犬流感病毒及相关组合物和使用方法.pdf

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摘要
申请专利号:

CN200680038667.4

申请日:

20061017

公开号:

CN101365481B

公开日:

20121003

当前法律状态:

有效性:

有效

法律详情:

IPC分类号:

A61K39/145,C07K14/11,C12N7/00,C12N7/04

主分类号:

A61K39/145,C07K14/11,C12N7/00,C12N7/04

申请人:

衣阿华州立大学研究基金公司

发明人:

K·雍,V·库珀

地址:

美国衣阿华州

优先权:

60/727,808,11/539,123

专利代理机构:

中国专利代理(香港)有限公司

代理人:

郭文洁;刘玥

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内容摘要

本发明提供了一种分离的H3N8亚型犬流感病毒,包含具有SEQID?NO:4的氨基酸序列的HA,或包含氨基酸序列与SEQ?ID?NO:4具有大于99%同一性、且其中第94和233位氨基酸与SEQ?ID?NO:4相同的HA;一种包含减毒或灭活病毒的组合物;分离或纯化的HA、NM、NP、M1、NS1、PA、PB1和PB2蛋白及其片段和包含所述蛋白及其片段或任选地作为载体一部分的编码所述蛋白及其片段的核酸的组合物;以及一种在动物中诱导针对犬流感病毒的免疫应答的方法,包括给予动物上述组合物。

权利要求书

1.一种分离的H3N8亚型犬流感病毒,包含具有SEQ ID NO:4的氨基酸序列的血凝素(HA),或具有如下氨基酸序列的血凝素(HA),即:与SEQ ID NO:4具有大于99%的同一性,且其中第94和233位氨基酸与SEQ ID NO:4相同的氨基酸序列。 2.权利要求1的分离的犬流感病毒,其包含神经氨酸酶(NM),该NM包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列,或包含与SEQ ID NO:2具有大于99%同一性,且其中第68和134位氨基酸与SEQ ID NO:2相同的氨基酸序列。 3.权利要求1或2的分离的犬流感病毒,其进一步包含下列至少之一:具有SEQ ID NO:6的氨基酸序列的核蛋白(NP),或具有如下氨基酸序列的核蛋白(NP),即:与SEQ ID NO:6具有大于99%同一性、且其中第402位氨基酸与SEQ ID NO:6相同的氨基酸序列;具有SEQ ID NO:8的氨基酸序列的基质1蛋白(M1),或具有如下氨基酸序列的基质1蛋白(M1),即:与SEQ ID NO:8具有大于99%同一性、且其中第111位氨基酸与SEQ ID NO:8相同的氨基酸序列;具有SEQ ID NO:10的氨基酸序列的非结构蛋白1(NS1);具有SEQ ID NO:12的氨基酸序列的PA蛋白,或具有如下氨基酸序列的PA蛋白,即:与SEQ ID NO:12具有大于98%同一性、且其中第233、256、327和561位氨基酸与SEQ ID NO:12相同的氨基酸序列;具有SEQ ID NO:14的氨基酸序列的PB1,或具有如下氨基酸序列的PB1,即:与SEQ ID NO:14具有大于99%同一性、且其中第200和213位氨基酸与SEQ ID NO:14相同的氨基酸序列;和/或具有SEQ ID NO:16的氨基酸序列的PB2,或具有如下氨基酸序列的PB2,即:与SEQ ID NO:16具有大于99%同一性、且其中第107、221、292和661位氨基酸与SEQ ID NO:16相同的氨基酸序列。 4.权利要求1的分离的犬流感病毒,其是减毒病毒。 5.一种组合物,其包含以足以诱导免疫应答的量存在的权利要求4的分离的犬流感病毒。 6.权利要求1的分离的犬流感病毒,其是灭活病毒。 7.一种组合物,其包含以足以诱导免疫应答的量存在的权利要求6的分离的犬流感病毒。 8.一种以专利保藏号PTA-7694保藏于美国典型培养物保藏中心的分离的H3N8亚型犬流感病毒。 9.一种分离或纯化的HA,其具有SEQ ID NO:4的氨基酸序列。 10.一种组合物,其包含以在动物中足以诱导免疫应答的量存在的权利要求9的分离或纯化的HA或其片段和生物学上可接受的载体。 11.权利要求10的组合物在制备用于在动物中诱导针对犬流感病毒的免疫应答的试剂中的用途。 12.一种分离或纯化的核酸,其编码权利要求9的HA或其片段,可选择地作为载体的一部分。 13.权利要求12的分离或纯化的核酸,其中编码HA的核酸具有SEQ ID NO:3的核苷酸序列或编码至少9个连续的氨基酸的其片段。 14.一种组合物,其包含表达以在动物中足以诱导免疫应答的量存在的HA或其片段的权利要求12或13的分离或纯化的核酸和生物学上可接受的载体。 15.权利要求14的组合物在制备用于在动物中诱导针对犬流感病毒的免疫应答的试剂中的用途。

说明书

              相关专利申请的交叉引用

本专利申请要求2005年10月18日提交的美国临时专利 申请号60/727,808和2006年10月5日提交的美国实用专利申请号 11/539,123的权益,上述专利申请的全部内容在此并入作为参考。

                   发明的技术领域

本发明涉及病毒学、分子生物学和免疫学领域。具体来说, 本发明涉及犬流感病毒以及用于在动物中诱导免疫应答的相关组合 物和方法。

                     发明背景

流感病毒是一种属于正黏病毒科的RNA病毒。病毒RNA 由8个独立的节段组成,在流感病毒之间这8个独立的节段易于重组 产生新亚型。

核蛋白(NP),其是核壳体的主要成分,由第5节段编码。 NP和基质蛋白用于将流感病毒分类为组A、B或C。由于NP是一种 内部蛋白,因此其不受宿主免疫系统的选择压力。其结合RNA,作为 转录酶复合物的一部分,并与病毒RNA(vRNA)的细胞核-细胞质的转 运有关。

神经氨酸酶(NM),其裂解连接末端唾液酸和相邻的糖残基 的α-酮基键,由此使病毒后代从受感染细胞中释放出来,由第6节段 编码。已鉴定了该酶的9种亚型(N1-N9)。所有亚型都具有两个结构 区,茎区和头部区。所有N8蛋白都具有470个氨基酸,最初的8个 氨基酸是高度保守的。之后的区域富含疏水氨基酸并被认为是跨膜 域。接下去的51个氨基酸组成茎区,头部区开始于Cys91。最后的区 域包含该酶的催化部位。头部区和茎区中的半胱氨酸残基趋向于高度 保守。存在6-8个推定的N-糖基化位点。

血凝素(HA),其是一种负责病毒吸附进入宿主细胞中的膜 糖蛋白,是中和抗体所针对的主要抗原。其抗原性变异是流行性感冒 流行的主要原因。其由第4节段编码。已鉴定了16种不同的亚型 (H1-H16)。HA具有16个氨基酸的信号肽,并且两条多肽(HA1和HA2) 通过二硫键连接。HA1具有氨基末端,而HA2则具有羧基末端。HA2 中的疏水区将HA锚定在病毒膜上。半胱氨酸残基趋向于高度保守。 存在6个推定的糖基化位点,能使病毒掩蔽其抗原性部位(Skehel等, PNAS USA 81:1779(1984))。

其他蛋白包括基质蛋白(M或M1和M2)、非结构蛋白(NS 或NS1和NS2)、PA、PB1和PB2。M1蛋白是病毒体的主要成分,其 通过位于该蛋白N-末端的两个疏水区结合受感染细胞的细胞膜,而 M2则是一种离子通道,因此其是一种整合膜蛋白。NS1蛋白见于细 胞核中并影响细胞RNA转运、剪接和翻译。NS2蛋白见于细胞核和 细胞质中并具有未知的功能。PA蛋白是一种转录酶并可具有蛋白酶 活性,而PB1蛋白在转录延伸中起作用,PB2蛋白在转录加帽结合中 起作用。

从全球范围来看,在人、猪、马和家禽中流行性感冒是经 济学上最重要的呼吸系统疾病(Wright等,Orthomyxoviruses.In: Fields Virology.Knipe等,编.Lippincott Williams & Wilkins, Philadelphia,2001.pp.1533-1579.)。已知流感病毒会连续不断地进行 遗传和抗原改变,阻碍了对该病毒的有效控制(Wright等(2001),同 上;Webster等,Microbiol.Rev.56:152-179(1992))。对于流行病和大 流行病预防具有关注意义的是由于基因重排列或种间感染所致病毒 新亚型的突现(Wright等(2001),同上)。

最近,在如猫和犬等物种中出现了流行性感冒爆发,在历 史上这些物种并不携带流感病毒(Keawcharoen等,Emerg.Infect.Dis. 10:2189-2191(2004);Crawford等,Science 310:398-485(2005年10 月21日,在线公布于2005年9月29日);Dubovi等,Isolation of equine influenza virus from racing greyhounds with fatal hemorrhagic pneumonia.In:Proceedings of the 47th Annual Meeting of American Association of Veterinary Laboratory Diagnosticians,Greensboro,NC, 2005年10月.p.158;和Yoon等,Emerg.Infect.Dis.11(12):1974-1976 (2005年12月))。因此,流感病毒的宿主范围扩大了。

在2004年于佛罗里达州、在2005年4月于东和西衣阿华 州以及在2005年于德克萨斯州出现了由流感病毒传染所致的灰猎犬 赛狗呼吸系统疾病爆发。该疾病具有快速发作的发热和咳嗽、喘促以 及出血性鼻分泌物的特征。尽管死亡率不到5%,但在衣阿华州的两 个赛马场地发病率几乎是100%。虽然大部分受感染的狗都痊愈了, 但许多仍死于出血性肺炎。广谱抗生素的治疗给药缓解了该疾病的严 重性但无法对其进行控制。

鉴于上述内容,本发明的一个目的是提供感染犬的流感病 毒。本发明的另一个目的是提供用于在犬中诱导针对流感病毒的免疫 应答的物质和方法。这些和其他目的和优点,以及额外的发明特征, 将体现在本发明的下述详细描述。

                      发明概述

本发明提供了一种分离的H3N8亚型犬流感病毒,包含具 有SEQ ID NO:4的氨基酸序列的HA,或包含氨基酸序列与SEQ ID NO:4具有大于99%同一性、且其中第94和233位氨基酸与SEQ ID NO:4相同的HA。特别是,本发明提供了一种以专利保藏号 PTA-7694、在2006年6月29日保藏于美国典型培养物保藏中心 (Manassas,VA)的分离的H3N8亚型犬流感病毒。因此,本发明还提供 了包含减毒病毒的组合物以及包含灭活病毒的组合物。

本发明还提供了分离或纯化的蛋白。在一个实施方案中, 本发明提供了一种分离或纯化的HA,其(i)具有SEQ ID NO:4的氨基 酸序列,或(ii)来源于流感病毒并且具有如下的氨基酸序列,即:与 SEQ ID NO:4具有大于99%同一性、且其中第94和233位氨基酸与 SEQ ID NO:4相同的氨基酸序列,或(i)或(ii)的片段,其中所述片段包 含至少9个连续的氨基酸,且其中至少1个与SEQ ID NO:4的第94 或233位氨基酸相同。

在另一个实施方案中,本发明提供了一种分离或纯化的 NM,其(i)包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列,或(ii)来源于流感病毒并 包含如下氨基酸序列,即:与SEQ ID NO:2具有大于99%同一性、 且其中第68和134位的氨基酸与SEQ ID NO:2相同的氨基酸序列, 或(i)或(ii)的片段,其中所述片段包含至少9个连续的氨基酸,且其中 至少1个与SEQ ID NO:2的第68或134位氨基酸相同。

在又一个实施方案中,本发明提供了一种分离或纯化的 NP,其(i)具有SEQ ID NO:6的氨基酸序列,或(ii)来源于流感病毒并 且具有如下的氨基酸序列,即:与SEQ ID NO:6具有大于99%同一 性、且其中第402位的氨基酸与SEQ ID NO:6相同的氨基酸序列,或 (i)或(ii)的片段,其中所述片段包含至少9个连续的氨基酸,且其中至 少1个与SEQ ID NO:6的第402位氨基酸相同。

在又一个实施方案中,本发明提供了一种分离或纯化的 M1,其(i)具有SEQ ID NO:8的氨基酸序列,或(ii)来源于流感病毒并 且具有如下的氨基酸序列,即:与SEQ ID NO:8具有大于99%同一 性、且其中第111位的氨基酸与SEQ ID NO:8相同的氨基酸序列,或 (i)或(ii)的片段,其中所述片段包含至少9个连续的氨基酸,且其中至 少1个与SEQ ID NO:8的第111位氨基酸相同。

还提供了一种分离或纯化的NS1,其具有SEQ ID NO:10 的氨基酸序列。

进一步提供的是一种分离或纯化的PA蛋白,其(i)具有 SEQ ID NO:12的氨基酸序列,或(ii)来源于流感病毒并且具有如下的 氨基酸序列,即:与SEQ ID NO:12具有大于98%(或99%)同一性、 且其中第233、256、327和561位的氨基酸与SEQ ID NO:12相同的 氨基酸序列,或(i)或(ii)的片段,其中所述片段包含至少9个连续的氨 基酸,且其中至少1个与SEQ ID NO:12的第233、256、327和561 位氨基酸相同。

更进一步提供的是一种分离或纯化的PB1,其(i)具有SEQ ID NO:14的氨基酸序列,或(ii)来源于流感病毒并且具有如下的氨基 酸序列,即:与SEQ ID NO:14具有大于99%同一性、且其中第200 和213位的氨基酸与SEQ ID NO:14相同的氨基酸序列,或(i)或(ii) 的片段,其中所述片段包含至少9个连续的氨基酸,且其中至少1个 与SEQ ID NO:14的第200或213位氨基酸相同。

甚至还进一步提供的是一种分离或纯化的PB2,其(i)具有 SEQ ID NO:16的氨基酸序列,或(ii)来源于流感病毒并且具有如下的 氨基酸序列,即:与SEQ ID NO:16具有大于99%同一性、且其中第 107、221、292和661位的氨基酸与SEQ ID NO:16相同的氨基酸序 列,或(i)或(ii)的片段,其中所述片段包含至少9个连续的氨基酸,且 其中至少1个与SEQ ID NO:16的第107、221、292或661位氨基酸 相同。

鉴于上述内容,本发明进一步提供了一种组合物,包含以 在动物中足以诱导免疫应答的量存在的上述蛋白如HA或NM或其片 段和生物学上可接受的载体。

还鉴于上述内容,本发明提供了一种在动物中诱导针对犬 流感病毒的免疫应答的方法。该方法包括给予动物包含蛋白或其片段 的组合物。

还提供了一种任选地作为载体一部分的编码上述蛋白或 其片段的分离或纯化的核酸,以及一种组合物,包含表达以在动物中 足以诱导免疫应答的量存在的蛋白如HA或NM或其片段的所述分离 或纯化的核酸和生物学上可接受的载体。

因此,本发明还提供了另一种在动物中诱导针对犬流感病 毒的免疫应答的方法。该方法包括给予动物包含核酸的组合物。

                      附图简述

图1是H3N8亚型犬流感病毒NM基因编码区序列(CDS) 的部分核苷酸序列(SEQ ID NO:1;还参见GenBank登录号 DQ146420)。根据惯例,该序列从左到右、从上到下显示。

图2是SEQ ID NO:1编码的氨基酸序列(SEQ ID NO:2; 还参见GenBank登录号DQ146420)。根据惯例,该序列以单字母格式 从左到右、从上到下显示。

图3是H3N8亚型犬流感病毒HA基因CDS的完整核苷酸 序列(SEQ ID NO:3;还参见GenBank登录号DQ146419)。

图4是SEQ ID NO:3编码的氨基酸序列(SEQ ID NO:4; 还参见GenBank登录号DQ146419)。

图5是H3N8亚型犬流感病毒NP基因CDS的完整核苷酸 序列(SEQ ID NO:5)。

图6是推定的SEQ ID NO:5编码的氨基酸序列(SEQ ID NO:6)。

图7是H3N8亚型犬流感病毒M1蛋白基因CDS的完整核 苷酸序列(SEQ ID NO:7)。

图8是推定的SEQ ID NO:7编码的氨基酸序列(SEQ ID NO:8)。

图9是H3N8亚型犬流感病毒NS1蛋白基因CDS的完整 核苷酸序列(SEQ ID NO:9)。

图10是推定的SEQ ID NO:9编码的氨基酸序列(SEQ ID NO:10)。

图11是H3N8亚型犬流感病毒PA蛋白基因CDS的完整 核苷酸序列(SEQ ID NO:11)。

图12是推定的SEQ ID NO:11编码的氨基酸序列(SEQ ID NO:12)。

图13是H3N8亚型犬流感病毒PB1蛋白基因CDS的完整 核苷酸序列(SEQ ID NO:13)。

图14是推定的SEQ ID NO:13编码的氨基酸序列(SEQ ID NO:14)。

图15是H3N8亚型犬流感病毒PB2蛋白基因CDS的完整 核苷酸序列(SEQ ID NO:15)。

图16是推定的SEQ ID NO:15编码的氨基酸序列(SEQ ID NO:16)。

                      发明详述

本发明基于犬流感病毒株的发现。该毒株分离自东和西衣 阿华州的灰猎犬赛狗。业已将该毒株分类为H3N8亚型,并命名为A/ 犬/衣阿华/13628/2005(A/canine/Iowa/13628/2005)。因此,本发明提供 了一种病毒,包含具有SEQ ID NO:4的氨基酸序列的HA,或包含氨 基酸序列与SEQ ID NO:4具有大于99%同一性、且其中第94和233 位氨基酸与SEQ ID NO:4相同的HA。该病毒可进一步包含NM,该 NM包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列,或包含如下的氨基酸序列,即: 与SEQ ID NO:2具有大于99%同一性,且其中第68和134位氨基酸 与SEQ ID NO:2相同的氨基酸序列。单独包含上述HA或进一步与上 述NM结合的该病毒可进一步包含下列至少之一:具有SEQ ID NO:6 的氨基酸序列的核蛋白(NP),或具有如下氨基酸序列的核蛋白(NP), 即:与SEQ ID NO:6具有大于99%同一性、且其中第402位氨基酸 与SEQ ID NO:6相同的氨基酸序列;具有SEQ ID NO:8的氨基酸序 列的基质1蛋白(M1),或具有如下氨基酸序列的基质1蛋白(M1),即: 与SEQ ID NO:8具有大于99%同一性、且其中第111位氨基酸与SEQ ID NO:8相同的氨基酸序列;具有SEQ ID NO:10的氨基酸序列的非 结构蛋白1(NS1);具有SEQ ID NO:12的氨基酸序列的PA蛋白,或 具有如下氨基酸序列的PA蛋白,即:与SEQ ID NO:12具有大于98% 同一性、且其中第233、256、327和561位氨基酸与SEQ ID NO:12 相同的氨基酸序列;具有SEQ ID NO:14的氨基酸序列的PB1,或具 有如下氨基酸序列的PB1,即:与SEQ ID NO:14具有大于99%同一 性、且其中第200和213位氨基酸与SEQ ID NO:14相同的氨基酸序 列;和/或具有SEQ ID NO:16的氨基酸序列的PB2,或具有如下氨基 酸序列的PB2,即:与SEQ ID NO:16具有大于99%同一性、且其中 第107、221、292和661位氨基酸与SEQ ID NO:16相同的氨基酸序 列。特别是,本发明提供了一种以专利保藏号PTA-7694、在2006年 6月29日保藏于美国典型培养物保藏中心,10801 University Blvd., Manassas,VA 20110-2209,U.S.A.,的分离的H3N8亚型犬流感病毒。

可通过使处于水介质中的病毒进行一个或多个降低可溶 性的步骤,所述步骤由存在按重量计高达5%的具有3,000-20,000分 子量的聚乙二醇(PEG),或以相当于PEG溶解能力的量存在的其他线 性丝状、不带电聚合物进行,将不溶解的级分与溶解的级分分离,并 从不溶解的级分之一中回收病毒,从而沉淀流感病毒(参见如美国专利 号3,989,818)。优选地,温度不超过35℃,pH为6-9,以及水介质的 离子强度低于病毒的盐析点。在降低可溶性之前,水介质中的病毒浓 度相应于至少1/32的血细胞凝集效价。收获聚集的病毒颗粒,由于接 种后病毒颗粒的缓慢释放,因此认为其提供了更好的抗原效应。然而, 如果需要非聚集的或较少聚集的颗粒,则可使用任何适合的方法如超 声处理来解离它们。

病毒可在细胞系统中通过传代减毒直至该病毒丧失其引 起疾病的能力,同时完全保留其免疫原性特征。例如,病毒可在约37℃ 的温度下,在来源于犬物种或其他适合物种的细胞培养物中连续传 代。在每一代,根据本领域已知的方法从一培养物上收获病毒并接种 于含有新鲜细胞培养物的培养基中。例如,病毒可收集自组织细胞培 养液和/或细胞。任选地,在收获期间,可对细胞培养物进行超声处理 以促进病毒释放。参见如美国专利号5,698,433和6,455,298。

如果需要的话,可在血清的存在下于如鸡蛋等含胚卵的尿 囊腔中传代流感病毒株至少一次,以获得血清抗性病毒(参见如美国专 利号3,953,592;Kilbourne等,J.Exp.Med.111:387(1960);Kilbourne, Science 160:74-75(1968年4月);和Laver等,Virology 30:493-501 (1966))。可通过用乙酸丁酯和乙酸乙酯连续处理浓缩的含有减毒病毒 的尿囊液,之后通过闪蒸获得具有低致热原性及低内毒性的高效价流 感疫苗(参见如美国专利号4,000,257)。这样的病毒可作为疫苗鼻内给 药。

接种于宿主中之后,病毒就会增殖直至达到一定程度,因 此只需要少量的初始接种物。病毒应当是无害的,并且易感接触者的 传染应保持在最小程度。

或者,可通过消除复制和毒力灭活病毒。可通过化学或物 理手段来进行病毒灭活。可通过用酶、甲醛、β-丙内酯或其衍生物、 二甲亚胺或其衍生物、有机溶剂(如卤化烃)和/或去污剂(如去氧胆酸钠、磺基甜菜碱(sulfobetain)或十六烷基三甲基铵 盐)处理病毒进行化学灭活。如果需要的话,可中和化学活性组合物。 例如,如果甲醛用于去活化组合物,则可用硫代硫酸盐中和该组合物。 如果需要的话,pH随后可回到约7。或者,病毒可用乙醚和乙醇混合 物萃取,可分离水相和有机相,并在减压下从病毒悬浮液中除去残留 的乙醚(参见如美国专利号4,431,633)。通过对病毒进行高能辐射如紫 外线辐射、γ-辐射或X-射线辐射可方便地进行物理灭活。灭活形式的 病毒需要相对高量的接种物,因此肯定要制造、测试并分配相对大量 的抗原物质。

鉴于上述内容,本发明还提供了一种包含减毒或灭活病毒 的组合物。所述病毒应以足以诱导免疫应答的量存在,并且,理想地 对激发作用提供保护。一般来说,将佐剂如弗氏 完全佐剂、皂角苷、小型棒状杆菌(Corynebacterium parvum) 磷酸铝、氢氧化铝或它们的混合物添加到组合物中,特 别是在该组合物包含灭活病毒的情况下。可添加蛋白水解物和/或氨基 酸以稳定组合物(参见如美国专利号4,537,769)。或者,可使用油剂如 Marcol和/或Arlacel如将组合物配制为水包油乳剂。

还可制备重组流感病毒株,例如由如A2等“过减毒的”(即 减毒传代数基本上大于除去病原性正常所需的传代数)流感病毒A亲 株和在本文中提供的流感病毒强毒株的组合来制备(参见如美国专利 号3,991,179;也参见美国专利号4,009,258;4,278,662;4,318,903; 4,338,296和4,693,893)。重组毒株优选具有过减毒毒株的生长特性外 加强毒株的抗原特性,如HA和NM蛋白。用于疫苗配制的流感病毒 株的选择描述于美国专利号5,162,112中。重组毒株可配制为用于诱 导免疫应答的组合物。

蔗糖、精氨酸一氢氯化物、谷氨酸一钠一水合物,和水解 明胶可用于稳定在电冰箱中贮藏的流感病毒组合物。参见如美国专利 申请公开号2006/0110406。

鉴于上述内容,本发明还提供了一种分离或纯化的HA。 该HA具有SEQ ID NO:4的氨基酸序列,或来源于流感病毒并具有如 下的氨基酸序列,即:与SEQ ID NO:4具有大于99%同一性、且其 中第94和233位的氨基酸与SEQ ID NO:4相同的氨基酸序列。还提 供了包含至少9个(例如9、12、15、18、21或24个)连续的氨基酸, 其中至少1个与SEQ ID NO:4的第94或233位氨基酸相同的HA片 段。

