《确定针对病状的个性化医疗介入的系统和方法.pdf》由会员分享,可在线阅读,更多相关《确定针对病状的个性化医疗介入的系统和方法.pdf(43页珍藏版)》请在专利查询网上搜索。
1、(10)申请公布号 CN 103424541 A (43)申请公布日 2013.12.04 CN 103424541 A *CN103424541A* (21)申请号 201310356643.5 (22)申请日 2007.05.18 60/747,645 2006.05.18 US 200780018015.9 2007.05.18 G01N 33/50(2006.01) G01N 35/00(2006.01) G01N 33/68(2006.01) (71)申请人 分子压型学会股份有限公司 地址 美国亚利桑那州 (72)发明人 DD范霍夫 R彭尼 (74)专利代理机构 上海专利商标事务所有。
2、限公 司 31100 代理人 张欣 (54) 发明名称 确定针对病状的个性化医疗介入的系统和方 法 (57) 摘要 本发明涉及确定针对病状的个性化医疗介入 的系统和方法。根据本发明的一种用于确定针对 特定病状尤其是癌症的个性化医疗介入的系统和 方法, 其包括 : 对来自患者的生物样品进行分子 概况分析 ; 确定任何分子结果是否包括与参考相 比显示表达变化的一个或多个基因、 一个或多个 基因表达的蛋白质、 一个或多个分子机制和 / 或 这些的组合 ; 以及鉴定能够与显示表达变化的这 些基因、 基因表达的蛋白质、 分子机制或这些分子 结果的组合相互作用的非疾病特异性的疗法或试 剂。 (30)优先权。
3、数据 (62)分案原申请数据 (51)Int.Cl. 权利要求书 2 页 说明书 13 页 附图 27 页 (19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 权利要求书2页 说明书13页 附图27页 (10)申请公布号 CN 103424541 A CN 103424541 A *CN103424541A* 1/2 页 2 1. 一种用于确定针对癌症病状的个性化医疗介入的计算机实现的系统, 其包括 : 第一装置, 用于访问取自患有诊断癌症的患者生物样品的分子概况分析 ; 第二装置, 用于确定由所述分子概况分析产生的基因、 基因表达的蛋白质、 分子机制以 及其它分子结果中的至少一个或多。
4、个与正常参考相比是否显示表达变化 ; 以及 第三装置, 用于鉴定与显示表达变化的至少一个基因、 基因表达的蛋白质、 分子机制和 其它分子结果相互作用的一种或多种药物疗法, 其中所述一个或多个药物疗法先前并没有 用于治疗患病患者的所述诊断癌症 ; 以及 第四装置, 用于在显示装置上显示表达发生变化的所述至少一个基因、 基因表达的蛋 白质、 分子机制及其它分子结果和与其相互作用的所述药物疗法, 其中所述药物疗法先前 并没有用于治疗患病患者的所述诊断癌症。 2. 如权利要求 1 所述的计算机实现的系统, 其特征在于, 所述分子概况分析包括免疫 组织化学 (IHC) 分析和微阵列分析中的至少一个。 3。
5、. 如权利要求 2 所述的计算机实现的系统, 其特征在于, 所述微阵列分析包括表达微 阵列、 比较基因组杂交 (CGH) 微阵列、 单核苷酸多态性 (SNP) 微阵列、 荧光原位杂交 (FISH) 、 原位杂交 (ISH) 以及蛋白组阵列中的至少一个。 4. 如权利要求 2 所述的计算机实现的系统, 其特征在于, 所述 IHC 分析包括对基因表 达的蛋白质的 IHC 分析, 其中所述基因表达的蛋白质包括 Her2/Neu、 ER、 PR、 c-kit、 EGFR、 MLH1、 MSH2、 CD20、 p53、 细胞周期蛋白 D1、 bcl2、 COX-2、 雄激素受体、 CD52、 PDGFR。
6、、 AR、 CD25 以及 VEGF 中至少一种。 5. 如权利要求 2 所述的计算机实现的系统, 其特征在于, 所述微阵列分析包括基因微 阵列分析, 其中所述基因包括 BCL2、 HIF1A、 AR、 ESR1、 PDGFRA、 KIT、 PDGFRB、 CDW52、 ZAP70、 PGR、 SPARC、 GART、 GSTP1、 NFKBIA、 MSH2、 TXNRD1、 HDAC1、 PDGFC、 PTEN、 CD33、 TYMS、 RXRB、 ADA、 TNF、 ERCC3、 RAF1、 VEGF、 TOP1、 TOP2A、 BRCA2、 TK1、 FOLR2、 TOP2B、 MLH1。
