

谢芝勋,何莹,罗思思,李孟,谢志勤,谢丽基,黄莉,邓显文,黄娇玲,张艳芳,曾婷婷

地址:

530001 广西壮族自治区南宁市友爱北路51号

优先权:

CN201610554720A

专利代理机构:

北京纪凯知识产权代理有限公司

代理人:

关畅;何叶喧

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内容摘要

本发明公开了一种鉴定H5亚型AIV、N6亚型AIV和AIV的引物组合及其应用。本发明的引物组合由引物对I、引物对II和引物对III组成。引物对I由引物M‑F和M‑R组成,分别如序列表1、2所示。引物对II由引物H5‑F和H5‑R组成,分别如序列表3、4所示。引物对III由引物N6‑F和N6‑R组成,分别如序列表5、6所示。本发明还保护所述引物组合在鉴别H5亚型AIV、N6亚型AIV和AIV中的应用。本研究构建的H5亚型AIV、N6亚型AIV和AIV的三重PCR检测方法具有特异性强,灵敏度高,快速便捷的特点,为快速诊断H5N6亚型AIV提供有力技术支撑,为早期诊断和临床检测提供参考依据。

权利要求书

1.引物组合,由引物对I、引物对II和引物对III组成;所述引物对I由引物M-F和引物M-R组成;所述引物M-F为如下(a1)或(a2);(a1)序列表的序列1所示的单链DNA分子;(a2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同功能的DNA分子;所述引物M-R为如下(a3)或(a4);(a3)序列表的序列2所示的单链DNA分子;(a4)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子;所述引物对II由引物H5-F和引物H5-R组成;所述引物H5-F为如下(a5)或(a6);(a5)序列表的序列3所示的单链DNA分子;(a6)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同功能的DNA分子;所述引物H5-R为如下(a7)或(a8);(a7)序列表的序列4所示的单链DNA分子;(a8)将序列4经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列4具有相同功能的DNA分子;所述引物对III由引物N6-F和引物N6-R组成;所述引物N6-F为如下(a9)或(a10);(a9)序列表的序列5所示的单链DNA分子;(a10)将序列5经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列5具有相同功能的DNA分子;所述引物N6-R为如下(a11)或(a12);(a11)序列表的序列6所示的单链DNA分子;(a12)将序列6经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列6具有相同功能的DNA分子。 2.权利要求1所述引物组合的应用,为如下(b1)至(b6)中的任意一种:(b1)鉴别H5N6亚型AIV、H5亚型且非N6亚型的AIV、N6亚型且非H5亚型的AIV和非H5亚型且非N6亚型的AIV;(b2)制备用于鉴别H5N6亚型AIV、H5亚型且非N6亚型的AIV、N6亚型且非H5亚型的AIV和非H5亚型且非N6亚型的AIV的试剂盒;(b3)鉴定待测病毒是否为H5N6亚型AIV、H5亚型且非N6亚型的AIV、N6亚型且非H5亚型的AIV或非H5亚型且非N6亚型的AIV;(b4)制备用于鉴定待测病毒是否为H5N6亚型AIV、H5亚型且非N6亚型的AIV、N6亚型且非H5亚型的AIV或非H5亚型且非N6亚型的AIV的试剂盒;(b5)检测待测样本中是否含有H5N6亚型AIV和/或H5亚型且非N6亚型的AIV和/或N6亚型且非H5亚型的AIV和/或非H5亚型且非N6亚型的AIV;(b6)制备检测待测样本中是否含有H5N6亚型AIV和/或H5亚型且非N6亚型的AIV和/或N6亚型且非H5亚型的AIV和/或非H5亚型且非N6亚型的AIV的试剂盒。 3.含有权利要求1所述引物组合的试剂盒;所述试剂盒的用途为如下(c1)或(c2)或(c3):(c1)鉴别H5N6亚型AIV、H5亚型且非N6亚型的AIV、N6亚型且非H5亚型的AIV和非H5亚型且非N6亚型的AIV;(c2)鉴定待测病毒是否为H5N6亚型AIV、H5亚型且非N6亚型的AIV、N6亚型且非H5亚型的AIV或非H5亚型且非N6亚型的AIV;(c3)检测待测样本中是否含有H5N6亚型AIV和/或H5亚型且非N6亚型的AIV和/或N6亚型且非H5亚型的AIV和/或非H5亚型且非N6亚型的AIV。 4.权利要求3所述试剂盒的制备方法,包括将各条引物单独包装的步骤。 5.一种鉴别H5N6亚型AIV、H5亚型且非N6亚型的AIV、N6亚型且非H5亚型的AIV和非H5亚型且非N6亚型的AIV的方法,包括如下步骤(d1)或(d2):(d1)提取待测病毒的RNA并反转录为cDNA,以cDNA为模板,采用权利要求1所述引物组合进行PCR扩增,得到PCR扩增产物,如果扩增产物中含有332bp的DNA片段、428bp的DNA片段和571bp的DNA片段、待测病毒为或候选为H5N6亚型AIV,如果扩增产物中含有332bp的DNA片段和571bp的DNA片段且不含有428bp的DNA片段、待测病毒为或候选为H5亚型且非N6亚型的AIV,如果扩增产物中含有428bp的DNA片段和571bp的DNA片段且不含有332bp的DNA片段、待测病毒为或候选为N6亚型且非H5亚型的AIV,如果扩增产物中含有571bp的DNA片段且不含有332bp的DNA片段和428bp的DNA片段、待测病毒为或候选为非N6亚型且非H5亚型的AIV;(d2)检测待测病毒的cDNA中是否含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段、序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段或序列表中序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段,然后进行如下判断:如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段、序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段和序列表中序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段、待测病毒为或候选为H5N6亚型AIV,如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段和序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段且不含有序列表中序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段、待测病毒为或候选为H5亚型且非N6亚型的AIV,如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段和序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段且不含有序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段、待测病毒为或候选为N6亚型且非H5亚型的AIV,如果所述cDNA中含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段且不含有序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段且不含有序列表中序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段、待测病毒为或候选为非N6亚型且非H5亚型的AIV。 6.一种鉴定待测病毒是否为H5N6亚型AIV、H5亚型且非N6亚型的AIV、N6亚型且非H5亚型的AIV或非H5亚型且非N6亚型的AIV的方法,包括如下步骤(e1)或(e2):(e1)提取待测病毒的RNA并反转录为cDNA,以cDNA为模板,采用权利要求1所述引物组合进行PCR扩增,得到PCR扩增产物,如果扩增产物中含有332bp的DNA片段、428bp的DNA片段和571bp的DNA片段、待测病毒为或候选为H5N6亚型AIV,如果扩增产物中含有332bp的DNA片段和571bp的DNA片段且不含有428bp的DNA片段、待测病毒为或候选为H5亚型且非N6亚型的AIV,如果扩增产物中含有428bp的DNA片段和571bp的DNA片段且不含有332bp的DNA片段、待测病毒为或候选为N6亚型且非H5亚型的AIV,如果扩增产物中含有571bp的DNA片段且不含有332bp的DNA片段和428bp的DNA片段、待测病毒为或候选为非N6亚型且非H5亚型的AIV,如果扩增产物中不含有571bp的DNA片段、待测病毒为或候选为非AIV的病毒;(e2)检测待测病毒的cDNA中是否含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段、序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段或序列表中序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段,然后进行如下判断:如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段、序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段和序列表中序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段、待测病毒为或候选为H5N6亚型AIV,如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段和序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段且不含有序列表中序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段、待测病毒为或候选为H5亚型且非N6亚型的AIV,如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段和序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段且不含有序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段、待测病毒为或候选为N6亚型且非H5亚型的AIV,如果所述cDNA中含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段且不含有序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段且不含有序列表中序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段、待测病毒为或候选为非N6亚型且非H5亚型的AIV,如果所述cDNA中不含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段、待测病毒为或候选为非AIV的病毒。 7.一种检测待测样本中是否含有H5N6亚型AIV和/或H5亚型且非N6亚型的AIV和/或N6亚型且非H5亚型的AIV和/或非H5亚型且非N6亚型的AIV的方法,包括如下步骤(f1)或(f2):(f1)提取待测病毒的RNA并反转录为cDNA,以cDNA为模板,采用权利要求1所述引物组合进行PCR扩增,得到PCR扩增产物,如果扩增产物中含有332bp的DNA片段、428bp的DNA片段和571bp的DNA片段、待测样本为如下(g1)或(g2):(g1)疑似含有H5N6亚型AIV的待测样本;(g2)疑似含有H5亚型AIV和N6亚型AIV的待测样本,如果扩增产物中含有332bp的DNA片段和571bp的DNA片段且不含有428bp的DNA片段、待测样本疑似含有H5亚型且非N6亚型的AIV,如果扩增产物中含有428bp的DNA片段和571bp的DNA片段且不含有332bp的DNA片段、待测样本疑似含有N6亚型且非H5亚型的AIV,如果扩增产物中含有571bp的DNA片段且不含有332bp的DNA片段和428bp的DNA片段、待测样本疑似含有非N6亚型且非H5亚型的AIV,如果扩增产物中不含有571bp的DNA片段、待测样本疑似不含有AIV的病毒;(f2)检测待测样本的cDNA中是否含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段、序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段或序列表中序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段,然后进行如下判断:如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段、序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段和序列表中序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段、待测样本为如下(g1)或(g2):(g1)疑似含有H5N6亚型AIV的待测样本;(g2)疑似含有H5亚型AIV和N6亚型AIV的待测样本,如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段和序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段且不含有序列表中序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段、待测样本疑似含有H5亚型且非N6亚型的AIV,如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段和序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段且不含有序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段、待测样本疑似含有N6亚型且非H5亚型的AIV,如果所述cDNA中含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段且不含有序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段且不含有序列表中序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段、待测样本疑似含有非N6亚型且非H5亚型的AIV,如果所述cDNA中不含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段、待测样本疑似不含有AIV的病毒。 8.引物对I或引物对II或引物对III:所述引物对I由引物M-F和引物M-R组成;所述引物M-F为如下(a1)或(a2);(a1)序列表的序列1所示的单链DNA分子;(a2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同功能的DNA分子;所述引物M-R为如下(a3)或(a4);(a3)序列表的序列2所示的单链DNA分子;(a4)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子;所述引物对II由引物H5-F和引物H5-R组成;所述引物H5-F为如下(a5)或(a6);(a5)序列表的序列3所示的单链DNA分子;(a6)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同功能的DNA分子;所述引物H5-R为如下(a7)或(a8);(a7)序列表的序列4所示的单链DNA分子;(a8)将序列4经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列4具有相同功能的DNA分子;所述引物对III由引物N6-F和引物N6-R组成;所述引物N6-F为如下(a9)或(a10);(a9)序列表的序列5所示的单链DNA分子;(a10)将序列5经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列5具有相同功能的DNA分子;所述引物N6-F为如下(a11)或(a12);(a11)序列表的序列6所示的单链DNA分子;(a12)将序列6经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列6具有相同功能的DNA分子。 9.权利要求8所述引物对I在制备试剂盒甲中的应用,或,所述引物对II在制备试剂盒乙中的应用,或,所述引物对III在制备试剂盒丙中的应用;所述试剂盒甲的用途为如下(h1)或(h2):(h1)鉴定待测病毒是否为AIV;(h2)鉴定待测样本是否感染了AIV;所述试剂盒乙的用途为如下(h3)或(h4):(h3)鉴定待测病毒是否为H5亚型AIV;(h4)鉴定待测样本是否感染了H5亚型AIV;所述试剂盒丙的用途为如下(h5)或(h6):(h5)鉴定待测病毒是否为N6亚型AIV;(h6)鉴定待测样本是否感染了N6亚型AIV。 10.含有权利要求8所述引物对I的试剂盒甲,或,含有权利要求8所述引物对II的试剂盒乙,或,含有权利要求8所述引物对III的试剂盒丙;所述试剂盒甲的用途为如下(h1)或(h2):(h1)鉴定待测病毒是否为AIV;(h2)鉴定待测样本是否感染了AIV;所述试剂盒乙的用途为如下(h3)或(h4):(h3)鉴定待测病毒是否为H5亚型AIV;(h4)鉴定待测样本是否感染了H5亚型AIV;所述试剂盒丙的用途为如下(h5)或(h6):(h5)鉴定待测病毒是否为N6亚型AIV;(h6)鉴定待测样本是否感染了N6亚型AIV。