还提供了一种分离或纯化的NM。该NM包含SEQ ID NO: 2的氨基酸序列,或来源于流感病毒并包含如下氨基酸序列,即:与 SEQ ID NO:2具有大于99%同一性、且其中第68和134位的氨基酸 与SEQ ID NO:2相同的氨基酸序列。还提供了包含至少9个连续的氨 基酸,且其中至少1个与SEQ ID NO:2的第68或134位氨基酸相同 的NM片段。

进一步提供了一种分离或纯化的NP。该NP具有SEQ ID NO:6的氨基酸序列,或来源于流感病毒并具有如下的氨基酸序列, 即:与SEQ ID NO:6具有大于99%同一性、且其中第402位的氨基 酸与SEQ ID NO:6相同的氨基酸序列。还提供了包含至少9个连续的 氨基酸,且其中至少1个与SEQ ID NO:6的第402位氨基酸相同的 NP片段。

更进一步提供了一种分离或纯化的M1。该M1具有SEQ ID NO:8的氨基酸序列,或来源于流感病毒并具有如下的氨基酸序列, 即:与SEQ ID NO:8具有大于99%同一性、且其中第111位的氨基 酸与SEQ ID NO:8相同的氨基酸序列。还提供了包含至少9个连续的 氨基酸,且其中至少1个与SEQ ID NO:8的第111位氨基酸相同的 M1片段。

甚至更进一步提供了一种分离或纯化的NS1,其具有SEQ ID NO:10的氨基酸序列。

还提供了一种分离或纯化的PA蛋白。该PA具有SEQ ID NO:12的氨基酸序列,或来源于流感病毒并具有如下的氨基酸序列, 即:其氨基酸序列与SEQ ID NO:12具有大于98%(或99%)同一性、 且其中第233、256、327和561位的氨基酸与SEQ ID NO:12相同。 还提供了包含至少9个连续的氨基酸,且其中至少1个与SEQ ID NO: 12的第233、256、327或561位氨基酸相同的PA片段。

提供了一种分离或纯化的PB1。该PB1具有SEQ ID NO:14 的氨基酸序列,或来源于流感病毒并具有如下的氨基酸序列,即:与 SEQ ID NO:14具有大于99%同一性、且其中第200和213位的氨基 酸与SEQ ID NO:14相同的氨基酸序列。还提供了包含至少9个连续 的氨基酸,且其中至少1个与SEQ ID NO:14的第200或213位氨基 酸相同的PB1片段。

还提供了一种分离或纯化的PB2。该PB2具有SEQ ID NO: 16的氨基酸序列,或来源于流感病毒并具有如下的氨基酸序列,即: 与SEQ ID NO:16具有大于99%同一性、且其中第107、221、292和 661位的氨基酸与SEQ ID NO:16相同的氨基酸序列。还提供了包含 至少9个连续的氨基酸,且其中至少1个与SEQ ID NO:16的第107、 221、292或661位氨基酸相同的PB2片段。

根据本领域已知方法可纯化(外加化学或物理裂解以产生 片段)或合成上述蛋白及其片段。对于固相蛋白合成,参见如 Meienhofer,Hormonal Proteins and Peptides 2:46,Academic Press,NY (1973),以及对于液相蛋白合成参见如Schroder等,The Peptides,vol. 1,Academic Press,NY(1965)。根据厂商使用说明,可使用自动化系统 执行这样的技术。可重组产生并纯化治疗量的上述蛋白及其片段。

或者,可通过选择性溶解,同时弃去残留的、由包封所有 其他非必需病毒成分的完整的脂质/蛋白膜组成的亚病毒颗粒,分离蛋 白,特别是HA和NM。溶解的蛋白和残留的亚病毒颗粒之间大小/密 度上的差异使得通过梯度离心和分级分离、沉降、分子筛色谱或通过 超速离心机沉淀,由此进行基于物理性质差异的分离。可通过用阳离 子去污剂(参见如美国专利号4,140,762;‘762专利)处理病毒实现HA 和NM的选择性溶解。可用DNA-消化酶处理获得自细胞培养物的含 完整病毒的液体,然后添加阳离子去污剂并分离表面抗原蛋白(参见如 美国专利号5,948,410)。可使所述液体进行几次超速离心步骤,或在 两亲非离子去污剂存在下破裂病毒,然后过滤除去不需要的物质(参见 如美国专利号6,048,537)。或者,通过膜过滤和化学分解可获得病毒 蛋白(参见如美国专利号4,327,182)。其他方法描述于美国专利号 4,064,232和4,057,626中。优选地,如‘762专利中(第2栏11.10以及 下列等等)所述,在处理之前增殖病毒。

可进行作图以鉴定病毒蛋白的免疫应答诱导表位,即“表 位作图”。这样的作图包括将蛋白切割为重叠肽(如包含9、12、15、 18、21或24个氨基酸的肽)。可用蛋白水解酶切割蛋白。然后对单个 的肽测试它们与天然蛋白所引发的抗体结合或诱导T-细胞或B-细胞 活化的能力。或者,可选择蛋白的亲水区,因为亲水残基通常位于蛋 白表面上使抗体能够接近。还可进行抗原抗体复合物的X-射线结晶学 分析。可由蛋白的氨基酸序列鉴定潜在的HLA锚结合基序,其是已 知可能结合MHC分子的肽序列。优选地,所选择的表位是与待施用 包含或表达蛋白片段的组合物的动物中广泛存在的序列享有很小序 列同一性乃至于没有序列同一性的表位。

还提供了一种可选择地作为载体一部分的编码上述蛋白 或其片段的分离或纯化的核酸。编码HA的核酸可包含SEQ ID NO:3 的核苷酸序列或编码至少9个(9、12、15、18、21或24个)连续的氨 基酸的其片段。如果需要的话,可制备基于HA的三价疫苗,其中HA 之一包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列(参见如美国专利号5,762,939和 6,245,532;对于四价疫苗参见如美国专利号6,740,325)。编码NM的 核酸可具有SEQ ID NO:1的核苷酸序列或编码至少9个连续的氨基酸 的其片段(参见如美国专利号6,605,457和美国专利申请公开号 2003/0129197),而编码NP的核酸可具有SEQ ID NO:5的核苷酸序列 或编码至少9个连续的氨基酸的其片段,编码M1蛋白的核酸可具有 SEQ ID NO:7的核苷酸序列或编码至少9个连续的氨基酸的其片段, 编码NS 1蛋白的核酸可具有SEQ ID NO:9的核苷酸序列,编码PA的 核酸可具有SEQ ID NO:11的核苷酸序列或编码至少9个连续的氨基 酸的其片段,编码PB1的核酸可具有SEQ ID NO:13的核苷酸序列或 编码至少9个连续的氨基酸的其片段以及编码PB2的核酸可具有SEQ ID NO:15的核苷酸序列或编码至少9个连续的氨基酸的其片段。然 而,本领域技术人员应理解由于遗传密码的简并性,存在许多其他能 编码上述氨基酸序列的核苷酸序列。

可合成上述核酸(其可以是DNA或RNA)及其片段(参见如 Oligonucleotide Synthesis,Gait,编,1984)。这样的分子可包括编码所 需氨基酸序列的非天然存在的核苷酸/碱基。例如,可甲基化碱基或糖。 此外,可修饰核酸分子的骨架,如硫代磷酸酯、甲基膦酸酯、甲基硫 代磷酸酯、二硫代磷酸酯和它们的组合。

或者,可用逆转录酶处理分离的vRNA以产生RNA/DNA 杂化物,RNA从该杂化物中被消化,并处理所残留的DNA以产生具 有发夹末端的dsDNA,用单链特异性核酸酶处理该dsDNA以产生 vRNA的双分子双链拷贝(参见如美国专利号4,357,421)。对于在不存 在辅助病毒情况下使用串联转录表达盒制备流感病毒参见如美国专 利申请公开号2006/0166321。

核酸任选地为包含至少一个启动子的DNA载体的一部 分,在这种情况下每条核苷酸序列可操作地连接有启动子,所述启动 子可以是相同的或不同的。除启动子之外,其他控制序列如终止信号 等等可以是DNA载体的一部分。

例如,可将核酸导入适合的重组表达载体中,如那些适合 细菌如大肠杆菌(E.coli)和伤寒沙门氏菌(Salmonella typhi),酵母如酿 酒酵母(Saccharomyces cervisiae)或毕赤酵母(Pichia pastoris),或丝状 真菌如构巢曲霉(Aspergillus nidulans)的重组表达载体。细菌、酵母或 真菌可在连续培养物中生长。然后,可分离纯化在培养期间产生的多 肽。或者,可将核酸分子导入痘病毒(如基于禽痘的载体)、疱疹病毒(如 基于伪狂犬病毒的载体、基于土耳其疱疹病毒的载体、基于猫疱疹病 毒的载体、基于传染性鸟喉气管炎病毒的载体和基于牛疱疹病毒的载 体)、腺病毒(如牛腺病毒(如血清型3)、人腺病毒(如血清型4或7)和 犬腺病毒(如血清型2;CAV2;参见如美国专利号6,090,393)),或昆 虫病毒表达载体如重组杆状病毒(如苜蓿银纹夜蛾(Autographa californica)核型多角体病毒(AcNPV))中,然后可将病毒载体用于感染 易感的培养的SF9细胞,该SF9细胞来源于昆虫草地贪夜蛾(Spodotera frugiperda)。其他病毒载体包括牛痘病毒(参见如美国专利号 4,722,848)、腺病毒、腺样病毒、腺伴随病毒、逆转录病毒和天花病毒 (参见如Hruby,Vet.Parasitol.29:281-282(1988);Uiu,″AIDS Research Reviews,″Dekker,Inc.,1991,1:403-416),其可通过皮肤划痕或注射、 任选地作为脂质体配方给予。其他载体包括卡介苗(BCG;Stover等, Nature 351:456-460(1991))、去毒炭疽毒素载体等等。哺乳动物细胞 如中国仓鼠卵巢(CHO)细胞以及甚至是植物细胞都可用于由适合的构 建体来表达多肽。本领域技术人员应当理解宿主细胞的选择会影响翻 译后加工(如糖基化、折叠等等)的性质,其反过来能影响多肽的免疫 原性,以及随后的纯化技术。

可在用表达载体转化/转染的任何适合的宿主细胞中实现 表达。适合的宿主细胞的例子包括但不限于上述那些宿主细胞。因此, 本发明还提供了用表达载体转化/转染的宿主细胞。

来自将蛋白或其片段分泌入培养基中的宿主/载体系统的 上清液可施加于纯化基质如亲和柱或离子交换柱上。一个或多个反相 HPLC步骤可用于进一步纯化重组蛋白或其片段。

蛋白或其片段作为融合蛋白产生可稳定地产生。其可通过 将编码两个或更多个蛋白(或其片段)的多核苷酸序列插入带或不带肽 类接头的适合的表达载体中从而实现。理想地,多核苷酸序列的读框 是同向的,以便产生保留每个蛋白(或其片段)生物活性的单一融合蛋 白。可用1个-约50个氨基酸的肽类接头分隔所产生的蛋白(或其片 段),以便确保每个蛋白(或其片段)正确地折叠为其天然的二级、三级 和四级结构(参见如Maratea等,Gene 49:39-46(1985);Murphy等, PNAS USA 83:8258-8262(1986);美国专利号4,935,233;和美国专利 号4,751,180)。选择肽接头时要考虑的因素包括:采取柔性延伸构象 的能力、无法采取能与其中一个蛋白或两个蛋白上的功能氨基酸相互 作用的二级结构的能力以及缺少能与其中一个蛋白或两个蛋白反应 的疏水或荷电残基。当要连接的蛋白末端不含有必需的区域时不需要 接头,这样该末端就能用于分离功能域并阻止位阻妨碍。优选的肽接 头序列包含Gly、Asn和Ser残基。还可使用其他几乎是中性的残基 如Thr和Ala。

可选择其他额外的氨基酸序列来增加蛋白或其片段的表 达和/或免疫原性。例如,蛋白或其片段可融合至免疫球蛋白G(IgG) 的重链或抗原呈递细胞(APC)结合蛋白或树突细胞结合蛋白,如IL-D、 GM-CSF、IL-1、TNF、IL-4、CD40L、CTLA4、CD28或FLT-3配体。 可使用诸如使用脱水剂如二环己基碳二亚胺(DCCI)或在巯基、ε氨基、 羧基等等之间产生键合的技术。如果需要的话,可将切割位点导入融 合蛋白中以使蛋白(或其片段)能与非天然存在的序列相分离。切割位 点的例子包括蛋白水解酶的靶序列,或如果甲硫氨酸不存在于蛋白(或 其片段)中,则反过来导入被溴化氰切割的甲硫氨酸。这样的方法是本 领域已知的。还根据本领域已知的方法,可通过糖基化或其他衍生化 (如乙酰化或羧基化)修饰蛋白或其片段。

可由适合的表达系统原位表达蛋白(或其片段)。任何于期 望环境中,产生编码蛋白或其片段有效的DNA构建体都可用于表达 上述蛋白或其片段。

或者,当作为“裸DNA”注射入动物中时,核酸分子可 在原位起有效的表达系统的作用(参见如Ulmer等,Science 259: 1745-1749(1993);和Cohen,Science 259:1691-1692(1993))。通过使 用布比卡因(bupivicaine)、聚合物和肽也可利于DNA递送;或者,可 使用阳离子脂质复合物、颗粒或加压(参见如美国专利号5,922,687)。

与SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14或16具有至少 约等于或者大于95%的同一性,如至少约等于或者大于96%、97%、 98%或99%同一性的氨基酸序列的例子包括含有一个或多个取代、插 入、添加和/或缺失的氨基酸序列。可通过比对多肽序列并应用公众可 得到的计算机算法BLASTP确定序列同一性(Pearson等,PNAS USA 85:2444-2448(1988);Pearson,Methods Enzymol.183:63-98(1990); 和Altschul等,Nucl.Acids Res.25:3389-3402(1997))。用于BLASTP 的软件可获得自美国国立生物技术信息中心(NCBI)或NCBI,美国国 立药物实验室(National Library of Medicine),Building 38A,Room 8N8O5,Bethesda,MD 20894的FTP服务器。一旦比对了多肽序列,就 确定了在跨越比对部分的相同的氨基酸的数目,将相同的氨基酸的数 目除以目标多肽的氨基酸总数目,并将结果乘以100以确定序列同一 性百分数。

在这点上,本领域技术人员应当理解所给定的氨基酸序列 的片段可与氨基酸序列具有至少约等于或者大于95%的同一性,例如 96%、97%、98%或99%的同一性。因此,所述片段包含于“与SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14或16具有至少约等于或者大于95%(或 96%、97%、98%或99%)的同一性的氨基酸序列”所述的范围内。理 想地,这样的片段保留有全长蛋白的免疫原性。可通过对编码蛋白的 核酸进行突变分析、然后表达所得到的突变蛋白或通过蛋白自身的化 学/酶消化产生功能片段。

根据本领域已知的方法,可将取代、插入、添加和/或缺 失等修饰导入核酸或蛋白(或其片段)中(对于寡核苷酸定点诱变,参见 如Adelman等,DNA 2:183(1983))。理想地,该修饰基本上不降低蛋 白片段的免疫原性;相反地,优选相对于未修饰的蛋白,基本上保留 相同的免疫原性或增加了免疫原性。

“保守取代”是一氨基酸被具有类似特性(即类似的二级 结构和亲水特性)的另一氨基酸所取代。可基于残基的极性、荷电、溶 解性、疏水性、亲水性和/或两亲特性中的相似性进行氨基酸取代。例 如,带负电荷的氨基酸如天冬氨酸和谷氨酸可互换,而带正电荷的氨 基酸如赖氨酸和精氨酸亦可互换,具有类似亲水值的带有不带电极性 首基的氨基酸可互换。在这点上,亮氨酸、异亮氨酸和缬氨酸可互换, 甘氨酸和丙氨酸可互换,天冬酰胺和谷氨酰胺可互换,另外丝氨酸、 苏氨酸、苯丙氨酸和酪氨酸可互换。其他可互换的氨基酸组包括:(1) ala、pro、gly、glu、asp、gln、asn、ser和thr;(2)cys、ser、tyr和thr; (3)val、ile、leu、met、ala和phe;(4)lys、arg和his;以及(5)phe、 tyr、trp和his。

鉴于上述内容,还提供了一种组合物,其包含分离或纯化 的蛋白/核酸或前述任一项的片段以及生物学上可接受的载体。所述核 酸或其片段可以是载体的一部分。参见例如美国专利号4,029,763,其 涉及一种包含作为活性成分的NM的流感疫苗,和美国专利号 4,140,762,其涉及一种包含作为活性成分的HA和NM的流感疫苗。 美国专利号4,826,687描述了添加胞壁酰二肽到包含HA和NM的疫 苗中。如果需要的话,可将基本上相应于M1的氨基酸148-162、 163-166和/或215-239的多肽添加到蛋白核酸或其片段的组合物中(参 见如美国专利号5,136,019;5,616,327和5,741,493)。任何适合的生物 学上可接受的载体皆可用于所述组合物中。例如,蛋白/核酸/其片段 可重悬于稀释剂如0.9%氯化钠溶液中,其任选地用磷酸盐缓冲液缓 冲。可通过透析减少任何在病毒纯化中残留的蔗糖。透析或凝胶色谱 可用于除去任何残留的阳离子去污剂。优选地,蛋白或其片段以足以 在动物中诱导免疫应答(即细胞应答或体液应答)的量存在。对于药物 和抗原常选用的载体为聚(d,l丙交酯-共-乙交酯)(PLGA)。PLGA是一 种生物可降解的聚酯,并可用于抗原的控制释放(Eldridge等,Curr. Topics Micro.Immuno.146:59-66(1989);也参见美国专利号 6,090,393)。业已显示当口服给药时,抗原在直径1-10μ的PLGA微 球中的包埋具有显著的佐剂效应。

如果需要的话,可添加防腐剂或灭活剂如甲醛。防腐/灭 活剂的常规用量为每10,000份用1份。

如果需要的话,一种或多种蛋白(或其免疫原性片段)如上 述HA可与蛋白体组合。参见如美国专利号6,743,900和美国专利申 请公开号2004/0156867。

可通过包含常用免疫佐剂如氢氧化铝(如约0.2%)或磷酸 铝、铝(参见如美国专利号6,372,223,6,635,246,6,861,244和7,052,701 以及美国专利申请公开号2004/0096464和2006/0147468),壳聚糖(参 见如美国专利号6,136,606和6,534,065),明矾如以氢氧化铝、磷酸铝 或氧化铝形式的明矾,矿物油(如和),弗氏完全 佐剂,弗氏不完全佐剂,胞壁酰二肽,单磷酰脂质A和皂甙包括Quil A成分改善免疫原性。也可通过添加细胞因子如白介素或通过缀合蛋 白或其片段改善免疫原性。优选地,蛋白或其片段与大分子载体如蛋 白(如血清白蛋白、匙孔血蓝蛋白、免疫球蛋白、甲状腺球蛋白 (throglobulin)和卵清蛋白)、多糖(如乳胶官能化的琼脂糖、琼脂糖、纤 维素珠等等)、磷脂、聚氨基酸(如多聚谷氨酸、聚赖氨酸等等)或氨基 酸共聚物缀合(参见如美国专利号5,136,019和5,612,037)。或者,可 用蛋白磷脂体或脂肪囊包囊蛋白或其片段。

可以悬浮液形式制备或冷冻干燥能诱导免疫应答的组合 物。如果进行冷冻干燥,优选添加一种或多种稳定剂。适合的稳定剂 为例如蔗糖、磷酸盐、谷氨酸盐和白蛋白(SPGA;Bovarnick,J.Bacterid. 59:509(1950))、糖类(如山梨糖醇、甘露糖醇、淀粉、葡聚糖和葡萄 糖)、蛋白(如白蛋白和酪蛋白)或其降解产物、含蛋白试剂(如牛血清或 脱脂乳)以及缓冲剂(如碱金属磷酸盐)。

或者,组合物可配制为控释组合物。减毒/灭活的病毒活 重组载体可用聚合物如聚碳酸酯、聚酯、聚氨基甲酸酯、聚原酸酯类 和聚酰胺微囊包封。所选择的特定聚合物取决于多种因素包括聚合物 合成和微囊包封的再现性、原料和加工成本、毒理学分布图、可变释 放动力学的需要以及聚合物与病毒/载体的物理化学相容性。

本文中所描述的组合可单独使用或与其他活性成分/组合 物联合使用。例子包括能诱导针对犬瘟热、犬传染性肝炎(CAV-1和 CAV-2)、狂犬病、副流感、犬冠状病毒、麻疹、钩端螺旋体病和博德 特氏菌(Bordetella)的免疫应答的组合物。业已披露了多酚抑制人中的 流感传染(参见如美国专利号5,173,922;‘922专利)。因此,添加多酚 如表儿茶素棓酸盐、表儿茶酸棓酸盐、表焙儿茶素、表儿茶酸、游离 的茶黄素、茶黄素单棓酸盐A、茶黄素单棓酸盐B和/或茶黄素二棓酸 盐可能是有益的(参见‘922专利)。NM的抑制剂披露于美国专利号 5,453,533中。细胞因子用作为免疫增强剂以及脂质体包囊披露于美国 专利号5,919,480中。

组合物中核酸的量可在很大程度上改变。例如,按重量计 算浓度可为小于约0.1%-约20-50%或更大,通常为至少约2%。组合 物中蛋白的浓度也可在很大程度上改变。例如,按重量计算浓度可为 小于约0.1%-约20-50%或更大,通常为至少约2%。当测定终浓度时, 要考虑液体的体积和粘度。

因此,还提供了一种在动物中诱导针对犬流感病毒的免疫 应答的方法。可使用噬菌斑减少中和试验(美国专利号4,315,073)或血 细胞凝集试验评估动物对感染的易感性。该方法包括给予动物包含分 离或纯化的蛋白/核酸或其片段的上述组合物。如果所述组合物包含作 为载体一部分的核酸(或其片段),则优选地在动物中以足以诱导免疫 应答的良表达蛋白(或其片段)。例如,可给予约9-约43国际单位/公 斤动物体重的单次剂量。对于较大的哺乳动物,单次剂量可包含约 600-约3,000国际单位/公斤体重。对于通过在受精卵尿囊腔中培养病 毒,收获病毒,以及如果需要的话,用稳定剂如蛋白胨或蔗糖稳定所 收收获的病毒,然后分配到玻璃管形瓶中用于随后的冷冻干燥所制备 的疫苗组合物,有效的疫苗剂量单位可含有至少107EID50(50%卵感 染剂量)的病毒。在后一种情况下,在给药前通过添加水或另一种药学 上可接受的稀释剂重建冻干疫苗,例如以鼻腔喷雾剂或定鼻剂的形式 重建。如果需要的话,疫苗可以一周间隔以分成一半的剂量相继给 药。

组合物可作为单次剂量给予12周龄幼犬,或从6周龄开 始重复给药(如在第6、9和12周),或从4周龄开始每周给药一次。 有效剂量和给药途径取决于组合物的特性,表达产物的特性,LD50, 如果使用重组载体的话,还要考虑载体的表达水平,以及狗的品种及 其年龄、性别、体重和状况。表达产物的剂量可为几微克-几百微克, 如5-500μg。优选的病毒或重组载体的剂量可为约103-约106pfu。对 于活减毒株,剂量可为至少约103TCID50。

组合物可肠胃外(即通过注射(如真皮内、皮下或肌内)或通 过感染途径如经鼻)或肠内(即通过口服给药)给药。使用胶凝剂和粘膜 粘着剂或生物体粘着剂增加针对皮内给予的免疫原性组合物的免疫 应答描述于美国专利申请公开号2005/0255121中。如果需要的话,根 据Chu等(美国专利申请公开号2006/0171960,公布于2006年8月3 日),用于诱导免疫应答的组合物可通过饮用水或糖浆给予。口服给药 优点在于其避免了耗时耗力的肌内注射,肌内注射会对动物产生应激 和不适。不适又会影响赛狗的表现。或者,包含表达至少一种诱导免 疫应答的表位的重组载体的组合物可直接施用于皮肤用于局部表达 和免疫应答诱导。