7、、 IL2RA、 DNMT1、 HSPCA、 ERBR2、 ERBB2、 SSTR1、 VHL、 VDR、 PTGS2、 POLA、 CES2、 EGFR、 OGFR、 ASNS、 NFKB2、 RARA、 MS4A1、 DCK、 DNMT3A、 EREG、 表皮调节素、 FOLR1、 GNRH1、 GNRHR1、 FSHB、 FSHR、 FSHPRH1、 叶酸受体、 HGF、 HIG1、 IL13RA1、 LTB、 ODC1、 PPARG、 PPARGC1、 VHL、 淋巴细胞毒素 受体、 Myc、 TOP2B 拓扑异 构酶 II、 TOPO2B、 TXN、 VEGFC、 ACE2、 ADH。
8、1C、 ADH4、 AGT、 AREG、 CA2、 CDK2、 窖蛋白以及 NFKB1 中至少一种。 6. 如权利要求 2 所述的计算机实现的系统, 其特征在于, 所述分子概况分析包括肿瘤 免疫组织化学分析, 所述第二装置还包括 : 用于确定是否有 30或更多的肿瘤细胞对特定 基因表达蛋白质的染色为 2 或更多的装置。 7. 如权利要求 2 所述的计算机实现的系统, 其特征在于, 所述分子概况分析包括肿瘤 微阵列分析, 所述第二装置还包括 : 用于通过确定特定基因的表达相对于原始参考的正常 组织的倍数变化在 p0.001 水平是否存在显著性差异来鉴定哪些基因被上调或下调的装 置。 8. 如权利。
9、要求 1 所述的计算机实现的系统, 其特征在于, 所述显示装置包括打印的患 者概况报告。 9. 如权利要求 1 所述的计算机实现的系统, 其特征在于, 所述第三装置还包括 : 用于对 包括与基因和 / 或基因表达的蛋白质相互作用的文献相关药物疗法的大量文献数据库进 权 利 要 求 书 CN 103424541 A 2 2/2 页 3 行自动检查的装置。 10. 如权利要求 1 所述的计算机实现的系统, 其特征在于, 所述癌症已经经历了用于治 疗癌症的标准一线疗法, 或者所述癌症已经经历了至少两个化学治疗或激素疗养。 11. 如权利要求 1 所述的计算机实现的系统, 其特征在于, 所述第三装置包。
10、括药物疗法 数据库。 12. 如权利要求 2 所述的计算机实现的系统, 其特征在于, 所述 IHC 分析包括对基因表 达的蛋白质的 IHC 分析, 其中所述基因表达的蛋白质包括 Her2/Neu、 ER、 PR、 c-kit、 EGFR、 MLH1、 MSH2、 CD20、 p53、 细胞周期蛋白 D1、 bcl2、 COX-2、 雄激素受体、 CD52、 PDGFR、 AR、 CD25 以及 VEGF。 13. 如权利要求 2 所述的计算机实现的系统, 其特征在于, 所述微阵列分析包括基因微 阵列分析, 其中所述基因包括 BCL2、 HIF1A、 AR、 ESR1、 PDGFRA、 KIT、。
11、 PDGFRB、 CDW52、 ZAP70、 PGR、 SPARC、 GART、 GSTP1、 NFKBIA、 MSH2、 TXNRD1、 HDAC1、 PDGFC、 PTEN、 CD33、 TYMS、 RXRB、 ADA、 TNF、 ERCC3、 RAF1、 VEGF、 TOP1、 TOP2A、 BRCA2、 TK1、 FOLR2、 TOP2B、 MLH1、 IL2RA、 DNMT1、 HSPCA、 ERBR2、 ERBB2、 SSTR1、 VHL、 VDR、 PTGS2、 POLA、 CES2、 EGFR、 OGFR、 ASNS、 NFKB2、 RARA、 MS4A1、 DCK、 DNMT。
12、3A、 EREG、 表皮调节素、 FOLR1、 GNRH1、 GNRHR1、 FSHB、 FSHR、 FSHPRH1、 叶酸受体、 HGF、 HIG1、 IL13RA1、 LTB、 ODC1、 PPARG、 PPARGC1、 VHL、 淋巴细胞毒素 受体、 Myc、 TOP2B 拓扑异 构酶 II、 TOPO2B、 TXN、 VEGFC、 ACE2、 ADH1C、 ADH4、 AGT、 AREG、 CA2、 CDK2、 窖蛋白以及 NFKB1。 权 利 要 求 书 CN 103424541 A 3 1/13 页 4 确定针对病状的个性化医疗介入的系统和方法 0001 本发明专利申请是国际申请号。