说明书

技术领域

本发明涉及一种鉴定H5亚型AIV、N6亚型AIV和AIV的引物组合及其应用。

背景技术

禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)属于正黏病毒科A型流感病毒属,根据血凝素(henmagglutinin,HA)和神经氨基酸(neuraminidase,NA)抗原性差异可分为不同亚型,目前已发现有18种HA(H1-H18)亚型和11种NA(N1-N11)。

1975年H5N6亚型病毒首次从美国绿头鸭体内分离出来,据报道以往H5N6亚型病毒主要以低致病状态在禽类(主要是鸭类)流行,对养禽业并没有明显的影响。2013年,我国江苏省首次在活禽市场监测中发现H5N6禽流感病毒,对其进行基因分析后发现,H5N6禽流感病毒竟由H5N1和H6N6两种亚型禽流感病毒基因重组而来,并且多个基因来源于H5N1高致病禽流感病毒,使其具备了高致病的特性。2014年,我国四川省南充市首次从人类中分离了高致病性H5N6禽流感病毒。目前,已确诊14例人类感染H5N6亚型AIV病例,提示AIV已经进一步从禽类到人类转变,H5N6亚型AIV不仅给养禽业带来巨大的经济损失,还可以跨越宿主屏障直接感染人而危害人类安全。

发明内容

本发明的目的是提供一种鉴定H5亚型AIV、N6亚型AIV和AIV的引物组合及其应用。

本发明提供了一种引物组合,由引物对I、引物对II和引物对IⅡ组成;

所述引物对I由引物M-F和引物M-R组成;

所述引物M-F为如下(a1)或(a2);

(a1)序列表的序列1所示的单链DNA分子;

(a2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同功能的DNA分子;

所述引物M-R为如下(a3)或(a4);

(a3)序列表的序列2所示的单链DNA分子;

(a4)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子;

所述引物对II由引物H5-F和引物H5-R组成;

所述引物H5-F为如下(a5)或(a6);

(a5)序列表的序列3所示的单链DNA分子;

(a6)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具 有相同功能的DNA分子;

所述引物H5-R为如下(a7)或(a8);

(a7)序列表的序列4所示的单链DNA分子;

(a8)将序列4经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列4具有相同功能的DNA分子;

所述引物对IⅡ由引物N6-F和引物N6-R组成;

所述引物N6-F为如下(a9)或(a10);

(a9)序列表的序列5所示的单链DNA分子;

(a10)将序列5经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列5具有相同功能的DNA分子;

所述引物N6-R为如下(a11)或(a12);

(a11)序列表的序列6所示的单链DNA分子;

(a12)将序列6经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列6具有相同功能的DNA分子。

所述引物组合的用途为如下(b1)至(b6)中的任意一种:

(b1)鉴别H5N6亚型AIV、H5亚型且非N6亚型的AIV、N6亚型且非H5亚型的AIV和非H5亚型且非N6亚型的AIV;

(b2)制备用于鉴别H5N6亚型AIV、H5亚型且非N6亚型的AIV、N6亚型且非H5亚型的AIV和非H5亚型且非N6亚型的AIV的试剂盒;

(b3)鉴定待测病毒是否为H5N6亚型AIV、H5亚型且非N6亚型的AIV、N6亚型且非H5亚型的AIV或非H5亚型且非N6亚型的AIV;

(b4)制备用于鉴定待测病毒是否为H5N6亚型AIV、H5亚型且非N6亚型的AIV、N6亚型且非H5亚型的AIV或非H5亚型且非N6亚型的AIV的试剂盒;

(b5)检测待测样本中是否含有H5N6亚型AIV和/或H5亚型且非N6亚型的AIV和/或N6亚型且非H5亚型的AIV和/或非H5亚型且非N6亚型的AIV;

(b6)制备检测待测样本中是否含有H5N6亚型AIV和/或H5亚型且非N6亚型的AIV和/或N6亚型且非H5亚型的AIV和/或非H5亚型且非N6亚型的AIV的试剂盒。

本发明还保护所述引物组合的应用,为如下(b1)至(b6)中的任意一种:

(b1)鉴别H5N6亚型AIV、H5亚型且非N6亚型的AIV、N6亚型且非H5亚型的AIV和非H5亚型且非N6亚型的AIV;

(b2)制备用于鉴别H5N6亚型AIV、H5亚型且非N6亚型的AIV、N6亚型且非H5亚型的AIV和非H5亚型且非N6亚型的AIV的试剂盒;

(b3)鉴定待测病毒是否为H5N6亚型AIV、H5亚型且非N6亚型的AIV、N6亚型 且非H5亚型的AIV或非H5亚型且非N6亚型的AIV;

(b4)制备用于鉴定待测病毒是否为H5N6亚型AIV、H5亚型且非N6亚型的AIV、N6亚型且非H5亚型的AIV或非H5亚型且非N6亚型的AIV的试剂盒;

(b5)检测待测样本中是否含有H5N6亚型AIV和/或H5亚型且非N6亚型的AIV和/或N6亚型且非H5亚型的AIV和/或非H5亚型且非N6亚型的AIV;

(b6)制备检测待测样本中是否含有H5N6亚型AIV和/或H5亚型且非N6亚型的AIV和/或N6亚型且非H5亚型的AIV和/或非H5亚型且非N6亚型的AIV的试剂盒。

本发明还保护含有所述引物组合的试剂盒;所述试剂盒的用途为如下(c1)或(c2)或(c3):

(c1)鉴别H5N6亚型AIV、H5亚型且非N6亚型的AIV、N6亚型且非H5亚型的AIV和非H5亚型且非N6亚型的AIV;

(c2)鉴定待测病毒是否为H5N6亚型AIV、H5亚型且非N6亚型的AIV、N6亚型且非H5亚型的AIV或非H5亚型且非N6亚型的AIV;

(c3)检测待测样本中是否含有H5N6亚型AIV和/或H5亚型且非N6亚型的AIV和/或N6亚型且非H5亚型的AIV和/或非H5亚型且非N6亚型的AIV。

本发明还保护所述试剂盒的制备方法,包括将各条引物单独包装的步骤。

本发明还保护一种鉴别H5N6亚型AIV、H5亚型且非N6亚型的AIV、N6亚型且非H5亚型的AIV和非H5亚型且非N6亚型的AIV的方法,包括如下步骤(d1)或(d2):

(d1)提取待测病毒的RNA并反转录为cDNA,以cDNA为模板,采用所述引物组合进行PCR扩增,得到PCR扩增产物,如果扩增产物中含有332bp的DNA片段、428bp的DNA片段和571bp的DNA片段、待测病毒为或候选为H5N6亚型AIV,如果扩增产物中含有332bp的DNA片段和571bp的DNA片段且不含有428bp的DNA片段、待测病毒为或候选为H5亚型且非N6亚型的AIV,如果扩增产物中含有428bp的DNA片段和571bp的DNA片段且不含有332bp的DNA片段、待测病毒为或候选为N6亚型且非H5亚型的AIV,如果扩增产物中含有571bp的DNA片段且不含有332bp的DNA片段和428bp的DNA片段、待测病毒为或候选为非N6亚型且非H5亚型的AIV;

(d2)检测待测病毒的cDNA中是否含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段、序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段或序列表中序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段,然后进行如下判断:如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段、序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段和序列表中序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段、待测病毒为或候选为H5N6亚型AIV,如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片 段和序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段且不含有序列表中序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段、待测病毒为或候选为H5亚型且非N6亚型的AIV,如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段和序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段且不含有序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段、待测病毒为或候选为N6亚型且非H5亚型的AIV,如果所述cDNA中含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段且不含有序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段且不含有序列表中序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段、待测病毒为或候选为非N6亚型且非H5亚型的AIV。

本发明还保护一种鉴定待测病毒是否为H5N6亚型AIV、H5亚型且非N6亚型的AIV、N6亚型且非H5亚型的AIV或非H5亚型且非N6亚型的AIV的方法,包括如下步骤(e1)或(e2):

(e1)提取待测病毒的RNA并反转录为cDNA,以cDNA为模板,采用所述引物组合进行PCR扩增,得到PCR扩增产物,如果扩增产物中含有332bp的DNA片段、428bp的DNA片段和571bp的DNA片段、待测病毒为或候选为H5N6亚型AIV,如果扩增产物中含有332bp的DNA片段和571bp的DNA片段且不含有428bp的DNA片段、待测病毒为或候选为H5亚型且非N6亚型的AIV,如果扩增产物中含有428bp的DNA片段和571bp的DNA片段且不含有332bp的DNA片段、待测病毒为或候选为N6亚型且非H5亚型的AIV,如果扩增产物中含有571bp的DNA片段且不含有332bp的DNA片段和428bp的DNA片段、待测病毒为或候选为非N6亚型且非H5亚型的AIV,如果扩增产物中不含有571bp的DNA片段、待测病毒为或候选为非AIV的病毒;

(e2)检测待测病毒的cDNA中是否含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段、序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段或序列表中序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段,然后进行如下判断:如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段、序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段和序列表中序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段、待测病毒为或候选为H5N6亚型AIV,如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段和序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段且不含有序列表中序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段、待测病毒为或候选为H5亚型且非N6亚型的AIV,如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段和序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段且不含有序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段、待测病毒为或候 选为N6亚型且非H5亚型的AIV,如果所述cDNA中含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段且不含有序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段且不含有序列表中序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段、待测病毒为或候选为非N6亚型且非H5亚型的AIV,如果所述cDNA中不含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段、待测病毒为或候选为非AIV的病毒。

本发明还保护一种检测待测样本中是否含有H5N6亚型AIV和/或H5亚型且非N6亚型的AIV和/或N6亚型且非H5亚型的AIV和/或非H5亚型且非N6亚型的AIV的方法,包括如下步骤(f1)或(f2):

(f1)提取待测病毒的RNA并反转录为cDNA,以cDNA为模板,采用所述引物组合进行PCR扩增,得到PCR扩增产物,如果扩增产物中含有332bp的DNA片段、428bp的DNA片段和571bp的DNA片段、待测样本为如下(g1)或(g2):(g1)疑似含有H5N6亚型AIV的待测样本;(g2)疑似含有H5亚型AIV和N6亚型AIV的待测样本,如果扩增产物中含有332bp的DNA片段和571bp的DNA片段且不含有428bp的DNA片段、待测样本疑似含有H5亚型且非N6亚型的AIV,如果扩增产物中含有428bp的DNA片段和571bp的DNA片段且不含有332bp的DNA片段、待测样本疑似含有N6亚型且非H5亚型的AIV,如果扩增产物中含有571bp的DNA片段且不含有332bp的DNA片段和428bp的DNA片段、待测样本疑似含有非N6亚型且非H5亚型的AIV,如果扩增产物中不含有571bp的DNA片段、待测样本疑似不含有AIV的病毒;