可通过将幼犬暴露于犬流感病毒强毒株中来证明能诱导 免疫应答的组合物的有效性。未处理的狗会发展为特征在于犬流感病 毒感染的临床体征,而处理的狗则不会。

根据本领域已知方法,重组载体及它们的表达产物可用于 产生抗体如多克隆抗体(pAb)和单克隆抗体(mAb)(Harlow和Lane, Antibodies:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor,NY(1988);Harlow和Lane,Using Antibodies:A Laboratory Manual(1998),Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,NY(1998);Shepherd和Dean,Monoclonal Antibodies:A Practical Approach,Oxford University Press,U.S.A.(2000));以及Harris 和Adair,Antibody Therapeutics,CRC Press,Inc.,Boca Raton,FL (1997))。抗体特别是单克隆抗体可用于结合试验和诊断试剂盒/检验 中,以确定犬流感病毒抗原存在与否或是否已刺激了针对该病毒的免 疫应答。抗体还可通过免疫吸附层析用于回收物质。

抗体还可提供被动免疫。例如,可将来自宿主动物或来自 杂交瘤细胞系的部分纯化的免疫血清注射入动物中。抗体通过与有传 染性的流感病毒结合并将其中和从而提供了治疗效果。

还提供了包含具有上述蛋白表位的内影像(internal image) 的抗独特型抗体的组合物,所述蛋白例如由氨基酸序列SEQ ID NO:1 或SEQ ID NO:3组成的蛋白。

本领域技术人员应当理解可以制备带有表位如本文中所 述的那些表位的内影像的抗独特型抗体。参见如Herlyn等,Science 232:100-102(1986))。制备单克隆和多克隆抗独特型抗体(其带有多肽 的内影像)的方法描述于例如美国专利号5,053,224中。简言之,可通 过用针对多肽并经筛选以确认可与该多肽具有反应性的单克隆独特 型抗体免疫动物,然后筛选与针对所述多肽的独特型抗体反应的抗血 清,从而产生多克隆抗独特型抗体。还可使用无限增殖化动物的抗体 分泌细胞,然后用独特型抗体筛选与多肽竞争的培养物的标准技术由 上述动物制备单克隆抗体(mAbs)。虽然单克隆抗体是优选的,但也可 使用在多种哺乳动物系统中制备的多克隆抗体(pAbs)。

还提供了另一种用于在犬中诱导针对CIV的免疫应答的 方法。该方法包括给予犬有效量的包含上述抗独特型抗体的组合物。

分离或纯化的核酸分子或包含它们的载体可用于产生用 作探针/引物的DNA,所述探针/引物可用于检测能杂交的DNA存在 与否,或可用于扩增DNA如cDNA。

标记的蛋白或其片段,以及标记的核酸或其片段可用于测 定法中。测定方法包括荧光免疫测定(smith等,Ann.Clin.Biochem.18: 253-275(1981))、放射性免疫测定(RIA)、酶联免疫吸附测定(ELISA) 和酶放大免疫分析技术(EMIT;参见Enzyme Immunoassay,Maggio,ed., CRC Press,Inc.,Boca Raton,FL,1980.pp.141-150;234-235,and 242-243).这样的方法可用来检测病毒的存在并诊断感染状态。

病毒自身可用作为载体。病毒作为载体的应用处于本领域 技术范围之内。

                        实施例

下列实施例用来举例说明本发明。实施例并不旨在以任何 形式限制本发明的范围。实施例描述了的犬流感病毒鉴定和部分特 性。

在2005年4月,在位于东和西衣阿华州的两个赛马场地 的灰猎犬中出现了以咳嗽、发热、喘促和出血性鼻分泌物为特征的急 性呼吸道疾病爆发。虽然大部分受感染的狗痊愈了,但许多仍死于出 血性肺炎。

受感染的狗的肺部显示出带有中度至重度可触及的硬化 的广泛性红色至红黑色变色以及轻度纤维蛋白性胸膜炎。肺切片具有 重度出血性间质性肺炎到支气管性间质性肺炎(bronchointerstitial pneumonia)的特征。明显可见具有肺泡间隔增厚的片状间质改变、肺 泡内碎屑凝块以及相关的肺膨胀不全。观察到由于退化细胞和碎屑所 致的带有气道扩张的、局灶性广泛的、脓性肉芽肿性、支气管性肺炎 (Focally extensive pyogranulomatous bronchointerstitial pneumonia)。星 散分布的血管炎和血管血栓症也明显可见。

对常规病毒和细菌媒介物的微生物学检验除马链球菌兽 疫亚种(Streptococcus equi subsp.Zooepidemicus)之外,没有揭示任何 有效的病原体,该马链球菌兽疫亚种存在于所有受检动物的肺组织 中。使用实时逆转录酶-聚合酶链式反应(RT-PCR;Harmon等, Development of a PCR-based differential test for H1N1 and H3N2 swine influenza viruses.In:Proceedings of the 42nd Annual Meeting of American Association of Veterinary Laboratory Diagnosticians.San Diego,CA.1999年10月.p.44.),四份肺样本中有两份经检验对流感 病毒阳性。与对样本的抗原捕获ELISA(DirectgenTM Flu A, Becton/Dickinson,Sparks,MD)检验一样,在这两个肺的病毒性肺炎病 损中,使用特异于流感病毒NP的单克隆抗体(mAb)(Vincent等,J.Vet. Diagn.Invest.9:191-195(1997))的免疫组织化学也是阳性的。来自这 两个阳性肺的支气管肺泡灌洗(Bronchioalveolar lavage)样本经PCR检 验对于流感病毒也是阳性的。

由于狗流感病毒感染仅有单例报告(Dubovi等,Isolation of equine influenza virus from racing greyhounds with fatal hemorrhagic pneumonia.In:Proceedings of the 47th Annual Meeting of American Association of Veterinary Laboratory Diagnosticians.Greensboro,NC. 2004年10月.p.158.),因此在犬肺中检测道流感病毒是意外的发现, 故尝试进行病毒分离。在来自两只其中经免疫组织化学(IHC)试验和 PCR检测到流感病毒的动物之一的肺和支气管肺泡灌洗液的马-达二 氏犬肾(MDCK)细胞中,分离能凝集公鸡红细胞的病毒。经PCR确定 分离株为H3亚型流感病毒。使用HA-抑制和NM-抑制试验确定病毒 分离株为H3N8亚型。病毒分离株为针对多种H3马流感病毒包括迈 阿密(Miami)((A/Eq/MI/1/63-H3N8)640-1280)、 AK((A/Eq/AK/29759/91-H3N8)320-640)和肯塔基 (Kentucky)((A/Eq/Kentucky/81-H3N8)160-320)的抗血清所识别。

对这两株分离株的HA和NA基因的测序揭示在这两株 分离株之间分别具有100%和99.8%的同一性。从种系发生的角度来 看,分离株的HA基因与新近H3N8马流感病毒(Macken等,The value of a database in surveillance and vaccine selection.In:Options for the. Control of Influenza IV.Osterhaus等,编.Elsevier Science,Amsterdam. 2001.pp.103-106.)的HA基因在起源上接近(96-98%核苷酸同源性)。 分离株的NA基因也显示与新近H3N8马流感病毒的NA基因具有 96-98%的同源性。由于在衣阿华州地理距离遥远的两个不同赛马场的 灰猎犬同时死于疾病,而不涉及患病的马,因此表明该流感病毒分 离株是能在犬中保存并传播的适应于犬的毒株。在许多不同的动物物 种中,马链球菌兽疫亚种(S.zooepidemicus)牵涉呼吸系统疾病及败血 症相关的问题(Wood等,J.Clin.Microbiol.43:120-126(2005);和 Gillespie等,The General Staphylococcus and Streptococcus.In:Hagan and Bruner′s Infectious Diseases of Domestic Animals.第7版. Comstock/Cornell University Press.Ithaca,NY.1981.pp.164-180)),很 可能促进疾病的严重性。

包括本文引用的出版物、专利申请和专利在内的所有参 考文献均在此并入作为参考,如同每篇参考文献单独并明确地被指示 并入作为参考及其全文列于本文中一样。

除非本文另有指示或上下文清楚地提出相反的说法,在 描述本发明的上下文中(特别是在下列权利要求的上下文中),所使用 的术语“a”、“an”、“the”以及类似的讨论对象应被解释为涵盖 了单数和复数。除非本文另有指示,本文中数值范围的列举仅意在作 为一种单独涉及每个落入该范围中的分离值的简略的表达方法,并且 每个分离值都并入说明书中,如同其单独在本文中被列举一样。除非 本文另有指示或上下文清楚地提出相反的说法,所有本文中描述的方 法都可以任何适合的顺序执行。除非另有主张,本文中所提供的任何 或所有实施例或例证性语言(如“例如”)的使用仅意在更好地阐明本 发明,并不造成对本发明范围的限制。说明书中的语言文字不应解释 为指示任何非主张的作为本发明实施所必需的要素。

本发明优选的实施方案描述于此,包括本发明人所知的 用于执行本发明的最佳实施方案。很清楚所举例说明的实施方案仅作 为例证,而不应被视为对本发明范围的限制。

序列表

 

<110>Iowa State University Research Foundation,Inc.

 

<120>犬流感病毒及相关组合物和使用方法

 

<130>42885-104201

 

<150>US 60/727,808

<151>2005-10-18

 

<150>US 11/539,123

<151>2006-10-05

 

<160>16

 

<170>PatentIn version 3.3

 

<210>1

<211>1450

<212>DNA

<213>流感病毒

 

<220>

<221>CDS

<222>(9)..(1418)

 

<400>1

agtttaaa atg aat cca aat caa aag ata ata gca att gga ttt gca tca    50

         Met Asn Pro Asn Gln Lys Ile Ile Ala Ile Gly Phe Ala Ser

         1               5                   10

ttg ggg ata tta atc att aat gtc att ctc cat gta gtc agc att ata     98

Leu Gly Ile Leu Ile Ile Asn Val Ile Leu His Val Val Ser Ile Ile

15                  20                  25                  30

gta aca gta ctg gtc ctc aat aac aat aga aca gat ctg aac tgc aaa    146

Val Thr Val Leu Val Leu Asn Asn Asn Arg Thr Asp Leu Asn Cys Lys

                35                  40                  45

ggg acg atc ata aga gaa tac aat gaa aca gta aga gta gaa aaa ctt    194

Gly Thr Ile Ile Arg Glu Tyr Asn Glu Thr Val Arg Val Glu Lys Leu

            50                  55                  60

act caa tgg tat aat acc agt aca att aag tac ata gag aga cct tca    242

Thr Gln Trp Tyr Asn Thr Ser Thr Ile Lys Tyr Ile Glu Arg Pro Ser

        65                  70                  75

aat gaa tac tac atg aat aac act gaa cca ctt tgt gag gcc caa ggc    290

Asn Glu Tyr Tyr Met Asn Asn Thr Glu Pro Leu Cys Glu Ala Gln Gly

    80                  85                  90

ttt gca cca ttt tcc aaa gat aat gga ata cga att ggg tcg aga ggc    338

Phe Ala Pro Phe Ser Lys Asp Asn Gly Ile Arg Ile Gly Ser Arg Gly

95                  100                 105                 110

cat gtt ttt gtg ata aga gaa cct ttt gta tca tgt tcg ccc tca gaa    386

His Val Phe Val Ile Arg Glu Pro Phe Val Ser Cys Ser Pro Ser Glu

                115                 120                 125

tgt aga acc ttt ttc ctc aca cag ggc tca tta ctc aat gac aaa cat    434

Cys Arg Thr Phe Phe Leu Thr Gln Gly Ser Leu Leu Asn Asp Lys His

            130                 135                 140

tct aac ggc aca ata aag gat cga agc ccg tat agg act ttg atg agt    482

Ser Asn Gly Thr Ile Lys Asp Arg Ser Pro Tyr Arg Thr Leu Met Ser

        145                 150                 155

gtc aaa ata ggg caa tca ccc aat gta tat caa gct agg ttt gaa tcg    530

Val Lys Ile Gly Gln Ser Pro Asn Val Tyr Gln Ala Arg Phe Glu Ser

    160                 165                 170

gtg gca tgg tca gca aca gca tgc cat gat gga aaa aaa tgg atg aca    578

Val Ala Trp Ser Ala Thr Ala Cys His Asp Gly Lys Lys Trp Met Thr

175                 180                 185                 190

gtt gga gtc aca ggg ccc gac aat caa gca att gca gta gtg aac tat    626

Val Gly Val Thr Gly Pro Asp Asn Gln Ala Ile Ala Val Val Asn Tyr

                195                 200                 205

gga ggt gtt ccg gtt gat act att aat tca tgg gca ggg gat att tta    674

Gly Gly Val Pro Val Asp Thr Ile Asn Ser Trp Ala Gly Asp Ile Leu

            210                 215                 220

aga acc caa gaa tca tca tgc acc tgc att aaa gga gac tgt tat tgg    722

Arg Thr Gln Glu Ser Ser Cys Thr Cys Ile Lys Gly Asp Cys Tyr Trp

        225                 230                 235

gta atg act gat gga ccg gca aat agg caa gct aaa tat agg ata ttc    770

Val Met Thr Asp Gly Pro Ala Asn Arg Gln Ala Lys Tyr Arg Ile Phe

    240                 245                 250

aaa gca aaa gat gga aga gta att gga caa act gat ata agt ttc aat    818

Lys Ala Lys Asp Gly Arg Val Ile Gly Gln Thr Asp Ile Ser Phe Asn

255                 260                 265                 270

ggg gga cac ata gag gag tgt tct tgt tac ccc aat gaa ggg aag gtg    866

Gly Gly His Ile Glu Glu Cys Ser Cys Tyr Pro Asn Glu Gly Lys Val

                275                 280                 285

gaa tgc ata tgc agg gac aat tgg act gga aca aat aga cca att ctg    914

Glu Cys Ile Cys Arg Asp Asn Trp Thr Gly Thr Asn Arg Pro Ile Leu

            290                 295                 300

gta ata tct tct gat cta tcg tac aca gtt gga tat ttg tgt gct ggc    962

Val Ile Ser Ser Asp Leu Ser Tyr Thr Val Gly Tyr Leu Cys Ala Gly

        305                 310                 315

att ccc act gac act cct agg gga gag gat agt caa ttc aca ggc tca   1010

Ile Pro Thr Asp Thr Pro Arg Gly Glu Asp Ser Gln Phe Thr Gly Ser

    320                 325                 330

tgt aca agt cct ttg gga aat aaa gga tac ggt gta aaa ggc ttc ggg   1058

Cys Thr Ser Pro Leu Gly Asn Lys Gly Tyr Gly Val Lys Gly Phe Gly

335                 340                 345                 350

ttt cga caa gga act gac gta tgg gcc gga agg aca att agt agg act   1106

Phe Arg Gln Gly Thr Asp Val Trp Ala Gly Arg Thr Ile Ser Arg Thr

                355                 360                 365

tca aga tca gga ttc gaa ata ata aaa atc agg aat ggt tgg aca cag   1154

Ser Arg Ser Gly Phe Glu Ile Ile Lys Ile Arg Asn Gly Trp Thr Gln

            370                 375                 380

aac agt aag gac caa atc agg agg caa gtg att atc gat gac cca aat   1202

Asn Ser Lys Asp Gln Ile Arg Arg Gln Val Ile Ile Asp Asp Pro Asn

        385                 390                 395

tgg tca gga tat agc ggt tct ttc aca ttg ccg gtt gaa ctg aca aaa   1250

Trp Ser Gly Tyr Ser Gly Ser Phe Thr Leu Pro Val Glu Leu Thr Lys

    400                 405                 410

aag gga tgt ttg gtc ccc tgt ttc tgg gtt gaa atg att aga ggt aaa    1298

Lys Gly Cys Leu Val Pro Cys Phe Trp Val Glu Met Ile Arg Gly Lys

415                 420                 425                 430

cct gaa gaa aca aca ata tgg acc tct agc agc tcc att gtg atg tgt    1346

Pro Glu Glu Thr Thr Ile Trp Thr Ser Ser Ser Ser Ile Val Met Cys

                435                 440                 445

gga gta gat cat aaa att gcc agt tgg tca tgg cac gat gga gct att    1394

Gly Val Asp His Lys Ile Ala Ser Trp Ser Trp His Asp Gly Ala Ile

            450                 455                 460

ctt ccc ttt gac atc gat aag atg taatttacga aaaaaactcc ttgtttctac   1448

Leu Pro Phe Asp Ile Asp Lys Met

        465                 470

ta                                                                 1450

 

<210>2

<211>470

<212>PRT

<213>流感病毒

 

<400>2

 

Met Asn Pro Asn Gln Lys Ile Ile Ala Ile Gly Phe Ala Ser Leu Gly

1               5                   10                  15

Ile Leu Ile Ile Asn Val Ile Leu His Val Val Ser Ile Ile Val Thr

            20                  25                  30

Val Leu Val Leu Asn Asn Asn Arg Thr Asp Leu Asn Cys Lys Gly Thr

        35                  40                  45

Ile Ile Arg Glu Tyr Asn Glu Thr Val Arg Val Glu Lys Leu Thr Gln

    50                  55                  60

Trp Tyr Asn Thr Ser Thr Ile Lys Tyr Ile Glu Arg Pro Ser Asn Glu

65                  70                  75                  80

Tyr Tyr Met Asn Asn Thr Glu Pro Leu Cys Glu Ala Gln Gly Phe Ala

                85                  90                  95

Pro Phe Ser Lys Asp Asn Gly Ile Arg Ile Gly Ser Arg Gly His Val

            100                 105                 110

Phe Val Ile Arg Glu Pro Phe Val Ser Cys Ser Pro Ser Glu Cys Arg

        115                 120                 125

Thr Phe Phe Leu Thr Gln Gly Ser Leu Leu Asn Asp Lys His Ser Asn

    130                 135                 140

Gly Thr Ile Lys Asp Arg Ser Pro Tyr Arg Thr Leu Met Ser Val Lys

145                 150                 155                 160

Ile Gly Gln Ser Pro Asn Val Tyr Gln Ala Arg Phe Glu Ser Val Ala

                165                 170                 175

Trp Ser Ala Thr Ala Cys His Asp Gly Lys Lys Trp Met Thr Val Gly

            180                 185                 190

Val Thr Gly Pro Asp Asn Gln Ala Ile Ala Val Val Asn Tyr Gly Gly

        195                 200                 205

Val Pro Val Asp Thr Ile Asn Ser Trp Ala Gly Asp Ile Leu Arg Thr

    210                 215                 220

Gln Glu Ser Ser Cys Thr Cys Ile Lys Gly Asp Cys Tyr Trp Val Met

225                 230                 235                 240

Thr Asp Gly Pro Ala Asn Arg Gln Ala Lys Tyr Arg Ile Phe Lys Ala

                245                 250                 255

Lys Asp Gly Arg Val Ile Gly Gln Thr Asp Ile Ser Phe Asn Gly Gly

            260                 265                 270

His Ile Glu Glu Cys Ser Cys Tyr Pro Asn Glu Gly Lys Val Glu Cys

        275                 280                 285

Ile Cys Arg Asp Asn Trp Thr Gly Thr Asn Arg Pro Ile Leu Val Ile

    290                 295                 300

Ser Ser Asp Leu Ser Tyr Thr Val Gly Tyr Leu Cys Ala Gly Ile Pro

305                 310                 315                 320

Thr Asp Thr Pro Arg Gly Glu Asp Ser Gln Phe Thr Gly Ser Cys Thr

                325                 330                 335

Ser Pro Leu Gly Asn Lys Gly Tyr Gly Val Lys Gly Phe Gly Phe Arg

            340                 345                 350

Gln Gly Thr Asp Val Trp Ala Gly Arg Thr Ile Ser Arg Thr Ser Arg

        355                 360                 365

Ser Gly Phe Glu Ile Ile Lys Ile Arg Asn Gly Trp Thr Gln Asn Ser

    370                 375                 380

Lys Asp Gln Ile Arg Arg Gln Val Ile Ile Asp Asp Pro Asn Trp Ser

385                 390                 395                 400

Gly Tyr Ser Gly Ser Phe Thr Leu Pro Val Glu Leu Thr Lys Lys Gly

                405                 410                 415

Cys Leu Val Pro Cys Phe Trp Val Glu Met Ile Arg Gly Lys Pro Glu

            420                 425                 430

Glu Thr Thr Ile Trp Thr Ser Ser Ser Ser Ile Val Met Cys Gly Val

        435                 440                 445

Asp His Lys Ile Ala Ser Trp Ser Trp His Asp Gly Ala Ile Leu Pro

    450                 455                 460

Phe Asp Ile Asp Lys Met

465                 470

 

<210>3

<211>1762

<212>DNA

<213>流感病毒

 

<220>

<221>CDS

<222>(30)..(1724)

 

<400>3

agcaaaagca ggggatattt ctgtcaatc atg aag aca acc att att tta ata     53

                                Met Lys Thr Thr Ile Ile Leu Ile

                                1               5

cta ctg acc cat tgg gcc tac agt caa aac cca atc agt ggc aat aac    101

Leu Leu Thr His Trp Ala Tyr Ser Gln Asn Pro Ile Ser Gly Asn Asn

    10                  15                  20

aca gcc aca ctg tgt ctg gga cac cat gca gta gca aat gga aca ttg    149

Thr Ala Thr Leu Cys Leu Gly His His Ala Val Ala Asn Gly Thr Leu

25                  30                  35                  40

gta aaa aca atg agt gat gat caa att gag gtg aca aat gct aca gaa    197

Val Lys Thr Met Ser Asp Asp Gln Ile Glu Val Thr Asn Ala Thr Glu

                45                  50                  55

tta gtt cag agc att tca atg ggg aaa ata tgc aac aaa tca tat aga    245

Leu Val Gln Ser Ile Ser Met Gly Lys Ile Cys Asn Lys Ser Tyr Arg

            60                  65                  70

att cta gat gga aga aat tgc aca tta ata gat gca atg cta gga gac    293

Ile Leu Asp Gly Arg Asn Cys Thr Leu Ile Asp Ala Met Leu Gly Asp

        75                  80                  85

ccc cac tgt gac gcc ctt cag tat gag agt tgg gac ctc ttt ata gaa    341

Pro His Cys Asp Ala Leu Gln Tyr Glu Ser Trp Asp Leu Phe Ile Glu

    90                  95                  100

aga agc agc gct ttc agc aat tgc tac cca tat gac atc cct gac tat    389

Arg Ser Ser Ala Phe Ser Asn Cys Tyr Pro Tyr Asp Ile Pro Asp Tyr

105                 110                 115                 120

gca tcg ctc cga tcc att gta gca tcc tca gga aca gtt gaa ttc aca    437

Ala Ser Leu Arg Ser Ile Val Ala Ser Ser Gly Thr Val Glu Phe Thr

                125                 130                 135

gca gag gga ttc aca tgg aca ggt gta act caa aac gga aga agt gga    485

Ala Glu Gly Phe Thr Trp Thr Gly Val Thr Gln Asn Gly Arg Ser Gly

            140                 145                 150

gcc tgc aaa agg gga tca gcc gat agt ttc ttt agc cga ctg aat tgg    533

Ala Cys Lys Arg Gly Ser Ala Asp Ser Phe Phe Ser Arg Leu Asn Trp

        155                 160                 165

cta aca aaa tct gga agc tct tac ccc aca ttg aat gtg aca atg cct    581

Leu Thr Lys Ser Gly Ser Ser Tyr Pro Thr Leu Asn Val Thr Met Pro

    170                 175                 180

aac aat aaa aat ttc gac aag cta tac atc tgg ggg att cat cac ccg    629

Asn Asn Lys Asn Phe Asp Lys Leu Tyr Ile Trp Gly Ile His His Pro

185                 190                 195                 200

agc tca aat caa gag cag aca aaa ttg tac atc caa gaa tca gga cga    677

Ser Ser Asn Gln Glu Gln Thr Lys Leu Tyr Ile Gln Glu Ser Gly Arg

                205                 210                 215

gta aca gtc tca aca aaa aga agt caa caa aca ata atc cct aac atc    725

Val Thr Val Ser Thr Lys Arg Ser Gln Gln Thr Ile Ile Pro Asn Ile

            220                 225                 230

gaa tct aga ccg ttg gtc aga ggt caa tca ggc agg ata agc ata tac    773

Glu Ser Arg Pro Leu Val Arg Gly Gln Ser Gly Arg Ile Ser Ile Tyr

        235                 240                 245

tgg acc att gta aaa cct gga gat atc cta atg ata aac agt aat ggc    821

Trp Thr Ile Val Lys Pro Gly Asp Ile Leu Met Ile Asn Ser Asn Gly

    250                 255                 260

aac tta gtt gca ccg cgg gga tat ttt aaa ttg aac aca ggg aaa agc    869

Asn Leu Val Ala Pro Arg Gly Tyr Phe Lys Leu Asn Thr Gly Lys Ser

265                 270                 275                 280

tct gta atg aga tcc gat gta ccc ata gac att tgt gtg tct gaa tgt    917

Ser Val Met Arg Ser Asp Val Pro Ile Asp Ile Cys Val Ser Glu Cys

                285                 290                 295

att aca cca aat gga agc atc tcc aac gac aag cca ttc caa aat gtg    965

Ile Thr Pro Asn Gly Ser Ile Ser Asn Asp Lys Pro Phe Gln Asn Val

            300                 305                 310

aac aaa gtt aca tat gga aaa tgc ccc aag tat atc agg caa aac act   1013

Asn Lys Val Thr Tyr Gly Lys Cys Pro Lys Tyr Ile Arg Gln Asn Thr

        315                 320                 325

tta aag ctg gcc act ggg atg agg aat gta cca gaa aag caa acc aga   1061

Leu Lys Leu Ala Thr Gly Met Arg Asn Val Pro Glu Lys Gln Thr Arg

    330                 335                 340

gga atc ttt gga gca ata gcg gga ttc atc gaa aac ggc tgg gaa gga   1109

Gly Ile Phe Gly Ala Ile Ala Gly Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly

