核酸试纸条法检测ERCC1第118位密码子位点多态性.pdf

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摘要
申请专利号:

CN201210460954.1

申请日:

2012.11.16

公开号:

CN103820526A

公开日:

2014.05.28

当前法律状态:

驳回

有效性:

无权

法律详情:

发明专利申请公布后的驳回IPC(主分类):C12Q 1/68申请公布日:20140528|||实质审查的生效IPC(主分类):C12Q 1/68申请日:20121116|||公开

IPC分类号:

C12Q1/68; G01N33/558

主分类号:

C12Q1/68

申请人:

苏州优贝沃生物技术有限公司

发明人:

胡琳; 江建辉; 侯建华; 徐高连; 孙悦

地址:

215500 江苏省苏州市常熟市常熟东南经济开发区金都路8号1幢

优先权:

专利代理机构:

南京知识律师事务所 32207

代理人:

汪旭东

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内容摘要

本发明就是在PCR扩增靶模板的基础上,利用带标记的引物进行等位基因特异性扩增,并最终利用核酸试纸条进行ERCC1第118位密码子检测的技术,其检测的主要原理是根据抗原和其特异性抗体的免疫学特异性结合,将核酸片段固定在核酸检测试纸条上,然后通过可视的呈色乳胶颗粒在试纸条上显色而检测出结果,在PCR&AS-PCR核酸试纸条法检测ERCC1第118位密码子多态性中主要包括用于PCR扩增的特异性PCR扩增引物,一条5’末端带生物素标记的等位基因特异性引物,一条3’末端带FITC标记的特异性探针,PCR&AS-PCR核酸试纸条法检测ERCC1第118位密码子多态性基因型。

权利要求书

权利要求书
1.  一种核酸试纸条法检测ERCC1第118位密码子位点多态性,
a,取样,冻存的被检者外周静脉抗凝血200ul,用微量DNA快速提取试剂盒进行核酸提取;
b:先对包含ERCC1第118位密码子多态性位点的靶模板通过PCR进行扩增,同时进行PCR扩增的引物并不进行任何的标记;
其特征在于:
c:在步骤b的基础上,利用AS-PCR根据ERCC1第118位密码子多态性基因型的碱基类型进行特异性扩增,
在灭菌的0.2ml PCR管中,在20ul的反应体系中,针对不同的基因型分加入不同的PCR扩增引物和探针;
PCR & AS-PCR核酸试纸条法检测ERCC1第118位密码子多态性反应体系:
模板:一个被检者基因组DNA,
PCR引物:181PF和181PR  各0.2-2微摩,      
标记的引物:181D5F-C/181D5G-A  各0.1-1微摩,
特异性探针:181D3B   0.1-1微摩,
dNTP:                          0.2-0.5毫摩
(NH4)2SO4                        10毫摩
KCl                             10毫摩
Tris-HCl(PH 9.0)              10毫摩
Triton-100                      1.0%
MgCl2                            1.5-3毫摩
Taq DNA聚合酶:                 1-5单位
总体积为20微升
短暂离心后进行PCR循环。PCR循环参数为95 ℃ 5min;93-96 1min;60-72℃ 1min;72 ℃ 2min;30-50个循环;93-96℃ 30s;45 -55℃ 1min;2-10个循环;95 ℃ 5min;
在AS-PCR扩增线性扩增过程中,将反应的退火温度将到适合181D5F-C 和181D5G-A延伸的温度;
d:在试纸条上,将特异性抗体即抗A抗体吸附于乳胶颗粒,在乳胶颗粒表面形成抗体包被;将另一无色特异性抗体即抗B抗体,以线条状固定于膜上,形成检测线;
e:检测结果:将反应产物全部滴于核酸试纸条的加样处,加上100ul的缓冲液,带抗原A和抗原B的杂交产物首先与颗粒表面的抗体A结合,形成抗原B-寡核苷酸链抗原A-颗粒抗体A的有色颗粒复合物,有色的复合物在溶液中通过毛细现象沿纤维膜向上流动,当复合物遇到固定于膜上的抗体B线条时,待检的抗原B-寡核苷酸链抗原A-颗粒抗体A复合物与线条上的抗体B结合,形成线条抗体B-抗原B-寡核苷酸链抗原A-颗粒抗体A的有色颗粒复合物,有色的线条抗体B-抗原B-寡核苷酸链抗原A-颗粒抗体A的颗粒复合物滞留在线上,形成肉眼可见的有色线条;
2A:核酸试纸条检测的结果:1. TT纯合子;2. CC纯合子。
2B:对应的测序结果,划红线的碱基为所要检测的位点:1. TT纯合子;2. CC纯合子。

2.  根据权利要求1所述的核酸试纸条法检测ERCC1第118位密码子位点多态性,其特征在于,检测ERCC1的样本为多个。

3.  根据权利要求1或2所述的核酸试纸条法检测ERCC1第118位密码子位点多态性,其特征在于,在步骤c中,PCR & AS-PCR核酸试纸条法检测ERCC1第118位密码子多态性反应体系里,PCR引物:181PF和181PR  各0.2微摩,标记的引物:181D5F-C/181D5G-A  各0.1微摩,特异性探针:181D3B   0.1微摩,dNTP  0.2毫摩  MgCl2 2.5毫摩,Taq DNA聚合酶2单位,PCR反应程序为:95℃, 5分;94℃, 20秒;60℃, 20秒;72℃, 20秒;40循环;94℃, 20秒;45℃, 20秒;5循环。