(f2)检测待测样本的cDNA中是否含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段、序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段或序列表中序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段,然后进行如下判断:如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段、序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段和序列表中序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段、待测样本为如下(g1)或(g2):(g1)疑似含有H5N6亚型AIV的待测样本;(g2)疑似含有H5亚型AIV和N6亚型AIV的待测样本,如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段和序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段且不含有序列表中序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段、待测样本疑似含有H5亚型且非N6亚型的AIV,如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段和序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段且不含有序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段、待测样本疑似含有N6亚型且非H5亚型的AIV,如果所述cDNA中含有序列表中序列10自5′末端 起第28至598位所示的DNA片段且不含有序列表中序列11自5′末端起第598至929位所示的DNA片段且不含有序列表中序列12自5′末端起第513至940位所示的DNA片段、待测样本疑似含有非N6亚型且非H5亚型的AIV,如果所述cDNA中不含有序列表中序列10自5′末端起第28至598位所示的DNA片段、待测样本疑似不含有AIV的病毒。

本发明还保护所述引物对I。

本发明还保护所述引物对I的应用,为如下(h1)或(h2):

(h1)鉴定待测病毒是否为AIV;

(h2)鉴定待测样本是否感染了AIV。

本发明还保护含有所述引物对I的试剂盒;所述试剂盒的用途为如下(h1)或(h2):

(h1)鉴定待测病毒是否为AIV;

(h2)鉴定待测样本是否感染了AIV。

本发明还保护所述引物对II。

本发明还保护所述引物对II的应用,为如下(h3)或(h4):

(h3)鉴定待测病毒是否为H5亚型AIV;

(h4)鉴定待测样本是否感染了H5亚型AIV。

本发明还保护含有所述引物对II的试剂盒;所述试剂盒的用途为如下(h3)或(h4):

(h3)鉴定待测病毒是否为H5亚型AIV;

(h4)鉴定待测样本是否感染了H5亚型AIV。

本发明还保护所述引物对IⅡ。

本发明还保护所述引物对IⅡ的应用,为如下(h5)或(h6):

(h5)鉴定待测病毒是否为N6亚型AIV;

(h6)鉴定待测样本是否感染了N6亚型AIV。

本发明还保护含有所述引物对II的试剂盒;所述试剂盒的用途为如下(h5)或(h6):

(h5)鉴定待测病毒是否为N6亚型AIV;

(h6)鉴定待测样本是否感染了N6亚型AIV。

以上任一所述待测病毒具体可为H5N6亚型AIV、H1N1亚型AIV、H2N3亚型AIV、H3N6亚型AIV、H4N6亚型AIV、H5N2亚型AIV、H6N6亚型AIV、H7N9亚型AIV、H8N4亚型AIV、H9N2亚型AIV、H9N6亚型AIV、H10N3亚型AIV、H11亚型AIV、H12N5亚型AIV、H13N6亚型AIV、H15N9亚型AIV、H3N2亚型AIV、新城疫病毒(NDV)、传染性支气管炎病毒(IBV)或传染性喉气管炎病毒(ILTV)。

以上任一所述PCR扩增的退火温度具体为53℃。

以上任一所述PCR扩增的反应体系中,引物组合中的各条引物的浓度如下:M-F 和M-R的浓度均为0.2pmol/μL,H5-F和H5-R的浓度均为0.2pmol/μL,N6-F和N6-R的浓度均为0.4pmol/μL。

以上任一所述PCR扩增的反应体系(25μL)具体可为:2×Easy Taq PCR 12.5μL,模板1μL,M-F、M-R各0.2μL,H5-F、H5-R各0.2μL,N6-F、N6-R各0.4μL,最后用ddH2O补足至25.0μL。

以上任一所述PCR扩增的反应程序具体可为:94℃预变性3min;94℃30s、53℃退火30s、72℃1min,进行35个循环;72℃延伸10min;4℃结束扩增。

本发明建立了H5亚型AIV、N6亚型AIV和AIV的三重PCR检测方法。对H5N6亚型AIV只需一管反应就可以快速鉴别,也可以把H5亚型和N6亚型单个感染以及其他亚型AIV感染鉴别出来,为快速诊断H5N6亚型AIV提供有力技术支撑。本研究构建的H5亚型AIV、N6亚型AIV和AIV三重PCR检测方法具有特异性强,灵敏度高,快速便捷的特点,特异性试验和敏感性试验扩增条带与预期结果一致,为早期诊断和临床检测提供参考依据。

附图说明

图1为实施例2中的三重PCR扩增结果图。

图2为实施例4中特异性实验三重PCR结果图。

图3为实施例5中灵敏度实验三重PCR结果图。

具体实施方式

以下的实施例便于更好地理解本发明,但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料,如无特殊说明,均为自常规生化试剂商店购买得到的。以下实施例中的定量试验,均设置三次重复实验,结果取平均值。

PMD18-T载体:宝生物工程(大连)有限公司。

H1N1亚型AIV毒株:参考文献:Yi P,Xie Z,Liu J,et al.Visual detection of H3 subtype avian influenza viruses by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay[J].Virology Journal,2011,8(1):1-10.,H1N1亚型AIV病毒株在参考文献中的名称为“A/Duck/Guangxi/030D/2009(H1N1)”;公众可从广西壮族自治区兽医研究所获得。

H2N3亚型AIV毒株:参考文献:Yi P,Xie Z,Liu J,et al.Visual detection of H3 subtype avian influenza viruses by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay[J].Viroloay Journal,2011,8(1):1-10.,H2N3亚型AIV病毒株在参考文献中的名称为“A/Mallard/Alberta/77(H2N3)”;公众可从广西壮族自治区兽医研究所获得。

H3N6亚型AIV毒株1:参考文献:刘婷婷,谢芝勋,宋德贵,等.H3亚型禽流感病毒的分离与鉴定[J].中国家禽,2015,37(19):64-67.H3N6亚型AIV病毒株在参考文献中的名称为“A/Pigeon/Guangxi/020P/2009(H3N6)”;公众可从广西壮族自治区兽医研究所获得。

H3N6亚型AIV毒株2:参考文献:刘婷婷,谢芝勋,宋德贵,等.H3亚型禽流感病毒的分离与鉴定[J].中国家禽,2015,37(19):64-67.H3N6亚型AIV病毒株在参考文献中的名称为“A/Duck/Guangxi/175D12/2014(H3N6)”;公众可从广西壮族自治区兽医研究所获得。

H4N6亚型AIV毒株:参考文献:Luo S,Xie Z,Xie L,et al.Reverse-transcription,loop-mediated isothermal amplification assay for the sensitive and rapid detection of H10 subtype avian influenza viruses[J].Virology Journal,2014,12(12):1-7.,H4N6亚型AIV病毒株在参考文献中的名称为“A/Duck/Guangxi/070D/2010(H4N6)”;公众可从广西壮族自治区兽医研究所获得。

H5N2亚型AIV毒株:参考文献:Yi P,Xie Z,Liu J,et al.Visual detection of H3 subtype avian influenza viruses by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay[J].Virology Journal,2011,8(1):1-10.,H5N2亚型AIV病毒株在参考文献中的名称为“A/Turkey/GA/209092/02(H5N2)”;公众可从广西壮族自治区兽医研究所获得。

H6N6亚型AIV毒株:参考文献:Luo S,Xie Z,Xie L,et al.Reverse-transcription,loop-mediated isothermal amplification assay for the sensitive and rapid detection of H10 subtype avian influenza viruses[J].Virology Journal,2014,12(12):1-7.,H6N6亚型AIV病毒株在参考文献中的名称为“A/duck/Guangxi/GXd-4/2009(H6N6)”;公众可从广西壮族自治区兽医研究所获得。

H7N9亚型AIV RNA:参考文献:罗思思等;H7亚型和N9亚型禽流感病毒RT-LAMP可视化检测方法的建立.畜牧兽医学报2015,46(7):1176-1183.;H7N9亚型AIV RNA在参考文献中的名称为“H7N9 RNA”;公众可从广西壮族自治区兽医研究所获得。

H8N4亚型AIV毒株:参考文献:Yi P,Xie Z,Liu J,et al.Visual detection of H3 subtype avian influenza viruses by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay[J].Virology Journal,2011,8(1):1-10.,H8N4亚型AIV病毒株在参考文献中的名称为“A/Turkey/Ontario/6118/67(H8N4)”;公众可从广西壮族自治区兽医研究所获得。

H9N2亚型AIV毒株:参考文献:Yi P,Xie Z,Liu J,et al.Visual detection of H3 subtype avian influenza viruses by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay[J].Virology Journal,2011,8(1):1-10.,H9N2亚型AIV病毒株在参考文献中的名称为“A/Duck/Guangxi/RX/09(H9N2)”;公众可从广西壮族自治区兽医研究所获得。

H9N6亚型AIV毒株:参考文献:Xie Z,Pang Y S,Liu J,et al.A multiplex RT-PCRfor detection of type a influenza virus and differentiation of avian H5.H7and H9 hemagglutinin subtypes[J].Mol Cell Probes,2006,20(3-4):245-249.H9N6亚型AIV病毒株在参考文献中的名称为“Duck/HK/147/77”;公众可从广西壮族自治区兽医研究所获得。

H10N3亚型AIV毒株:参考文献:Xie Z,PangYS,Liu J,et al.A multiplex RT-PCR for detection of type a influenza virus and differentiation of avian H5.H7and H9 hemagglutinin subtypes[J].Mol Cell Probes,2006,20(3-4):245-249.,H10N3亚型AIV病毒株在参考文献中的名称为“Duck/HK/876/80”;公众可从广西壮族自治区兽医研究所获得。

H11亚型AIV毒株:参考文献:Yi P,Xie Z,Liu J,et al.Visual detection of H3 subtype avian influenza viruses by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay[J].Virology Journal,2011,8(1):1-10.,H11亚型AIV病毒株在参考文献中的名称为“A/Chicken/Guangxi/43C/09(H11)”;公众可从广西壮族自治区兽医研究所获得。

H12N5亚型AIV毒株:参考文献:Yi P,Xie Z,Liu J,et al.Visual detection of H3 subtype avian influenza viruses by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay[J].Virology Journal,2011,8(1):1-10.,H12N5亚型AIV病毒株在参考文献中的名称为“A/Duck/Alberta/60/76(H12N5)”;公众可从广西壮族自治区兽医研究所获得

H13N6亚型AIV毒株:参考文献:Yi P,Xie Z,Liu J,et al.Visual detection of H3subtype avian influenza viruses by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay[J].Virology Journal,2011,8(1):1-10.,H13N6亚型AIV病毒株在参考文献中的名称为“A/Gull/MD/704/77(H13N6)”;公众可从广西壮族自治区兽医研究所获得。

H15N9亚型AIV毒株:参考文献:Luo S,Xie Z,Xie L,et al.Reverse-transcription,loop-mediated isothermal amplification assay for the sensitive and rapid detection of H10 subtype avian influenza viruses[J].Virology Journal,2014,12(12):1-7.,H15N9亚型AIV病毒株在参考文献中的名称为“A/wedge-tgiled shearwater/Western Australia/2576/1979(H15N9)”;公众可从 广西壮族自治区兽医研究所获得。

H3N2亚型AIV毒株:参考文献:Yi P,Xie Z,Liu J,et al.Visual detection of H3 subtype avian influenza viruses by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay[J].Virology Journal,2011,8(1):1-10.,H3N2亚型AIV病毒株在参考文献中的名称为“A/Duck/Guangxi/N42/2009(H3N2)”;公众可从广西壮族自治区兽医研究所获得。

新城疫病毒(NDV):参考文献:Yi P,Xie Z,Liu J,et al.Visual detection 0f H3 subtype avian influenza viruses by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay[J].Virology Journal,2011,8(1):1-10.,新城疫病毒(NDV)在参考文献中的名称为“Newcastle disease virus(Lasota)”;公众可从广西壮族自治区兽医研究所获得。