345                 350                 355                 360

atg gtt gat ggg tgg tat ggg ttc cga tat caa aac tct gaa gga aca   1157

Met Val Asp Gly Trp Tyr Gly Phe Arg Tyr Gln Asn Ser Glu Gly Thr

                365                 370                 375

ggg caa gct gca gat cta aag agc act caa gca gcc att gac cag att    1205

Gly Gln Ala Ala Asp Leu Lys Ser Thr Gln Ala Ala Ile Asp Gln Ile

            380                 385                 390

aat gga aag tta aac aga gtg att gaa aga acc aat gag aaa ttc cat    1253

Asn Gly Lys Leu Asn Arg Val Ile Glu Arg Thr Asn Glu Lys Phe His

        395                 400                 405

caa ata gag aag gaa ttc tca gaa gta gaa gga aga att cag gac ttg    1301

Gln Ile Glu Lys Glu Phe Ser Glu Val Glu Gly Arg Ile Gln Asp Leu

    410                 415                 420

gag aaa tat gta gaa gac acc aaa ata gac cta tgg tcc tac aat gca    1349

Glu Lys Tyr Val Glu Asp Thr Lys Ile Asp Leu Trp Ser Tyr Asn Ala

425                 430                 435                 440

gaa ttg ctg gtg gct cta gaa aat caa cat aca att gac tta aca gat    1397

Glu Leu Leu Val Ala Leu Glu Asn Gln His Thr Ile Asp Leu Thr Asp

                445                 450                 455

gca gaa atg aat aaa tta ttt gag aag act aga cgc cag tta aga gaa    1445

Ala Glu Met Asn Lys Leu Phe Glu Lys Thr Arg Arg Gln Leu Arg Glu

            460                 465                 470

aac gca gaa gac atg gga ggt gga tgt ttc aag att tac cac aaa tgt    1493

Asn Ala Glu Asp Met Gly Gly Gly Cys Phe Lys Ile Tyr His Lys Cys

        475                 480                 485

gat aat gca tgc att gaa tca ata aga act ggg aca tat gac cat tac    1541

Asp Asn Ala Cys Ile Glu Ser Ile Arg Thr Gly Thr Tyr Asp His Tyr

    490                 495                 500

ata tac aga gat gaa gca tta aac aac cga ttt cag atc aaa ggt gta    1589

Ile Tyr Arg Asp Glu Ala Leu Asn Asn Arg Phe Gln Ile Lys Gly Val

505                 510                 515                 520

gag ttg aaa tca ggc tac aaa gat tgg ata ctg tgg att tca ttc gcc    1637

Glu Leu Lys Ser Gly Tyr Lys Asp Trp Ile Leu Trp Ile Ser Phe Ala

                525                 530                 535

ata tca tgc ttc tta att tgc gtt gtt cta ttg ggt ttc att atg tgg    1685

Ile Ser Cys Phe Leu Ile Cys Val Val Leu Leu Gly Phe Ile Met Trp

            540                 545                 550

gct tgc caa aaa ggc aac atc aga tgc aac att tgc att tgagtaaact    1734

Ala Cys Gln Lys Gly Asn Ile Arg Cys Asn Ile Cys Ile

        555                 560                 565

gatagttaaa aacacccttg tttctact                                    1762

 

<210>4

<211>565

<212>PRT

<213>流感病毒

 

<400>4

 

Met Lys Thr Thr Ile Ile Leu Ile Leu Leu Thr His Trp Ala Tyr Ser

1               5                   10                  15

Gln Asn Pro Ile Ser Gly Asn Asn Thr Ala Thr Leu Cys Leu Gly His

            20                  25                  30

His Ala Val Ala Asn Gly Thr Leu Val Lys Thr Met Ser Asp Asp Gln

        35                  40                  45

Ile Glu Val Thr Asn Ala Thr Glu Leu Val Gln Ser Ile Ser Met Gly

    50                  55                  60

Lys Ile Cys Asn Lys Ser Tyr Arg Ile Leu Asp Gly Arg Asn Cys Thr

65                  70                  75                  80

Leu Ile Asp Ala Met Leu Gly Asp Pro His Cys Asp Ala Leu Gln Tyr

                85                  90                  95

Glu Ser Trp Asp Leu Phe Ile Glu Arg Ser Ser Ala Phe Ser Asn Cys

            100                 105                 110

Tyr Pro Tyr Asp Ile Pro Asp Tyr Ala Ser Leu Arg Ser Ile Val Ala

        115                 120                 125

Ser Ser Gly Thr Val Glu Phe Thr Ala Glu Gly Phe Thr Trp Thr Gly

    130                 135                 140

Val Thr Gln Asn Gly Arg Ser Gly Ala Cys Lys Arg Gly Ser Ala Asp

145                 150                 155                 160

Ser Phe Phe Ser Arg Leu Asn Trp Leu Thr Lys Ser G1y Ser Ser Tyr

                165                 170                 175

Pro Thr Leu Asn Val Thr Met Pro Asn Asn Lys Asn Phe Asp Lys Leu

            180                 185                 190

Tyr Ile Trp Gly Ile His His Pro Ser Ser Asn Gln Glu Gln Thr Lys

        195                 200                 205

Leu Tyr Ile Gln Glu Ser Gly Arg Val Thr Val Ser Thr Lys Arg Ser

    210                 215                 220

Gln Gln Thr Ile Ile Pro Asn Ile Glu Ser Arg Pro Leu Val Arg Gly

225                 230                 235                 240

Gln Ser Gly Arg Ile Ser Ile Tyr Trp Thr Ile Val Lys Pro Gly Asp

                245                 250                 255

Ile Leu Met Ile Asn Ser Asn Gly Asn Leu Val Ala Pro Arg Gly Tyr

            260                 265                 270

Phe Lys Leu Asn Thr Gly Lys Ser Ser Val Met Arg Ser Asp Val Pro

        275                 280                 285

Ile Asp Ile Cys Val Ser Glu Cys Ile Thr Pro Asn Gly Ser Ile Ser

    290                 295                 300

Asn Asp Lys Pro Phe Gln Asn Val Asn Lys Val Thr Tyr Gly Lys Cys

305                 310                 315                 320

Pro Lys Tyr Ile Arg Gln Asn Thr Leu Lys Leu Ala Thr Gly Met Arg

                325                 330                 335

Asn Val Pro Glu Lys Gln Thr Arg Gly Ile Phe Gly Ala Ile Ala Gly

            340                 345                 350

Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly Met Val Asp Gly Trp Tyr Gly Phe

        355                 360                 365

Arg Tyr Gln Asn Ser Glu Gly Thr Gly Gln Ala Ala Asp Leu Lys Ser

    370                 375                 380

Thr Gln Ala Ala Ile Asp Gln Ile Asn Gly Lys Leu Asn Arg Val Ile

385                 390                 395                 400

Glu Arg Thr Asn Glu Lys Phe His Gln Ile Glu Lys Glu Phe Ser Glu

                405                 410                 415

Val Glu Gly Arg Ile Gln Asp Leu Glu Lys Tyr Val Glu Asp Thr Lys

            420                 425                 430

Ile Asp Leu Trp Ser Tyr Asn Ala Glu Leu Leu Val Ala Leu Glu Asn

        435                 440                 445

Gln His Thr Ile Asp Leu Thr Asp Ala Glu Met Asn Lys Leu Phe Glu

    450                 455                 460

Lys Thr Arg Arg Gln Leu Arg Glu Asn Ala Glu Asp Met Gly Gly Gly

465                 470                 475                 480

Cys Phe Lys Ile Tyr His Lys Cys Asp Asn Ala Cys Ile Glu Ser Ile

                485                 490                 495

Arg Thr Gly Thr Tyr Asp His Tyr Ile Tyr Arg Asp Glu Ala Leu Asn

            500                 505                 510

Asn Arg Phe Gln Ile Lys Gly Val Glu Leu Lys Ser Gly Tyr Lys Asp

        515                 520                 525

Trp Ile Leu Trp Ile Ser Phe Ala Ile Ser Cys Phe Leu Ile Cys Val

    530                 535                 540

Val Leu Leu Gly Phe Ile Met Trp Ala Cys Gln Lys Gly Asn Ile Arg

545                 550                 555                 560

Cys Asn Ile Cys Ile

                565

 

<210>5

<211>1585

<212>DNA

<213>流感病毒

 

<220>

<221>CDS

<222>(51)..(1544)

 

<400>5

cagggagcaa aagcagggta gataatcact cactgagtga catcaaagtc atg gcg      56

                                                       Met Ala

                                                       1

tct caa ggc acc aaa cga tcc tat gaa cag atg gaa act gat ggg gaa    104

Ser Gln Gly Thr Lys Arg Ser Tyr Glu Gln Met Glu Thr Asp Gly Glu

        5                   10                  15

cgc cag aat gca act gaa atc aga gca tct gtc gga agg atg gtg gga    152

Arg Gln Asn Ala Thr Glu Ile Arg Ala Ser Val Gly Arg Met Val Gly

    20                  25                  30

gga atc gga cgg ttt tat gtc cag atg tgt act gag ctt aaa cta aac    200

Gly Ile Gly Arg Phe Tyr Val Gln Met Cys Thr Glu Leu Lys Leu Asn

35                  40                  45                  50

gac cat gaa ggg cgg ctg att cag aac agc ata aca ata gaa agg atg    248

Asp His Glu Gly Arg Leu Ile Gln Asn Ser Ile Thr Ile Glu Arg Met

                55                  60                  65

gta ctt tca gca ttc gac gaa aga aga aac aag tat ctc gag gag cat    296

Val Leu Ser Ala Phe Asp Glu Arg Arg Asn Lys Tyr Leu Glu Glu His

            70                  75                  80

ccc agt gct ggg aaa gac cct aag aaa acg gga ggc ccg ata tac aga    344

Pro Ser Ala Gly Lys Asp Pro Lys Lys Thr Gly Gly Pro Ile Tyr Arg

        85                  90                  95

aga aaa gat ggg aaa tgg atg agg gaa ctc atc ctc cat gat aaa gaa    392

Arg Lys Asp Gly Lys Trp Met Arg Glu Leu Ile Leu His Asp Lys Glu

    100                 105                 110

gaa atc atg aga atc tgg cgt cag gcc aac aat ggt gaa gac gct act    440

Glu Ile Met Arg Ile Trp Arg Gln Ala Asn Asn Gly Glu Asp Ala Thr

115                 120                 125                 130

gct ggt ctt act cat atg atg atc tgg cac tcc aat ctc aat gac acc    488

Ala Gly Leu Thr His Met Met Ile Trp His Ser Asn Leu Asn Asp Thr

                135                 140                 145

aca tac caa aga aca agg gct ctt gtt cgg act ggg atg gat ccc aga    536

Thr Tyr Gln Arg Thr Arg Ala Leu Val Arg Thr Gly Met Asp Pro Arg

            150                 155                 160

atg tgc tct ctg atg caa ggc tca acc ctc cca cgg aga tct gga gcc    584

Met Cys Ser Leu Met Gln Gly Ser Thr Leu Pro Arg Arg Ser Gly Ala

        165                 170                 175

gct ggt gct gca gta aaa ggt gtt gga aca atg gta atg gaa ctc atc    632

Ala Gly Ala Ala Val Lys Gly Val Gly Thr Met Val Met Glu Leu Ile

    180                 185                 190

agg atg atc aaa cgc gga ata aat gat cgg aat ttc tgg aga ggt gaa    680

Arg Met Ile Lys Arg Gly Ile Asn Asp Arg Asn Phe Trp Arg Gly Glu

195                 200                 205                 210

aat ggt cga aga acc aga att gct tat gaa aga atg tgc aat atc ctc    728

Asn Gly Arg Arg Thr Arg Ile Ala Tyr Glu Arg Met Cys Asn Ile Leu

                215                 220                 225

aaa ggg aaa ttt cag aca gca gca caa cgg gct atg atg gac cag gtg    776

Lys Gly Lys Phe Gln Thr Ala Ala Gln Arg Ala Met Met Asp Gln Val

            230                 235                 240

agg gaa ggc cgc aat cct gga aac gct gag att gag gat ctc att ttc    824

Arg Glu Gly Arg Asn Pro Gly Asn Ala Glu Ile Glu Asp Leu Ile Phe

        245                 250                 255

ttg gca cga tca gca ctt att ttg aga gga tca gta gcc cat aaa tca    872

Leu Ala Arg Ser Ala Leu Ile Leu Arg Gly Ser Val Ala His Lys Ser

    260                 265                 270

tgc cta cct gcc tgt gtt tat ggc ctt gca gta acc agt ggg tat gac    920

Cys Leu Pro Ala Cys Val Tyr Gly Leu Ala Val Thr Ser Gly Tyr Asp

275                 280                 285                 290

ttt gag aag gaa gga tac tct ctg gtt gga att gat cct ttc aaa cta    968

Phe Glu Lys Glu Gly Tyr Ser Leu Val Gly Ile Asp Pro Phe Lys Leu

                295                 300                 305

ctc cag aac agt caa att ttc agt cta atc aga cca aaa gaa aac cca    1016

Leu Gln Asn Ser Gln Ile Phe Ser Leu Ile Arg Pro Lys Glu Asn Pro

            310                 315                 320

gca cac aaa agc cag ttg gtg tgg atg gca tgc cat tct gca gca ttt    1064

Ala His Lys Ser Gln Leu Val Trp Met Ala Cys His Ser Ala Ala Phe

        325                 330                 335

gag gat ctg aga gtt tta aat ttc att aga gga acc aaa gta atc cca    1112

Glu Asp Leu Arg Val Leu Asn Phe Ile Arg Gly Thr Lys Val Ile Pro

    340                 345                 350

aga gga cag tta aca acc aga gga gtt caa att gct tca aat gaa aac    1160

Arg Gly Gln Leu Thr Thr Arg Gly Val Gln Ile Ala Ser Asn Glu Asn

355                 360                 365                 370

atg gag aca ata aat tct agc aca ctt gaa ctg aga agc aaa tat tgg    1208

Met Glu Thr Ile Asn Ser Ser Thr Leu Glu Leu Arg Ser Lys Tyr Trp

                375                 380                 385

gca ata agg acc aga agc gga gga aac acc agt caa cag aga gca ttt    1256

Ala Ile Arg Thr Arg Ser Gly Gly Asn Thr Ser Gln Gln Arg Ala Phe

            390                 395                 400

gca gga cag ata agt gtg caa cct act ttc tca gta cag aga aat ctt    1304

Ala Gly Gln Ile Ser Val Gln Pro Thr Phe Ser Val Gln Arg Asn Leu

        405                 410                 415

ccc ttt gag aga gca acc att atg gct gca ttc act ggt aac act gaa    1352

Pro Phe Glu Arg Ala Thr Ile Met Ala Ala Phe Thr Gly Asn Thr Glu

    420                 425                 430

ggg agg act tcc gac atg aga acg gaa atc ata agg atg atg gaa aat    1400

Gly Arg Thr Ser Asp Met Arg Thr Glu Ile Ile Arg Met Met Glu Asn

435                 440                 445                 450

gcc aaa tca gaa gat gtg tct ttc cag ggg cgg gga gtc ttc gag ctc    1448

Ala Lys Ser Glu Asp Val Ser Phe Gln Gly Arg Gly Val Phe Glu Leu

                455                 460                 465

tcg gac gaa aag gca acg aac ccg atc gtg cct tcc ttt gac atg agc    1496

Ser Asp Glu Lys Ala Thr Asn Pro Ile Val Pro Ser Phe Asp Met Ser

            470                 475                 480

aat gaa ggg tct tat ttc ttc gga gac aat gct gag gag ttt gac agt    1544

Asn Glu Gly Ser Tyr Phe Phe Gly Asp Asn Ala Glu Glu Phe Asp Ser

        485                 490                 495

taaagaaaaa tacccttgtt tctactaata cgagacgata t                      1585

 

<210>6

<211>498

<212>PRT

<213>流感病毒

 

<400>6

 

Met Ala Ser Gln Gly Thr Lys Arg Ser Tyr Glu Gln Met Glu Thr Asp

1               5                   10                  15

Gly Glu Arg Gln Asn Ala Thr Glu Ile Arg Ala Ser Val Gly Arg Met

            20                  25                  30

Val Gly Gly Ile Gly Arg Phe Tyr Val Gln Met Cys Thr Glu Leu Lys

        35                  40                  45

Leu Asn Asp His Glu Gly Arg Leu Ile Gln Asn Ser Ile Thr Ile Glu

    50                  55                  60

Arg Met Val Leu Ser Ala Phe Asp Glu Arg Arg Asn Lys Tyr Leu Glu

65                  70                  75                  80

Glu His Pro Ser Ala Gly Lys Asp Pro Lys Lys Thr Gly Gly Pro Ile

                85                  90                  95

Tyr Arg Arg Lys Asp Gly Lys Trp Met Arg Glu Leu Ile Leu His Asp

            100                 105                 110

Lys Glu Glu Ile Met Arg Ile Trp Arg Gln Ala Asn Asn Gly Glu Asp

        115                 120                 125

Ala Thr Ala Gly Leu Thr His Met Met Ile Trp His Ser Asn Leu Asn

    130                 135                 140

Asp Thr Thr Tyr Gln Arg Thr Arg Ala Leu Val Arg Thr Gly Met Asp

145                 150                 155                 160

Pro Arg Met Cys Ser Leu Met Gln Gly Ser Thr Leu Pro Arg Arg Ser

                165                 170                 175

Gly Ala Ala Gly Ala Ala Val Lys Gly Val Gly Thr Met Val Met Glu

            180                 185                 190

Leu Ile Arg Met Ile Lys Arg Gly Ile Asn Asp Arg Asn Phe Trp Arg

        195                 200                 205

Gly Glu Asn Gly Arg Arg Thr Arg Ile Ala Tyr Glu Arg Met Cys Asn

    210                 215                 220

Ile Leu Lys Gly Lys Phe Gln Thr Ala Ala Gln Arg Ala Met Met Asp

225                 230                 235                 240

Gln Val Arg Glu Gly Arg Asn Pro Gly Asn Ala Glu Ile Glu Asp Leu

                245                 250                 255

Ile Phe Leu Ala Arg Ser Ala Leu Ile Leu Arg Gly Ser Val Ala His

            260                 265                 270

Lys Ser Cys Leu Pro Ala Cys Val Tyr Gly Leu Ala Val Thr Ser Gly

        275                 280                 285

Tyr Asp Phe Glu Lys Glu Gly Tyr Ser Leu Val Gly Ile Asp Pro Phe

    290                 295                 300

Lys Leu Leu Gln Asn Ser Gln Ile Phe Ser Leu Ile Arg Pro Lys Glu

305                 310                 315                 320

Asn Pro Ala His Lys Ser Gln Leu Val Trp Met Ala Cys His Ser Ala

                325                 330                 335

Ala Phe Glu Asp Leu Arg Val Leu Asn Phe Ile Arg Gly Thr Lys Val

            340                 345                 350

Ile Pro Arg Gly Gln Leu Thr Thr Arg Gly Val Gln Ile Ala Ser Asn

        355                 360                 365

Glu Asn Met Glu Thr Ile Asn Ser Ser Thr Leu Glu Leu Arg Ser Lys

    370                 375                 380

Tyr Trp Ala Ile Arg Thr Arg Ser Gly Gly Asn Thr Ser Gln Gln Arg

385                 390                 395                 400

Ala Phe Ala Gly Gln Ile Ser Val Gln Pro Thr Phe Ser Val Gln Arg

                405                 410                 415

Asn Leu Pro Phe Glu Arg Ala Thr Ile Met Ala Ala Phe Thr Gly Asn

            420                 425                 430

Thr Glu Gly Arg Thr Ser Asp Met Arg Thr Glu Ile Ile Arg Met Met

        435                 440                 445

Glu Asn Ala Lys Ser Glu Asp Val Ser Phe Gln Gly Arg Gly Val Phe

    450                 455                 460

Glu Leu Ser Asp Glu Lys Ala Thr Asn Pro Ile Val Pro Ser Phe Asp

465                 470                 475                 480

Met Ser Asn Glu Gly Ser Tyr Phe Phe Gly Asp Asn Ala Glu Glu Phe

                485                 490                 495

Asp Ser

 

<210>7

<211>1056

<212>DNA

<213>流感病毒

 

<220>

<221>CDS

<222>(40)..(795)

 

<400>7

tattcgtctc agggagcaaa agcaggtaga tatttaaag atg agt ctt cta acc      54

                                           Met Ser Leu Leu Thr

                                           1               5

gag gtc gaa acg tac gtt ctc tct atc gta cca tca ggc ccc ctc aaa    102

Glu Val Glu Thr Tyr Val Leu Ser Ile Val Pro Ser Gly Pro Leu Lys

                10                  15                  20

gcc gag atc gcg cag aga ctt gaa gat gtc ttt gcg gga aag aac acc    150

Ala Glu Ile Ala Gln Arg Leu Glu Asp Val Phe Ala Gly Lys Asn Thr

            25                  30                  35

gat ctt gag gca ctc atg gaa tgg cta aag aca aga cca atc ctg tca    198

Asp Leu Glu Ala Leu Met Glu Trp Leu Lys Thr Arg Pro Ile Leu Ser

        40                  45                  50

cct ctg act aaa ggg att tta gga ttt gta ttc acg ctc acc gtg ccc    246

Pro Leu Thr Lys Gly Ile Leu Gly Phe Val Phe Thr Leu Thr Val Pro

    55                  60                  65

agt gag cga gga ctg cag cgt aga cgc ttt gtc caa aat gcc ctt agt    294

Ser Glu Arg Gly Leu Gln Arg Arg Arg Phe Val Gln Asn Ala Leu Ser

70                  75                  80                  85

gga aac gga gat cca aac aac atg gac aga gca gta aaa ctg tac agg    342

Gly Asn Gly Asp Pro Asn Asn Met Asp Arg Ala Val Lys Leu Tyr Arg

                90                  95                  100

aag ctt aaa aga gaa ata aca ttc cat gag gca aaa gag gtg gca ctc    390

Lys Leu Lys Arg Glu Ile Thr Phe His Glu Ala Lys Glu Val Ala Leu

            105                 110                 115

agc tat tcc act ggt gca cta gcc agc tgc atg gga ctc ata tac aac    438

Ser Tyr Ser Thr Gly Ala Leu Ala Ser Cys Met Gly Leu Ile Tyr Asn

        120                 125                 130

aga atg gga act gtt aca acc gaa gtg gca ttt ggc ctg gta tgc gcc    486

Arg Met Gly Thr Val Thr Thr Glu Val Ala Phe Gly Leu Val Cys Ala

    135                 140                 145

aca tgt gaa cag att gct gat tcc cag cat cga tct cac agg cag atg    534

Thr Cys Glu Gln Ile Ala Asp Ser Gln His Arg Ser His Arg Gln Met

150                 155                 160                 165

gtg aca aca acc aac cca tta atc aga cat gaa aac aga atg gta tta    582

Val Thr Thr Thr Asn Pro Leu Ile Arg His Glu Asn Arg Met Val Leu

                170                 175                 180

gcc agt acc acg gct aaa gcc atg gaa cag atg gca gga tcg agt gag    630

Ala Ser Thr Thr Ala Lys Ala Met Glu Gln Met Ala Gly Ser Ser Glu

            185                 190                 195

cag gca gca gag gcc atg gag gtt gct agt agg gct agg cag atg gta    678

Gln Ala Ala Glu Ala Met Glu Val Ala Ser Arg Ala Arg Gln Met Val

        200                 205                 210

cag gca atg aga acc att ggg acc cac cct agc tcc agt gcc ggt ttg    726

Gln Ala Met Arg Thr Ile Gly Thr His Pro Ser Ser Ser Ala Gly Leu

    215                 220                 225

aaa gat gat ctc ctt gaa aat tta cag gcc tac cag aaa cgg atg gga    774

Lys Asp Asp Leu Leu Glu Asn Leu Gln Ala Tyr Gln Lys Arg Met Gly

230                 235                 240                 245

gtg caa atg cag cga ttc aag tgatcctctc gttattgcag caagtatcat       825

Val Gln Met Gln Arg Phe Lys

                250

tggaatcttg cacttgatat tgtggattct tgatcgtctt ttcttcaaat tcatttatcg   885

tcgccttaaa tacgggttga aaagagggcc ttctacggaa ggagtacctg agtctatgag   945

ggaagaatat cggcaggaac agcagaatgc tgtggatgtt gacgatggtc attttgtcaa  1005

catagagctg gagtaaaaaa ctaccttgtt tctactaata cgagacgata t           1056

 