说明书

说明书核酸试纸条法检测ERCC1第118位密码子位点多态性
技术领域
本发明涉及利用核酸试纸条法检测切除修复交叉互补基因1(excision repair cross-complementing gene 1,ERCC1) 第118位密码子多态性的方法。更具体地说,是利用扩增技术(PCR&AS-PCR)和核酸薄膜层析快速检测方法及其试纸条技术进行ERCC1第118位密码子位点多态性的快速检测。 
背景技术
铂类药物的主要作用机制是与DNA 上的鸟嘌呤、腺嘌呤和胞嘧啶结合形成铂-DNA加合物,导致DNA的链间交联或链内交联,引起DNA损伤,从而导致细胞死亡。DNA修复能力的差异将直接导致肿瘤细胞对DNA相关细胞毒性药物敏感性的个体差异。ERCC1基因第118 密码子Asn-Asn 具有多态性, 核苷酸序列由AAC 突变为AAT, 该无义突变能够影响 ERCC1 蛋白的表达水平,C → T 的突变提高了ERCC1 mRNA 的表达水平,增强DNA 修复能力而导致铂类耐药。有研究显示,含有野生型ERCC1 序列的人卵巢癌细胞株比变异型细胞株对铂类药物敏感要高。同时,ERCC1第118位密码子的多态性还可能影响患者的生存率和疗效。ERCC1第118位密码子上的一碱基由C到T的变异与化疗效果明显相关:具有C/C基因型患者(54/109, 50.4%)的中位生存时间为486天(95%CI,333-x),而变异型C/T(45/109, 42.1%)或T/T(8/109,7.5%)的中位生存时间为281天(95%CI,214-376)。 
目前用于ERCC1第118位密码子位点多态性检测的方法大多以PCR技术为基础,与荧光、质谱法、基因芯片或直接测序等方法结合。但这些方法大多操作复杂、价格昂贵、检测时间长,而且需要大型的仪器设备为前提,因此并不适合于基层医院。 
发明内容
为了解决ERCC1位点多态性检测方法大多操作复杂、价格昂贵、检测时间长,而且需要大型的仪器设备的问题,本发明利用扩增技术(PCR&AS-PCR)和核酸薄膜层析快速检测方法及其试纸条技术(专利号CN1234567890)进行ERCC1第118位密码子位点多态性的快速检测。 
本发明解决其技术问题所采用的技术方案是: 
1、发明原理:本发明就是在PCR扩增靶模板的基础上,利用带标记的引物进行等位基因特异性扩增(Allele specific Polymerase Chain Reaction,AS-PCR),并最终利用核酸试纸条进行ERCC1第118位密码子检测的技术。其检测的主要原理是根据抗原和其特异性抗体的免疫学特异性结合,将核酸片段固定在核酸检测试纸条上,然后通过可视的呈色乳胶颗粒在试纸条上显色而检测出结果。其反应原理和步骤如图1:
在PCR & AS-PCR核酸试纸条法检测ERCC1第118位密码子多态性中主要包括用于PCR扩增的特异性PCR扩增引物,一条5’末端带生物素标记的等位基因特异性引物,一条3’末端带FITC标记的特异性探针。PCR & AS-PCR核酸试纸条法检测ERCC1第118位密码子多态性基因型主要包括以下几个步骤:
a:取样,被检者外周静脉抗凝血(冻存)200ul,应用杭州优思达生物技术有限公司所生产的微量DNA快速提取试剂盒进行核酸提取,用以基因扩增。
b:先对包含ERCC1第118位密码子多态性位点的靶模板通过PCR进行扩增,这一步骤中的PCR扩增并不对ERCC1第118位密码子多态性的碱基类型进行区分,只是为了达到富集靶序列的目的,同时进行PCR扩增的引物并不进行任何的标记; 
其特征在于:
c:在步骤b的基础上,利用AS-PCR根据ERCC1第118位密码子多态性基因型的碱基类型进行特异性扩增,在适当的Tm情况下,只有当5’末端标记抗原A的等位基因特异性引物与步骤2中扩增产物上要检测的含ERCC1第118位密码子多态性片段完全互补时,该引物才能在DNA聚合酶的作用下进行延伸,其延伸产物能与反应液中3’末端标记抗原B的探针进行结合。
在灭菌的0.2ml PCR管中,在20ul的反应体系中,针对不同的基因型分加入不同的PCR扩增引物和探针(表1)。等浓度的181PF和181PR引物对不同的基因型进行特异性的扩增,而181D5F-C/181D5G-A由于引物的Tm低于PCR扩增时反应的温度,所以无法有效的参与181PF/181PR的指数扩增过程中; 引物或探针名称 序列信息 181PF (正向扩增引物)5-AAGTGTTCAGGACCACAGG 181PR (反向扩增引物)5-GAGGCTTCTCATAGAACAG 181D5F-C (探针1)5-FITC-GTGCGCAACG 181D5G-A (探针2)5-FITC-GTGCGCAAAG 181D3B (探针3)5-AATTCCCAGGGC-BIOTIN
            表1  ERCC1第118位密码子多态性检测所涉及的引物和探针
PCR & AS-PCR核酸试纸条法检测ERCC1第118位密码子多态性反应体系:
模板:一个被检者基因组DNA
PCR引物:181PF和181PR  各0.2-2微摩        
标记的引物:181D5F-C/181D5G-A  各0.1-1微摩
特异性探针:181D3B   0.1-1微摩
dNTP:                          0.2-0.5 毫摩, 
(NH4)2SO4                        10毫摩
KCl                             10毫摩
Tris-HCl(PH 9.0)              10毫摩
Triton-100                      1.0%
MgCl2                            1.5-3毫摩
Taq DNA聚合酶:                 1-5单位
总体积为20微升
短暂离心后进行PCR循环。PCR循环参数为95 ℃ 5min;93-96℃ 1min;60-72℃ 1min;72 ℃ 2min;30-50个循环;93-96 ℃ 30s;45 -55℃ 1min;2-10个循环;95 ℃ 5min;
在AS-PCR扩增线性扩增过程中,将反应的退火温度将到适合181D5F-C 和181D5G-A延伸的温度;只有当181D5F-C/181D5G-A与PCR扩增中的模板序列完全匹配的时候,他们才能进行延伸。而该延伸产物又能与181D3B进行杂交结合。
d:在试纸条上,将特异性抗体即抗A抗体吸附于乳胶颗粒,在乳胶颗粒表面形成抗体包被;将另一无色特异性抗体即抗B抗体,以线条状固定于膜上,形成检测线; 
e:检测结果:将反应产物全部滴于核酸试纸条的加样处,加上100ul的缓冲液,带抗原A和抗原B的杂交产物首先与颗粒表面的抗体A结合,形成抗原B-寡核苷酸链抗原A-颗粒抗体A的有色颗粒复合物。有色的复合物在溶液中通过毛细现象沿纤维膜向上流动。当复合物遇到固定于膜上的抗体B线条时,待检的抗原B-寡核苷酸链抗原A-颗粒抗体A复合物与线条上的抗体B结合,形成线条抗体B-抗原B-寡核苷酸链抗原A-颗粒抗体A的有色颗粒复合物。有色的线条抗体B-抗原B-寡核苷酸链抗原A-颗粒抗体A的颗粒复合物滞留在线上,形成肉眼可见的有色线条;此为阳性。
在AS-PCR反应时,如果加入等位基因特异性引物末端不能与模板完全匹配,那么该引物就无法进行AS-PCR扩增,也就不能形成抗原B-寡核苷酸链抗原A-颗粒抗体A的有色颗粒复合物。因此有色颗粒将不能与膜上的检测线结合而越过此线,不能形成肉眼可见的有色线条。此为阴性。 
在AS-PCR反应时,根据多态位点的碱基类型分别加入与多态位点相对应的带有标记的等位基因特异性引物(或一个反应时加入不同种标记的相应的不同等位基因特异性引物),然后利用试纸条上包被的多个相应抗体(或多个核酸条试纸条)进行检测,根据其上有无特异颜色的条带进行分型。若只有其中出现一个条带时,表明被检者为纯合子,若出现两个条带(或2个试纸条出现条带,参见附图1)时,则表明其为杂合子。 
本发明的优选方案为,上述发明的检测ERCC1的样本为多个。 
