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一种膜生物反应器系统,包括一个或多个生物反应器,以及一个或多个膜池,其中每个膜池具有一个或多个膜过滤器。为了控制膜结垢,采用了各种过程控制变量。首先,膜过滤器由空气冲刷工艺进行清洁,其中气泡靠近膜过滤器向上移动,并且在该工艺中对膜过滤器进行清洁。为了控制膜结垢,采用根据跨膜压力(TMP)动态改变空气冲刷流速(V)的工艺。此外,该工艺允许渗透的开始和停止,这形成一系列循环,其中,每个循环包括渗透阶段。