<210>8

<211>252

<212>PRT

<213>流感病毒

 

<400>8

 

Met Ser Leu Leu Thr Glu Val Glu Thr Tyr Val Leu Ser Ile Val Pro

1               5                   10                  15

Ser Gly Pro Leu Lys Ala Glu Ile Ala Gln Arg Leu Glu Asp Val Phe

            20                  25                  30

Ala Gly Lys Asn Thr Asp Leu Glu Ala Leu Met Glu Trp Leu Lys Thr

        35                  40                  45

Arg Pro Ile Leu Ser Pro Leu Thr Lys Gly Ile Leu Gly Phe Val Phe

    50                  55                  60

Thr Leu Thr Val Pro Ser Glu Arg Gly Leu Gln Arg Arg Arg Phe Val

65                  70                  75                  80

Gln Asn Ala Leu Ser Gly Asn Gly Asp Pro Asn Asn Met Asp Arg Ala

                85                  90                  95

Val Lys Leu Tyr Arg Lys Leu Lys Arg Glu Ile Thr Phe His Glu Ala

            100                 105                 110

Lys Glu Val Ala Leu Ser Tyr Ser Thr Gly Ala Leu Ala Ser Cys Met

        115                 120                 125

Gly Leu Ile Tyr Asn Arg Met Gly Thr Val Thr Thr Glu Val Ala Phe

    130                 135                 140

Gly Leu Val Cys Ala Thr Cys Glu Gln Ile Ala Asp Ser Gln His Arg

145                 150                 155                 160

Ser His Arg Gln Met Val Thr Thr Thr Asn Pro Leu Ile Arg His Glu

                165                 170                 175

Asn Arg Met Val Leu Ala Ser Thr Thr Ala Lys Ala Met Glu Gln Met

            180                 185                 190

Ala Gly Ser Ser Glu Gln Ala Ala Glu Ala Met Glu Val Ala Ser Arg

        195                 200                 205

Ala Arg Gln Met Val Gln Ala Met Arg Thr Ile Gly Thr His Pro Ser

    210                 215                 220

Ser Ser Ala Gly Leu Lys Asp Asp Leu Leu Glu Asn Leu Gln Ala Tyr

225                 230                 235                 240

Gln Lys Arg Met Gly Val Gln Met Gln Arg Phe Lys

                245                 250

 

<210>9

<211>870

<212>DNA

<213>流感病毒

 

<220>

<221>CDS

<222>(29)..(718)

 

<400>9

ggagcaaaag cagggtgaca aaaacata atg gat tcc aac act gtg tca agc      52

                               Met Asp Ser Asn Thr Val Ser Ser

                               1               5

ttt cag gta gac tgt ttt ctt tgg cat gtc cgc aaa cga ttc gca gac    100

Phe Gln Val Asp Cys Phe Leu Trp His Val Arg Lys Arg Phe Ala Asp

    10                  15                  20

caa gaa ctg ggt gat gcc cca ttc ctt gac cgg ctt cgc cga gac cag    148

Gln Glu Leu Gly Asp Ala Pro Phe Leu Asp Arg Leu Arg Arg Asp Gln

25                  30                  35                  40

aag tcc cta agg gga aga ggt agc act ctt ggt ctg gac atc gaa aca    196

Lys Ser Leu Arg Gly Arg Gly Ser Thr Leu Gly Leu Asp Ile Glu Thr

                45                  50                  55

gcc act cat gca gga aag cag ata gtg gag cag att ctg gaa aag gaa    244

Ala Thr His Ala Gly Lys Gln Ile Val Glu Gln Ile Leu Glu Lys Glu

            60                  65                  70

tca gat gag gca ctt aaa atg acc att gcc tct gtt cct gct tca cgc    292

Ser Asp Glu Ala Leu Lys Met Thr Ile Ala Ser Val Pro Ala Ser Arg

        75                  80                  85

tac tta act gac atg act ctt gat gag atg tca aga gac tgg ttc atg    340

Tyr Leu Thr Asp Met Thr Leu Asp Glu Met Ser Arg Asp Trp Phe Met

    90                  95                  100

ctc atg ccc aag caa aaa gta aca ggc tcc cta tgt ata aga atg gac    388

Leu Met Pro Lys Gln Lys Val Thr Gly Ser Leu Cys Ile Arg Met Asp

105                 110                 115                 120

caa gca atc atg gat aag aac atc ata ctt aaa gca aac ttt agt gtg    436

Gln Ala Ile Met Asp Lys Asn Ile Ile Leu Lys Ala Asn Phe Ser Val

                125                 130                 135

att ttc gaa agg ctg gaa aca cta ata cta ctt aga gcc ttc acc gaa    484

Ile Phe Glu Arg Leu Glu Thr Leu Ile Leu Leu Arg Ala Phe Thr Glu

            140                 145                 150

gaa gga gca gtc gtt ggc gaa att tca cca tta cct tct ctt cca gga    532

Glu Gly Ala Val Val Gly Glu Ile Ser Pro Leu Pro Ser Leu Pro Gly

        155                 160                 165

cat act aat gag gat gtc aaa aat gca att ggg gtc ctc atc gga gga    580

His Thr Asn Glu Asp Val Lys Asn Ala Ile Gly Val Leu Ile Gly Gly

    170                 175                 180

ctt aaa tgg aat gat aat acg gtt aga atc tct gaa act cta cag aga    628

Leu Lys Trp Asn Asp Asn Thr Val Arg Ile Ser Glu Thr Leu Gln Arg

185                 190                 195                 200

ttc gct tgg aga agc agt cat gaa aat ggg aga cct tca ttc cct tca    676

Phe Ala Trp Arg Ser Ser His Glu Asn Gly Arg Pro Ser Phe Pro Ser

                205                 210                 215

aag cag aaa cga aaa atg gag aga aca att aag cca gaa att              718

Lys Gln Lys Arg Lys Met Glu Arg Thr Ile Lys Pro Glu Ile

            220                 225                 230

tgaagaaata agatggttga ttgaagaagt gcgacataga ttgaaaaata cagaaaatag    778

ttttgaacaa ataacattta tgcaagcctt acaactattg cttgaagtag aacaagagat    838

aagaactttc tcgtttcagc ttatttaatg at                                  870

 

<210>10

<211>230

<212>PRT

<213>流感病毒

 

<400>10

 

Met Asp Ser Asn Thr Val Ser Ser Phe Gln Val Asp Cys Phe Leu Trp

1               5                   10                  15

His Val Arg Lys Arg Phe Ala Asp Gln Glu Leu Gly Asp Ala Pro Phe

            20                  25                  30

Leu Asp Arg Leu Arg Arg Asp Gln Lys Ser Leu Arg Gly Arg Gly Ser

        35                  40                  45

Thr Leu Gly Leu Asp Ile Glu Thr Ala Thr His Ala Gly Lys Gln Ile

    50                  55                  60

Val Glu Gln Ile Leu Glu Lys Glu Ser Asp Glu Ala Leu Lys Met Thr

65                  70                  75                  80

Ile Ala Ser Val Pro Ala Ser Arg Tyr Leu Thr Asp Met Thr Leu Asp

                85                  90                  95

Glu Met Ser Arg Asp Trp Phe Met Leu Met Pro Lys Gln Lys Val Thr

            100                 105                 110

Gly Ser Leu Cys Ile Arg Met Asp Gln Ala Ile Met Asp Lys Asn Ile

        115                 120                 125

Ile Leu Lys Ala Asn Phe Ser Val Ile Phe Glu Arg Leu Glu Thr Leu

    130                 135                 140

Ile Leu Leu Arg Ala Phe Thr Glu Glu Gly Ala Val Val Gly Glu Ile

145                 150                 155                 160

Ser Pro Leu Pro Ser Leu Pro Gly His Thr Asn Glu Asp Val Lys Asn

                165                 170                 175

Ala Ile Gly Val Leu Ile Gly Gly Leu Lys Trp Asn Asp Asn Thr Val

            180                 185                 190

Arg Ile Ser Glu Thr Leu Gln Arg Phe Ala Trp Arg Ser Ser His Glu

        195                 200                 205

Asn Gly Arg Pro Ser Phe Pro Ser Lys Gln Lys Arg Lys Met Glu Arg

    210                 215                 220

Thr Ile Lys Pro Glu Ile

225                 230

 

<210>11

<211>2191

<212>DNA

<213>流感病毒

 

<220>

<221>CDS

<222>(4)..(2151)

 

<400>11

taa atg gaa gac ttt gtg cga cag tgc ttc aat cca atg atc gtc gag     48

    Met Glu Asp Phe Val Arg Gln Cys Phe Asn Pro Met Ile Val Glu

    1               5                   10                  15

ctt gcg gaa aag gca atg aaa gaa tat gga gag aac ccg aaa atc gaa     96

Leu Ala Glu Lys Ala Met Lys Glu Tyr Gly Glu Asn Pro Lys Ile Glu

                20                  25                  30

aca aac aaa ttt gca gca ata tgc act cac ttg gaa gtc tgc ttc atg    144

Thr Asn Lys Phe Ala Ala Ile Cys Thr His Leu Glu Val Cys Phe Met

            35                  40                  45

tac tcg gat ttc cac ttt ata aat gaa ctg ggt gag tca gtg gtc ata    192

Tyr Ser Asp Phe His Phe Ile Asn Glu Leu Gly Glu Ser Val Val Ile

        50                  55                  60

gag tct ggt gac cca aat gct ctt ttg aaa cac aga ttt gaa atc att    240

Glu Ser Gly Asp Pro Asn Ala Leu Leu Lys His Arg Phe Glu Ile Ile

    65                  70                  75

gag ggg aga gat cga aca atg gca tgg aca gta gta aac agc atc tgc    288

Glu Gly Arg Asp Arg Thr Met Ala Trp Thr Val Val Asn Ser Ile Cys

80                  85                  90                  95

aac acc aca aga gct gaa aaa cct aaa ttt ctt cca gat tta tac gac    336

Asn Thr Thr Arg Ala Glu Lys Pro Lys Phe Leu Pro Asp Leu Tyr Asp

                100                 105                 110

tat aag gag aac aga ttt gtt gaa att ggt gtg aca agg aga gaa gtt    384

Tyr Lys Glu Asn Arg Phe Val Glu Ile Gly Val Thr Arg Arg Glu Val

            115                 120                 125

cac ata tac tac ctg gag aaa gcc aac aaa ata aag tct gag aaa aca    432

His Ile Tyr Tyr Leu Glu Lys Ala Asn Lys Ile Lys Ser Glu Lys Thr

        130                 135                 140

cat atc cac att ttc tca ttt aca gga gaa gaa atg gct aca aaa gcg    480

His Ile His Ile Phe Ser Phe Thr Gly Glu Glu Met Ala Thr Lys Ala

    145                 150                 155

gac tat act ctt gat gaa gag agt aga gcc agg atc aag acc aga cta    528

Asp Tyr Thr Leu Asp Glu Glu Ser Arg Ala Arg Ile Lys Thr Arg Leu

160                 165                 170                 175

ttc act ata aga caa gaa atg gcc agt aga ggc ctc tgg gat tcc ttt    576

Phe Thr Ile Arg Gln Glu Met Ala Ser Arg Gly Leu Trp Asp Ser Phe

                180                 185                 190

cgt cag tcc gag aga ggc gaa gag aca att gaa gaa aga ttt gaa atc    624

Arg Gln Ser Glu Arg Gly Glu Glu Thr Ile Glu Glu Arg Phe Glu Ile

            195                 200                 205

aca gga acg atg cgc aag ctt gcc aat tac agt ctc cca ccg aac ttc    672

Thr Gly Thr Met Arg Lys Leu Ala Asn Tyr Ser Leu Pro Pro Asn Phe

        210                 215                 220

tcc agc ctt gaa aat ttt aga gtc tat ata gat gga ttc gaa ccg aac    720

Ser Ser Leu Glu Asn Phe Arg Val Tyr Ile Asp Gly Phe Glu Pro Asn

    225                 230                 235

ggc tgc att gag agt aag ctt tct caa atg tcc aaa gaa gta aat gcc    768

Gly Cys Ile Glu Ser Lys Leu Ser Gln Met Ser Lys Glu Val Asn Ala

240                 245                 250                 255

aaa atc gaa cca ttt tca aag aca aca ccc cga cca ctc aaa atg cca    816

Lys Ile Glu Pro Phe Ser Lys Thr Thr Pro Arg Pro Leu Lys Met Pro

                260                 265                 270

ggt ggt cca ccc tgc cat cag cga tcc aaa ttc ttg cta atg gat gct    864

Gly Gly Pro Pro Cys His Gln Arg Ser Lys Phe Leu Leu Met Asp Ala

            275                 280                 285

ctg aaa ctg agc att gag gac cca agt cac gag gga gag ggg ata cca    912

Leu Lys Leu Ser Ile Glu Asp Pro Ser His Glu Gly Glu Gly Ile Pro

        290                 295                 300

cta tat gat gca atc aaa tgc atg aaa act ttc ttt gga tgg aaa gag    960

Leu Tyr Asp Ala Ile Lys Cys Met Lys Thr Phe Phe Gly Trp Lys Glu

    305                 310                 315

ccc agt att gtt aaa cca cat aaa aag ggt ata aac ccg aac tat ctc   1008

Pro Ser Ile Val Lys Pro His Lys Lys Gly Ile Asn Pro Asn Tyr Leu

320                 325                 330                 335

caa act tgg aag caa gta tta gaa gaa ata caa gac ctt gag aac gaa   1056

Gln Thr Trp Lys Gln Val Leu Glu Glu Ile Gln Asp Leu Glu Asn Glu

                340                 345                 350

gaa agg acc ccc aag acc aag aat atg aaa aaa aca agc caa ttg aaa   1104

Glu Arg Thr Pro Lys Thr Lys Asn Met Lys Lys Thr Ser Gln Leu Lys

            355                 360                 365

tgg gca cta ggt gaa aat atg gca cca gag aaa gtg gat ttt gag gat   1152

Trp Ala Leu Gly Glu Asn Met Ala Pro Glu Lys Val Asp Phe Glu Asp

        370                 375                 380

tgt aaa gac atc aat gat tta aaa caa tat gac agt gat gag cca gaa   1200

Cys Lys Asp Ile Asn Asp Leu Lys Gln Tyr Asp Ser Asp Glu Pro Glu

    385                 390                 395

gca agg tct ctt gca agt tgg att caa agt gag ttc aac aag gct tgt   1248

Ala Arg Ser Leu Ala Ser Trp Ile Gln Ser Glu Phe Asn Lys Ala Cys

400                 405                 410                 415

gag ctg aca gat tca agc tgg ata gag ctc gat gaa att ggg gag gat    1296

Glu Leu Thr Asp Ser Ser Trp Ile Glu Leu Asp Glu Ile Gly Glu Asp

                420                 425                 430

gtc gcc cca ata gaa tac att gcg agc atg agg aga aat tat ttt act    1344

Val Ala Pro Ile Glu Tyr Ile Ala Ser Met Arg Arg Asn Tyr Phe Thr

            435                 440                 445

gct gag att tcc cat tgt aga gca aca gaa tat ata atg aaa gga gta    1392

Ala Glu Ile Ser His Cys Arg Ala Thr Glu Tyr Ile Met Lys Gly Val

        450                 455                 460

tac atc aac act gct cta ctc aat gca tcc tgt gct gcg atg gat gaa    1440

Tyr Ile Asn Thr Ala Leu Leu Asn Ala Ser Cys Ala Ala Met Asp Glu

    465                 470                 475

ttt caa tta att ccg atg ata agt aaa tgc agg acc aaa gaa ggg aga    1488

Phe Gln Leu Ile Pro Met Ile Ser Lys Cys Arg Thr Lys Glu Gly Arg

480                 485                 490                 495

agg aaa aca aat tta tat gga ttc ata ata aag gga agg tcc cat tta    1536

Arg Lys Thr Asn Leu Tyr Gly Phe Ile Ile Lys Gly Arg Ser His Leu

                500                 505                 510

aga aat gat act gac gtg gtg aac ttt gta agt atg gaa ttt tct ctc    1584

Arg Asn Asp Thr Asp Val Val Asn Phe Val Ser Met Glu Phe Ser Leu

            515                 520                 525

act gat cca aga ttt gag cca cac aaa tgg gaa aaa tac tgc gtt cta    1632

Thr Asp Pro Arg Phe Glu Pro His Lys Trp Glu Lys Tyr Cys Val Leu

        530                 535                 540

gaa att gga gac atg ctt cta aga act gct gta ggt caa gtg tca aga    1680

Glu Ile Gly Asp Met Leu Leu Arg Thr Ala Val Gly Gln Val Ser Arg

    545                 550                 555

ccc ata ttt ttg tat gta agg aca aat gga acc tct aaa att aaa atg    1728

Pro Ile Phe Leu Tyr Val Arg Thr Asn Gly Thr Ser Lys Ile Lys Met

560                 565                 570                 575

aaa tgg gga atg gaa atg aga cgc tgc ctc ctt cag tct ctg caa cag    1776

Lys Trp Gly Met Glu Met Arg Arg Cys Leu Leu Gln Ser Leu Gln Gln

                580                 585                 590

att gaa agc atg atc gaa gct gag tcc tca gtc aaa gaa aag gac atg    1824

Ile Glu Ser Met Ile Glu Ala Glu Ser Ser Val Lys Glu Lys Asp Met

            595                 600                 605

acc aaa gaa ttt ttt gag aac aaa tca gag aca tgg cct ata gga gag    1872

Thr Lys Glu Phe Phe Glu Asn Lys Ser Glu Thr Trp Pro Ile Gly Glu

        610                 615                 620

tcc ccc aaa gga gtg gaa gag ggc tca atc ggg aag gtt tgc agg acc    1920

Ser Pro Lys Gly Val Glu Glu Gly Ser Ile Gly Lys Val Cys Arg Thr

    625                 630                 635

tta tta gca aaa tct gtg ttt aac agt tta tat gca tct cca caa ctg    1968

Leu Leu Ala Lys Ser Val Phe Asn Ser Leu Tyr Ala Ser Pro Gln Leu

640                 645                 650                 655

gaa gga ttt tca gct gaa tct agg aaa tta ctt ctc att gtt cag gct    2016

Glu Gly Phe Ser Ala Glu Ser Arg Lys Leu Leu Leu Ile Val Gln Ala

                660                 665                 670

ctt aga gat gac ctg gaa cct gga acc ttt gat att ggg ggg tta tat    2064

Leu Arg Asp Asp Leu Glu Pro Gly Thr Phe Asp Ile Gly Gly Leu Tyr

            675                 680                 685

gaa tca att gag gag tgc ctg att aat gat ccc tgg gtt ttg ctt aat    2112

Glu Ser Ile Glu Glu Cys Leu Ile Asn Asp Pro Trp Val Leu Leu Asn

        690                 695                 700

gca tct tgg ttc aac tcc ttc ctc aca cat gca ctg aag tagttgtggc     2161

Ala Ser Trp Phe Asn Ser Phe Leu Thr His Ala Leu Lys

    705                 710                 715

aatgctacta tttgttatcc atactgtcca                                   2191

 

<210>12

<211>716

<212>PRT

<213>流感病毒

 

<400>12

 

Met Glu Asp Phe Val Arg Gln Cys Phe Asn Pro Met Ile Val Glu Leu

1               5                   10                  15

Ala Glu Lys Ala Met Lys Glu Tyr Gly Glu Asn Pro Lys Ile Glu Thr

            20                  25                  30

Asn Lys Phe Ala Ala Ile Cys Thr His Leu Glu Val Cys Phe Met Tyr

        35                  40                  45

Ser Asp Phe His Phe Ile Asn Glu Leu Gly Glu Ser Val Val Ile Glu

    50                  55                  60

Ser Gly Asp Pro Asn Ala Leu Leu Lys His Arg Phe Glu Ile Ile Glu

65                  70                  75                  80

Gly Arg Asp Arg Thr Met Ala Trp Thr Val Val Asn Ser Ile Cys Asn

                85                  90                  95

Thr Thr Arg Ala Glu Lys Pro Lys Phe Leu Pro Asp Leu Tyr Asp Tyr

            100                 105                 110

Lys Glu Asn Arg Phe Val Glu Ile Gly Val Thr Arg Arg Glu Val His

        115                 120                 125

Ile Tyr Tyr Leu Glu Lys Ala Asn Lys Ile Lys Ser Glu Lys Thr His

    130                 135                 140

Ile His Ile Phe Ser Phe Thr Gly Glu Glu Met Ala Thr Lys Ala Asp

145                 150                 155                 160

Tyr Thr Leu Asp Glu Glu Ser Arg Ala Arg Ile Lys Thr Arg Leu Phe

                165                 170                 175

Thr Ile Arg Gln Glu Met Ala Ser Arg Gly Leu Trp Asp Ser Phe Arg

            180                 185                 190

Gln Ser Glu Arg Gly Glu Glu Thr Ile Glu Glu Arg Phe Glu Ile Thr

        195                 200                 205

Gly Thr Met Arg Lys Leu Ala Asn Tyr Ser Leu Pro Pro Asn Phe Ser

    210                 215                 220

Ser Leu Glu Asn Phe Arg Val Tyr Ile Asp Gly Phe Glu Pro Asn Gly

225                 230                 235                 240

Cys Ile Glu Ser Lys Leu Ser Gln Met Ser Lys Glu Val Asn Ala Lys

                245                 250                 255

Ile Glu Pro Phe Ser Lys Thr Thr Pro Arg Pro Leu Lys Met Pro Gly

            260                 265                 270

Gly Pro Pro Cys His Gln Arg Ser Lys Phe Leu Leu Met Asp Ala Leu

        275                 280                 285

Lys Leu Ser Ile Glu Asp Pro Ser His Glu Gly Glu Gly Ile Pro Leu

    290                 295                 300

Tyr Asp Ala Ile Lys Cys Met Lys Thr Phe Phe Gly Trp Lys Glu Pro

305                 310                 315                 320

Ser Ile Val Lys Pro His Lys Lys Gly Ile Asn Pro Asn Tyr Leu Gln

                325                 330                 335

Thr Trp Lys Gln Val Leu Glu Glu Ile Gln Asp Leu Glu Asn Glu Glu

            340                 345                 350

Arg Thr Pro Lys Thr Lys Asn Met Lys Lys Thr Ser Gln Leu Lys Trp

        355                 360                 365

Ala Leu Gly Glu Asn Met Ala Pro Glu Lys Val Asp Phe Glu Asp Cys

    370                 375                 380

Lys Asp Ile Asn Asp Leu Lys Gln Tyr Asp Ser Asp Glu Pro Glu Ala

385                 390                 395                 400

Arg Ser Leu Ala Ser Trp Ile Gln Ser Glu Phe Asn Lys Ala Cys Glu

                405                 410                 415

Leu Thr Asp Ser Ser Trp Ile Glu Leu Asp Glu Ile Gly Glu Asp Val

            420                 425                 430

Ala Pro Ile Glu Tyr Ile Ala Ser Met Arg Arg Asn Tyr Phe Thr Ala

        435                 440                 445

Glu Ile Ser His Cys Arg Ala Thr Glu Tyr Ile Met Lys Gly Val Tyr

    450                 455                 460

Ile Asn Thr Ala Leu Leu Asn Ala Ser Cys Ala Ala Met Asp Glu Phe

465                 470                 475                 480

Gln Leu Ile Pro Met Ile Ser Lys Cys Arg Thr Lys Glu Gly Arg Arg

                485                 490                 495

Lys Thr Asn Leu Tyr Gly Phe Ile Ile Lys Gly Arg Ser His Leu Arg

            500                 505                 510

Asn Asp Thr Asp Val Val Asn Phe Val Ser Met Glu Phe Ser Leu Thr

        515                 520                 525

Asp Pro Arg Phe Glu Pro His Lys Trp Glu Lys Tyr Cys Val Leu Glu

    530                 535                 540

Ile Gly Asp Met Leu Leu Arg Thr Ala Val Gly Gln Val Ser Arg Pro

545                 550                 555                 560

Ile Phe Leu Tyr Val Arg Thr Asn Gly Thr Ser Lys Ile Lys Met Lys

                565                 570                 575

Trp Gly Met Glu Met Arg Arg Cys Leu Leu Gln Ser Leu Gln Gln Ile

            580                 585                 590

Glu Ser Met Ile Glu Ala Glu Ser Ser Val Lys Glu Lys Asp Met Thr

        595                 600                 605

Lys Glu Phe Phe Glu Asn Lys Ser Glu Thr Trp Pro Ile Gly Glu Ser

    610                 615                 620

Pro Lys Gly Val Glu Glu Gly Ser Ile Gly Lys Val Cys Arg Thr Leu

625                 630                 635                 640

Leu Ala Lys Ser Val Phe Asn Ser Leu Tyr Ala Ser Pro Gln Leu Glu

                645                 650                 655

Gly Phe Ser Ala Glu Ser Arg Lys Leu Leu Leu Ile Val Gln Ala Leu

            660                 665                 670

Arg Asp Asp Leu Glu Pro Gly Thr Phe Asp Ile Gly Gly Leu Tyr Glu

        675                 680                 685

Ser Ile Glu Glu Cys Leu Ile Asn Asp Pro Trp Val Leu Leu Asn Ala

    690                 695                 700

Ser Trp Phe Asn Ser Phe Leu Thr His Ala Leu Lys

705                 710                 715

<210>13

<211>2299

<212>DNA

<213>流感病毒

 