13、为 PCT/US2007/069286, 国际申请日为 2007 年 5 月 18 日, 进入中国国家阶段的申请号为 200780018015.9, 名称为 “确定针对病状的个性化医 疗介入的系统和方法” 的发明专利申请的分案申请。 0002 发明领域 0003 本发明一般涉及应用分子概况分析以提供针对特定病状确定医疗介入的系统和 方法。可在疾病的任何阶段实施该系统和方法。特别地, 本发明涉及针对重病患者例如在 至少两个化学治疗或激素疗养后继续发展的癌症患者, 确定医疗介入的系统和方法, 其中 该方法包括 : 对来自该患者的生物样品进行分子概况分析 ; 确定包括一个或多个基因、 基 因表达的蛋。
14、白质、 分子机制的任何分子结果和 / 或其组合与正常参照相比是否显示表达上 的变化 ; 以及鉴定能够与显示了表达上的变化的基因、 基因表达的蛋白质、 分子机制或这些 分子结果的组合相互作用的药物疗法。 0004 发明背景 0005 患者疾病状态通常用根据基于临床的标准选择的治疗疗养或疗法来治疗 ; 即基于 患者已被诊断患有特定疾病 (已根据传统诊断分析做出诊断) 的确定而为该患者选择治疗 疗养或疗法。尽管各种病状背后的分子机制已成为多年来的研究主题, 但是患病个体的分 子概况分析在为该个体确定治疗疗养和疗法中的具体应用因病而异且并未被广泛推行。 0006 一些治疗疗法已使用分子概况分析与患者临。
15、床特征的结合而得到确定, 比如医生 所作的观察 (例如, 比如来自国际疾病分类的代码以及确定这些代码的日期) 、 实验室试验 结果、 X 射线、 活组织检查结果、 患者所作的陈述以及医生为作出具体疾病的诊断通常所依 据的任何其它医疗信息。但是, 联合使用基于分子概况分析和临床特征 (比如对特定类型 癌症的诊断) 的选择材料来确定治疗疗养或疗法存在针对特定个体可能忽略有效治疗疗养 的风险, 因为某些治疗疗养即使与治疗特定类型的病状相关联它们也可能适用于不同的病 状。 0007 治疗医生对转移性癌症患者特别关注。 大多数转移性癌症患者最终用尽了对其肿 瘤的治疗选择。这些患者的肿瘤在经历了标准一线和。
16、二线 (有时是三线及更多) 疗法之后继 续发展的情况下, 他们所具有的选择非常有限。尽管这些患者可以参与新型抗癌药的 I 期 和 II 期临床试验, 但是通常他们必须满足非常严格的合格标准才能参与。研究显示, 当患 者参与这些类型的试验时, 新型抗癌药 I 期临床试验的平均响应率约为 5 -10, II 期临 床试验约为 12。这些患者还可以选择接受最好的支持疗法来治疗他们的症状。 0008 近来人们对开发更多以细胞表面受体为靶点或者上调或放大基因产物的新型抗 癌药具有极大兴趣。该方法已获得一定的成功 (例如赫赛汀 (Herceptin) 针对乳癌细胞中 的 HER2/neu, 利妥昔单抗针对。
17、淋巴瘤细胞中的 CD20, 贝伐单抗针对 VEGF, 西妥昔单抗针对 EGFR, 等等) 。但是, 患者的肿瘤最终仍然在这些疗法之后继续发展。如果在患者肿瘤内测 得更大量的靶点或分子结果, 比如分子机制、 基因、 基因表达的蛋白质和 / 或这些的组合, 则可发现通过使用特定治疗药进行治疗的额外的靶点或分子结果。 鉴定可治疗多个靶点或 潜在机制的多种药剂将向转移性癌症患者提供可行的治疗方法作为当前存在的那些治疗 说 明 书 CN 103424541 A 4 2/13 页 5 疗法的替换。 0009 因此, 需要基于分子概况分析确定针对病状的个体医疗介入的系统和方法, 其中 分子概况分析被用来用与。
18、疾病谱系诊断无关的特定药物或试剂靶向特定基因和 / 或基因 表达的蛋白质。 发明内容 0010 本发明涉及确定针对特定病状的个体医疗介入的系统和方法。用于确定针对病 状的医疗介入的本发明的一个示例性方法包括以下步骤 : 对来自患病个体生物样品的基因 和 / 或基因表达的蛋白质进行测试 ; 确定哪些基因和 / 或基因表达的蛋白质与参考相比显 示表达上的变化 ; 以及鉴定用于与显示表达变化的基因和 / 或基因表达的蛋白质相互作用 的药物疗法, 其中该表达变化并不限于单一疾病。在本发明这一示例性实施例的一个方面 中, 鉴定用于与显示表达变化的基因和 / 或基因表达的蛋白质相互作用的药物疗法的步骤 可。