传染性支气管炎病毒(IBV):参考文献:Yi P,Xie Z,Liu J,et al.Visual detection of H3 subtype avian influenza viruses by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay[J].Virology Journal,2011,8(1):1-10.,传染性支气管炎病毒(IBV)在参考文献中的名称为“Infectious bronchitis virus(M41)”;公众可从广西壮族自治区兽医研究所获得。

传染性喉气管炎病毒(ILTV):参考文献:Yi P,Xie Z,Liu J,et al.Visual detection of H3 subtype avian influenza viruses by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay[J].Virology Journal,2011,8(1):1-10.,传染性喉气管炎病毒(ILTV)在参考文献中的名称为“Infectious Laryngotracheitis virus”;公众可从广西壮族自治区兽医研究所获得。

鸡毒支原体(MG):参考文献:Yi P,Xie Z,Liu J,et al.Visual detection of H3 subtype avian influenza viruses by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay[J].Virology Journal,2011,8(1):1-10.,鸡毒支原体(MG)在参考文献中的名称为“Mycoplasma gallisepticum(S6)”;公众可从广西壮族自治区兽医研究所获得。

实施例1、引物设计

进行大量序列分析、比对获得了用于鉴定AIV、H5亚型AIV和N6亚型AIV的若干引物。将各个引物进行预实验,比较灵敏度、特异性等性能,最终得到用于鉴定AIV的一对引物、用于鉴定H5亚型AIV的一对引物和用于鉴定N6亚型AIV的一对引物。

用于鉴定AIV的特异性引物对由如下两条引物组成(5’→3’):

M-F(序列表的序列1):GAGTCTTCTAACCGAGGTCGAAA;

M-R(序列表的序列2):CTGCTCCATAGCCTTAGCTGTAG;

用于鉴定H5亚型AIV的特异性引物对由如下两条引物组成(5’→3’):

H5-F(序列表的序列3):ACTGTGGGGGATTCACCATTC;

H5-R(序列表的序列4):TCGCCCCTATTGGAGTTTGAC;

用于鉴定N6亚型AIV的特异性引物对由如下两条引物组成(5’→3’):

N6-F(序列表的序列5):AGTTGGGAAATGGGTCAAGCA;

N6-R(序列表的序列6):GGTCTATTTGCCCCCTTCCAA;

用于鉴定AIV的引物对命名为引物对I。

用于鉴定H5亚型AIV的引物对命名为引物对II。

用于鉴定N6亚型AIV的引物对命名为引物对IⅡ。

引物组合由引物对I、引物对II和引物对IⅡ组成。

实施例2、三重PCR反应条件优化

一、模板制备

1、提取H5N2亚型AIV的总RNA,反转录为cDNA。

2、提取H13N6亚型AIV的总RNA,反转录为cDNA。

3、以步骤1得到的cDNA为模板,采用引物M-1和引物M-2进行PCR扩增,得到扩增产物(序列表的序列10),产物回收纯化后与PMD18-T载体连接,得到重组质粒PMD18-T-M,浓度为12.63×1016拷贝/μL。

M-1:5’-AGCAAAAGCAGGATAG-3’;

M-2:5’-AGTAGAAACAAGGTAGTTTTT-3’;

4、以步骤1得到的cDNA为模板,采用引物HA-1和引物HA-2进行PCR扩增,得到扩增产物(序列表的序列11),产物回收纯化后与PMD18-T载体连接,得到重组质粒PMD18-T-H5,浓度为10.9×1015拷贝/μL。

HA-1:5’-AGCAAAAGCAGGGG-3’;

HA-2:5’-AGTAGAAACAAGGGTGTTTT-3’;

5、以步骤2得到的cDNA为模板,采用引物NA-1和引物NA-2进行PCR扩增,得到扩增产物(序列表的序列12),产物回收纯化后与PMD18-T载体连接,得到重组质粒PMD18-T-N6,浓度为10.1×1015拷贝/μL。

NA-1:5’-TATTCGTCTCAGGGAGCGAAAGCAGGGTGAAAATG-3’;

NA-2:5’-ATATCGTCTGTATTAGTAGAAACAAGGGTGTTTT-3’;

6、将重组质粒PMD18-T-M、重组质粒PMD18-T-H5和重组质粒PMD18-T-N6分别稀 释成8.41×1010拷贝/μL,按照拷贝数1∶1∶1比例混合,得到混合质粒DNA。

二、引物浓度优化

取步骤一得到的混合质粒DNA作为模板,采用实施例1制备的引物组合进行三重PCR。

三重PCR的反应体系(25.0μL):2×Easy Taq PCR 12.5μL,模板1μL(重组质粒PMD18-T-M、重组质粒PMD18-T-H5和重组质粒PMD18-T-N6均为8.41×1010拷贝/μL),M-F、M-R各0.2μL,H5-F、H5-R各0.2μL,N6-F、N6-R各0.4μL,最后用ddH2O补足至25.0μL。

设置不同的引物浓度,设置方法如表1所示,按照表1所示的3个因素设置216个处理组。

表1引物在反应体系中的浓度

三重PCR的反应程序:94℃预变性3min;94℃30s、53℃退火30s、72℃1min,进行35个循环;72℃延伸10min;4℃结束扩增。

将三重PCR的扩增产物进行1.0%琼脂糖凝胶电泳。

根据电泳结果,选择扩增效果最佳的引物浓度:M-F和M-R的优选浓度均为0.2pmol/μL,H5-F和H5-R的优选浓度均为0.2pmol/μL,N6-F和N6-R的优选浓度均为0.4pmol/μL。

三、退火温度优化

取步骤一得到的混合质粒DNA作为模板,采用实施例1制备的引物组合进行三重PCR。

三重PCR的反应体系(25.0μL):2×Easy Taq PCR 12.5μL,模板1μL(重组质粒PMD18-T-M、重组质粒PMD18-T-H5和重组质粒PMD18-T-N6均为8.41×1010拷贝/μL),M-F、M-R各0.2μL,H5-F、H5-R各0.2μL,N6-F、N6-R各0.4μL,最后用ddH2O补足至25.0μL。三重PCR的反应体系中,M-F和M-R的浓度均为0.2pmol/μL,H5-F和H5-R的浓度均为0.2pmol/μL,N6-F和N6-R的浓度均为0.4pmol/μL。

三重PCR的反应程序:94℃预变性3min;94℃30s、退火30s、72℃1min,进行35个循环;72℃延伸10min;4℃结束扩增。

分别设置如下退火温度:

退火温度I:52℃;

退火温度II:53℃;

退火温度IⅡ:54℃;

退火温度Ⅳ:55℃;

退火温度V:56℃;

退火温度VI:57℃;

退火温度VII:58℃;

将三重PCR的扩增产物进行1.0%琼脂糖凝胶电泳。

根据电泳结果,选择扩增效果最佳的退火温度为53℃。

综合步骤二和步骤三,得到如下结论:三重PCR反应体系中,M-F和M-R的优选浓度均为0.2pmol/μL,H5-F和H5-R的优选浓度均为0.2pmol/μL,N6-F和N6-R的优选浓度均为0.4pmol/μL;三重PCR的优选反应程序为:94℃预变性3min;94℃30s、53℃退火30s、72℃1min,进行35个循环;72℃延伸10min;4℃结束扩增。

四、优化条件验证

待测样本为:步骤一制备的重组质粒PMD18-T-M、步骤一制备的重组质粒PMD18-T-H5、步骤一制备的重组质粒PMD18-T-N6。

1、将重组质粒PMD18-T-M、重组质粒PMD18-T-H5和重组质粒PMD18-T-N6分别稀释成8.41×1010拷贝/μL。

2、将步骤1的重组质粒PMD18-T-M、重组质粒PMD18-T-H5和重组质粒PMD18-T-N6按照拷贝数1∶1∶1比例混合,得到混合质粒DNA。

3、分别以步骤1的各个质粒DNA和步骤2的混合质粒DNA作为模板,采用实施例1制备的引物组合进行三重PCR。

三重PCR的反应体系(25.0μL):2×Easy Taq PCR 12.5μL,模板lμL,M-F、M-R各0.2μL,H5-F、H5-R各0.2μL,N6-F、N6-R各0.4μL,最后用ddH2O补足至25.0μL。三重PCR的反应体系中,M-F和M-R的浓度均为0.2pmol/μL,H5-F和H5-R的浓度均为0.2pmol/μL,N6-F和N6-R的浓度均为0.4pmol/μL。设置用等体积水代替待测样本的阴性对照。

模板为步骤1的重组质粒PMD18-T-M、重组质粒PMD18-T-H5或重组质粒PMD18-T-N6时,lμL模板中重组质粒DNA的浓度为8.41×1010拷贝/μL。

模板为步骤2的混合质粒DNA时,1μL模板中混合质粒DNA的浓度为8.41×1010拷 贝/μL。

三重PCR的反应程序为:94℃预变性3min;94℃30s、53℃退火30s、72℃1min,进行35个循环;72℃延伸10min;4℃结束扩增。

将三重PCR的扩增产物进行1.0%琼脂糖凝胶电泳。

结果如图1所示。图1中,M为DL1000DNA Maker,泳道1为阴性对照,泳道2为混合质粒DNA的三重PCR的扩增产物,泳道3为重组质粒PMD18-T-H5DNA的三重PCR的扩增产物,泳道4为重组质粒PMD18-T-N6DNA的三重PCR的扩增产物,泳道5为重组质粒PMD18-T-M DNA的三重PCR的扩增产物。使用三重PCR对混合质粒扩增结果出现3条特异性条带(条带A:332bp、条带B:428bp和条带C:571bp);对重组质粒PMD18-T-H5扩增结果出现2条特异性条带(条带A:332bp和条带C:571bp);对重组质粒PMD18-T-N6扩增结果出现2条特异性条带(条带B:428bp和条带C:571bp),对重组质粒PMD18-T-M扩增出现1条特异性条带(条带C:571bp)。将扩增产物测序,条带A对应的测序结果序列如序列8所示,条带B对应的测序结果序列如序列9所示,条带C对应的测序结果序列如序列7所示。

实施例3、三重PCR检测方法建立

一、根据实施例2的条件优化结果,确立如下检测待测病毒的方法:

1、提取待测病毒的总RNA,并反转录成cDNA。

2、以步骤1得到的cDNA为模板,采用实施例1的引物组合进行三重PCR扩增。

三重PCR的反应体系(25.0μL):2×Easy Taq PCR 12.5μL,模板1μL,M-F、M-R各0.2μL,H5-F、H5-R各0.2μL,N6-F、N6-R各0.4μL,最后用ddH2O补足至25.0μL。三重PCR的反应体系中,M-F和M-R的浓度均为0.2pmol/μ,H5-F和H5-R的浓度均为0.2pmol/μL,N6-F和N6-R的浓度均为0.4pmol/μL。

三重PCR的反应程序为:94℃预变性3min;94℃30s、53℃退火30s、72℃1min,进行35个循环;72℃延伸10min;4℃结束扩增。

3、将三重PCR的扩增产物进行1.0%琼脂糖凝胶电泳,根据电泳结果进行判断,判断方法如下:

如果扩增产物中含有332bp的DNA片段、428bp的DNA片段和571bp的DNA片段,待测病毒为或候选为H5N6亚型AIV;

如果扩增产物中含有332bp的DNA片段和571bp的DNA片段、不含有428bp的DNA片段,待测病毒为或候选为H5亚型且非N6亚型的AIV;

如果扩增产物中含有428bp的DNA片段和571bp的DNA片段、不含有332bp的DNA片段,待测病毒为或候选为N6亚型且非H5亚型的AIV;

如果扩增产物中含有571bp的DNA片段、不含有332bp的DNA片段和428bp的DNA片段,待测病毒为或候选为非N6亚型且非H5亚型的AIV;