<220>

<221>CDS

<222>(22)..(2292)

 

<220>

<221>misc_feature

<222>(547)..(547)

<223>Xaa表示Ala或Val

 

<400>13

gaaagcaggc aaaccatttg a atg gat gtc aat ccg act cta ctt ttc tta     51

                        Met Asp Val Asn Pro Thr Leu Leu Phe Leu

                        1               5                   10

aag gtg cca gcg caa aat gct ata agc aca aca ttc cct tat act gga     99

Lys Val Pro Ala Gln Asn Ala Ile Ser Thr Thr Phe Pro Tyr Thr Gly

                15                  20                  25

gat cct ccc tac agt cat gga aca ggg aca gga tac acc atg gat act    147

Asp Pro Pro Tyr Ser His Gly Thr Gly Thr Gly Tyr Thr Met Asp Thr

            30                  35                  40

gtc aac aga aca cac caa tat tca gaa aaa ggg aaa tgg aca aca aac    195

Val Asn Arg Thr His Gln Tyr Ser Glu Lys Gly Lys Trp Thr Thr Asn

        45                  50                  55

act gag att gga gca cca caa ctt aat cca atc gat gga cca ctt cct    243

Thr Glu Ile Gly Ala Pro Gln Leu Asn Pro Ile Asp Gly Pro Leu Pro

    60                  65                  70

gaa gac aat gaa cca agt ggg tac gcc caa aca gat tgt gta ttg gaa    291

Glu Asp Asn Glu Pro Ser Gly Tyr Ala Gln Thr Asp Cys Val Leu Glu

75                  80                  85                  90

gca atg gct ttc ctt gaa gaa tcc cat ccc gga atc ttt gaa aat tcg    339

Ala Met Ala Phe Leu Glu Glu Ser His Pro Gly Ile Phe Glu Asn Ser

                95                  100                 105

tgt ctt gaa acg atg gag gtg att cag cag aca aga gtg gac aaa cta    387

Cys Leu Glu Thr Met Glu Val Ile Gln Gln Thr Arg Val Asp Lys Leu

            110                 115                 120

aca caa ggc cga caa act tat gat tgg acc ttg aat agg aat caa cct    435

Thr Gln Gly Arg Gln Thr Tyr Asp Trp Thr Leu Asn Arg Asn Gln Pro

        125                 130                 135

gcc gca aca gca ctt gct aat acg att gaa gta ttc aga tca aat ggt    483

Ala Ala Thr Ala Leu Ala Asn Thr Ile Glu Val Phe Arg Ser Asn Gly

    140                 145                 150

ctg act tcc aat gaa tcg ggg aga ttg atg gac ttc ctc aaa gat gtc    531

Leu Thr Ser Asn Glu Ser Gly Arg Leu Met Asp Phe Leu Lys Asp Val

155                 160                 165                 170

atg gag tcc atg aac aag gag gaa atg gaa ata aca aca cac ttc caa    579

Met Glu Ser Met Asn Lys Glu Glu Met Glu Ile Thr Thr His Phe Gln

                175                 180                 185

cgg aag aga aga gta aga gac aac atg aca aag aga atg ata aca cag    627

Arg Lys Arg Arg Val Arg Asp Asn Met Thr Lys Arg Met Ile Thr Gln

            190                 195                 200

aga acc ata ggg aag aaa aaa caa cga tta agc aga aag agc tat cta    675

Arg Thr Ile Gly Lys Lys Lys Gln Arg Leu Ser Arg Lys Ser Tyr Leu

        205                 210                 215

atc aga aca tta acc cta aac aca atg acc aag gac gct gaa aga ggg    723

Ile Arg Thr Leu Thr Leu Asn Thr Met Thr Lys Asp Ala Glu Arg Gly

    220                 225                 230

aaa ttg aaa cga cga gca atc gct acc cca ggg atg cag ata aga gga    771

Lys Leu Lys Arg Arg Ala Ile Ala Thr Pro Gly Met Gln Ile Arg Gly

235                 240                 245                 250

ttt gta tat ttt gtt gaa aca cta gct cga aga ata tgt gaa aag ctt    819

Phe Val Tyr Phe Val Glu Thr Leu Ala Arg Arg Ile Cys Glu Lys Leu

                255                 260                 265

gaa caa tca gga ttg cca gtt ggc ggt aat gag aaa aag gcc aaa ctg    867

Glu Gln Ser Gly Leu Pro Val Gly Gly Asn Glu Lys Lys Ala Lys Leu

            270                 275                 280

gct aat gtc gtc aga aaa atg atg act aat tcc caa gac act gaa ctc     915

Ala Asn Val Val Arg Lys Met Met Thr Asn Ser Gln Asp Thr Glu Leu

        285                 290                 295

tcc ttc acc atc act ggg gac aat acc aaa tgg aat gaa aat cag aac     963

Ser Phe Thr Ile Thr Gly Asp Asn Thr Lys Trp Asn Glu Asn Gln Asn

    300                 305                 310

cca cgc ata ttc ctg gca atg atc aca tac ata act aga aat cag cca    1011

Pro Arg Ile Phe Leu Ala Met Ile Thr Tyr Ile Thr Arg Asn Gln Pro

315                 320                 325                 330

gaa tgg ttc aga aat gtt cta agc att gca ccg att atg ttc tca aat    1059

Glu Trp Phe Arg Asn Val Leu Ser Ile Ala Pro Ile Met Phe Ser Asn

                335                 340                 345

aaa atg gca aga ctg ggg aaa gga tat atg ttt gaa agc aaa agt atg    1107

Lys Met Ala Arg Leu Gly Lys Gly Tyr Met Phe Glu Ser Lys Ser Met

            350                 355                 360

aaa ttg aga act caa ata cca gca gaa atg cta gca agc att gac cta    1155

Lys Leu Arg Thr Gln Ile Pro Ala Glu Met Leu Ala Ser Ile Asp Leu

        365                 370                 375

aaa tat ttc aat gat tca aca aaa aag aaa att gaa aag ata cga cca    1203

Lys Tyr Phe Asn Asp Ser Thr Lys Lys Lys Ile Glu Lys Ile Arg Pro

    380                 385                 390

ctc ctg gtt gac ggg act gct tca ctg agt cct ggc atg atg atg gga    1251

Leu Leu Val Asp Gly Thr Ala Ser Leu Ser Pro Gly Met Met Met Gly

395                 400                 405                 410

atg ttc aac atg ttg agc act gtg ctg ggt gta tcc ata tta aac ctg    1299

Met Phe Asn Met Leu Ser Thr Val Leu Gly Val Ser Ile Leu Asn Leu

                415                 420                 425

ggc cag agg aaa tat aca aag acc aca tac tgg tgg gat ggt ctg caa    1347

Gly Gln Arg Lys Tyr Thr Lys Thr Thr Tyr Trp Trp Asp Gly Leu Gln

            430                 435                 440

tca tcc gat gac ttt gct ttg ata gtg aat gcg cct aat cat gaa gga    1395

Ser Ser Asp Asp Phe Ala Leu Ile Val Asn Ala Pro Asn His Glu Gly

        445                 450                 455

ata caa gct gga gta gac aga ttc tat aga act tgc aaa ctg gtc ggg    1443

Ile Gln Ala Gly Val Asp Arg Phe Tyr Arg Thr Cys Lys Leu Val Gly

    460                 465                 470

atc aac atg agc aaa aag aag tcc tac ata aat aga act gga aca ttc    1491

Ile Asn Met Ser Lys Lys Lys Ser Tyr Ile Asn Arg Thr Gly Thr Phe

475                 480                 485                 490

gaa ttc aca agc ttt ttc tac cgg tat ggt ttt gta gcc aat ttc agc    1539

Glu Phe Thr Ser Phe Phe Tyr Arg Tyr Gly Phe Val Ala Asn Phe Ser

                495                 500                 505

atg gaa cta ccc agt ttt ggg gtt tcc gga ata aat gaa tct gca gac    1587

Met Glu Leu Pro Ser Phe Gly Val Ser Gly Ile Asn Glu Ser Ala Asp

            510                 515                 520

atg agc att gga gtg aca gtc atc aaa aac aac atg ata aat aat gat    1635

Met Ser Ile Gly Val Thr Val Ile Lys Asn Asn Met Ile Asn Asn Asp

        525                 530                 535

ctc ggt cct gcc acg gca caa atg gya ctc caa ctc ttc att aag gat    1683

Leu Gly Pro Ala Thr Ala Gln Met Xaa Leu Gln Leu Phe Ile Lys Asp

    540                 545                 550

tat cgg tac aca tac cgg tgc cat aga ggt gat acc cag ata caa acc    1731

Tyr Arg Tyr Thr Tyr Arg Cys His Arg Gly Asp Thr Gln Ile Gln Thr

555                 560                 565                 570

aga aga tct ttt gag ttg aag aaa ctg tgg gaa cag act cga tca aag    1779

Arg Arg Ser Phe Glu Leu Lys Lys Leu Trp Glu Gln Thr Arg Ser Lys

                575                 580                 585

act ggt cta ctg gta tca gat ggg ggt cca aac cta tat aac atc aga    1827

Thr Gly Leu Leu Val Ser Asp Gly Gly Pro Asn Leu Tyr Asn Ile Arg

            590                 595                 600

aac cta cac atc ccg gaa gtc tgt tta aaa tgg gag cta atg gat gaa    1875

Asn Leu His Ile Pro Glu Val Cys Leu Lys Trp Glu Leu Met Asp Glu

        605                 610                 615

gat tat aag ggg agg cta tgc aat cca ttg aat cct ttc gtt agt cac    1923

Asp Tyr Lys Gly Arg Leu Cys Asn Pro Leu Asn Pro Phe Val Ser His

    620                 625                 630

aaa gaa att gaa tca gtc aac agt gca gta gta atg cct gcg cat ggc    1971

Lys Glu Ile Glu Ser Val Asn Ser Ala Val Val Met Pro Ala His Gly

635                 640                 645                 650

cct gcc aaa agc atg gag tat gat gct gtt gca aca aca cat tct tgg    2019

Pro Ala Lys Ser Met Glu Tyr Asp Ala Val Ala Thr Thr His Ser Trp

                655                 660                 665

atc ccc aag agg aac cgg tcc ata ttg aac aca agc caa agg gga ata    2067

Ile Pro Lys Arg Asn Arg Ser Ile Leu Asn Thr Ser Gln Arg Gly Ile

            670                 675                 680

cta gaa gat gag cag atg tat cag aaa tgc tgc aac ctg ttt gaa aaa    2115

Leu Glu Asp Glu Gln Met Tyr Gln Lys Cys Cys Asn Leu Phe Glu Lys

        685                 690                 695

ttc ttc ccc agc agc tca tac aga aga cca gtc gga att tct agt atg    2163

Phe Phe Pro Ser Ser Ser Tyr Arg Arg Pro Val Gly Ile Ser Ser Met

    700                 705                 710

gtt gag gcc atg gta tcc agg gcc cgc att gat gca cga att gac ttc    2211

Val Glu Ala Met Val Ser Arg Ala Arg Ile Asp Ala Arg Ile Asp Phe

715                 720                 725                 730

gaa tct gga cgg ata aag aag gat gag ttc gct gag atc atg aag atc    2259

Glu Ser Gly Arg Ile Lys Lys Asp Glu Phe Ala Glu Ile Met Lys Ile

                735                 740                 745

tgt tcc acc att gaa gag ctc aga cgg caa aaa tagtgaa                2299

Cys Ser Thr Ile Glu Glu Leu Arg Arg Gln Lys

            750                 755

 

<210>14

<211>757

<212>PRT

<213>流感病毒

 

<220>

<221>misc_feature

<222>(547)..(547)

<223>547位的’Xaa’表示Ala,或Val.

 

<400>14

Met Asp Val Asn Pro Thr Leu Leu Phe Leu Lys Val Pro Ala Gln Asn

1               5                   10                  15

Ala Ile Ser Thr Thr Phe Pro Tyr Thr Gly Asp Pro Pro Tyr Ser His

            20                  25                  30

Gly Thr Gly Thr Gly Tyr Thr Met Asp Thr Val Asn Arg Thr His Gln

        35                  40                  45

Tyr Ser Glu Lys Gly Lys Trp Thr Thr Asn Thr Glu Ile Gly Ala Pro

    50                  55                  60

Gln Leu Asn Pro Ile Asp Gly Pro Leu Pro Glu Asp Asn Glu Pro Ser

65                  70                  75                  80

Gly Tyr Ala Gln Thr Asp Cys Val Leu Glu Ala Met Ala Phe Leu Glu

                85                  90                  95

Glu Ser His Pro Gly Ile Phe Glu Asn Ser Cys Leu Glu Thr Met Glu

            100                 105                 110

Val Ile Gln Gln Thr Arg Val Asp Lys Leu Thr Gln Gly Arg Gln Thr

        115                 120                 125

Tyr Asp Trp Thr Leu Asn Arg Asn Gln Pro Ala Ala Thr Ala Leu Ala

    130                 135                 140

Asn Thr Ile Glu Val Phe Arg Ser Asn Gly Leu Thr Ser Asn Glu Ser

145                 150                 155                 160

Gly Arg Leu Met Asp Phe Leu Lys Asp Val Met Glu Ser Met Asn Lys

                165                 170                 175

Glu Glu Met Glu Ile Thr Thr His Phe Gln Arg Lys Arg Arg Val Arg

            180                 185                 190

Asp Asn Met Thr Lys Arg Met Ile Thr Gln Arg Thr Ile Gly Lys Lys

        195                 200                 205

Lys Gln Arg Leu Ser Arg Lys Ser Tyr Leu Ile Arg Thr Leu Thr Leu

    210                 215                 220

Asn Thr Met Thr Lys Asp Ala Glu Arg Gly Lys Leu Lys Arg Arg Ala

225                 230                 235                 240

Ile Ala Thr Pro Gly Met Gln Ile Arg Gly Phe Val Tyr Phe Val Glu

                245                 250                 255

Thr Leu Ala Arg Arg Ile Cys Glu Lys Leu Glu Gln Ser Gly Leu Pro

            260                 265                 270

Val Gly Gly Asn Glu Lys Lys Ala Lys Leu Ala Asn Val Val Arg Lys

        275                 280                 285

Met Met Thr Asn Ser Gln Asp Thr Glu Leu Ser Phe Thr Ile Thr Gly

    290                 295                 300

Asp Asn Thr Lys Trp Asn Glu Asn Gln Asn Pro Arg Ile Phe Leu Ala

305                 310                 315                 320

Met Ile Thr Tyr Ile Thr Arg Asn Gln Pro Glu Trp Phe Arg Asn Val

                325                 330                 335

Leu Ser Ile Ala Pro Ile Met Phe Ser Asn Lys Met Ala Arg Leu Gly

            340                 345                 350

Lys Gly Tyr Met Phe Glu Ser Lys Ser Met Lys Leu Arg Thr Gln Ile

        355                 360                 365

Pro Ala Glu Met Leu Ala Ser Ile Asp Leu Lys Tyr Phe Asn Asp Ser

    370                 375                 380

Thr Lys Lys Lys Ile Glu Lys Ile Arg Pro Leu Leu Val Asp Gly Thr

385                 390                 395                 400

Ala Ser Leu Ser Pro Gly Met Met Met Gly Met Phe Asn Met Leu Ser

                405                 410                 415

Thr Val Leu Gly Val Ser Ile Leu Asn Leu Gly Gln Arg Lys Tyr Thr

            420                 425                 430

Lys Thr Thr Tyr Trp Trp Asp Gly Leu Gln Ser Ser Asp Asp Phe Ala

        435                 440                 445

Leu Ile Val Asn Ala Pro Asn His Glu Gly Ile Gln Ala Gly Val Asp

    450                 455                 460

Arg Phe Tyr Arg Thr Cys Lys Leu Val Gly Ile Asn Met Ser Lys Lys

465                 470                 475                 480

Lys Ser Tyr Ile Asn Arg Thr Gly Thr Phe Glu Phe Thr Ser Phe Phe

                485                 490                 495

Tyr Arg Tyr Gly Phe Val Ala Asn Phe Ser Met Glu Leu Pro Ser Phe

            500                 505                 510

Gly Val Ser Gly Ile Asn Glu Ser Ala Asp Met Ser Ile Gly Val Thr

        515                 520                 525

Val Ile Lys Asn Asn Met Ile Asn Asn Asp Leu Gly Pro Ala Thr Ala

    530                 535                 540

Gln Met Xaa Leu Gln Leu Phe Ile Lys Asp Tyr Arg Tyr Thr Tyr Arg

545                 550                 555                 560

Cys His Arg Gly Asp Thr Gln Ile Gln Thr Arg Arg Ser Phe Glu Leu

                565                 570                 575

Lys Lys Leu Trp Glu Gln Thr Arg Ser Lys Thr Gly Leu Leu Val Ser

            580                 585                 590

Asp Gly Gly Pro Asn Leu Tyr Asn Ile Arg Asn Leu His Ile Pro Glu

        595                 600                 605

Val Cys Leu Lys Trp Glu Leu Met Asp Glu Asp Tyr Lys Gly Arg Leu

    610                 615                 620

Cys Asn Pro Leu Asn Pro Phe Val Ser His Lys Glu Ile Glu Ser Val

625                 630                 635                 640

Asn Ser Ala Val Val Met Pro Ala His Gly Pro Ala Lys Ser Met Glu

                645                 650                 655

Tyr Asp Ala Val Ala Thr Thr His Ser Trp Ile Pro Lys Arg Asn Arg

            660                 665                 670

Ser Ile Leu Asn Thr Ser Gln Arg Gly Ile Leu Glu Asp Glu Gln Met

        675                 680                 685

Tyr Gln Lys Cys Cys Asn Leu Phe Glu Lys Phe Phe Pro Ser Ser Ser

    690                 695                 700

Tyr Arg Arg Pro Val Gly Ile Ser Ser Met Val Glu Ala Met Val Ser

705                 710                 715                 720

Arg Ala Arg Ile Asp Ala Arg Ile Asp Phe Glu Ser Gly Arg Ile Lys

                725                 730                 735

Lys Asp Glu Phe Ala Glu Ile Met Lys Ile Cys Ser Thr Ile Glu Glu

            740                 745                 750

Leu Arg Arg Gln Lys

        755

 

<210>15

<211>2370

<212>DNA

<213>流感病毒

 

<220>

<221>CDS

<222>(42)..(2318)

 