本发明的优选方案为,在上述步骤c中,PCR & AS-PCR核酸试纸条法检测ERCC1第118位密码子多态性反应体系里,PCR引物:181PF和181PR  各0.2微摩,标记的引物:181D5F-C/181D5G-A  各0.1微摩,特异性探针:181D3B   0.1微摩,MgCl2 2.5毫摩,Taq DNA聚合酶2单位,PCR反应程序为:95℃, 5分;94℃, 20秒;60℃, 20秒;72℃, 20秒;40循环;94℃, 20秒;45℃, 20秒;5循环. 
本发明的有益效果:在我们原有的核酸检测试纸条专利的基础上,结合聚合酶链式反应(PCR)和等位基因特异性扩增(Allele specific Polymerase Chain Reaction,AS-PCR)而发明的针对ERCC1第118位密码子位点多态性的快速检测的方法,本发明采用了PCR&AS-PCR技术结合核酸试纸条检测技术检测SNP位点的基因型,与普通的PCR,AS-PCR相比具有更高的反应特异性和灵敏性,为人们提供一种操作简单,价格低廉和检测结果准确的能对ERCC1第118位密码子多态性进行检测的方法。
附图说明
图1   PCR-AS-PCR检测SNP反应原理图 
图2: 核酸试纸条法和测序法检测ERCC1第118位密码子多态性结果,2A:核酸试纸条检测的结果:1. TT纯合子;2. CC纯合子。2B:对应的测序结果,划红线的碱基为所要检测的位点:1. TT纯合子;2. CC纯合子。
图3:核酸试纸条法多人检测ERCC1第118位密码子多态性的结果:1. C/T杂合子;2. CC纯合子。 
具体实施方式
实施例1. 单人ERCC1第118位密码子多态性的检测 
a取样
被检者外周静脉抗凝血(冻存)200ul,应用杭州优思达生物技术有限公司所生产的微量DNA快速提取试剂盒进行核酸提取,用以基因扩增。
b:先对包含ERCC1第118位密码子多态性位点的靶模板通过PCR进行扩增,同时进行PCR扩增的引物并不进行任何的标记; 
其特征在于:
c:在步骤b的基础上,利用AS-PCR根据ERCC1第118位密码子多态性基因型的碱基类型进行特异性扩增,
在灭菌的0.2ml PCR管中,在20ul的反应体系中,针对不同的基因型分加入不同的PCR扩增引物和探针;
PCR & AS-PCR核酸试纸条法检测ERCC1第118位密码子多态性反应体系:
模板:一个被检者基因组DNA,
PCR引物:181PF和181PR  各0.2-2微摩,      
标记的引物:181D5F-C/181D5G-A  各0.1-1微摩,
特异性探针:181D3B   0.1-1微摩,
dNTP:                          0.2-0.5 毫摩
(NH4)2SO4                        10毫摩
KCl                             10毫摩
Tris-HCl(PH 9.0)              10毫摩
Triton-100                      1.0%
MgCl2                            1.5-3毫摩
Taq DNA聚合酶:                 1-5单位
总体积为20微升
短暂离心后进行PCR循环。PCR循环参数为95 ℃ 5min;93-96℃ 1min;60-72℃ 1min;72 ℃ 2min;30-50个循环;93-96℃ 30s;45 -55℃ 1min;2-10个循环;95 ℃ 5min;
在AS-PCR扩增线性扩增过程中,将反应的退火温度将到适合181D5F-C 和181D5G-A延伸的温度;
d:在试纸条上,将特异性抗体即抗A抗体吸附于乳胶颗粒,在乳胶颗粒表面形成抗体包被;将另一无色特异性抗体即抗B抗体,以线条状固定于膜上,形成检测线;
e:检测结果:将反应产物全部滴于核酸试纸条的加样处,加上100ul的缓冲液,带抗原A和抗原B的杂交产物首先与颗粒表面的抗体A结合,形成抗原B-寡核苷酸链抗原A-颗粒抗体A的有色颗粒复合物。有色的复合物在溶液中通过毛细现象沿纤维膜向上流动。当复合物遇到固定于膜上的抗体B线条时,待检的抗原B-寡核苷酸链抗原A-颗粒抗体A复合物与线条上的抗体B结合,形成线条抗体B-抗原B-寡核苷酸链抗原A-颗粒抗体A的有色颗粒复合物。有色的线条抗体B-抗原B-寡核苷酸链抗原A-颗粒抗体A的颗粒复合物滞留在线上,形成肉眼可见的有色线条(图2)
2A:核酸试纸条检测的结果:1. TT纯合子;2. CC纯合子。
2B:对应的测序结果,划红线的碱基为所要检测的位点:1. TT纯合子;2. CC纯合子。实施例二,多人ERCC1第118位密码子多态性的检测 
a取样
被检者外周静脉抗凝血(冻存)200ul,应用杭州优思达生物技术有限公司所生产的微量DNA快速提取试剂盒进行核酸提取,用以基因扩增。
b:先对包含ERCC1第118位密码子多态性位点的靶模板通过PCR进行扩增,同时进行PCR扩增的引物并不进行任何的标记; 
其特征在于:
c:在步骤b的基础上,利用AS-PCR根据ERCC1第118位密码子多态性基因型的碱基类型进行特异性扩增,
在灭菌的0.2ml PCR管中,在20ul的反应体系中,针对不同的基因型分加入不同的PCR扩增引物和探针;
PCR & AS-PCR核酸试纸条法检测ERCC1第118位密码子多态性反应体系:
模板:一个被检者基因组DNA,
PCR引物:181PF和181PR  各0.2-2微摩,      
标记的引物:181D5F-C/181D5G-A  各0.1-1微摩,
特异性探针:181D3B   0.1-1微摩,
dNTP:                          0.2 -0.5毫摩
(NH4)2SO4                        10毫摩
KCl                             10毫摩
Tris-HCl(PH 9.0)              10毫摩
Triton-100                      1.0%
MgCl2                            1.5-3毫摩
Taq DNA聚合酶:                 1-5单位
总体积为20微升
短暂离心后进行PCR循环。PCR循环参数为95 ℃ 5min;93-96℃ 1min;60-72℃ 1min;72 ℃ 2min;30-50个循环;93-96 ℃ 30s;45 -55℃ 1min;2-10个循环;95 ℃ 5min;
在AS-PCR扩增线性扩增过程中,将反应的退火温度将到适合181D5F-C 和181D5G-A延伸的温度;
d:在试纸条上,将特异性抗体即抗A抗体吸附于乳胶颗粒,在乳胶颗粒表面形成抗体包被;将另一无色特异性抗体即抗B抗体,以线条状固定于膜上,形成检测线;
e:检测结果:将反应产物全部滴于核酸试纸条的加样处,加上100ul的缓冲液,带抗原A和抗原B的杂交产物首先与颗粒表面的抗体A结合,形成抗原B-寡核苷酸链抗原A-颗粒抗体A的有色颗粒复合物。有色的复合物在溶液中通过毛细现象沿纤维膜向上流动。当复合物遇到固定于膜上的抗体B线条时,待检的抗原B-寡核苷酸链抗原A-颗粒抗体A复合物与线条上的抗体B结合,形成线条抗体B-抗原B-寡核苷酸链抗原A-颗粒抗体A的有色颗粒复合物。有色的线条抗体B-抗原B-寡核苷酸链抗原A-颗粒抗体A的颗粒复合物滞留在线上,形成肉眼可见的有色线条检
测结果:将反应产物全部滴于核酸试纸条上,在10分钟判读结果。核酸试纸条检测ERCC1第118位密码子多态性的结果见图3。
实施例三,对实施例一或二进一步限定,在步骤c中,PCR & AS-PCR核酸试纸条法检测ERCC1第118位密码子多态性反应体系里,PCR引物:181PF和181PR  各0.2微摩,标记的引物:181D5F-C/181D5G-A  各0.1微摩,特异性探针:181D3B   0.1微摩,MgCl2 2.5毫摩,Taq DNA聚合酶2单位,PCR反应程序为:95℃, 5分;94℃, 20秒;60℃, 20秒;72℃, 20秒;40循环;94℃, 20秒;45℃, 20秒;5循环. 
以上显示和描述了本发明的基本原理和主要特征和本发明的优点。本行业的技术人员应了解,本发明不受上述实施例的限制,上述实施例和说明书中描述的只是说明本发明的原理,在不脱离本发明精神和范围的前提下,本发明还会有各种变化和改进,这些变化和改进都落入要求保护的本发明范围内,本发明要求保护范。