如果扩增产物中不含有571bp的DNA片段,待测病毒为或候选为非AIV的病毒。

二、根据实施例2的条件优化结果,确立如下检测待测样本的方法:

1、提取待测样本的总RNA,并反转录成cDNA。

2、以步骤1得到的cDNA为模板,采用实施例1的引物组合进行三重PCR扩增。

三重PCR的反应体系(25.0μL):2×Easy Taq PCR 12.5μL,模板1μL,M-F、M-R各0.2μL,H5-F、H5-R各0.2μL,N6-F、N6-R各0.4μL,最后用ddH2O补足至25.0μL。三重PCR的反应体系中,M-F和M-R的浓度均为0.2pmol/μL,H5-F和H5-R的浓度均为0.2pmol/μL,N6-F和N6-R的浓度均为0.4pmol/μL。

三重PCR的反应程序为:94℃预变性3min;94℃30s、53℃退火30s、72℃1min,进行35个循环;72℃延伸10min;4℃结束扩增。

3、将三重PCR的扩增产物进行1.0%琼脂糖凝胶电泳,根据电泳结果进行判断,判断方法如下:

如果扩增产物中含有332bp的DNA片段、428bp的DNA片段和571bp的DNA片段,待测样本为如下(1)或(2):(1)疑似含有H5N6亚型AIV的待测样本;(2)疑似含有H5亚型AIV和N6亚型AIV的待测样本;

如果扩增产物中含有332bp的DNA片段和571bp的DNA片段、不含有428bp的DNA片段,待测样本疑似含有H5亚型且非N6亚型的AIV;

如果扩增产物中含有428bp的DNA片段和571bp的DNA片段、不含有332bp的DNA片段,待测样本疑似含有N6亚型且非H5亚型的AIV;

如果扩增产物中含有571bp的DNA片段、不含有332bp的DNA片段和428bp的DNA片段,待测样本疑似含有非N6亚型且非H5亚型的AIV;

如果扩增产物中不含有571bp的DNA片段,待测样本疑似不含有AIV。

实施例4、特异性

待测样本为:待测样本为:H1N1亚型AIV毒株、H2N3亚型AIV毒株、H3N6亚型AIV毒株1、H4N6亚型AIV毒株、H5N2亚型AIV毒株、H6N6亚型AIV毒株、H7N9亚型AIV RNA、H8N4亚型AIV毒株、H9N2亚型AIV毒株、H9N6亚型AIV毒株、H10N3亚型AIV毒株、H11亚型AIV毒株、H12N5亚型AIV毒株、H13N6亚型AIV毒株、H3N6亚型AIV毒株2、H15N9亚型AIV毒株、H3N2亚型AIV毒株、新城疫病毒(NDV)、传染性支气管炎病毒(IBV)、传染性喉气管炎病毒(ILTV)、鸡毒支原体(MG)。

1、提取待测样本的基因组DNA。待测样本分别为:传染性喉气管炎病毒(ILTV)、 鸡毒支原体(MG)。

2、提取待测样本的总RNA,并反转录成cDNA。待测样本分别为:H1N1亚型AIV毒株、H2N3亚型AIV毒株、H3N6亚型AIV毒株1、H4N6亚型AIV毒株、H5N2亚型AIV毒株、H6N6亚型AIV毒株、H8N4亚型AIV毒株、H9N2亚型AIV毒株、H9N6亚型AIV毒株、H10N3亚型AIV毒株、H11亚型AIV毒株、H12N5亚型AIV毒株、H13N6亚型AIV毒株、H3N6亚型AIV毒株2、H15N9亚型AIV毒株、H3N2亚型AIV毒株、新城疫病毒(NDV)、传染性支气管炎病毒(IBV)。

3、将H7N9亚型AIV RNA反转录成cDNA。

4、分别将步骤1得到的各个基因组DNA样本、步骤2得到的各个cDNA样本和步骤3得到的cDNA作为模板,采用实施例1制备的引物组合进行三重PCR。

三重PCR的反应体系(25.0μL):2×Easy Taq PCR 12.5μL,模板1μL,M-F、M-R各0.2μL,H5-F、H5-R各0.2μL,N6-F、N6-R各0.4μL,最后用ddH2O补足至25.0μL。三重PCR的反应体系中,M-F和M-R的浓度均为0.2pmol/μL,H5-F和H5-R的浓度均为0.2pmol/μL,N6-F和N6-R的浓度均为0.4pmol/μL。设置用H5N2亚型AIV毒株cDNA和H13N6亚型AIV毒株cDNA按照拷贝数1∶1比例混合的混合物代替待测样本的阳性对照A,设置用重组质粒PMD18-T-H5和重组质粒PMD18-T-N6按照拷贝数1∶1比例混合的混合物代替待测样本的阳性对照B。设置用等体积水代替待测样本的阴性对照。

模板为传染性喉气管炎病毒(ILTV)的基因组DNA时,1μL模板中的DNA含量为890μg;

模板为鸡毒支原体(MG)的基因组DNA时,1μL模板中的DNA含量为924μg;

模板为H1N1亚型AIV毒株的cDNA时,1μL模板中的DNA含量为1055μg;

模板为H2N3亚型AIV毒株的cDNA时,1μL模板中的DNA含量为1060μg;

模板为H3N2亚型AIV毒株的cDNA时,1μL模板中的DNA含量为1054μg;

模板为H3N6亚型AIV毒株1的cDNA时,1μL模板中的DNA含量为1067μg;

模板为H4N6亚型AIV毒株的cDNA时,1μL模板中的DNA含量为1046μg;

模板为H5N2亚型AIV毒株的cDNA时,1μL模板中的DNA含量为1078μg;

模板为H6N6亚型AIV毒株的cDNA时,1μL模板中的DNA含量为1068μg;

模板为H7N9亚型AIV的cDNA时,1μL模板中的DNA含量为1070μg;

模板为H8N4亚型AIV毒株的cDNA时,1μL模板中的DNA含量为1056μg;

模板为H9N2亚型AIV毒株的cDNA时,1μL模板中的DNA含量为1069μg;

模板为H9N6亚型AIV毒株的cDNA时,1μL模板中的DNA含量为1087μg;

模板为H10N3亚型AIV毒株的cDNA时,1μL模板中的DNA含量为1060μg;

模板为H11亚型AIV毒株的eDNA时,1μL模板中的DNA含量为1053μg;

模板为H12N5亚型AIV毒株的cDNA时,1μL模板中的DNA含量为1063μg;

模板为H13N6亚型AIV毒株的eDNA时,1μL模板中的DNA含量为1065μg;

模板为H3N6亚型AIV毒株2的cDNA时,1μL模板中的DNA含量为1068μg;

模板为H15N9亚型AIV毒株的cDNA时,1μL模板中的DNA含量为1063μg;

模板为新城疫病毒(NDV)的cDNA时,1μL模板中的DNA含量为1080μg;

模板为传染性支气管炎病毒(IBV)的cDNA时,1μL模板中的DNA含量1083μg;

三重PCR的反应程序为:94℃预变性3min;94℃30s、53℃退火30s、72℃1min,进行35个循环;72℃延伸10min;4℃结束扩增。

将三重PCR的扩增产物进行1.0%琼脂糖凝胶电泳并拍照。

结果见图2。图2中,M为DL1000DNA Maker,泳道1为阳性对照A三重PCR的扩增产物,泳道B为阳性对照B三重PCR的扩增产物,泳道3为H1N1亚型AIV毒株cDNA的三重PCR的扩增产物,泳道4为H2N3亚型AIV毒株cDNA的三重PCR的扩增产物,泳道5为H3N6亚型AIV毒株1cDNA的三重PCR的扩增产物,泳道6为H4N6亚型AIV毒株cDNA的三重PCR的扩增产物,泳道7为H5N2亚型AIV毒株cDNA的三重PCR的扩增产物,泳道8为H6N6亚型AIV毒株cDNA的三重PCR的扩增产物,泳道9为H7N9亚型AIV cDNA的三重PCR的扩增产物,泳道10为H8N4亚型AIV毒株cDNA的三重PCR的扩增产物,泳道11为H9N6亚型AIV毒株cDNA的三重PCR的扩增产物,泳道12为H10N3亚型AIV毒株cDNA的三重PCR的扩增产物,泳道13为H11亚型AIV毒株cDNA的三重PCR的扩增产物,泳道14为H12N5亚型AIV毒株cDNA的三重PCR的扩增产物,泳道15为H13N6亚型AIV毒株cDNA的三重PCR的扩增产物,泳道16为H3N6亚型AIV毒株2cDNA的三重PCR的扩增产物,泳道17为H15N9亚型AIV毒株cDNA的三重PCR的扩增产物,泳道18为H3N2亚型AIV毒株cDNA的三重PCR的扩增产物,泳道19为H9N2亚型AIV毒株cDNA的三重PCR的扩增产物,泳道20为新城疫病毒cDNA的三重PCR的扩增产物,泳道21为传染性支气管炎病毒cDNA的三重PCR的扩增产物,泳道22为传染性喉气管炎病毒基因组DNA的三重PCR的扩增产物,泳道23为鸡毒支原体基因组DNA的三重PCR的扩增产物,泳道24为阴性对照。结果表明,使用三重PCR对阳性对照A和阳性对照B扩增结果出现3条特异性条带(332bp、428bp和571bp);对H5N2亚型AIV扩增结果出现2条特异性条带(332bp和571bp);对H3N6、H4N6、H6N6、H9N6、H13N6亚型AIV扩增结果出现2条特异性条带(428bp和571bp),对其他亚型AIV扩增出现1条特异性条带(571bp);对常见的禽类疾病病毒的扩增均未出现条带,而对其他病毒及支原体没有出现条带。

实施例5、灵敏度

1、按照实施例2的步骤一的方法制备混合质粒DNA。

2、用ddH2O 10倍梯度稀释步骤1得到的混合质粒DNA,得到各个稀释液。

3、以步骤2得到的各稀释液作为模板,采用实施例1制备的引物组合进行三重PCR。

三重PCR的反应体系(25.0μL):2×Easy Taq PCR 12.5μL,模板1μL,M-F、M-R各0.2μL,H5-F、H5-R各0.2μL,N6-F、N6-R各0.4μL,最后用ddH2O补足至25.0μL。三重PCR的反应体系中,M-F和M-R的浓度均为0.2pmol/μL,H5-F和H5-R的浓度均为0.2pmol/μL,N6-F和N6-R的浓度均为0.4pmol/μL。设置用等体积水代替待测样本的阴性对照。

由于采用的稀释液不同,形成如下不同的反应体系:

反应体系1中,混合质粒DNA中每种质粒DNA的初始浓度为:2×107拷贝/μL;

反应体系2中,混合质粒DNA中每种质粒DNA的初始浓度为:2×106拷贝/μL;

反应体系3中,混合质粒DNA中每种质粒DNA的初始浓度为:2×105拷贝/μL;

反应体系4中,混合质粒DNA中每种质粒DNA的初始浓度为:2×104拷贝/μL;

反应体系5中,混合质粒DNA中每种质粒DNA的初始浓度为:2×103拷贝/μL;

反应体系6中,混合质粒DNA中每种质粒DNA的初始浓度为:2×102拷贝/μL;

反应体系7中,混合质粒DNA中每种质粒DNA的初始浓度为:20拷贝/μL;

三重PCR的反应程序为:94℃预变性3min;94℃30s、53℃退火30s、72℃1min,进行35个循环;72℃延伸10min;4℃结束扩增。

将三重PCR的扩增产物进行1.0%琼脂糖凝胶电泳并拍照。

结果见图3。图3中,M为DL1000DNA Maker,泳道1-7依次对应采用反应体系1-7时三重PCR的扩增产物,泳道8为阴性对照。结果表明,使用三重PCR检测AIV时,检测所需的最低模板含量为2×103个拷贝;使用三重PCR检测H5亚型的AIV和N6亚型的AIV时,检测所需的最低模板含量为2×102个拷贝。