<400>15

tattggtctc agggagcgaa agcaggtcaa atatattcaa t atg gag aga ata aaa   56

                                              Met Glu Arg Ile Lys

                                              1               5

gaa ctg aga gat ctg atg tta caa tcc cgc acc cgc gag ata cta aca    104

Glu Leu Arg Asp Leu Met Leu Gln Ser Arg Thr Arg Glu Ile Leu Thr

                10                  15                  20

aaa act act gtg gac cac atg gcc ata atc aag aaa tac aca rca gga    152

Lys Thr Thr Val Asp His Met Ala Ile Ile Lys Lys Tyr Thr Ser Gly

            25                  30                  35

aga caa gag aag aac cct gca ctt agg atg aaa tgg atg atg gca atg    200

Arg Gln Glu Lys Asn Pro Ala Leu Arg Met Lys Trp Met Met Ala Met

        40                  45                  50

aaa tac cca att aca gca gat aag agg ata atg gag atg att cct gag    248

Lys Tyr Pro Ile Thr Ala Asp Lys Arg Ile Met Glu Met Ile Pro Glu

    55                  60                  65

aga aat gaa cag gga caa acc ctt tgg agc aaa acg aac gat gct ggc    296

Arg Asn Glu Gln Gly Gln Thr Leu Trp Ser Lys Thr Asn Asp Ala Gly

70                  75                  80                  85

tca gac cgc gta atg gta tca cct ctg gca gtg aca tgg tgg aat agg    344

Ser Asp Arg Val Met Val Ser Pro Leu Ala Val Thr Trp Trp Asn Arg

                90                  95                  100

aat gga cca aca acg aac aca att cat tat ccg aaa gtc tac aaa act    392

Asn Gly Pro Thr Thr Asn Thr Ile His Tyr Pro Lys Val Tyr Lys Thr

            105                 110                 115

tat ttt gaa aag gtt gaa aga ttg aaa cac gga acc ttt ggc ccc gtt    440

Tyr Phe Glu Lys Val Glu Arg Leu Lys His Gly Thr Phe Gly Pro Val

        120                 125                 130

cat ttt agg aat caa gtc aag ata aga cga aga gtt gat gta aac cct    488

His Phe Arg Asn Gln Val Lys Ile Arg Arg Arg Val Asp Val Asn Pro

    135                 140                 145

ggt cac gcg gac ctc agt gct aaa gaa gca caa gat gtg atc atg gaa    536

Gly His Ala Asp Leu Ser Ala Lys Glu Ala Gln Asp Val Ile Met Glu

150                 155                 160                 165

gtt gtt ttc cca aat gaa gtg gga gcc aga att cta aca tca gaa tca    584

Val Val Phe Pro Asn Glu Val Gly Ala Arg Ile Leu Thr Ser Glu Ser

                170                 175                 180

caa cta aca ata acc aaa gag aaa aag gaa gaa ctt cag gac tgc aaa    632

Gln Leu Thr Ile Thr Lys Glu Lys Lys Glu Glu Leu Gln Asp Cys Lys

            185                 190                 195

att gct ccc ttg atg gta gca tac atg cta gaa aga gag ttg gtc cga    680

Ile Ala Pro Leu Met Val Ala Tyr Met Leu Glu Arg Glu Leu Val Arg

        200                 205                 210

aaa aca agg ttc ctc cca gta gta ggc gga aca agc agt gta tac att    728

Lys Thr Arg Phe Leu Pro Val Val Gly Gly Thr Ser Ser Val Tyr Ile

    215                 220                 225

gaa gtg ttg cat ctg act cag gga aca tgc tgg gag caa atg tac acc    776

Glu Val Leu His Leu Thr Gln Gly Thr Cys Trp Glu Gln Met Tyr Thr

230                 235                 240                 245

cca gga gga gaa gtt aga aac gat gat att gat caa agt tta att att    824

Pro Gly Gly Glu Val Arg Asn Asp Asp Ile Asp Gln Ser Leu Ile Ile

                250                 255                 260

gca gcc cgg aac ata gtg aga aga gca aca gta tca gca gat cca cta     872

Ala Ala Arg Asn Ile Val Arg Arg Ala Thr Val Ser Ala Asp Pro Leu

            265                 270                 275

gca tcc cta ctg gaa atg tgc cac agt aca cag att ggt gga aca agg     920

Ala Ser Leu Leu Glu Met Cys His Ser Thr Gln Ile Gly Gly Thr Arg

        280                 285                 290

atg gta gac atc ctt aag cag aac cca aca gag gaa caa gct gtg gat     968

Met Val Asp Ile Leu Lys Gln Asn Pro Thr Glu Glu Gln Ala Val Asp

    295                 300                 305

ata tgc aaa gca gca atg gga ttg aga att agc tca tca ttc agc ttt    1016

Ile Cys Lys Ala Ala Met Gly Leu Arg Ile Ser Ser Ser Phe Ser Phe

310                 315                 320                 325

ggt gga ttc acc ttc aaa agg aca agt gga tca tca gtc aag aga gaa    1064

Gly Gly Phe Thr Phe Lys Arg Thr Ser Gly Ser Ser Val Lys Arg Glu

                330                 335                 340

gaa gaa atg ctt acg ggc aac ctt caa aca ttg aaa ata aga gtg cat    1112

Glu Glu Met Leu Thr Gly Asn Leu Gln Thr Leu Lys Ile Arg Val His

            345                 350                 355

gag ggc tat gaa gaa ttc aca atg gtc gga aga aga gca aca gcc att    1160

Glu Gly Tyr Glu Glu Phe Thr Met Val Gly Arg Arg Ala Thr Ala Ile

        360                 365                 370

atc aga aag gca acc aga aga ttg att caa ttg ata gta agt ggg aga    1208

Ile Arg Lys Ala Thr Arg Arg Leu Ile Gln Leu Ile Val Ser Gly Arg

    375                 380                 385

gat gaa caa tca att gct gaa gca ata att gta gcc atg gtg ttt tcg    1256

Asp Glu Gln Ser Ile Ala Glu Ala Ile Ile Val Ala Met Val Phe Ser

390                 395                 400                 405

caa gaa gat tgc atg ata aaa gca gtt cga ggc gat ttg aac ttt gtt    1304

Gln Glu Asp Cys Met Ile Lys Ala Val Arg Gly Asp Leu Asn Phe Val

                410                 415                 420

aat aga gca aat cag cgt ttg aac ccc atg cat caa ctc ttg agg cat    1352

Asn Arg Ala Asn Gln Arg Leu Asn Pro Met His Gln Leu Leu Arg His

            425                 430                 435

ttc caa aaa gat gca aaa gtg ctt ttc caa aat tgg gga att gaa ccc    1400

Phe Gln Lys Asp Ala Lys Val Leu Phe Gln Asn Trp Gly Ile Glu Pro

        440                 445                 450

atc gac aat gta atg ggg atg att gga ata ttg cct gac atg acc cca    1448

Ile Asp Asn Val Met Gly Met Ile Gly Ile Leu Pro Asp Met Thr Pro

    455                 460                 465

agc acc gag atg tca ttg aga gga gtg aga gtc agc aaa atg gga gtg    1496

Ser Thr Glu Met Ser Leu Arg Gly Val Arg Val Ser Lys Met Gly Val

470                 475                 480                 485

gat gag tac tcc agc act gag aga gtg gtg gtg agc att gac cgt ttt    1544

Asp Glu Tyr Ser Ser Thr Glu Arg Val Val Val Ser Ile Asp Arg Phe

                490                 495                 500

tta aga gtt cgg gat caa agg gga aac ata cta ctg tcc cct gaa gaa    1592

Leu Arg Val Arg Asp Gln Arg Gly Asn Ile Leu Leu Ser Pro Glu Glu

            505                 510                 515

gtc agt gaa aca caa gga acg gaa aag ctg aca ata att tat tcg tca    1640

Val Ser Glu Thr Gln Gly Thr Glu Lys Leu Thr Ile Ile Tyr Ser Ser

        520                 525                 530

tca atg atg tgg gag att aat ggt ccc gaa tca gtg ttg gtc aat act    1688

Ser Met Met Trp Glu Ile Asn Gly Pro Glu Ser Val Leu Val Asn Thr

    535                 540                 545

tat caa tgg atc atc aga aac tgg gaa att gta aaa att cag tgg tca    1736

Tyr Gln Trp Ile Ile Arg Asn Trp Glu Ile Val Lys Ile Gln Trp Ser

550                 555                 560                 565

cag gac ccc aca atg tta tac aat aag ata gaa ttt gaa cca ttc caa    1784

Gln Asp Pro Thr Met Leu Tyr Asn Lys Ile Glu Phe Glu Pro Phe Gln

                570                 575                 580

tcc ctg gtc cct agg gcc acc aga agc caa tac agc ggt ttc gta aga    1832

Ser Leu Val Pro Arg Ala Thr Arg Ser Gln Tyr Ser Gly Phe Val Arg

            585                 590                 595

acc ctg ttt cag caa atg cga gat gta ctt gga aca ttt gat act gct    1880

Thr Leu Phe Gln Gln Met Arg Asp Val Leu Gly Thr Phe Asp Thr Ala

        600                 605                 610

caa ata ata aaa ctc ctc cct ttt gcc gct gct cct ccg gaa cag agt    1928

Gln Ile Ile Lys Leu Leu Pro Phe Ala Ala Ala Pro Pro Glu Gln Ser

    615                 620                 625

agg atg cag ttc tct tct ttg act gtt aat gta aga ggt tcg gga atg    1976

Arg Met Gln Phe Ser Ser Leu Thr Val Asn Val Arg Gly Ser Gly Met

630                 635                 640                 645

agg ata ctt gta aga ggc aat tcc ccg gtg ttc aac tac aat aaa gtc    2024

Arg Ile Leu Val Arg Gly Asn Ser Pro Val Phe Asn Tyr Asn Lys Val

                650                 655                 660

act aaa agg ctc aca gtc ctc gga aag gat gca ggt gcg ctt act gag    2072

Thr Lys Arg Leu Thr Val Leu Gly Lys Asp Ala Gly Ala Leu Thr Glu

            665                 670                 675

gac cca gat gaa ggt acg gct gga gta gaa tct gct gtt cta aga ggg    2120

Asp Pro Asp Glu Gly Thr Ala Gly Val Glu Ser Ala Val Leu Arg Gly

        680                 685                 690

ttt ctc att tta ggt aaa gaa aac aag aga tat ggc cca gca cta agc    2168

Phe Leu Ile Leu Gly Lys Glu Asn Lys Arg Tyr Gly Pro Ala Leu Ser

    695                 700                 705

atc aat gaa ctt agc aaa ctt gca aaa ggg gag aaa gcc aat gta cta    2216

Ile Asn Glu Leu Ser Lys Leu Ala Lys Gly Glu Lys Ala Asn Val Leu

710                 715                 720                 725

att ggg caa ggg gac gta gtg ttg gta atg aaa cgg aaa cgt gac tct    2264

Ile Gly Gln Gly Asp Val Val Leu Val Met Lys Arg Lys Arg Asp Ser

                730                 735                 740

agc ata ctt act gac agc cag aca gcg acc aaa agg att cgg atg gcc    2312

Ser Ile Leu Thr Asp Ser Gln Thr Ala Thr Lys Arg Ile Arg Met Ala

            745                 750                 755

atc aat tagtgttgaa ttgtttaaaa acgaccttgt ttctactaat acgagaccat at  2370

Ile Asn

 

<210>16

<211>759

<212>PRT

<213>流感病毒

 

<400>16

 

Met Glu Arg Ile Lys Glu Leu Arg Asp Leu Met Leu Gln Ser Arg Thr

1               5                   10                  15

Arg Glu Ile Leu Thr Lys Thr Thr Val Asp His Met Ala Ile Ile Lys

            20                  25                  30

Lys Tyr Thr Ser Gly Arg Gln Glu Lys Asn Pro Ala Leu Arg Met Lys

        35                  40                  45

Trp Met Met Ala Met Lys Tyr Pro Ile Thr Ala Asp Lys Arg Ile Met

    50                  55                  60

Glu Met Ile Pro Glu Arg Asn Glu Gln Gly Gln Thr Leu Trp Ser Lys

65                  70                  75                  80

Thr Asn Asp Ala Gly Ser Asp Arg Val Met Val Ser Pro Leu Ala Val

                85                  90                  95

Thr Trp Trp Asn Arg Asn Gly Pro Thr Thr Asn Thr Ile His Tyr Pro

            100                 105                 110

Lys Val Tyr Lys Thr Tyr Phe Glu Lys Val Glu Arg Leu Lys His Gly

        115                 120                 125

Thr Phe Gly Pro Val His Phe Arg Asn Gln Val Lys Ile Arg Arg Arg

    130                 135                 140

Val Asp Val Asn Pro Gly His Ala Asp Leu Ser Ala Lys Glu Ala Gln

145                 150                 155                 160

Asp Val Ile Met Glu Val Val Phe Pro Asn Glu Val Gly Ala Arg Ile

                165                 170                 175

Leu Thr Ser Glu Ser Gln Leu Thr Ile Thr Lys Glu Lys Lys Glu Glu

            180                 185                 190

Leu Gln Asp Cys Lys Ile Ala Pro Leu Met Val Ala Tyr Met Leu Glu

        195                 200                 205

Arg Glu Leu Val Arg Lys Thr Arg Phe Leu Pro Val Val Gly Gly Thr

    210                 215                 220

Ser Ser Val Tyr Ile Glu Val Leu His Leu Thr Gln Gly Thr Cys Trp

225                 230                 235                 240

Glu Gln Met Tyr Thr Pro Gly Gly Glu Val Arg Asn Asp Asp Ile Asp

                245                 250                 255

Gln Ser Leu Ile Ile Ala Ala Arg Asn Ile Val Arg Arg Ala Thr Val

            260                 265                 270

Ser Ala Asp Pro Leu Ala Ser Leu Leu Glu Met Cys His Ser Thr Gln

        275                 280                 285

Ile Gly Gly Thr Arg Met Val Asp Ile Leu Lys Gln Asn Pro Thr Glu

    290                 295                 300

Glu Gln Ala Val Asp Ile Cys Lys Ala Ala Met Gly Leu Arg Ile Ser

305                 310                 315                 320

Ser Ser Phe Ser Phe Gly Gly Phe Thr Phe Lys Arg Thr Ser Gly Ser

                325                 330                 335

Ser Val Lys Arg Glu Glu Glu Met Leu Thr Gly Asn Leu Gln Thr Leu

            340                 345                 350

Lys Ile Arg Val His Glu Gly Tyr Glu Glu Phe Thr Met Val Gly Arg

        355                 360                 365

Arg Ala Thr Ala Ile Ile Arg Lys Ala Thr Arg Arg Leu Ile Gln Leu

    370                 375                 380

Ile Val Ser Gly Arg Asp Glu Gln Ser Ile Ala Glu Ala Ile Ile Val

385                 390                 395                 400

Ala Met Val Phe Ser Gln Glu Asp Cys Met Ile Lys Ala Val Arg Gly

                405                 410                 415

Asp Leu Asn Phe Val Asn Arg Ala Asn Gln Arg Leu Asn Pro Met His

            420                 425                 430

Gln Leu Leu Arg His Phe Gln Lys Asp Ala Lys Val Leu Phe Gln Asn

        435                 440                 445

Trp Gly Ile Glu Pro Ile Asp Asn Val Met Gly Met Ile Gly Ile Leu

    450                 455                 460

Pro Asp Met Thr Pro Ser Thr Glu Met Ser Leu Arg Gly Val Arg Val

465                 470                 475                 480

Ser Lys Met Gly Val Asp Glu Tyr Ser Ser Thr Glu Arg Val Val Val

                485                 490                 495

Ser Ile Asp Arg Phe Leu Arg Val Arg Asp Gln Arg Gly Asn Ile Leu

            500                 505                 510

Leu Ser Pro Glu Glu Val Ser Glu Thr Gln Gly Thr Glu Lys Leu Thr

        515                 520                 525

Ile Ile Tyr Ser Ser Ser Met Met Trp Glu Ile Asn Gly Pro Glu Ser

    530                 535                 540

Val Leu Val Asn Thr Tyr Gln Trp Ile Ile Arg Asn Trp Glu Ile Val

545                 550                 555                 560

Lys Ile Gln Trp Ser Gln Asp Pro Thr Met Leu Tyr Asn Lys Ile Glu

                565                 570                 575

Phe Glu Pro Phe Gln Ser Leu Val Pro Arg Ala Thr Arg Ser Gln Tyr

            580                 585                 590

Ser Gly Phe Val Arg Thr Leu Phe Gln Gln Met Arg Asp Val Leu Gly

        595                 600                 605

Thr Phe Asp Thr Ala Gln Ile Ile Lys Leu Leu Pro Phe Ala Ala Ala

    610                 615                 620

Pro Pro Glu Gln Ser Arg Met Gln Phe Ser Ser Leu Thr Val Asn Val

625                 630                 635                 640

Arg Gly Ser Gly Met Arg Ile Leu Val Arg Gly Asn Ser Pro Val Phe

                645                 650                 655

Asn Tyr Asn Lys Val Thr Lys Arg Leu Thr Val Leu Gly Lys Asp Ala

            660                 665                 670

Gly Ala Leu Thr Glu Asp Pro Asp Glu Gly Thr Ala Gly Val Glu Ser

        675                 680                 685

Ala Val Leu Arg Gly Phe Leu Ile Leu Gly Lys Glu Asn Lys Arg Tyr

    690                 695                 700

Gly Pro Ala Leu Ser Ile Asn Glu Leu Ser Lys Leu Ala Lys Gly Glu

705                 710                 715                 720

Lys Ala Asn Val Leu Ile Gly Gln Gly Asp Val Val Leu Val Met Lys

                725                 730                 735

Arg Lys Arg Asp Ser Ser Ile Leu Thr Asp Ser Gln Thr Ala Thr Lys

            740                 745                 750

Arg Ile Arg Met Ala Ile Asn

        755

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1、(10)授权公告号 CN 101365481 B (45)授权公告日 2012.10.03 CN 101365481 B *CN101365481B* (21)申请号 200680038667.4 (22)申请日 2006.10.17 60/727,808 2005.10.18 US 11/539,123 2006.10.05 US A61K 39/145(2006.01) C07K 14/11(2006.01) C12N 7/00(2006.01) C12N 7/04(2006.01) (73)专利权人 衣阿华州立大学研究基金公司 地址 美国衣阿华州 (72)发明人 K雍 V库珀 (74)专。

2、利代理机构 中国专利代理(香港)有限公 司 72001 代理人 郭文洁 刘玥 (54) 发明名称 犬流感病毒及相关组合物和使用方法 (57) 摘要 本发明提供了一种分离的 H3N8 亚型犬流感 病毒, 包含具有 SEQID NO : 4 的氨基酸序列的 HA, 或包含氨基酸序列与SEQ ID NO : 4具有大于99 同一性、 且其中第 94 和 233 位氨基酸与 SEQ ID NO : 4相同的HA ; 一种包含减毒或灭活病毒的组合 物 ; 分离或纯化的 HA、 NM、 NP、 M1、 NS1、 PA、 PB1 和 PB2 蛋白及其片段和包含所述蛋白及其片段或任 选地作为载体一部分的编码所。

3、述蛋白及其片段的 核酸的组合物 ; 以及一种在动物中诱导针对犬流 感病毒的免疫应答的方法, 包括给予动物上述组 合物。 (30)优先权数据 (85)PCT申请进入国家阶段日 2008.04.17 (86)PCT申请的申请数据 PCT/US2006/060025 2006.10.17 (87)PCT申请的公布数据 WO2007/048086 EN 2007.04.26 (51)Int.Cl. 审查员 温庭江 权利要求书 2 页 说明书 14 页 序列表 40 页 附图 11 页 (19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利 权利要求书 2 页 说明书 14 页 序列表 40 页 附图 。

4、11 页 1/2 页 2 1. 一种分离的 H3N8 亚型犬流感病毒, 包含具有 SEQ ID NO : 4 的氨基酸序列的血凝素 (HA), 或具有如下氨基酸序列的血凝素 (HA), 即 : 与 SEQ ID NO : 4 具有大于 99的同一性, 且其中第 94 和 233 位氨基酸与 SEQ ID NO : 4 相同的氨基酸序列。 2. 权利要求 1 的分离的犬流感病毒, 其包含神经氨酸酶 (NM), 该 NM 包含 SEQ ID NO : 2 的氨基酸序列, 或包含与 SEQ ID NO : 2 具有大于 99同一性, 且其中第 68 和 134 位氨基酸 与 SEQ ID NO : 。

5、2 相同的氨基酸序列。 3. 权利要求 1 或 2 的分离的犬流感病毒, 其进一步包含下列至少之一 : 具有 SEQ ID NO : 6 的氨基酸序列的核蛋白 (NP), 或具有如下氨基酸序列的核蛋白 (NP), 即 : 与SEQ ID NO : 6具有大于99同一性、 且其中第402位氨基酸与SEQ ID NO : 6相 同的氨基酸序列 ; 具有 SEQ ID NO : 8 的氨基酸序列的基质 1 蛋白 (M1), 或具有如下氨基酸序列的基质 1 蛋白(M1), 即 : 与SEQ ID NO : 8具有大于99同一性、 且其中第111位氨基酸与SEQ ID NO : 8 相同的氨基酸序列 ;。

6、 具有 SEQ ID NO : 10 的氨基酸序列的非结构蛋白 1(NS1) ; 具有 SEQ ID NO : 12 的氨基酸序列的 PA 蛋白, 或具有如下氨基酸序列的 PA 蛋白, 即 : 与 SEQ ID NO : 12 具有大于 98同一性、 且其中第 233、 256、 327 和 561 位氨基酸与 SEQ ID NO : 12 相同的氨基酸序列 ; 具有SEQ ID NO : 14的氨基酸序列的PB1, 或具有如下氨基酸序列的PB1, 即 : 与SEQ ID NO : 14具有大于99同一性、 且其中第200和213位氨基酸与SEQ ID NO : 14相同的氨基酸 序列 ; 和。

7、 / 或 具有SEQ ID NO : 16的氨基酸序列的PB2, 或具有如下氨基酸序列的PB2, 即 : 与SEQ ID NO : 16具有大于99同一性、 且其中第107、 221、 292和661位氨基酸与SEQ ID NO : 16相同 的氨基酸序列。 4. 权利要求 1 的分离的犬流感病毒, 其是减毒病毒。 5. 一种组合物, 其包含以足以诱导免疫应答的量存在的权利要求 4 的分离的犬流感病 毒。 6. 权利要求 1 的分离的犬流感病毒, 其是灭活病毒。 7. 一种组合物, 其包含以足以诱导免疫应答的量存在的权利要求 6 的分离的犬流感病 毒。 8.一种以专利保藏号PTA-7694保藏。

8、于美国典型培养物保藏中心的分离的H3N8亚型犬 流感病毒。 9. 一种分离或纯化的 HA, 其具有 SEQ ID NO : 4 的氨基酸序列。 10. 一种组合物, 其包含以在动物中足以诱导免疫应答的量存在的权利要求 9 的分离 或纯化的 HA 或其片段和生物学上可接受的载体。 11. 权利要求 10 的组合物在制备用于在动物中诱导针对犬流感病毒的免疫应答的试 剂中的用途。 12.一种分离或纯化的核酸, 其编码权利要求9的HA或其片段, 可选择地作为载体的一 部分。 13. 权利要求 12 的分离或纯化的核酸, 其中编码 HA 的核酸具有 SEQ ID NO : 3 的核苷 权 利 要 求 书。

9、 CN 101365481 B 2 2/2 页 3 酸序列或编码至少 9 个连续的氨基酸的其片段。 14. 一种组合物, 其包含表达以在动物中足以诱导免疫应答的量存在的 HA 或其片段的 权利要求 12 或 13 的分离或纯化的核酸和生物学上可接受的载体。 15. 权利要求 14 的组合物在制备用于在动物中诱导针对犬流感病毒的免疫应答的试 剂中的用途。 权 利 要 求 书 CN 101365481 B 3 1/14 页 4 犬流感病毒及相关组合物和使用方法 0001 相关专利申请的交叉引用 0002 本专利申请要求 2005 年 10 月 18 日提交的美国临时专利申请号 60/727,808。

10、 和 2006 年 10 月 5 日提交的美国实用专利申请号 11/539,123 的权益, 上述专利申请的全部内 容在此并入作为参考。 0003 发明的技术领域 0004 本发明涉及病毒学、 分子生物学和免疫学领域。 具体来说, 本发明涉及犬流感病毒 以及用于在动物中诱导免疫应答的相关组合物和方法。 0005 发明背景 0006 流感病毒是一种属于正黏病毒科的 RNA 病毒。病毒 RNA 由 8 个独立的节段组成, 在流感病毒之间这 8 个独立的节段易于重组产生新亚型。 0007 核蛋白 (NP), 其是核壳体的主要成分, 由第 5 节段编码。NP 和基质蛋白用于将流 感病毒分类为组A、 B。

11、或C。 由于NP是一种内部蛋白, 因此其不受宿主免疫系统的选择压力。 其结合 RNA, 作为转录酶复合物的一部分, 并与病毒 RNA(vRNA) 的细胞核 - 细胞质的转运有 关。 0008 神经氨酸酶 (NM), 其裂解连接末端唾液酸和相邻的糖残基的 - 酮基键, 由此使 病毒后代从受感染细胞中释放出来, 由第 6 节段编码。已鉴定了该酶的 9 种亚型 (N1-N9)。 所有亚型都具有两个结构区, 茎区和头部区。所有 N8 蛋白都具有 470 个氨基酸, 最初的 8 个氨基酸是高度保守的。之后的区域富含疏水氨基酸并被认为是跨膜域。接下去的 51 个 氨基酸组成茎区, 头部区开始于Cys91。。

12、 最后的区域包含该酶的催化部位。 头部区和茎区中 的半胱氨酸残基趋向于高度保守。存在 6-8 个推定的 N- 糖基化位点。 0009 血凝素 (HA), 其是一种负责病毒吸附进入宿主细胞中的膜糖蛋白, 是中和抗体所 针对的主要抗原。其抗原性变异是流行性感冒流行的主要原因。其由第 4 节段编码。已 鉴定了 16 种不同的亚型 (H1-H16)。HA 具有 16 个氨基酸的信号肽, 并且两条多肽 (HA1 和 HA2) 通过二硫键连接。HA1 具有氨基末端, 而 HA2 则具有羧基末端。HA2 中的疏水区将 HA 锚定在病毒膜上。半胱氨酸残基趋向于高度保守。存在 6 个推定的糖基化位点, 能使病毒。

13、 掩蔽其抗原性部位 (Skehel 等, PNAS USA 81 : 1779(1984)。 0010 其他蛋白包括基质蛋白 (M 或 M1 和 M2)、 非结构蛋白 (NS 或 NS1 和 NS2)、 PA、 PB1 和 PB2。M1 蛋白是病毒体的主要成分, 其通过位于该蛋白 N- 末端的两个疏水区结合受感染 细胞的细胞膜, 而 M2 则是一种离子通道, 因此其是一种整合膜蛋白。NS1 蛋白见于细胞核 中并影响细胞 RNA 转运、 剪接和翻译。NS2 蛋白见于细胞核和细胞质中并具有未知的功能。 PA蛋白是一种转录酶并可具有蛋白酶活性, 而PB1蛋白在转录延伸中起作用, PB2蛋白在转 录加。

14、帽结合中起作用。 0011 从全球范围来看, 在人、 猪、 马和家禽中流行性感冒是经济学上最重要的呼吸系 统疾病 (Wright 等, Orthomyxoviruses.In : Fields Virology.Knipe 等, 编 .Lippincott Williams & Wilkins, Philadelphia, 2001.pp.1533-1579.)。已知流感病毒会连续不断地 进行遗传和抗原改变, 阻碍了对该病毒的有效控制 (Wright 等 (2001), 同上 ; Webster 等, 说 明 书 CN 101365481 B 4 2/14 页 5 Microbiol.Rev.。

15、56 : 152-179(1992)。对于流行病和大流行病预防具有关注意义的是由于 基因重排列或种间感染所致病毒新亚型的突现 (Wright 等 (2001), 同上 )。 0012 最近, 在如猫和犬等物种中出现了流行性感冒爆发, 在历史上这些物种并不 携 带 流 感 病 毒 (Keawcharoen 等, Emerg.Infect.Dis.10 : 2189-2191(2004) ; Crawford 等, Science 310 : 398-485(2005 年 10 月 21 日,在 线 公 布 于 2005 年 9 月 29 日 ) ; Dubovi 等, Isolation of 。

16、equineinfluenza virus from racing greyhounds with fatal hemorrhagicpneumonia.In : Proceedings of the 47th Annual Meeting of AmericanAssociation of Veterinary Laboratory Diagnosticians, Greensboro, NC, 2005 年 10 月 .p.158 ; 和 Yoon 等, Emerg.Infect.Dis.11(12) : 1974-1976(2005 年 12 月 )。因 此, 流感病毒的宿主范围扩大了。。