19、包括从对大量文献数据库和 / 或从临床试验产生的数据进行自动检查来鉴定药物疗法 的步骤。 0011 在本发明上述示例性实施例的另一方面中, 对基因和 / 或基因表达的蛋白质进行 测试的步骤可包括执行免疫组织化学 (IHC) 分析和 / 或微阵列分析的步骤。此外, 执行微 阵列分析的步骤可包括使用表达微阵列、 比较基因组杂交 (CGH) 微阵列、 单核苷酸多态性 (SNP) 微阵列、 荧光原位杂交 (ISH) 、 原位杂交 (ISH) 以及蛋白组阵列。另外, 执行 IHC 分 析的步骤可包括对基因表达的蛋白质执行 IHC 分析的步骤, 其中该基因表达的蛋白质包括 Her2/Neu、 ER、 PR。
20、、 c-kit、 EGFR、 MLH1、 MSH2、 CD20、 p53、 细胞周期蛋白 D1、 bcl2、 COX-2、 雄激 素受体、 CD52、 PDGFR、 AR、 CD25 以及 VEGF 中至少一种。 0012 在本发明的另一方面中, 在用于确定针对病状的医疗介入的上述示例性方法中执 行微阵列分析的步骤可包括对基因执行微阵列分析的步骤, 其中该基因包括 BCL2、 HIF1A、 AR、 ESR1、 PDGFRA、 KIT、 PDGFRB、 CDW52、 ZAP70、 PGR、 SPARC、 GART、 GSTP1、 NFKBIA、 MSH2、 TXNRD1、 HDAC1、 PDGF。
21、C、 PTEN、 CD33、 TYMS、 RXRB、 ADA、 TNF、 ERCC3、 RAF1、 VEGF、 TOP1、 TOP2A、 BRCA2、 TK1、 FOLR2、 TOP2B、 MLH1、 IL2RA、 DNMT1、 HSPCA、 ERBR2、 ERBB2、 SSTR1、 VHL、 VDR、 PTGS2、 POLA、 CES2、 EGFR、 OGFR、 ASNS、 NFKB2、 RARA、 MS4A1、 DCK、 DNMT3A、 EREG、 表皮调节素 (Epiregulin)、 FOLR1、 GNRH1、 GNRHR1、 FSHB、 FSHR、 FSHPRH1、 叶酸受体、 HG。
22、F、 HIG1、 IL13RA1、 LTB、 ODC1、 PPARG、 PPARGC1、 VHL、 淋巴细胞毒素 受体、 Myc、 TOP2B 拓扑异构酶 II、 TOPO2B、 TXN、 VEGFC、 ACE2、 ADH1C、 ADH4、 AGT、 AREG、 CA2、 CDK2、 窖蛋白以及 NFKB1 中至少一种。 0013 在本发明上述示例性方法的又一方面中, 对来自患病个体生物样品的基因和 / 或 基因表达的蛋白质进行测试的步骤可包括对肿瘤执行免疫组织化学分析的步骤, 并且确 定哪些基因和 / 或基因表达的蛋白质与参考相比显示表达变化的步骤可包括确定是否有 30或更多的肿瘤细胞对特定。
23、基因表达蛋白质的染色为 2 或更多的步骤。在本发明上述 示例性方法的又一方面中, 对来自患病个体生物样品的基因和 / 或基因表达的蛋白质进行 测试的步骤可包括对肿瘤执行微阵列分析的步骤, 确定哪些基因和 / 或基因表达的蛋白质 与参考相比显示表达变化的步骤可包括通过确定特定基因的表达相对于原始参考的正常 组织的倍数变化在 p0.001 水平是否存在显著性差异来鉴定哪些基因被上调或下调的步 骤。此外, 用于确定针对病状的医疗介入的本发明的上述示例性方法还可以包括提供患者 说 明 书 CN 103424541 A 5 3/13 页 6 概况报告的步骤, 其中该报告鉴定基因和 / 或基因表达的蛋白质。
24、的表达变化以及用于与显 示表达变化的基因和 / 或基因表达的蛋白质中的每一个相互作用的可能的药物疗法。 0014 本发明的另一示例性实施例涉及用于鉴定能够与分子靶点相互作用的药物疗法 的方法, 该方法包括以下步骤 : 鉴定与正常参考相比显示表达变化的多个患病个体中的分 子靶点 ; 对显示分子靶点表达变化的患病个体执行药物疗法 ; 以及在该药物疗法之后确定 该患病个体的分子靶点的任何变化。此外, 在用于鉴定能够与分子靶点相互作用的药物疗 法的方法的这一示例性实施例的一个方面中, 鉴定与正常参考相比显示表达变化的多个患 病个体中的分子靶点的步骤可包括对来自该患病个体的生物样品的基因和 / 或基因表。
25、达 的蛋白质进行测试的步骤, 其中该测试包括免疫组织化学 (IHC) 分析和 / 或微阵列分析。 0015 在本发明的又一示例性实施例中, 提供用于确定针对病状的个性化医疗介入的系 统, 其中该系统包括主服务器 ; 用于访问主服务器以读取和输入数据的用户界面 ; 用于处 理所输入的数据的处理器 ; 与该处理器相耦合的用于存储所处理的数据和指令的存储器, 其中这些数据和指令用于 : a) 访问取自患者生物样品的分子概况分析 b) 确定由分子概况 分析产生的基因、 基因表达的蛋白质、 分子机制以及其它分子结果中的至少一个与正常参 考相比是否显示表达变化, 以及 c) 访问药物疗法数据库以鉴定与显示。