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1、(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请号 201610554720.1 (22)申请日 2016.07.14 (71)申请人 广西壮族自治区兽医研究所 地址 530001 广西壮族自治区南宁市友爱 北路51号 (72)发明人 谢芝勋何莹罗思思李孟 谢志勤谢丽基黄莉邓显文 黄娇玲张艳芳曾婷婷 (74)专利代理机构 北京纪凯知识产权代理有限 公司 11245 代理人 关畅何叶喧 (51)Int.Cl. C12Q 1/70(2006.01) C12Q 1/68(2006.01) C12N 15/11(2006.01) C12R。

2、 1/93(2006.01) (54)发明名称 一种鉴定H5亚型AIV、 N6亚型AIV和AIV的引 物组合及其应用 (57)摘要 本发明公开了一种鉴定H5亚型AIV、 N6亚型 AIV和AIV的引物组合及其应用。 本发明的引物组 合由引物对I、 引物对II和引物对III组成。 引物 对I由引物M-F和M-R组成, 分别如序列表1、 2所 示。 引物对II由引物H5-F和H5-R组成, 分别如序 列表3、 4所示。 引物对III由引物N6-F和N6-R组 成, 分别如序列表5、 6所示。 本发明还保护所述引 物组合在鉴别H5亚型AIV、 N6亚型AIV和AIV中的 应用。 本研究构建的H5亚型。

3、AIV、 N6亚型AIV和AIV 的三重PCR检测方法具有特异性强, 灵敏度高, 快 速便捷的特点, 为快速诊断H5N6亚型AIV提供有 力技术支撑, 为早期诊断和临床检测提供参考依 据。 权利要求书5页 说明书15页 序列表8页 附图1页 CN 105950789 A 2016.09.21 CN 105950789 A 1.引物组合, 由引物对I、 引物对II和引物对III组成; 所述引物对I由引物M-F和引物M-R组成; 所述引物M-F为如下(a1)或(a2); (a1)序列表的序列1所示的单链DNA分子; (a2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同 。

4、功能的DNA分子; 所述引物M-R为如下(a3)或(a4); (a3)序列表的序列2所示的单链DNA分子; (a4)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同 功能的DNA分子; 所述引物对II由引物H5-F和引物H5-R组成; 所述引物H5-F为如下(a5)或(a6); (a5)序列表的序列3所示的单链DNA分子; (a6)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同 功能的DNA分子; 所述引物H5-R为如下(a7)或(a8); (a7)序列表的序列4所示的单链DNA分子; (a8)将序列4经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或。

5、添加且与序列4具有相同 功能的DNA分子; 所述引物对III由引物N6-F和引物N6-R组成; 所述引物N6-F为如下(a9)或(a10); (a9)序列表的序列5所示的单链DNA分子; (a10)将序列5经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列5具有相同 功能的DNA分子; 所述引物N6-R为如下(a11)或(a12); (a11)序列表的序列6所示的单链DNA分子; (a12)将序列6经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列6具有相同 功能的DNA分子。 2.权利要求1所述引物组合的应用, 为如下(b1)至(b6)中的任意一种: (b1)鉴别H5N6亚型AIV、。

6、 H5亚型且非N6亚型的AIV、 N6亚型且非H5亚型的AIV和非H5亚型 且非N6亚型的AIV; (b2)制备用于鉴别H5N6亚型AIV、 H5亚型且非N6亚型的AIV、 N6亚型且非H5亚型的AIV和 非H5亚型且非N6亚型的AIV的试剂盒; (b3)鉴定待测病毒是否为H5N6亚型AIV、 H5亚型且非N6亚型的AIV、 N6亚型且非H5亚型 的AIV或非H5亚型且非N6亚型的AIV; (b4)制备用于鉴定待测病毒是否为H5N6亚型AIV、 H5亚型且非N6亚型的AIV、 N6亚型且 非H5亚型的AIV或非H5亚型且非N6亚型的AIV的试剂盒; (b5)检测待测样本中是否含有H5N6亚型A。

7、IV和/或H5亚型且非N6亚型的AIV和/或N6亚 型且非H5亚型的AIV和/或非H5亚型且非N6亚型的AIV; 权利要求书 1/5 页 2 CN 105950789 A 2 (b6)制备检测待测样本中是否含有H5N6亚型AIV和/或H5亚型且非N6亚型的AIV和/或 N6亚型且非H5亚型的AIV和/或非H5亚型且非N6亚型的AIV的试剂盒。 3.含有权利要求1所述引物组合的试剂盒; 所述试剂盒的用途为如下(c1)或(c2)或 (c3): (c1)鉴别H5N6亚型AIV、 H5亚型且非N6亚型的AIV、 N6亚型且非H5亚型的AIV和非H5亚型 且非N6亚型的AIV; (c2)鉴定待测病毒是否。

8、为H5N6亚型AIV、 H5亚型且非N6亚型的AIV、 N6亚型且非H5亚型 的AIV或非H5亚型且非N6亚型的AIV; (c3)检测待测样本中是否含有H5N6亚型AIV和/或H5亚型且非N6亚型的AIV和/或N6亚 型且非H5亚型的AIV和/或非H5亚型且非N6亚型的AIV。 4.权利要求3所述试剂盒的制备方法, 包括将各条引物单独包装的步骤。 5.一种鉴别H5N6亚型AIV、 H5亚型且非N6亚型的AIV、 N6亚型且非H5亚型的AIV和非H5亚 型且非N6亚型的AIV的方法, 包括如下步骤(d1)或(d2): (d1)提取待测病毒的RNA并反转录为cDNA, 以cDNA为模板, 采用权利。

9、要求1所述引物组 合进行PCR扩增, 得到PCR扩增产物, 如果扩增产物中含有332bp的DNA片段、 428bp的DNA片段 和571bp的DNA片段、 待测病毒为或候选为H5N6亚型AIV, 如果扩增产物中含有332bp的DNA片 段和571bp的DNA片段且不含有428bp的DNA片段、 待测病毒为或候选为H5亚型且非N6亚型的 AIV, 如果扩增产物中含有428bp的DNA片段和571bp的DNA片段且不含有332bp的DNA片段、 待 测病毒为或候选为N6亚型且非H5亚型的AIV, 如果扩增产物中含有571bp的DNA片段且不含 有332bp的DNA片段和428bp的DNA片段、 待。

10、测病毒为或候选为非N6亚型且非H5亚型的AIV; (d2)检测待测病毒的cDNA中是否含有序列表中序列10自5 末端起第28至598位所示的 DNA片段、 序列表中序列11自5 末端起第598至929位所示的DNA片段或序列表中序列12自5 末端起第513至940位所示的DNA片段, 然后进行如下判断: 如果所述cDNA中同时含有序列表 中序列10自5 末端起第28至598位所示的DNA片段、 序列表中序列11自5 末端起第598至929 位所示的DNA片段和序列表中序列12自5 末端起第513至940位所示的DNA片段、 待测病毒为 或候选为H5N6亚型AIV, 如果所述cDNA中同时含有序。

11、列表中序列10自5 末端起第28至598位 所示的DNA片段和序列表中序列11自5 末端起第598至929位所示的DNA片段且不含有序列 表中序列12自5 末端起第513至940位所示的DNA片段、 待测病毒为或候选为H5亚型且非N6 亚型的AIV, 如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5 末端起第28至598位所示的DNA 片段和序列12自5 末端起第513至940位所示的DNA片段且不含有序列表中序列11自5 末端 起第598至929位所示的DNA片段、 待测病毒为或候选为N6亚型且非H5亚型的AIV, 如果所述 cDNA中含有序列表中序列10自5 末端起第28至598位所示的DN。

12、A片段且不含有序列表中序 列11自5 末端起第598至929位所示的DNA片段且不含有序列表中序列12自5 末端起第513 至940位所示的DNA片段、 待测病毒为或候选为非N6亚型且非H5亚型的AIV。 6.一种鉴定待测病毒是否为H5N6亚型AIV、 H5亚型且非N6亚型的AIV、 N6亚型且非H5亚 型的AIV或非H5亚型且非N6亚型的AIV的方法, 包括如下步骤(e1)或(e2): (e1)提取待测病毒的RNA并反转录为cDNA, 以cDNA为模板, 采用权利要求1所述引物组 合进行PCR扩增, 得到PCR扩增产物, 如果扩增产物中含有332bp的DNA片段、 428bp的DNA片段 和。

13、571bp的DNA片段、 待测病毒为或候选为H5N6亚型AIV, 如果扩增产物中含有332bp的DNA片 权利要求书 2/5 页 3 CN 105950789 A 3 段和571bp的DNA片段且不含有428bp的DNA片段、 待测病毒为或候选为H5亚型且非N6亚型的 AIV, 如果扩增产物中含有428bp的DNA片段和571bp的DNA片段且不含有332bp的DNA片段、 待 测病毒为或候选为N6亚型且非H5亚型的AIV, 如果扩增产物中含有571bp的DNA片段且不含 有332bp的DNA片段和428bp的DNA片段、 待测病毒为或候选为非N6亚型且非H5亚型的AIV, 如 果扩增产物中不。

14、含有571bp的DNA片段、 待测病毒为或候选为非AIV的病毒; (e2)检测待测病毒的cDNA中是否含有序列表中序列10自5 末端起第28至598位所示的 DNA片段、 序列表中序列11自5 末端起第598至929位所示的DNA片段或序列表中序列12自5 末端起第513至940位所示的DNA片段, 然后进行如下判断: 如果所述cDNA中同时含有序列表 中序列10自5 末端起第28至598位所示的DNA片段、 序列表中序列11自5 末端起第598至929 位所示的DNA片段和序列表中序列12自5 末端起第513至940位所示的DNA片段、 待测病毒为 或候选为H5N6亚型AIV, 如果所述cD。

15、NA中同时含有序列表中序列10自5 末端起第28至598位 所示的DNA片段和序列表中序列11自5 末端起第598至929位所示的DNA片段且不含有序列 表中序列12自5 末端起第513至940位所示的DNA片段、 待测病毒为或候选为H5亚型且非N6 亚型的AIV, 如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5 末端起第28至598位所示的DNA 片段和序列12自5 末端起第513至940位所示的DNA片段且不含有序列表中序列11自5 末端 起第598至929位所示的DNA片段、 待测病毒为或候选为N6亚型且非H5亚型的AIV, 如果所述 cDNA中含有序列表中序列10自5 末端起第28至5。

16、98位所示的DNA片段且不含有序列表中序 列11自5 末端起第598至929位所示的DNA片段且不含有序列表中序列12自5 末端起第513 至940位所示的DNA片段、 待测病毒为或候选为非N6亚型且非H5亚型的AIV, 如果所述cDNA中 不含有序列表中序列10自5 末端起第28至598位所示的DNA片段、 待测病毒为或候选为非 AIV的病毒。 7.一种检测待测样本中是否含有H5N6亚型AIV和/或H5亚型且非N6亚型的AIV和/或N6 亚型且非H5亚型的AIV和/或非H5亚型且非N6亚型的AIV的方法, 包括如下步骤(f1)或(f2): (f1)提取待测病毒的RNA并反转录为cDNA, 以。