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1、(10)申请公布号 CN 103820526 A (43)申请公布日 2014.05.28 CN 103820526 A (21)申请号 201210460954.1 (22)申请日 2012.11.16 C12Q 1/68(2006.01) G01N 33/558(2006.01) (71)申请人 苏州优贝沃生物技术有限公司 地址 215500 江苏省苏州市常熟市常熟东南 经济开发区金都路号幢 (72)发明人 胡琳 江建辉 侯建华 徐高连 孙悦 (74)专利代理机构 南京知识律师事务所 32207 代理人 汪旭东 (54) 发明名称 核酸试纸条法检测 ERCC1 第 118 位密码子位 点多。

2、态性 (57) 摘要 本发明就是在 PCR 扩增靶模板的基础上, 利 用带标记的引物进行等位基因特异性扩增, 并最 终利用核酸试纸条进行 ERCC1 第 118 位密码子 检测的技术, 其检测的主要原理是根据抗原和 其特异性抗体的免疫学特异性结合, 将核酸片段 固定在核酸检测试纸条上, 然后通过可视的呈 色乳胶颗粒在试纸条上显色而检测出结果, 在 PCR&AS-PCR 核酸试纸条法检测 ERCC1 第 118 位 密码子多态性中主要包括用于 PCR 扩增的特异性 PCR 扩增引物, 一条 5 末端带生物素标记的等位 基因特异性引物, 一条3 末端带FITC标记的特异 性探针, PCR&AS-P。

3、CR 核酸试纸条法检测 ERCC1 第 118 位密码子多态性基因型。 (51)Int.Cl. 权利要求书 2 页 说明书 6 页 附图 2 页 (19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 权利要求书2页 说明书6页 附图2页 (10)申请公布号 CN 103820526 A CN 103820526 A 1/2 页 2 1. 一种核酸试纸条法检测 ERCC1 第 118 位密码子位点多态性, a,取样, 冻存的被检者外周静脉抗凝血200ul, 用微量DNA快速提取试剂盒进行核酸提 取 ; b : 先对包含 ERCC1 第 118 位密码子多态性位点的靶模板通过 PCR 进行扩。