26、了表达变化的基因、 基因表达的蛋白质、 分子机制和 / 或其它分子结果相互作用的一个或多个药物疗法 ; 以及 用于显示表达变化的基因、 基因表达的蛋白质、 分子机制以及其它分子结果和与其相互作 用的药物疗法的显示装置。 关于涉及用于确定针对病状的个性化医疗介入的系统的本发明 的示例性实施例, 取自生物样品的分子概况分析可包括与上面关于本发明第一示例性实施 例所描述的相同的免疫组织化学 (IHC) 分析和微阵列分析。另外, 这些分析的不同类型连 同使用这些分析所分析的基因可以与上面关于涉及确定针对病状的医疗介入的方法的本 发明第一示例性实施例所描述的那些相同。 0016 本发明又一示例性实施例涉。
27、及确定针对病状的医疗介入的方法, 其包括以下步 骤 : 针对来自患病个体生物样品的至少一个靶点执行至少一种分子测试 ; 确定该靶点与参 考相比较是否显示表达变化 ; 以及标识与显示表达变化的靶点相互作用的至少一种非某疾 病特有的试剂。 标识与该靶点相互作用的至少一种非某疾病特有的试剂的步骤可包括从对 大量文献数据库的自动检查和 / 或对从临床试验产生的数据的自动检查来标识药物疗法 的步骤。另外, 涉及确定针对病状的医疗介入的方法的本发明的示例性实施例还可以包括 提供患者概况报告的步骤, 其中该报告包括针对各种靶点的该患者的测试结果以及基于这 些结果的任何建议疗法。 0017 在涉及确定针对病状。
28、的医疗介入的方法的本发明示例性实施例中, 对来自患病个 体生物样品的至少一个靶点执行至少一种分子测试的步骤可包括与免疫组织化学 (IHC) 分 析和微阵列分析有关的所有上述分析以及使用这些分析所分析的基因。 0018 附图简述 0019 图 1 示出利用非疾病特异性的患者生物样本的分子概况分析来确定针对病状的 个性化医疗介入的系统的示例性实施例的框图。 0020 图 2 是利用非疾病特异性的患者生物样本的分子概况分析来确定针对特定病状 的个性化医疗介入的方法的示例性实施例的流程图。 0021 图 3A 到图 3D 示出根据图 2 的步骤 80 的示例性患者概况报告。 说 明 书 CN 1034。
29、24541 A 6 4/13 页 7 0022 图4是用于鉴定能够与靶点相互作用的药物疗法/试剂的方法的示例性实施例的 流程图。 0023 图 5 图 14 是示出根据本发明基于信息的个性化药物发现系统和方法的各个部 分的流程图和示图。 0024 图 15 图 25 是与图 5 图 14 中所示的基于信息的个性化药物发现系统和方法 的各个部分相关联的计算机屏幕打印输出。 0025 详细描述 0026 此处各示例性实施例的详细描述参照附随的制图和图片, 这些制图和图片通过说 明示出示例性实施例及其最佳模式。 尽管这些示例性实施例被充分详细地描述以使本领域 技术人员能够实施本发明, 但是应当理解其。
30、它实施例也可实现并且可做出逻辑和机械改变 而不背离本发明的精神和范围。 因而, 此处提供的详细描述仅仅出于说明的目的而非限制。 例如, 任何方法或过程描述中所述的步骤可以任何次序执行且不受所提供的次序的限制。 而且, 任何功能或步骤可由一个或多个第三方供应或执行。 此外, 任何对单数的引用均包括 复数实施例, 并且任何对一个以上组件的引用可包括单数实施例。 0027 为了简洁, 此处可能并不详细描述这些系统的传统数据连网、 应用开发以及其它 功能性方面 (以及这些系统的个体操作组件的组件) 。此外, 此处包含的各种图片中所示的 连接线旨在表示各种元素之间的示例性功能关系和 / 或物理耦合。应当。
31、注意, 在实际系统 中可提供很多替换或附加功能关系或物理连接。 0028 此处讨论的各种系统组件可包括下列的一个或多个 : 主服务器或包括用于处理数 字数据的处理器的其它计算系统 ; 与用于存储数字数据的处理器相耦合的存储器 ; 与用于 输入数字数据的处理器相耦合的输入数字化仪 ; 存储在存储器中且可由处理器访问的应用 程序, 其用于引导处理器对数字数据进行处理 ; 与处理器和存储器相耦合的显示设备, 其用 于显示来源于处理器处理过的数字数据的信息 ; 以及多个数据库。此处使用的各种数据库 可包括 : 诸如家族史之类的患者数据、 人口统计学和环境数据、 生物样品数据、 先前治疗和 原始记录数据。
