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本发明涉及一种微波辅助合成多糖亚硒酸酯的方法,包括如下步骤:纯度在90以上的蕨麻多糖或沙蒿多糖加入容器中,加入硝酸溶液,室温下搅拌,静置过夜,得到蕨麻多糖或沙蒿多糖悬浮液A;将A置于微波反应仪中,加入氯化钡和亚硒酸,升温,在微波条件下反应0.5h4h,冷却至室温后,得悬浊液B;将B减压抽滤后,滤液中加入硫酸生成白色沉淀,除去白色沉淀,上清液用氢氧化钠调节pH,得物质C;将C装入透析袋中透析,透析袋。