4、增, 同时进行 PCR 扩增的引物并不进行任何的标记 ; 其特征在于 : c : 在步骤 b 的基础上, 利用 AS-PCR 根据 ERCC1 第 118 位密码子多态性基因型的碱基类 型进行特异性扩增, 在灭菌的0.2ml PCR管中, 在20ul的反应体系中, 针对不同的基因型分加入不同的PCR 扩增引物和探针 ; PCR & AS-PCR 核酸试纸条法检测 ERCC1 第 118 位密码子多态性反应体系 : 模板 : 一个被检者基因组 DNA, PCR 引物 : 181PF 和 181PR 各 0.2-2 微摩, 标记的引物 : 181D5F-C/181D5G-A 各 0.1-1 微摩,。

5、 特异性探针 : 181D3B 0.1-1 微摩, dNTP : 0.2-0.5 毫摩 (NH4)2SO4 10 毫摩 KCl 10 毫摩 Tris-HCl(PH 9.0) 10 毫摩 Triton-100 1.0% MgCl2 1.5-3 毫摩 Taq DNA 聚合酶 : 1-5 单位 总体积为 20 微升 短暂离心后进行 PCR 循环。PCR 循环参数为 95 5min ; 93-96 1min ; 60-72 1min ; 72 2min ; 30-50 个循环 ; 93-96 30s ; 45 -55 1min ; 2-10 个循环 ; 95 5min ; 在AS-PCR扩增线性扩增过。

6、程中, 将反应的退火温度将到适合181D5F-C 和181D5G-A延 伸的温度 ; d : 在试纸条上, 将特异性抗体即抗 A 抗体吸附于乳胶颗粒, 在乳胶颗粒表面形成抗体 包被 ; 将另一无色特异性抗体即抗 B 抗体, 以线条状固定于膜上, 形成检测线 ; e : 检测结果 : 将反应产物全部滴于核酸试纸条的加样处, 加上 100ul 的缓冲液, 带抗原 A 和抗原 B 的杂交产物首先与颗粒表面的抗体 A 结合, 形成抗原 B 寡核苷酸链抗原 A- 颗 粒抗体 A 的有色颗粒复合物, 有色的复合物在溶液中通过毛细现象沿纤维膜向上流动, 当 复合物遇到固定于膜上的抗体 B 线条时, 待检的抗。

7、原 B 寡核苷酸链抗原 A- 颗粒抗体 A 复 合物与线条上的抗体 B 结合, 形成线条抗体 B 抗原 B 寡核苷酸链抗原 A- 颗粒抗体 A 的 有色颗粒复合物, 有色的线条抗体 B 抗原 B 寡核苷酸链抗原 A- 颗粒抗体 A 的颗粒复合 物滞留在线上, 形成肉眼可见的有色线条 ; 2A : 核酸试纸条检测的结果 : 1. TT 纯合子 ; 2. CC 纯合子。 2B : 对应的测序结果, 划红线的碱基为所要检测的位点 : 1. TT 纯合子 ; 2. CC 纯合子。 2. 根据权利要求 1 所述的核酸试纸条法检测 ERCC1 第 118 位密码子位点多态性, 其特 权 利 要 求 书 C。

8、N 103820526 A 2 2/2 页 3 征在于, 检测 ERCC1 的样本为多个。 3. 根据权利要求 1 或 2 所述的核酸试纸条法检测 ERCC1 第 118 位密码子位点多态性, 其特征在于, 在步骤 c 中, PCR & AS-PCR 核酸试纸条法检测 ERCC1 第 118 位密码子多态性 反应体系里, PCR引物 : 181PF和181PR 各0.2微摩, 标记的引物 : 181D5F-C/181D5G-A 各 0.1 微摩, 特异性探针 : 181D3B 0.1 微摩, dNTP 0.2 毫摩 MgCl2 2.5 毫摩, Taq DNA 聚 合酶 2 单位, PCR 反应。

9、程序为 : 95 , 5 分 ; 94 , 20 秒 ; 60 , 20 秒 ; 72 , 20 秒 ; 40 循 环 ; 94 , 20 秒 ; 45 , 20 秒 ; 5 循环。 权 利 要 求 书 CN 103820526 A 3 1/6 页 4 核酸试纸条法检测 ERCC1 第 118 位密码子位点多态性 技术领域 0001 本发明涉及利用核酸试纸条法检测切除修复交叉互补基因 1(excision repair cross-complementing gene 1,ERCC1) 第 118 位密码子多态性的方法。更具体地说, 是利 用扩增技术(PCR&AS-PCR)和核酸薄膜层析快速检。

10、测方法及其试纸条技术进行ERCC1第118 位密码子位点多态性的快速检测。 背景技术 0002 铂类药物的主要作用机制是与 DNA 上的鸟嘌呤、 腺嘌呤和胞嘧啶结合形成 铂 -DNA 加合物, 导致 DNA 的链间交联或链内交联, 引起 DNA 损伤, 从而导致细胞死亡。DNA 修复能力的差异将直接导致肿瘤细胞对 DNA 相关细胞毒性药物敏感性的个体差异。ERCC1 基因第 118 密码子 Asn-Asn 具有多态性, 核苷酸序列由 AAC 突变为 AAT, 该无义突变能 够影响 ERCC1 蛋白的表达水平, C T 的突变提高了 ERCC1 mRNA 的表达水平, 增强 DNA 修复能力而导。

11、致铂类耐药。有研究显示, 含有野生型ERCC1 序列的人卵巢癌细胞株比变异 型细胞株对铂类药物敏感要高。同时, ERCC1 第 118 位密码子的多态性还可能影响患者的 生存率和疗效。ERCC1 第 118 位密码子上的一碱基由 C 到 T 的变异与化疗效果明显相关 : 具有 C/C 基因型患者 (54/109, 50.4%) 的中位生存时间为 486 天 (95%CI, 333-x) , 而变异型 C/T(45/109, 42.1%) 或 T/T(8/109,7.5%) 的中位生存时间为 281 天 (95%CI, 214-376) 。 0003 目前用于 ERCC1 第 118 位密码子位。