17、cDNA为模板, 采用权利要求1所述引物组 合进行PCR扩增, 得到PCR扩增产物, 如果扩增产物中含有332bp的DNA片段、 428bp的DNA片段 和571bp的DNA片段、 待测样本为如下(g1)或(g2): (g1)疑似含有H5N6亚型AIV的待测样本; (g2)疑似含有H5亚型AIV和N6亚型AIV的待测样本, 如果扩增产物中含有332bp的DNA片段和 571bp的DNA片段且不含有428bp的DNA片段、 待测样本疑似含有H5亚型且非N6亚型的AIV, 如 果扩增产物中含有428bp的DNA片段和571bp的DNA片段且不含有332bp的DNA片段、 待测样本 疑似含有N6亚型。

18、且非H5亚型的AIV, 如果扩增产物中含有571bp的DNA片段且不含有332bp的 DNA片段和428bp的DNA片段、 待测样本疑似含有非N6亚型且非H5亚型的AIV, 如果扩增产物 中不含有571bp的DNA片段、 待测样本疑似不含有AIV的病毒; (f2)检测待测样本的cDNA中是否含有序列表中序列10自5 末端起第28至598位所示的 DNA片段、 序列表中序列11自5 末端起第598至929位所示的DNA片段或序列表中序列12自5 末端起第513至940位所示的DNA片段, 然后进行如下判断: 如果所述cDNA中同时含有序列表 中序列10自5 末端起第28至598位所示的DNA片段。

19、、 序列表中序列11自5 末端起第598至929 位所示的DNA片段和序列表中序列12自5 末端起第513至940位所示的DNA片段、 待测样本为 如下(g1)或(g2): (g1)疑似含有H5N6亚型AIV的待测样本; (g2)疑似含有H5亚型AIV和N6亚 型AIV的待测样本, 如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5 末端起第28至598位所示 权利要求书 3/5 页 4 CN 105950789 A 4 的DNA片段和序列表中序列11自5 末端起第598至929位所示的DNA片段且不含有序列表中 序列12自5 末端起第513至940位所示的DNA片段、 待测样本疑似含有H5亚型且。

20、非N6亚型的 AIV, 如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5 末端起第28至598位所示的DNA片段和 序列12自5 末端起第513至940位所示的DNA片段且不含有序列表中序列11自5 末端起第 598至929位所示的DNA片段、 待测样本疑似含有N6亚型且非H5亚型的AIV, 如果所述cDNA中 含有序列表中序列10自5 末端起第28至598位所示的DNA片段且不含有序列表中序列11自 5 末端起第598至929位所示的DNA片段且不含有序列表中序列12自5 末端起第513至940位 所示的DNA片段、 待测样本疑似含有非N6亚型且非H5亚型的AIV, 如果所述cDNA中不含有序。

21、 列表中序列10自5 末端起第28至598位所示的DNA片段、 待测样本疑似不含有AIV的病毒。 8.引物对I或引物对II或引物对III: 所述引物对I由引物M-F和引物M-R组成; 所述引物M-F为如下(a1)或(a2); (a1)序列表的序列1所示的单链DNA分子; (a2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同 功能的DNA分子; 所述引物M-R为如下(a3)或(a4); (a3)序列表的序列2所示的单链DNA分子; (a4)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同 功能的DNA分子; 所述引物对II由引物H5-F和引物H。

22、5-R组成; 所述引物H5-F为如下(a5)或(a6); (a5)序列表的序列3所示的单链DNA分子; (a6)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同 功能的DNA分子; 所述引物H5-R为如下(a7)或(a8); (a7)序列表的序列4所示的单链DNA分子; (a8)将序列4经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列4具有相同 功能的DNA分子; 所述引物对III由引物N6-F和引物N6-R组成; 所述引物N6-F为如下(a9)或(a10); (a9)序列表的序列5所示的单链DNA分子; (a10)将序列5经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/。

23、或添加且与序列5具有相同 功能的DNA分子; 所述引物N6-F为如下(a11)或(a12); (a11)序列表的序列6所示的单链DNA分子; (a12)将序列6经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列6具有相同 功能的DNA分子。 9.权利要求8所述引物对I在制备试剂盒甲中的应用, 或, 所述引物对II在制备试剂盒 乙中的应用, 或, 所述引物对III在制备试剂盒丙中的应用; 权利要求书 4/5 页 5 CN 105950789 A 5 所述试剂盒甲的用途为如下(h1)或(h2): (h1)鉴定待测病毒是否为AIV; (h2)鉴定待测样本是否感染了AIV; 所述试剂盒乙的用途为如。

24、下(h3)或(h4): (h3)鉴定待测病毒是否为H5亚型AIV; (h4)鉴定待测样本是否感染了H5亚型AIV; 所述试剂盒丙的用途为如下(h5)或(h6): (h5)鉴定待测病毒是否为N6亚型AIV; (h6)鉴定待测样本是否感染了N6亚型AIV。 10.含有权利要求8所述引物对I的试剂盒甲, 或, 含有权利要求8所述引物对II的试剂 盒乙, 或, 含有权利要求8所述引物对III的试剂盒丙; 所述试剂盒甲的用途为如下(h1)或(h2): (h1)鉴定待测病毒是否为AIV; (h2)鉴定待测样本是否感染了AIV; 所述试剂盒乙的用途为如下(h3)或(h4): (h3)鉴定待测病毒是否为H5亚。

25、型AIV; (h4)鉴定待测样本是否感染了H5亚型AIV; 所述试剂盒丙的用途为如下(h5)或(h6): (h5)鉴定待测病毒是否为N6亚型AIV; (h6)鉴定待测样本是否感染了N6亚型AIV。 权利要求书 5/5 页 6 CN 105950789 A 6 一种鉴定H5亚型AIV、 N6亚型AIV和AIV的引物组合及其应用 技术领域 0001 本发明涉及一种鉴定H5亚型AIV、 N6亚型AIV和AIV的引物组合及其应用。 背景技术 0002 禽流感病毒(Avianinfluenzavirus, AIV)属于正黏病毒科A型流感病毒属, 根据 血凝素(henmagglutinin, HA)和神经。

26、氨基酸(neuraminidase, NA)抗原性差异可分为不同亚 型, 目前已发现有18种HA(H1-H18)亚型和11种NA(N1-N11)。 0003 1975年H5N6亚型病毒首次从美国绿头鸭体内分离出来, 据报道以往H5N6亚型病毒 主要以低致病状态在禽类(主要是鸭类)流行, 对养禽业并没有明显的影响。 2013年, 我国江 苏省首次在活禽市场监测中发现H5N6禽流感病毒, 对其进行基因分析后发现, H5N6禽流感 病毒竟由H5N1和H6N6两种亚型禽流感病毒基因重组而来, 并且多个基因来源于H5N1高致病 禽流感病毒, 使其具备了高致病的特性。 2014年, 我国四川省南充市首次从。

27、人类中分离了高 致病性H5N6禽流感病毒。 目前, 已确诊14例人类感染H5N6亚型AIV病例, 提示AIV已经进一步 从禽类到人类转变, H5N6亚型AIV不仅给养禽业带来巨大的经济损失, 还可以跨越宿主屏障 直接感染人而危害人类安全。 发明内容 0004 本发明的目的是提供一种鉴定H5亚型AIV、 N6亚型AIV和AIV的引物组合及其应用。 0005 本发明提供了一种引物组合, 由引物对I、 引物对II和引物对I组成; 0006 所述引物对I由引物M-F和引物M-R组成; 0007 所述引物M-F为如下(a1)或(a2); 0008 (a1)序列表的序列1所示的单链DNA分子; 0009 。

28、(a2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有 相同功能的DNA分子; 0010 所述引物M-R为如下(a3)或(a4); 0011 (a3)序列表的序列2所示的单链DNA分子; 0012 (a4)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有 相同功能的DNA分子; 0013 所述引物对II由引物H5-F和引物H5-R组成; 0014 所述引物H5-F为如下(a5)或(a6); 0015 (a5)序列表的序列3所示的单链DNA分子; 0016 (a6)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有 相同功能的DNA分子。

29、; 0017 所述引物H5-R为如下(a7)或(a8); 0018 (a7)序列表的序列4所示的单链DNA分子; 0019 (a8)将序列4经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列4具有 说明书 1/15 页 7 CN 105950789 A 7 相同功能的DNA分子; 0020 所述引物对I由引物N6-F和引物N6-R组成; 0021 所述引物N6-F为如下(a9)或(a10); 0022 (a9)序列表的序列5所示的单链DNA分子; 0023 (a10)将序列5经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列5具有 相同功能的DNA分子; 0024 所述引物N6-R为如。

30、下(a11)或(a12); 0025 (a11)序列表的序列6所示的单链DNA分子; 0026 (a12)将序列6经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列6具有 相同功能的DNA分子。 0027 所述引物组合的用途为如下(b1)至(b6)中的任意一种: 0028 (b1)鉴别H5N6亚型AIV、 H5亚型且非N6亚型的AIV、 N6亚型且非H5亚型的AIV和非H5 亚型且非N6亚型的AIV; 0029 (b2)制备用于鉴别H5N6亚型AIV、 H5亚型且非N6亚型的AIV、 N6亚型且非H5亚型的 AIV和非H5亚型且非N6亚型的AIV的试剂盒; 0030 (b3)鉴定待测病毒是。

31、否为H5N6亚型AIV、 H5亚型且非N6亚型的AIV、 N6亚型且非H5 亚型的AIV或非H5亚型且非N6亚型的AIV; 0031 (b4)制备用于鉴定待测病毒是否为H5N6亚型AIV、 H5亚型且非N6亚型的AIV、 N6亚 型且非H5亚型的AIV或非H5亚型且非N6亚型的AIV的试剂盒; 0032 (b5)检测待测样本中是否含有H5N6亚型AIV和/或H5亚型且非N6亚型的AIV和/或 N6亚型且非H5亚型的AIV和/或非H5亚型且非N6亚型的AIV; 0033 (b6)制备检测待测样本中是否含有H5N6亚型AIV和/或H5亚型且非N6亚型的AIV 和/或N6亚型且非H5亚型的AIV和/。

32、或非H5亚型且非N6亚型的AIV的试剂盒。 0034 本发明还保护所述引物组合的应用, 为如下(b1)至(b6)中的任意一种: 0035 (b1)鉴别H5N6亚型AIV、 H5亚型且非N6亚型的AIV、 N6亚型且非H5亚型的AIV和非H5 亚型且非N6亚型的AIV; 0036 (b2)制备用于鉴别H5N6亚型AIV、 H5亚型且非N6亚型的AIV、 N6亚型且非H5亚型的 AIV和非H5亚型且非N6亚型的AIV的试剂盒; 0037 (b3)鉴定待测病毒是否为H5N6亚型AIV、 H5亚型且非N6亚型的AIV、 N6亚型且非H5 亚型的AIV或非H5亚型且非N6亚型的AIV; 0038 (b4。

33、)制备用于鉴定待测病毒是否为H5N6亚型AIV、 H5亚型且非N6亚型的AIV、 N6亚 型且非H5亚型的AIV或非H5亚型且非N6亚型的AIV的试剂盒; 0039 (b5)检测待测样本中是否含有H5N6亚型AIV和/或H5亚型且非N6亚型的AIV和/或 N6亚型且非H5亚型的AIV和/或非H5亚型且非N6亚型的AIV; 0040 (b6)制备检测待测样本中是否含有H5N6亚型AIV和/或H5亚型且非N6亚型的AIV 和/或N6亚型且非H5亚型的AIV和/或非H5亚型且非N6亚型的AIV的试剂盒。 0041 本发明还保护含有所述引物组合的试剂盒; 所述试剂盒的用途为如下(c1)或(c2) 或(。