17、 0013 在 2004 年于佛罗里达州、 在 2005 年 4 月于东和西衣阿华州以及在 2005 年于德克 萨斯州出现了由流感病毒传染所致的灰猎犬赛狗呼吸系统疾病爆发。 该疾病具有快速发作 的发热和咳嗽、 喘促以及出血性鼻分泌物的特征。尽管死亡率不到 5, 但在衣阿华州的两 个赛马场地发病率几乎是100。 虽然大部分受感染的狗都痊愈了, 但许多仍死于出血性肺 炎。广谱抗生素的治疗给药缓解了该疾病的严重性但无法对其进行控制。 0014 鉴于上述内容, 本发明的一个目的是提供感染犬的流感病毒。本发明的另一个目 的是提供用于在犬中诱导针对流感病毒的免疫应答的物质和方法。这些和其他目的和优 点, 。

18、以及额外的发明特征, 将体现在本发明的下述详细描述。 0015 发明概述 0016 本发明提供了一种分离的H3N8亚型犬流感病毒, 包含具有SEQ ID NO : 4的氨基酸 序列的 HA, 或包含氨基酸序列与 SEQ IDNO : 4 具有大于 99同一性、 且其中第 94 和 233 位 氨基酸与 SEQ IDNO : 4 相同的 HA。特别是, 本发明提供了一种以专利保藏号 PTA-7694、 在 2006 年 6 月 29 日保藏于美国典型培养物保藏中心 (Manassas, VA) 的分离的 H3N8 亚型犬 流感病毒。因此, 本发明还提供了包含减毒病毒的组合物以及包含灭活病毒的组合。

19、物。 0017 本发明还提供了分离或纯化的蛋白。在一个实施方案中, 本发明提供了一种分离 或纯化的 HA, 其 (i) 具有 SEQ ID NO : 4 的氨基酸序列, 或 (ii) 来源于流感病毒并且具有如 下的氨基酸序列, 即 : 与 SEQ ID NO : 4 具有大于 99同一性、 且其中第 94 和 233 位氨基酸 与 SEQ ID NO : 4 相同的氨基酸序列, 或 (i) 或 (ii) 的片段, 其中所述片段包含至少 9 个连 续的氨基酸, 且其中至少 1 个与 SEQ ID NO : 4 的第 94 或 233 位氨基酸相同。 0018 在另一个实施方案中, 本发明提供了一。

20、种分离或纯化的 NM, 其 (i) 包含 SEQ ID NO : 2 的氨基酸序列, 或 (ii) 来源于流感病毒并包含如下氨基酸序列, 即 : 与 SEQ ID NO : 2 具有大于 99同一性、 且其中第 68 和 134 位的氨基酸与 SEQ ID NO : 2 相同的氨基酸序列, 或 (i) 或 (ii) 的片段, 其中所述片段包含至少 9 个连续的氨基酸, 且其中至少 1 个与 SEQ ID NO : 2 的第 68 或 134 位氨基酸相同。 0019 在又一个实施方案中, 本发明提供了一种分离或纯化的 NP, 其 (i) 具有 SEQ ID NO : 6 的氨基酸序列, 或 (。

21、ii) 来源于流感病毒并且具有如下的氨基酸序列, 即 : 与 SEQ ID NO : 6 具有大于 99同一性、 且其中第 402 位的氨基酸与 SEQ ID NO : 6 相同的氨基酸序列, 或 (i) 或 (ii) 的片段, 其中所述片段包含至少 9 个连续的氨基酸, 且其中至少 1 个与 SEQ ID NO : 6 的第 402 位氨基酸相同。 说 明 书 CN 101365481 B 5 3/14 页 6 0020 在又一个实施方案中, 本发明提供了一种分离或纯化的 M1, 其 (i) 具有 SEQ ID NO : 8 的氨基酸序列, 或 (ii) 来源于流感病毒并且具有如下的氨基酸序。

22、列, 即 : 与 SEQ ID NO : 8 具有大于 99同一性、 且其中第 111 位的氨基酸与 SEQ ID NO : 8 相同的氨基酸序列, 或 (i) 或 (ii) 的片段, 其中所述片段包含至少 9 个连续的氨基酸, 且其中至少 1 个与 SEQ ID NO : 8 的第 111 位氨基酸相同。 0021 还提供了一种分离或纯化的 NS1, 其具有 SEQ ID NO : 10 的氨基酸序列。 0022 进一步提供的是一种分离或纯化的 PA 蛋白, 其 (i) 具有 SEQ ID NO : 12 的氨基酸 序列, 或 (ii) 来源于流感病毒并且具有如下的氨基酸序列, 即 : 与 。

23、SEQ ID NO : 12 具有大于 98 ( 或 99 ) 同一性、 且其中第 233、 256、 327 和 561 位的氨基酸与 SEQ ID NO : 12 相同 的氨基酸序列, 或 (i) 或 (ii) 的片段, 其中所述片段包含至少 9 个连续的氨基酸, 且其中至 少 1 个与 SEQ ID NO : 12 的第 233、 256、 327 和 561 位氨基酸相同。 0023 更进一步提供的是一种分离或纯化的 PB1, 其 (i) 具有 SEQID NO : 14 的氨基酸序 列, 或 (ii) 来源于流感病毒并且具有如下的氨基酸序列, 即 : 与 SEQ ID NO : 14。

24、 具有大于 99同一性、 且其中第 200 和 213 位的氨基酸与 SEQ ID NO : 14 相同的氨基酸序列, 或 (i) 或 (ii) 的片段, 其中所述片段包含至少 9 个连续的氨基酸, 且其中至少 1 个与 SEQ ID NO : 14 的第 200 或 213 位氨基酸相同。 0024 甚至还进一步提供的是一种分离或纯化的 PB2, 其 (i) 具有 SEQ ID NO : 16 的氨基 酸序列, 或 (ii) 来源于流感病毒并且具有如下的氨基酸序列, 即 : 与 SEQ ID NO : 16 具有大 于 99同一性、 且其中第 107、 221、 292 和 661 位的氨基。

25、酸与 SEQ ID NO : 16 相同的氨基酸 序列, 或 (i) 或 (ii) 的片段, 其中所述片段包含至少 9 个连续的氨基酸, 且其中至少 1 个与 SEQ ID NO : 16 的第 107、 221、 292 或 661 位氨基酸相同。 0025 鉴于上述内容, 本发明进一步提供了一种组合物, 包含以在动物中足以诱导免疫 应答的量存在的上述蛋白如 HA 或 NM 或其片段和生物学上可接受的载体。 0026 还鉴于上述内容, 本发明提供了一种在动物中诱导针对犬流感病毒的免疫应答的 方法。该方法包括给予动物包含蛋白或其片段的组合物。 0027 还提供了一种任选地作为载体一部分的编码上。

26、述蛋白或其片段的分离或纯化的 核酸, 以及一种组合物, 包含表达以在动物中足以诱导免疫应答的量存在的蛋白如 HA 或 NM 或其片段的所述分离或纯化的核酸和生物学上可接受的载体。 0028 因此, 本发明还提供了另一种在动物中诱导针对犬流感病毒的免疫应答的方法。 该方法包括给予动物包含核酸的组合物。 0029 附图简述 0030 图 1 是 H3N8 亚型犬流感病毒 NM 基因编码区序列 (CDS) 的部分核苷酸序列 (SEQ ID NO : 1 ; 还参见 GenBank 登录号 DQ146420)。根据惯例, 该序列从左到右、 从上到下显示。 0031 图 2 是 SEQ ID NO : 。

27、1 编码的氨基酸序列 (SEQ ID NO : 2 ; 还参见 GenBank 登录号 DQ146420)。根据惯例, 该序列以单字母格式从左到右、 从上到下显示。 0032 图 3 是 H3N8 亚型犬流感病毒 HA 基因 CDS 的完整核苷酸序列 (SEQ ID NO : 3 ; 还参 见 GenBank 登录号 DQ146419)。 0033 图 4 是 SEQ ID NO : 3 编码的氨基酸序列 (SEQ ID NO : 4 ; 还参见 GenBank 登录号 DQ146419)。 说 明 书 CN 101365481 B 6 4/14 页 7 0034 图 5 是 H3N8 亚型犬。

28、流感病毒 NP 基因 CDS 的完整核苷酸序列 (SEQ ID NO : 5)。 0035 图 6 是推定的 SEQ ID NO : 5 编码的氨基酸序列 (SEQ IDNO : 6)。 0036 图7是H3N8亚型犬流感病毒M1蛋白基因CDS的完整核苷酸序列(SEQ ID NO : 7)。 0037 图 8 是推定的 SEQ ID NO : 7 编码的氨基酸序列 (SEQ IDNO : 8)。 0038 图 9 是 H3N8 亚型犬流感病毒 NS1 蛋白基因 CDS 的完整核苷酸序列 (SEQ ID NO : 9)。 0039 图 10 是推定的 SEQ ID NO : 9 编码的氨基酸序列。

29、 (SEQ IDNO : 10)。 0040 图 11 是 H3N8 亚型犬流感病毒 PA 蛋白基因 CDS 的完整核苷酸序列 (SEQ ID NO : 11)。 0041 图 12 是推定的 SEQ ID NO : 11 编码的氨基酸序列 (SEQ IDNO : 12)。 0042 图 13 是 H3N8 亚型犬流感病毒 PB1 蛋白基因 CDS 的完整核苷酸序列 (SEQ ID NO : 13)。 0043 图 14 是推定的 SEQ ID NO : 13 编码的氨基酸序列 (SEQ IDNO : 14)。 0044 图 15 是 H3N8 亚型犬流感病毒 PB2 蛋白基因 CDS 的完整。

30、核苷酸序列 (SEQ ID NO : 15)。 0045 图 16 是推定的 SEQ ID NO : 15 编码的氨基酸序列 (SEQ IDNO : 16)。 0046 发明详述 0047 本发明基于犬流感病毒株的发现。该毒株分离自东和西衣阿华州的灰猎犬赛 狗。业已将该毒株分类为 H3N8 亚型, 并命名为 A/ 犬 / 衣阿华 /13628/2005(A/canine/ Iowa/13628/2005)。因此, 本发明提供了一种病毒, 包含具有 SEQ ID NO : 4 的氨基酸序列 的 HA, 或包含氨基酸序列与 SEQ ID NO : 4 具有大于 99同一性、 且其中第 94 和 2。

31、33 位氨基 酸与 SEQ ID NO : 4 相同的 HA。该病毒可进一步包含 NM, 该 NM 包含 SEQ ID NO : 2 的氨基酸 序列, 或包含如下的氨基酸序列, 即 : 与SEQ ID NO : 2具有大于99同一性, 且其中第68和 134 位氨基酸与 SEQ ID NO : 2 相同的氨基酸序列。单独包含上述 HA 或进一步与上述 NM 结 合的该病毒可进一步包含下列至少之一 : 具有 SEQ ID NO : 6 的氨基酸序列的核蛋白 (NP), 或具有如下氨基酸序列的核蛋白(NP), 即 : 与SEQ ID NO : 6具有大于99同一性、 且其中第 402 位氨基酸与 。

32、SEQ ID NO : 6 相同的氨基酸序列 ; 具有 SEQ ID NO : 8 的氨基酸序列的基质 1蛋白(M1), 或具有如下氨基酸序列的基质1蛋白(M1), 即 : 与SEQ ID NO : 8具有大于99 同一性、 且其中第 111 位氨基酸与 SEQID NO : 8 相同的氨基酸序列 ; 具有 SEQ ID NO : 10 的 氨基酸序列的非结构蛋白 1(NS1) ; 具有 SEQ ID NO : 12 的氨基酸序列的 PA 蛋白, 或具有如 下氨基酸序列的 PA 蛋白, 即 : 与 SEQ ID NO : 12 具有大于 98同一性、 且其中第 233、 256、 327 和 。

33、561 位氨基酸与 SEQ ID NO : 12 相同的氨基酸序列 ; 具有 SEQ ID NO : 14 的氨基酸序 列的PB1, 或具有如下氨基酸序列的PB1, 即 : 与SEQ ID NO : 14具有大于99同一性、 且其中 第 200 和 213 位氨基酸与 SEQ ID NO : 14 相同的氨基酸序列 ; 和 / 或具有 SEQ ID NO : 16 的 氨基酸序列的PB2, 或具有如下氨基酸序列的PB2, 即 : 与SEQ ID NO : 16具有大于99同一 性、 且其中第 107、 221、 292 和 661 位氨基酸与 SEQ ID NO : 16 相同的氨基酸序列。特。

34、别是, 本发明提供了一种以专利保藏号 PTA-7694、 在 2006 年 6 月 29 日保藏于美国典型培养物保 藏中心, 10801 University Blvd., Manassas, VA 20110-2209, U.S.A., 的分离的 H3N8 亚型 犬流感病毒。 说 明 书 CN 101365481 B 7 5/14 页 8 0048 可通过使处于水介质中的病毒进行一个或多个降低可溶性的步骤, 所述步骤由存 在按重量计高达 5的具有 3,000-20,000 分子量的聚乙二醇 (PEG), 或以相当于 PEG 溶解 能力的量存在的其他线性丝状、 不带电聚合物进行, 将不溶解的级。

35、分与溶解的级分分离, 并 从不溶解的级分之一中回收病毒, 从而沉淀流感病毒 ( 参见如美国专利号 3,989,818)。优 选地, 温度不超过 35, pH 为 6-9, 以及水介质的离子强度低于病毒的盐析点。在降低可溶 性之前, 水介质中的病毒浓度相应于至少 1/32 的血细胞凝集效价。收获聚集的病毒颗粒, 由于接种后病毒颗粒的缓慢释放, 因此认为其提供了更好的抗原效应。 然而, 如果需要非聚 集的或较少聚集的颗粒, 则可使用任何适合的方法如超声处理来解离它们。 0049 病毒可在细胞系统中通过传代减毒直至该病毒丧失其引起疾病的能力, 同时完全 保留其免疫原性特征。例如, 病毒可在约 37的。

36、温度下, 在来源于犬物种或其他适合物种 的细胞培养物中连续传代。在每一代, 根据本领域已知的方法从一培养物上收获病毒并接 种于含有新鲜细胞培养物的培养基中。例如, 病毒可收集自组织细胞培养液和 / 或细胞。 任选地, 在收获期间, 可对细胞培养物进行超声处理以促进病毒释放。参见如美国专利号 5,698,433 和 6,455,298。 0050 如果需要的话, 可在血清的存在下于如鸡蛋等含胚卵的尿囊腔中传代流感病毒 株至少一次, 以获得血清抗性病毒 ( 参见如美国专利号 3,953,592 ; Kilbourne 等, J.Exp. Med.111 : 387(1960) ; Kilbourn。

37、e, Science 160 : 74-75(1968 年 4 月 ) ; 和 Laver 等, Virology 30 : 493-501(1966)。 可通过用乙酸丁酯和乙酸乙酯连续处理浓缩的含有减毒病 毒的尿囊液, 之后通过闪蒸获得具有低致热原性及低内毒性的高效价流感疫苗 ( 参见如美 国专利号 4,000,257)。这样的病毒可作为疫苗鼻内给药。 0051 接种于宿主中之后, 病毒就会增殖直至达到一定程度, 因此只需要少量的初始接 种物。病毒应当是无害的, 并且易感接触者的传染应保持在最小程度。 0052 或者, 可通过消除复制和毒力灭活病毒。 可通过化学或物理手段来进行病毒灭活。 可。

38、通过用酶、 甲醛、 - 丙内酯或其衍生物、 二甲亚胺或其衍生物、 有机溶剂 ( 如卤化烃 ) 和 / 或去污剂 ( 如去氧胆酸钠、 磺基甜菜碱 (sulfobetain) 或十六烷 基三甲基铵盐 ) 处理病毒进行化学灭活。如果需要的话, 可中和化学活性组合物。例如, 如 果甲醛用于去活化组合物, 则可用硫代硫酸盐中和该组合物。如果需要的话, pH 随后可回 到约7。 或者, 病毒可用乙醚和乙醇混合物萃取, 可分离水相和有机相, 并在减压下从病毒悬 浮液中除去残留的乙醚(参见如美国专利号4,431,633)。 通过对病毒进行高能辐射如紫外 线辐射、 - 辐射或 X- 射线辐射可方便地进行物理灭活。

39、。灭活形式的病毒需要相对高量的 接种物, 因此肯定要制造、 测试并分配相对大量的抗原物质。 0053 鉴于上述内容, 本发明还提供了一种包含减毒或灭活病毒的组合物。所述病 毒应以足以诱导免疫应答的量存在, 并且, 理想地对激发作用提供保护。一般来说, 将 佐剂如弗氏完全佐剂、 皂角苷、 小型棒状杆菌 (Corynebacterium parvum)磷酸铝、 氢氧化铝或它们的混合物添加到组合物中, 特别是在该 组合物包含灭活病毒的情况下。可添加蛋白水解物和 / 或氨基酸以稳定组合物 ( 参见如美 国专利号 4,537,769)。或者, 可使用油剂如 Marcol 和 / 或 Arlacel 如将。

40、组合物配制为水包 油乳剂。 0054 还可制备重组流感病毒株, 例如由如 A2 等 “过减毒的” ( 即减毒传代数基本上大 说 明 书 CN 101365481 B 8 6/14 页 9 于除去病原性正常所需的传代数 ) 流感病毒 A 亲株和在本文中提供的流感病毒强毒株的 组合来制备 ( 参见如美国专利号 3,991,179 ; 也参见美国专利号 4,009,258 ; 4,278,662 ; 4,318,903 ; 4,338,296 和 4,693,893)。重组毒株优选具有过减毒毒株的生长特性外加强 毒株的抗原特性, 如 HA 和 NM 蛋白。用于疫苗配制的流感病毒株的选择描述于美国专利。

41、号 5,162,112 中。重组毒株可配制为用于诱导免疫应答的组合物。 0055 蔗糖、 精氨酸一氢氯化物、 谷氨酸一钠一水合物, 和水解明胶可用于稳定在电冰箱 中贮藏的流感病毒组合物。参见如美国专利申请公开号 2006/0110406。 0056 鉴于上述内容, 本发明还提供了一种分离或纯化的 HA。该 HA 具有 SEQ ID NO : 4 的氨基酸序列, 或来源于流感病毒并具有如下的氨基酸序列, 即 : 与 SEQ ID NO : 4 具有大于 99同一性、 且其中第 94 和 233 位的氨基酸与 SEQ ID NO : 4 相同的氨基酸序列。还提供了 包含至少 9 个 ( 例如 9、。

42、 12、 15、 18、 21 或 24 个 ) 连续的氨基酸, 其中至少 1 个与 SEQ ID NO : 4 的第 94 或 233 位氨基酸相同的 HA 片段。 0057 还提供了一种分离或纯化的 NM。该 NM 包含 SEQ ID NO : 2 的氨基酸序列, 或来源 于流感病毒并包含如下氨基酸序列, 即 : 与SEQ ID NO : 2具有大于99同一性、 且其中第68 和 134 位的氨基酸与 SEQ ID NO : 2 相同的氨基酸序列。还提供了包含至少 9 个连续的氨基 酸, 且其中至少 1 个与 SEQ ID NO : 2 的第 68 或 134 位氨基酸相同的 NM 片段。。

43、 0058 进一步提供了一种分离或纯化的 NP。该 NP 具有 SEQ IDNO : 6 的氨基酸序列, 或来 源于流感病毒并具有如下的氨基酸序列, 即 : 与SEQ ID NO : 6具有大于99同一性、 且其中 第 402 位的氨基酸与 SEQ ID NO : 6 相同的氨基酸序列。还提供了包含至少 9 个连续的氨基 酸, 且其中至少 1 个与 SEQ ID NO : 6 的第 402 位氨基酸相同的 NP 片段。 0059 更进一步提供了一种分离或纯化的 M1。该 M1 具有 SEQID NO : 8 的氨基酸序列, 或 来源于流感病毒并具有如下的氨基酸序列, 即 : 与SEQ ID N。

44、O : 8具有大于99同一性、 且其 中第 111 位的氨基酸与 SEQ ID NO : 8 相同的氨基酸序列。还提供了包含至少 9 个连续的氨 基酸, 且其中至少 1 个与 SEQ ID NO : 8 的第 111 位氨基酸相同的 M1 片段。 0060 甚至更进一步提供了一种分离或纯化的 NS1, 其具有 SEQID NO : 10 的氨基酸序列。 0061 还提供了一种分离或纯化的 PA 蛋白。该 PA 具有 SEQ IDNO : 12 的氨基酸序列, 或 来源于流感病毒并具有如下的氨基酸序列, 即 : 其氨基酸序列与 SEQ ID NO : 12 具有大于 98 ( 或 99 ) 同一。

45、性、 且其中第 233、 256、 327 和 561 位的氨基酸与 SEQ ID NO : 12 相同。 还提供了包含至少 9 个连续的氨基酸, 且其中至少 1 个与 SEQ ID NO : 12 的第 233、 256、 327 或 561 位氨基酸相同的 PA 片段。 0062 提供了一种分离或纯化的 PB1。该 PB1 具有 SEQ ID NO : 14 的氨基酸序列, 或来源 于流感病毒并具有如下的氨基酸序列, 即 : 与 SEQ ID NO : 14 具有大于 99同一性、 且其中 第 200 和 213 位的氨基酸与 SEQ ID NO : 14 相同的氨基酸序列。还提供了包含至。

46、少 9 个连 续的氨基酸, 且其中至少 1 个与 SEQ ID NO : 14 的第 200 或 213 位氨基酸相同的 PB1 片段。 0063 还提供了一种分离或纯化的 PB2。该 PB2 具有 SEQ ID NO : 16 的氨基酸序列, 或来 源于流感病毒并具有如下的氨基酸序列, 即 : 与 SEQ ID NO : 16 具有大于 99同一性、 且其 中第 107、 221、 292 和 661 位的氨基酸与 SEQ ID NO : 16 相同的氨基酸序列。还提供了包含 至少 9 个连续的氨基酸, 且其中至少 1 个与 SEQ ID NO : 16 的第 107、 221、 292 或。

47、 661 位氨基 酸相同的 PB2 片段。 说 明 书 CN 101365481 B 9 7/14 页 10 0064 根据本领域已知方法可纯化(外加化学或物理裂解以产生片段)或合成上述蛋白 及其片段。对于固相蛋白合成, 参见如 Meienhofer, Hormonal Proteins and Peptides 2 : 46, Academic Press, NY(1973), 以及对于液相蛋白合成参见如Schroder等, The Peptides, vol.1, Academic Press, NY(1965)。根据厂商使用说明, 可使用自动化系统执行这样的技 术。可重组产生并纯化治疗量。

48、的上述蛋白及其片段。 0065 或者, 可通过选择性溶解, 同时弃去残留的、 由包封所有其他非必需病毒成分的完 整的脂质 / 蛋白膜组成的亚病毒颗粒, 分离蛋白, 特别是 HA 和 NM。溶解的蛋白和残留的亚 病毒颗粒之间大小 / 密度上的差异使得通过梯度离心和分级分离、 沉降、 分子筛色谱或通 过超速离心机沉淀, 由此进行基于物理性质差异的分离。可通过用阳离子去污剂 ( 参见如 美国专利号 4,140,762 ;762 专利 ) 处理病毒实现 HA 和 NM 的选择性溶解。可用 DNA- 消化 酶处理获得自细胞培养物的含完整病毒的液体, 然后添加阳离子去污剂并分离表面抗原蛋 白 ( 参见如美。

49、国专利号 5,948,410)。可使所述液体进行几次超速离心步骤, 或在两亲非离 子去污剂存在下破裂病毒, 然后过滤除去不需要的物质 ( 参见如美国专利号 6,048,537)。 或者, 通过膜过滤和化学分解可获得病毒蛋白 ( 参见如美国专利号 4,327,182)。其他方法 描述于美国专利号 4,064,232 和 4,057,626 中。优选地, 如 762 专利中 ( 第 2 栏 11.10 以 及下列等等 ) 所述, 在处理之前增殖病毒。 0066 可进行作图以鉴定病毒蛋白的免疫应答诱导表位, 即 “表位作图” 。这样的作图包 括将蛋白切割为重叠肽 ( 如包含 9、 12、 15、 18、 21 或 24 个氨基酸的肽 )。可用蛋白水解酶切 割蛋白。然后对单个的肽测试它们与天然蛋白所引发的抗体结合或诱导 T- 细胞或 B- 细胞 活化的能力。 或者, 可选择蛋白的亲水区, 因为亲水残基通常位于蛋白表面上使抗体能够接 近。。

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