12、点多态性检测的方法大多以 PCR 技术为基础, 与荧光、 质谱法、 基因芯片或直接测序等方法结合。 但这些方法大多操作复杂、 价格昂贵、 检 测时间长, 而且需要大型的仪器设备为前提, 因此并不适合于基层医院。 发明内容 0004 为了解决 ERCC1 位点多态性检测方法大多操作复杂、 价格昂贵、 检测时间长, 而且 需要大型的仪器设备的问题, 本发明利用扩增技术 (PCR&AS-PCR) 和核酸薄膜层析快速检 测方法及其试纸条技术 (专利号 CN1234567890) 进行 ERCC1 第 118 位密码子位点多态性的 快速检测。 0005 本发明解决其技术问题所采用的技术方案是 : 1、 。

13、发明原理 : 本发明就是在 PCR 扩增靶模板的基础上, 利用带标记的引物进行等位基 因特异性扩增 (Allele specific Polymerase Chain Reaction, AS-PCR) , 并最终利用核酸 试纸条进行 ERCC1 第 118 位密码子检测的技术。其检测的主要原理是根据抗原和其特异性 抗体的免疫学特异性结合, 将核酸片段固定在核酸检测试纸条上, 然后通过可视的呈色乳 胶颗粒在试纸条上显色而检测出结果。其反应原理和步骤如图 1 : 在PCR & AS-PCR核酸试纸条法检测ERCC1第118位密码子多态性中主要包括用于PCR 扩增的特异性 PCR 扩增引物, 一条。

14、 5 末端带生物素标记的等位基因特异性引物, 一条 3 末 端带 FITC 标记的特异性探针。PCR & AS-PCR 核酸试纸条法检测 ERCC1 第 118 位密码子多 态性基因型主要包括以下几个步骤 : 说 明 书 CN 103820526 A 4 2/6 页 5 a: 取样 , 被检者外周静脉抗凝血 (冻存) 200ul, 应用杭州优思达生物技术有限公司所 生产的微量 DNA 快速提取试剂盒进行核酸提取, 用以基因扩增。 0006 b : 先对包含 ERCC1 第 118 位密码子多态性位点的靶模板通过 PCR 进行扩增, 这一 步骤中的 PCR 扩增并不对 ERCC1 第 118 位。

15、密码子多态性的碱基类型进行区分, 只是为了达 到富集靶序列的目的, 同时进行 PCR 扩增的引物并不进行任何的标记 ; 其特征在于 : c : 在步骤 b 的基础上, 利用 AS-PCR 根据 ERCC1 第 118 位密码子多态性基因型的碱基类 型进行特异性扩增, 在适当的 Tm 情况下, 只有当 5 末端标记抗原 A 的等位基因特异性引物 与步骤 2 中扩增产物上要检测的含 ERCC1 第 118 位密码子多态性片段完全互补时, 该引物 才能在 DNA 聚合酶的作用下进行延伸, 其延伸产物能与反应液中 3 末端标记抗原 B 的探针 进行结合。 0007 在灭菌的 0.2ml PCR 管中,。

16、 在 20ul 的反应体系中, 针对不同的基因型分加入不同 的 PCR 扩增引物和探针 (表 1) 。等浓度的 181PF 和 181PR 引物对不同的基因型进行特异性 的扩增, 而 181D5F-C/181D5G-A 由于引物的 Tm 低于 PCR 扩增时反应的温度, 所以无法有效 的参与 181PF/181PR 的指数扩增过程中 ; 引物或探针名称序列信息 181PF(正向扩增引物)5-AAGTGTTCAGGACCACAGG 181PR(反向扩增引物)5-GAGGCTTCTCATAGAACAG 181D5F-C(探针 1)5-FITC-GTGCGCAACG 181D5G-A(探针 2)5-。

17、FITC-GTGCGCAAAG 181D3B(探针 3)5-AATTCCCAGGGC-BIOTIN 表 1 ERCC1 第 118 位密码子多态性检测所涉及的引物和探针 PCR & AS-PCR 核酸试纸条法检测 ERCC1 第 118 位密码子多态性反应体系 : 模板 : 一个被检者基因组 DNA PCR 引物 : 181PF 和 181PR 各 0.2-2 微摩 标记的引物 : 181D5F-C/181D5G-A 各 0.1-1 微摩 特异性探针 : 181D3B 0.1-1 微摩 dNTP : 0.2-0.5 毫摩, (NH4)2SO4 10 毫摩 KCl 10 毫摩 Tris-HCl(。

18、PH 9.0) 10 毫摩 Triton-100 1.0% MgCl2 1.5-3 毫摩 Taq DNA 聚合酶 : 1-5 单位 总体积为 20 微升 短暂离心后进行 PCR 循环。PCR 循环参数为 95 5min ; 93-96 1min ; 60-72 1min ; 72 2min ; 30-50 个循环 ; 93-96 30s ; 45 -55 1min ; 2-10 个循环 ; 95 5min ; 在AS-PCR扩增线性扩增过程中, 将反应的退火温度将到适合181D5F-C 和181D5G-A延 伸的温度 ; 只有当181D5F-C/181D5G-A与PCR扩增中的模板序列完全匹配。

19、的时候, 他们才能 进行延伸。而该延伸产物又能与 181D3B 进行杂交结合。 说 明 书 CN 103820526 A 5 3/6 页 6 0008 d : 在试纸条上, 将特异性抗体即抗 A 抗体吸附于乳胶颗粒, 在乳胶颗粒表面形成 抗体包被 ; 将另一无色特异性抗体即抗 B 抗体, 以线条状固定于膜上, 形成检测线 ; e : 检测结果 : 将反应产物全部滴于核酸试纸条的加样处, 加上 100ul 的缓冲液, 带抗原 A 和抗原 B 的杂交产物首先与颗粒表面的抗体 A 结合, 形成抗原 B 寡核苷酸链抗原 A- 颗 粒抗体 A 的有色颗粒复合物。有色的复合物在溶液中通过毛细现象沿纤维膜向。