32、、 患者临床数据、 生物样品的分子概况分析数据、 关于治疗药物试剂和 / 或研 究药物的数据、 基因文库、 疾病文库、 药物文库、 患者跟踪数据、 文件管理数据、 财务管理数 据、 账单数据和 / 或系统操作中有用的类似数据。本领域技术人员将认识到, 用户计算机可 包括操作系统 (例如, Windows NT、 95/98/2000、 OS2、 UNIX、 Linux、 Solaris、 MacOS 等) 以及 通常与计算机相关联的各种传统支持软件和驱动器。计算机可包括任何合适的个人计算 机、 网络计算机、 工作站、 小型计算机、 主机等等。 用户计算机可处于可访问网络的家庭或医 疗 / 商业。
33、环境中。在一个示例性实施例中, 通过可在市场上买到的万维网浏览器软件包访 问网络或因特网。 0029 如此处所使用的, 术语 “网络” 应包括结合了这些硬件和软件组件的任何电子通 信装置。各方之间的通信可通过任何合适的通信信道实现, 比如, 例如电话网、 外连网、 内 连网、 因特网、 交互设备点、 个人数字助理 (例如 Palm Pilot、 Blackberry、 蜂窝式电 话、 公用电话亭等) 、 联机通信、 卫星通信、 离线通信、 无线通信、 应答器通信、 局域网 (LAN) 、 广域网 (WAN) 、 连网或连接设备、 键盘、 鼠标和 / 或任何合适的通信或数据输入形式。而 且, 尽。
34、管此处频繁地将系统描述为利用 TCP/IP 通信协议实现, 但是该系统也可使用 IPX、 Appletalk、 IP-6、 NetBIOS、 OSI 或者任意数量的现存或将来的协议来实现。如果网络具有 说 明 书 CN 103424541 A 7 5/13 页 8 公用网络的性质, 比如因特网, 则宜假定该网络不安全且对窃听者开放。 涉及联系因特网使 用的协议、 标准和应用软件的具体信息通常为本领域技术人员所知晓, 这样此处就不需要 对其进行详细描述。例如, 参见 DILIP NAIK,INTERNET STANDARDS AND PROTOCOLS(1998) ; JAVA2COMPLETE。
35、, 多个作者 ,(Sybex1999) ; DEBORAH RAY 和 ERIC RAY,MASTERING HTML4.0(1997) ; 以 及 LOSHIN,TCP/IP CLEARLY EXPLAINED(1997) 和 DAVID GOURLEY 和 BRIAN TOTTY,HTTP,THE DEFINITIVE GUIDE(2002), 其内容通过引用结合于此。 0030 各种系统组件可以经由数据链路独立地、 分别地或共同地与网络合适地耦 合, 其中数据链路包括例如在本地环路上连接到因特网服务提供商 (ISP)的连接, 如 联用标准调制解调器通讯、 线缆调制解调器、 Dish 网络。
36、、 ISDN、 数字用户线路 (DSL)或 各种无线通信方法中通常使用的那样, 参见例如 GILBERT HELD,UNDERSTANDING DATA COMMUNICATIONS(1996), 其通过引用结合于此。注意, 网络可以其它类型的网络来实现, 比 如交互式电视 (ITV) 网络。而且, 本系统预期在具有此处所述类似功能的任意网络上使用、 销售或分配任何商品、 服务或信息。 0031 如此处所使用的,“发射” 可包括通过网络连接将电子数据从一个系统组件发送到 另一个系统组件。另外, 如此处所使用的,“数据” 可包括诸如命令、 询问、 文件、 用于存储的 数据等的数字或其它形式的信息。
37、。 0032 本系统预期与万维网服务、 实用计算、 普适 (pervasive) 和个性化计算、 安全和身 份解决方案、 自动计算、 商品计算、 移动性和无线解决方案、 开放源、 生物测定、 网格计算和 / 或网孔计算联合使用。 0033 此处讨论的任何数据库可包括相关的、 分级的、 图形的或面向对象的结构和 / 或 任何其它数据库配置。可用于实现数据库的普通数据库产品包括 IBM(White Plains, NY) 的 DB2、 可从 Oracle 公司 (Redwood Shores,CA) 购得的各种数据库产品、 Microsoft 公司 (Redmond,Washington) 的Mi。