34、c3): 0042 (c1)鉴别H5N6亚型AIV、 H5亚型且非N6亚型的AIV、 N6亚型且非H5亚型的AIV和非H5 说明书 2/15 页 8 CN 105950789 A 8 亚型且非N6亚型的AIV; 0043 (c2)鉴定待测病毒是否为H5N6亚型AIV、 H5亚型且非N6亚型的AIV、 N6亚型且非H5 亚型的AIV或非H5亚型且非N6亚型的AIV; 0044 (c3)检测待测样本中是否含有H5N6亚型AIV和/或H5亚型且非N6亚型的AIV和/或 N6亚型且非H5亚型的AIV和/或非H5亚型且非N6亚型的AIV。 0045 本发明还保护所述试剂盒的制备方法, 包括将各条引物单独。

35、包装的步骤。 0046 本发明还保护一种鉴别H5N6亚型AIV、 H5亚型且非N6亚型的AIV、 N6亚型且非H5亚 型的AIV和非H5亚型且非N6亚型的AIV的方法, 包括如下步骤(d1)或(d2): 0047 (d1)提取待测病毒的RNA并反转录为cDNA, 以cDNA为模板, 采用所述引物组合进行 PCR扩增, 得到PCR扩增产物, 如果扩增产物中含有332bp的DNA片段、 428bp的DNA片段和 571bp的DNA片段、 待测病毒为或候选为H5N6亚型AIV, 如果扩增产物中含有332bp的DNA片段 和571bp的DNA片段且不含有428bp的DNA片段、 待测病毒为或候选为H5。

36、亚型且非N6亚型的 AIV, 如果扩增产物中含有428bp的DNA片段和571bp的DNA片段且不含有332bp的DNA片段、 待 测病毒为或候选为N6亚型且非H5亚型的AIV, 如果扩增产物中含有571bp的DNA片段且不含 有332bp的DNA片段和428bp的DNA片段、 待测病毒为或候选为非N6亚型且非H5亚型的AIV; 0048 (d2)检测待测病毒的cDNA中是否含有序列表中序列10自5 末端起第28至598位所 示的DNA片段、 序列表中序列11自5 末端起第598至929位所示的DNA片段或序列表中序列12 自5 末端起第513至940位所示的DNA片段, 然后进行如下判断: 。

37、如果所述cDNA中同时含有序 列表中序列10自5 末端起第28至598位所示的DNA片段、 序列表中序列11自5 末端起第598 至929位所示的DNA片段和序列表中序列12自5 末端起第513至940位所示的DNA片段、 待测 病毒为或候选为H5N6亚型AIV, 如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5 末端起第28 至598位所示的DNA片段和序列表中序列11自5 末端起第598至929位所示的DNA片段且不含 有序列表中序列12自5 末端起第513至940位所示的DNA片段、 待测病毒为或候选为H5亚型 且非N6亚型的AIV, 如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5 末端起。

38、第28至598位所示 的DNA片段和序列12自5 末端起第513至940位所示的DNA片段且不含有序列表中序列11自 5 末端起第598至929位所示的DNA片段、 待测病毒为或候选为N6亚型且非H5亚型的AIV, 如 果所述cDNA中含有序列表中序列10自5 末端起第28至598位所示的DNA片段且不含有序列 表中序列11自5 末端起第598至929位所示的DNA片段且不含有序列表中序列12自5 末端起 第513至940位所示的DNA片段、 待测病毒为或候选为非N6亚型且非H5亚型的AIV。 0049 本发明还保护一种鉴定待测病毒是否为H5N6亚型AIV、 H5亚型且非N6亚型的AIV、 N。

39、6亚型且非H5亚型的AIV或非H5亚型且非N6亚型的AIV的方法, 包括如下步骤(e1)或(e2): 0050 (e1)提取待测病毒的RNA并反转录为cDNA, 以cDNA为模板, 采用所述引物组合进行 PCR扩增, 得到PCR扩增产物, 如果扩增产物中含有332bp的DNA片段、 428bp的DNA片段和 571bp的DNA片段、 待测病毒为或候选为H5N6亚型AIV, 如果扩增产物中含有332bp的DNA片段 和571bp的DNA片段且不含有428bp的DNA片段、 待测病毒为或候选为H5亚型且非N6亚型的 AIV, 如果扩增产物中含有428bp的DNA片段和571bp的DNA片段且不含有。

40、332bp的DNA片段、 待 测病毒为或候选为N6亚型且非H5亚型的AIV, 如果扩增产物中含有571bp的DNA片段且不含 有332bp的DNA片段和428bp的DNA片段、 待测病毒为或候选为非N6亚型且非H5亚型的AIV, 如 果扩增产物中不含有571bp的DNA片段、 待测病毒为或候选为非AIV的病毒; 说明书 3/15 页 9 CN 105950789 A 9 0051 (e2)检测待测病毒的cDNA中是否含有序列表中序列10自5 末端起第28至598位所 示的DNA片段、 序列表中序列11自5 末端起第598至929位所示的DNA片段或序列表中序列12 自5 末端起第513至940。

41、位所示的DNA片段, 然后进行如下判断: 如果所述cDNA中同时含有序 列表中序列10自5 末端起第28至598位所示的DNA片段、 序列表中序列11自5 末端起第598 至929位所示的DNA片段和序列表中序列12自5 末端起第513至940位所示的DNA片段、 待测 病毒为或候选为H5N6亚型AIV, 如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5 末端起第28 至598位所示的DNA片段和序列表中序列11自5 末端起第598至929位所示的DNA片段且不含 有序列表中序列12自5 末端起第513至940位所示的DNA片段、 待测病毒为或候选为H5亚型 且非N6亚型的AIV, 如果所述cD。

42、NA中同时含有序列表中序列10自5 末端起第28至598位所示 的DNA片段和序列12自5 末端起第513至940位所示的DNA片段且不含有序列表中序列11自 5 末端起第598至929位所示的DNA片段、 待测病毒为或候选为N6亚型且非H5亚型的AIV, 如 果所述cDNA中含有序列表中序列10自5 末端起第28至598位所示的DNA片段且不含有序列 表中序列11自5 末端起第598至929位所示的DNA片段且不含有序列表中序列12自5 末端起 第513至940位所示的DNA片段、 待测病毒为或候选为非N6亚型且非H5亚型的AIV, 如果所述 cDNA中不含有序列表中序列10自5 末端起第2。

43、8至598位所示的DNA片段、 待测病毒为或候选 为非AIV的病毒。 0052 本发明还保护一种检测待测样本中是否含有H5N6亚型AIV和/或H5亚型且非N6亚 型的AIV和/或N6亚型且非H5亚型的AIV和/或非H5亚型且非N6亚型的AIV的方法, 包括如下 步骤(f1)或(f2): 0053 (f1)提取待测病毒的RNA并反转录为cDNA, 以cDNA为模板, 采用所述引物组合进行 PCR扩增, 得到PCR扩增产物, 如果扩增产物中含有332bp的DNA片段、 428bp的DNA片段和 571bp的DNA片段、 待测样本为如下(g1)或(g2): (g1)疑似含有H5N6亚型AIV的待测样。

44、本; (g2)疑似含有H5亚型AIV和N6亚型AIV的待测样本, 如果扩增产物中含有332bp的DNA片段和 571bp的DNA片段且不含有428bp的DNA片段、 待测样本疑似含有H5亚型且非N6亚型的AIV, 如 果扩增产物中含有428bp的DNA片段和571bp的DNA片段且不含有332bp的DNA片段、 待测样本 疑似含有N6亚型且非H5亚型的AIV, 如果扩增产物中含有571bp的DNA片段且不含有332bp的 DNA片段和428bp的DNA片段、 待测样本疑似含有非N6亚型且非H5亚型的AIV, 如果扩增产物 中不含有571bp的DNA片段、 待测样本疑似不含有AIV的病毒; 00。

45、54 (f2)检测待测样本的cDNA中是否含有序列表中序列10自5 末端起第28至598位所 示的DNA片段、 序列表中序列11自5 末端起第598至929位所示的DNA片段或序列表中序列12 自5 末端起第513至940位所示的DNA片段, 然后进行如下判断: 如果所述cDNA中同时含有序 列表中序列10自5 末端起第28至598位所示的DNA片段、 序列表中序列11自5 末端起第598 至929位所示的DNA片段和序列表中序列12自5 末端起第513至940位所示的DNA片段、 待测 样本为如下(g1)或(g2): (g1)疑似含有H5N6亚型AIV的待测样本; (g2)疑似含有H5亚型A。

46、IV 和N6亚型AIV的待测样本, 如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5 末端起第28至598 位所示的DNA片段和序列表中序列11自5 末端起第598至929位所示的DNA片段且不含有序 列表中序列12自5 末端起第513至940位所示的DNA片段、 待测样本疑似含有H5亚型且非N6 亚型的AIV, 如果所述cDNA中同时含有序列表中序列10自5 末端起第28至598位所示的DNA 片段和序列12自5 末端起第513至940位所示的DNA片段且不含有序列表中序列11自5 末端 说明书 4/15 页 10 CN 105950789 A 10 起第598至929位所示的DNA片段、 待。

47、测样本疑似含有N6亚型且非H5亚型的AIV, 如果所述 cDNA中含有序列表中序列10自5 末端起第28至598位所示的DNA片段且不含有序列表中序 列11自5 末端起第598至929位所示的DNA片段且不含有序列表中序列12自5 末端起第513 至940位所示的DNA片段、 待测样本疑似含有非N6亚型且非H5亚型的AIV, 如果所述cDNA中不 含有序列表中序列10自5 末端起第28至598位所示的DNA片段、 待测样本疑似不含有AIV的 病毒。 0055 本发明还保护所述引物对I。 0056 本发明还保护所述引物对I的应用, 为如下(h1)或(h2): 0057 (h1)鉴定待测病毒是否为。

48、AIV; 0058 (h2)鉴定待测样本是否感染了AIV。 0059 本发明还保护含有所述引物对I的试剂盒; 所述试剂盒的用途为如下(h1)或(h2): 0060 (h1)鉴定待测病毒是否为AIV; 0061 (h2)鉴定待测样本是否感染了AIV。 0062 本发明还保护所述引物对II。 0063 本发明还保护所述引物对II的应用, 为如下(h3)或(h4): 0064 (h3)鉴定待测病毒是否为H5亚型AIV; 0065 (h4)鉴定待测样本是否感染了H5亚型AIV。 0066 本发明还保护含有所述引物对II的试剂盒; 所述试剂盒的用途为如下(h3)或 (h4): 0067 (h3)鉴定待测。

49、病毒是否为H5亚型AIV; 0068 (h4)鉴定待测样本是否感染了H5亚型AIV。 0069 本发明还保护所述引物对I。 0070 本发明还保护所述引物对I的应用, 为如下(h5)或(h6): 0071 (h5)鉴定待测病毒是否为N6亚型AIV; 0072 (h6)鉴定待测样本是否感染了N6亚型AIV。 0073 本发明还保护含有所述引物对II的试剂盒; 所述试剂盒的用途为如下(h5)或 (h6): 0074 (h5)鉴定待测病毒是否为N6亚型AIV; 0075 (h6)鉴定待测样本是否感染了N6亚型AIV。 0076 以上任一所述待测病毒具体可为H5N6亚型AIV、 H1N1亚型AIV、 H2N3亚型AIV、 H3N6 亚型AIV、 H4N6亚型AIV、 H5N2亚型AIV、 H6N6亚型AIV、 H7N9亚型AIV、 H8N4亚型AIV、 H9N2亚型 AIV、 H9N6亚型AIV、 H10N3亚型AIV、 H11亚型AIV、 H12N5亚型AIV、 H13N6亚型AIV、 H15N9亚型 AIV、 H3N2亚型AIV、 新城疫病毒(NDV)、 传染性支气管炎病毒(IBV)或传染性喉气管炎病毒 (ILTV)。 0077 以上任一所述PCR扩增的退火温度具体为53。 0078 以上任一所述PCR扩增的反应体系中, 引物组合中的各条引物的浓度如下: M。

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