20、上流动。当 复合物遇到固定于膜上的抗体 B 线条时, 待检的抗原 B 寡核苷酸链抗原 A- 颗粒抗体 A 复 合物与线条上的抗体 B 结合, 形成线条抗体 B 抗原 B 寡核苷酸链抗原 A- 颗粒抗体 A 的 有色颗粒复合物。有色的线条抗体 B 抗原 B 寡核苷酸链抗原 A- 颗粒抗体 A 的颗粒复 合物滞留在线上, 形成肉眼可见的有色线条 ; 此为阳性。 0009 在 AS-PCR 反应时, 如果加入等位基因特异性引物末端不能与模板完全匹配, 那么 该引物就无法进行 AS-PCR 扩增, 也就不能形成抗原 B 寡核苷酸链抗原 A- 颗粒抗体 A 的 有色颗粒复合物。因此有色颗粒将不能与膜上的。

21、检测线结合而越过此线, 不能形成肉眼可 见的有色线条。此为阴性。 0010 在 AS-PCR 反应时, 根据多态位点的碱基类型分别加入与多态位点相对应的带有 标记的等位基因特异性引物 (或一个反应时加入不同种标记的相应的不同等位基因特异性 引物) , 然后利用试纸条上包被的多个相应抗体 (或多个核酸条试纸条) 进行检测, 根据其上 有无特异颜色的条带进行分型。 若只有其中出现一个条带时, 表明被检者为纯合子, 若出现 两个条带 (或 2 个试纸条出现条带, 参见附图 1) 时, 则表明其为杂合子。 0011 本发明的优选方案为, 上述发明的检测 ERCC1 的样本为多个。 0012 本发明的优。

22、选方案为, 在上述步骤 c 中, PCR & AS-PCR 核酸试纸条法检测 ERCC1 第 118 位密码子多态性反应体系里, PCR 引物 : 181PF 和 181PR 各 0.2 微摩, 标记的引物 : 181D5F-C/181D5G-A 各 0.1 微摩, 特异性探针 : 181D3B 0.1 微摩, MgCl2 2.5 毫摩, Taq DNA聚合酶2单位, PCR反应程序为 : 95, 5分 ; 94, 20秒 ; 60, 20秒 ; 72, 20秒 ; 40 循环 ; 94 , 20 秒 ; 45 , 20 秒 ; 5 循环 . 本发明的有益效果 : 在我们原有的核酸检测试纸条专。

23、利的基础上, 结合聚合酶链式反 应(PCR)和等位基因特异性扩增 (Allele specific Polymerase Chain Reaction, AS-PCR) 而发明的针对 ERCC1 第 118 位密码子位点多态性的快速检测的方法, 本发明采用了 PCR ASPCR技术结合核酸试纸条检测技术检测SNP位点的基因型, 与普通的PCR, ASPCR相 比具有更高的反应特异性和灵敏性, 为人们提供一种操作简单, 价格低廉和检测结果准确 的能对 ERCC1 第 118 位密码子多态性进行检测的方法。 附图说明 0013 图 1 PCR-AS PCR 检测 SNP 反应原理图 图2 : 核酸。

24、试纸条法和测序法检测ERCC1第118位密码子多态性结果, 2A : 核酸试纸条 检测的结果 : 1. TT 纯合子 ; 2. CC 纯合子。2B : 对应的测序结果, 划红线的碱基为所要检测 的位点 : 1. TT 纯合子 ; 2. CC 纯合子。 0014 图 3 : 核酸试纸条法多人检测 ERCC1 第 118 位密码子多态性的结果 : 1. C/T 杂合 子 ; 2. CC 纯合子。 说 明 书 CN 103820526 A 6 4/6 页 7 具体实施方式 0015 实施例 1 单人 ERCC1 第 118 位密码子多态性的检测 a 取样 被检者外周静脉抗凝血 (冻存) 200ul,。

25、 应用杭州优思达生物技术有限公司所生产的微 量 DNA 快速提取试剂盒进行核酸提取, 用以基因扩增。 0016 b : 先对包含 ERCC1 第 118 位密码子多态性位点的靶模板通过 PCR 进行扩增, 同时 进行 PCR 扩增的引物并不进行任何的标记 ; 其特征在于 : c : 在步骤 b 的基础上, 利用 AS-PCR 根据 ERCC1 第 118 位密码子多态性基因型的碱基类 型进行特异性扩增, 在灭菌的0.2ml PCR管中, 在20ul的反应体系中, 针对不同的基因型分加入不同的PCR 扩增引物和探针 ; PCR & AS-PCR 核酸试纸条法检测 ERCC1 第 118 位密码子。

26、多态性反应体系 : 模板 : 一个被检者基因组 DNA, PCR 引物 : 181PF 和 181PR 各 0.2-2 微摩, 标记的引物 : 181D5F-C/181D5G-A 各 0.1-1 微摩, 特异性探针 : 181D3B 0.1-1 微摩, dNTP : 0.2-0.5 毫摩 (NH4)2SO4 10 毫摩 KCl 10 毫摩 Tris-HCl(PH 9.0) 10 毫摩 Triton-100 1.0% MgCl2 1.5-3 毫摩 Taq DNA 聚合酶 : 1-5 单位 总体积为 20 微升 短暂离心后进行 PCR 循环。PCR 循环参数为 95 5min ; 93-96 1m。

27、in ; 60-72 1min ; 72 2min ; 30-50 个循环 ; 93-96 30s ; 45 -55 1min ; 2-10 个循环 ; 95 5min ; 在AS-PCR扩增线性扩增过程中, 将反应的退火温度将到适合181D5F-C 和181D5G-A延 伸的温度 ; d : 在试纸条上, 将特异性抗体即抗 A 抗体吸附于乳胶颗粒, 在乳胶颗粒表面形成抗体 包被 ; 将另一无色特异性抗体即抗 B 抗体, 以线条状固定于膜上, 形成检测线 ; e : 检测结果 : 将反应产物全部滴于核酸试纸条的加样处, 加上 100ul 的缓冲液, 带抗原 A 和抗原 B 的杂交产物首先与颗粒。

