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本发明涉及一种从鱼胶原蛋白中分离功能多肽的方法,其步骤是:(1)将鱼胶原蛋白溶于水,制成胶原蛋白溶液,溶液pH值为6.0-9.0;(2)将胶原蛋白溶液上亲和层析柱,循环上样至亲和层析柱吸附样品达到饱和;(3)使用淋洗剂将未与层析介质配基结合的多肽淋洗出;(4)使用洗脱剂将与亲和层析介质配基结合的多肽洗脱出,洗脱过程的温度控制在1537;(5)利用凝胶过滤层析法或膜超滤法将得到的洗脱液浓缩,得到浓缩。