38、crosoft Access或Microsoft SQL Server或任何其它合适的 数据库产品。而且, 数据库可以任何合适的方式组织起来, 例如作为数据表或查找表。每个 记录可以是单个文件、 一系列文件、 连环系列的数据字段或任何其它数据结构。 可通过任何 期望的数据关联技术比如本领域中已知的或者实践的那些数据关联技术来实现某些数据 的关联。自动关联技术可包括例如数据库搜索、 数据库合并、 GREP、 AGREP、 SQL、 使用表格中 的关键字段加速搜索、 对所有表格和文件进行连续搜索、 根据已知次序对文件中的记录进 行分类以简化查找和 / 或类似技术。关联步骤可例如使用预选数据库或数据。
39、区中的 “关键 字段” , 由数据库合并功能实现。 0034 更具体地,“关键字段” 根据由该关键字段限定的高级类别的对象来分割数据库。 例如, 某些类型的数据可被指定为多个相关数据表中的关键字段并且随后可基于该关键字 段中的数据类型而链接这些数据表。与每个链接数据表中的关键字段相对应的数据最好 是相同的或者属于相同类型。但是, 也可以通过使用例如 AGREP 将在关键字段中具有尽管 不是相同但是类似的数据的数据表进行链接。根据一个实施例, 可使用任何合适的数据存 储技术来存储不是标准格式的数据。可使用任何合适的技术来存储数据集, 这些技术例如 包括 : 使用 ISO/IEC7816-4 文件。
40、结构存储个体文件 ; 实现藉其选择专用文件的域, 该域暴露 出包含一个或多个数据集的一个或多个基本文件 ; 利用分级文件编排系统使用存储在个体 文件中的数据集 ; 将数据集作为记录存储在单个文件中 (包括压缩、 SQL 可访问的、 经由一 说 明 书 CN 103424541 A 8 6/13 页 9 个或多个键散列的、 数字的、 根据第一元组按字母顺序的等等) ; 二进制大对象 (BLOB) ; 存储 为使用 ISO/IEC7816-6 数据元素编码的未归类的数据元素 ; 存储为使用像 ISO/IEC8824 和 8825 中的 ISO/IEC 抽象语法表示 (ASN.1) 编码的未归类的数。
41、据元素 ; 和 / 或可包括分形压 缩方法、 图像压缩方法等的其它专利技术。 0035 在一个示例性实施例中, 存储很多种不同格式的信息的能力通过将该信息存储为 BLOB 而变得方便。因而, 任何二进制信息可被存储在与数据集相关联的存储空间中。BLOB 方法可使用固定存储分配、 循环队列技术或关于存储器管理 (例如, 最近使用的页式存储器 等) 的最佳实践经由固定存储器偏移量将数据集存储为二进制块格式的未归类的数据元 素。通过使用 BLOB 方法, 存储具有不同格式的各种数据集的能力便于数据集的多个不相关 的所有者存储数据。 例如, 可被存储的第一数据集可由第一方提供, 可被存储的第二数据集 。
42、可由不相关的第二方提供, 而可被存储的第三数据集可由与第一方和第二方不相关的第三 方提供。这三个示例性数据集中的每一个可包含使用不同数据存储格式和 / 或技术存储的 不同信息。此外, 每个数据集可包含也可不同于其它数据子集的数据子集。 0036 如上所述, 在各种实施例中, 数据可被存储为普通格式以外的格式。但是, 在一个 示例性实施例中, 当提供数据集 (例如 BLOB) 用于操纵数据时可以标准方式注释该数据集。 该注释可包括与每个数据集相关的短标题、 尾注或其它适当的指示器, 这些短标题、 尾注或 指示器被配置适合传送在管理各种数据集时有用的信息。例如, 该注释可被称为 “情况标 题” 、。
43、“标题” 、“尾注” 或 “状态” , 并且可包括对数据集状态的指示或者可包括与数据的具体 发行者或所有者相关联的标识符。 数据的后续字节可用于指示例如数据的发行者或所有者 的身份、 用户、 交易 / 成员账户标识符等等。此处将进一步讨论这些情况注释中的每一个。 0037 数据集注释也可用于其它类型的状态信息以及用于各种其它用途。例如, 数据集 注释可包括创建访问级别的安全信息。 例如, 访问级别可被配置为仅仅允许某些个体、 某些 级别的雇员、 某些公司或其它实体访问数据集, 或者可被配置为允许对基于交易、 数据的发 行者或所有者、 用户等的特定数据集进行访问。此外, 安全信息可以仅仅限制 /。