28、表面的抗体 A 结合, 形成抗原 B 寡核苷酸链抗原 A- 颗 粒抗体 A 的有色颗粒复合物。有色的复合物在溶液中通过毛细现象沿纤维膜向上流动。当 复合物遇到固定于膜上的抗体 B 线条时, 待检的抗原 B 寡核苷酸链抗原 A- 颗粒抗体 A 复 合物与线条上的抗体 B 结合, 形成线条抗体 B 抗原 B 寡核苷酸链抗原 A- 颗粒抗体 A 的 有色颗粒复合物。有色的线条抗体 B 抗原 B 寡核苷酸链抗原 A- 颗粒抗体 A 的颗粒复 合物滞留在线上, 形成肉眼可见的有色线条 (图 2) 说 明 书 CN 103820526 A 7 5/6 页 8 2A : 核酸试纸条检测的结果 : 1. TT。

29、 纯合子 ; 2. CC 纯合子。 0017 2B : 对应的测序结果, 划红线的碱基为所要检测的位点 : 1. TT纯合子 ; 2. CC纯合 子。实施例二, 多人 ERCC1 第 118 位密码子多态性的检测 a 取样 被检者外周静脉抗凝血 (冻存) 200ul, 应用杭州优思达生物技术有限公司所生产的微 量 DNA 快速提取试剂盒进行核酸提取, 用以基因扩增。 0018 b : 先对包含 ERCC1 第 118 位密码子多态性位点的靶模板通过 PCR 进行扩增, 同时 进行 PCR 扩增的引物并不进行任何的标记 ; 其特征在于 : c : 在步骤 b 的基础上, 利用 AS-PCR 根据。

30、 ERCC1 第 118 位密码子多态性基因型的碱基类 型进行特异性扩增, 在灭菌的0.2ml PCR管中, 在20ul的反应体系中, 针对不同的基因型分加入不同的PCR 扩增引物和探针 ; PCR & AS-PCR 核酸试纸条法检测 ERCC1 第 118 位密码子多态性反应体系 : 模板 : 一个被检者基因组 DNA, PCR 引物 : 181PF 和 181PR 各 0.2-2 微摩, 标记的引物 : 181D5F-C/181D5G-A 各 0.1-1 微摩, 特异性探针 : 181D3B 0.1-1 微摩, dNTP : 0.2 -0.5 毫摩 (NH4)2SO4 10 毫摩 KCl 。

31、10 毫摩 Tris-HCl(PH 9.0) 10 毫摩 Triton-100 1.0% MgCl2 1.5-3 毫摩 Taq DNA 聚合酶 : 1-5 单位 总体积为 20 微升 短暂离心后进行 PCR 循环。PCR 循环参数为 95 5min ; 93-96 1min ; 60-72 1min ; 72 2min ; 30-50 个循环 ; 93-96 30s ; 45 -55 1min ; 2-10 个循环 ; 95 5min ; 在AS-PCR扩增线性扩增过程中, 将反应的退火温度将到适合181D5F-C 和181D5G-A延 伸的温度 ; d : 在试纸条上, 将特异性抗体即抗 A。

32、 抗体吸附于乳胶颗粒, 在乳胶颗粒表面形成抗体 包被 ; 将另一无色特异性抗体即抗 B 抗体, 以线条状固定于膜上, 形成检测线 ; e : 检测结果 : 将反应产物全部滴于核酸试纸条的加样处, 加上 100ul 的缓冲液, 带抗原 A 和抗原 B 的杂交产物首先与颗粒表面的抗体 A 结合, 形成抗原 B 寡核苷酸链抗原 A- 颗 粒抗体 A 的有色颗粒复合物。有色的复合物在溶液中通过毛细现象沿纤维膜向上流动。当 复合物遇到固定于膜上的抗体 B 线条时, 待检的抗原 B 寡核苷酸链抗原 A- 颗粒抗体 A 复 合物与线条上的抗体 B 结合, 形成线条抗体 B 抗原 B 寡核苷酸链抗原 A- 颗。

33、粒抗体 A 的 有色颗粒复合物。有色的线条抗体 B 抗原 B 寡核苷酸链抗原 A- 颗粒抗体 A 的颗粒复 说 明 书 CN 103820526 A 8 6/6 页 9 合物滞留在线上, 形成肉眼可见的有色线条检 测结果 : 将反应产物全部滴于核酸试纸条上, 在 10 分钟判读结果。核酸试纸条检测 ERCC1 第 118 位密码子多态性的结果见图 3。 0019 实施例三, 对实施例一或二进一步限定, 在步骤 c 中, PCR & AS-PCR 核酸试纸条法 检测 ERCC1 第 118 位密码子多态性反应体系里, PCR 引物 : 181PF 和 181PR 各 0.2 微摩, 标 记的引物。

34、 : 181D5F-C/181D5G-A 各 0.1 微摩, 特异性探针 : 181D3B 0.1 微摩, MgCl2 2.5 毫摩, Taq DNA 聚合酶 2 单位, PCR 反应程序为 : 95 , 5 分 ; 94 , 20 秒 ; 60 , 20 秒 ; 72 , 20 秒 ; 40 循环 ; 94 , 20 秒 ; 45 , 20 秒 ; 5 循环 . 以上显示和描述了本发明的基本原理和主要特征和本发明的优点。 本行业的技术人员 应了解, 本发明不受上述实施例的限制, 上述实施例和说明书中描述的只是说明本发明的 原理, 在不脱离本发明精神和范围的前提下, 本发明还会有各种变化和改进, 这些变化和改 进都落入要求保护的本发明范围内, 本发明要求保护范。 说 明 书 CN 103820526 A 9 1/2 页 10 图 1 图 2 说 明 书 附 图 CN 103820526 A 10 2/2 页 11 图 3 说 明 书 附 图 CN 103820526 A 11 。

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