44、 允许诸如访 问、 修改和 / 或删除数据集之类的某些动作。在一个示例中, 数据集注释指示仅仅数据集的 所有者或用户被允许删除数据集, 各种标识的用户可被允许访问该数据集以便读取, 而其 他人被完全排除在访问该数据集之外。但是, 也可使用其它访问限制参数以允许各种实体 利用各种适当的许可级别访问数据集。包括标题或尾注的数据可由独立的交互设备接收, 该交互设备被配置为根据标题或尾注添加、 删除、 修改或增加数据。 0038 本领域技术人员还将认识到, 出于安全原因, 本系统的任何数据库、 系统、 设备、 服 务器或其它组件可由其在单个位置或多个位置处的任何组合组成, 其中每个数据库或系统 包括各。
45、种合适的安全特征中的任何一种, 例如防火墙、 访问码、 加密、 解密、 压缩、 解压缩和 / 或其类似。 0039 万维网客户机的计算装置可进一步配备使用标准拨号、 电缆、 DSL 或本领域中已知 的任何其它因特网协议连接到因特网或内连网的因特网浏览器。 在万维网客户机处发生的 交易可通过防火墙以防止其它网络的用户的未授权访问。此外, 可在 CMS 的不同组件之间 部署附加防火墙以进一步增强安全性。 0040 防火墙可包括被适当配置为保护CMS组件和/或企业计算资源免于其它网络的用 户非法访问的任何硬件和 / 或软件。此外, 防火墙可被配置为限制或约束对用于通过万维 说 明 书 CN 1034。
46、24541 A 9 7/13 页 10 网服务器连接万维网客户机的防火墙之后的各种系统和组件进行访问。 防火墙可存在于不 同配置中, 其中包括全状态检查 (Stateful Inspection)、 基于代理服务器以及包过滤等。 防火墙可被集成到万维网服务器或任何其它 CMS 组件中或者还可作为单独实体。 0041 此处讨论的计算机可提供可由用户访问的合适的网站或其它基于因特网的图形 用户界面。在一个实施例中, 微软因特网信息服务器 (IIS) 、 微软交易服务器 (MTS) 以及微 软SQL服务器与微软操作系统、 Microsoft NT万维网服务器软件、 微软SQL服务器数据库系 统以及微。
47、软商业服务器一起使用。另外, 诸如 Access 或微软 SQL 服务器、 Oracle、 Sybase、 Informix MySQL、 Interbase等的组件可用于提供动态数据对象 (ADO) 适应的数据库管理系 统。 0042 此处讨论的任何通信、 输入、 存储、 数据库或显示都可以通过具有网页的网站变 得方便。此处所使用的术语 “网页” 并不意味着限制可用于与用户交互的文件和应用程 序的类型。例如, 典型网站可包括但不限于标准 HTML 文档、 各种格式、 Java 小应用程序、 JavaScript、 动态服务器主页 (ASP) 、 公共网关接口脚本 (CGI) 、 可扩展标记语。
48、言 (XML) 、 动 态 HTML、 层叠样式表单 (CSS) 、 助手应用程序、 插件程序等等。服务器可包括从万维网服务 器接收请求的万维网服务, 其中该请求包括 URL(http:/ 和 IP 地址 (123.56.789.234)。万维网服务器检索适当的网页并且将用于该网页的数据或应 用程序发送到该 IP 地址。万维网服务是能够与其它应用程序通过诸如互联网之类的通信 方式交互的应用程序。万维网服务通常基于诸如 XML、 XSLT、 SOAP、 WSDL 以及 UDDI 之类的 标准或协议。各种万维网服务方法在本领域中公知, 并且被很多标准文本涵盖。参见例如 NGHIEM,IT WEB 。
49、SERVICES:A ROADMAP FOR THE ENTERPRISE(2003), 其通过引用结合于此。 0043 用于本发明的系统和方法的基于万维网的临床数据库最好具有上载和存储自然 格式的临床数据文件的能力并且可关于任何临床参数进行搜索。 数据库还可以升级并且可 利用 EAV 数据模型 (元数据) 从任何研究输入临床注释以便与其它研究整合。另外, 该基于 万维网的临床数据库是灵活的并且可XML和XSLT激活以便能够动态添加用户定制的问题。 此外, 数据库包括对 CDISC ODM 的输出能力。 0044 专业人员还将认识到有许多方法可用于显示基于浏览器的文档内的数据。 数据可 被表示为标准文本或被表示在固定列表、 可滚动列表、 下拉式列表、 可编辑文本字段、 固定 文本字段、 弹出窗口内等等。 同样, 有许多方法可用于修改网页中的数据, 比如, 例如使用键 盘进行的自由文本输入、 选择菜单项、 检查框、 选项框等等。 0045 此处将在功能块组件、 屏幕截图、 任意选择和各种处理步骤方面对系统和方法进 行描。