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1、(10)申请公布号 CN 102936595 A (43)申请公布日 2013.02.20 CN 102936595 A *CN102936595A* (21)申请号 201210479916.0 (22)申请日 2012.11.23 C12N 15/11(2006.01) (71)申请人 中国水产科学研究院黑龙江水产研 究所 地址 150070 黑龙江省哈尔滨市道里区松发 街 43 号 (72)发明人 贾智英 徐鹏 石连玉 李池陶 许建 李炯堂 李盛文 柏盈盈 张晓峰 孙效文 胡雪松 (54) 发明名称 与鲤鱼免疫相关的遗传标记 (57) 摘要 与鲤鱼免疫相关的遗传标记， 它涉及鲤鱼的 遗传。
2、标记。本发明提供与鲤鱼免疫相关的 SNP 遗 传标记为鲤鱼抗病选育提供充足的标记。与鲤鱼 免疫相关的遗传标记 DNA 序列如 SEQ ID NO ： 1 10 所示。本发明可用于水产生物工程领域。 (51)Int.Cl. 权利要求书 1 页 说明书 4 页 序列表 9 页 (19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 权利要求书 1 页 说明书 4 页 序列表 9 页 1/1 页 2 1.与鲤鱼免疫相关的遗传标记， 其特征在于该遗传标记DNA序列如SEQ ID NO ： 1所示， 其中有25个SNP位点， 分别位于该序列的第32、 44、 329、 605、 617、 722、 。
3、899、 917、 947、 38、 99、 119、 153、 310、 507、 1235、 92、 116、 317、 788、 1067、 1107、 1366、 395 和 584 位碱基。 2. 与鲤鱼免疫相关的遗传标记， 其特征在于该遗传标记 DNA 序列如 SEQ ID NO ： 2 所 示， 其中有33个SNP位点， 分别位于该序列的第24、 50、 95、 148、 223、 321、 372、 416、 529、 577、 675、 687、 711、 794、 806、 868、 47、 187、 214、 291、 377、 514、 615、 690、 339、 3。
4、98、 499、 661、 803、 624、 789、 666 和 834 位碱基。 3.与鲤鱼免疫相关的遗传标记， 其特征在于该遗传标记DNA序列如SEQ ID NO ： 3所示， 其中有 10 个 SNP 位点， 分别位于该序列的第 14、 57、 602、 16、 113、 149、 531、 605、 669 和 25 位 碱基。 4. 与鲤鱼免疫相关的遗传标记， 其特征在于该遗传标记 DNA 序列如 SEQ ID NO ： 4 所 示， 其中有15个SNP位点， 分别位于该序列的第68、 125、 191、 254、 272、 367、 71、 83、 104、 141、 149、。
5、 358、 170、 187 和 200 位碱基。 5.与鲤鱼免疫相关的遗传标记， 其特征在于该遗传标记DNA序列如SEQ ID NO ： 5所示， 其中有 28 个 SNP 位点， 分别位于该序列的第 7、 14、 33、 191、 226、 264、 283、 384、 387、 418、 37、 143、 44、 65、 81、 205、 217、 309、 356、 416、 113、 151、 362、 246、 289、 314、 386 和 442 位碱基。 6.与鲤鱼免疫相关的遗传标记， 其特征在于该遗传标记DNA序列如SEQ ID NO ： 6所示， 其中有 9 个 SNP 。
6、位点， 分别位于该序列的第 952、 1310、 1532、 969、 1375、 1447、 1724、 1923 和 1513 位碱基。 7.与鲤鱼免疫相关的遗传标记， 其特征在于该遗传标记DNA序列如SEQ ID NO ： 7所示， 其中有 8 个 SNP 位点， 分别位于该序列的第 44、 152、 357、 83、 87、 231、 328 和 370 位碱基。 8.与鲤鱼免疫相关的遗传标记， 其特征在于该遗传标记DNA序列如SEQ ID NO ： 8所示， 其中有 8 个 SNP 位点， 分别位于该序列的第 54、 135、 149、 186、 195、 234、 105 和 24。
7、6 位碱基。 9.与鲤鱼免疫相关的遗传标记， 其特征在于该遗传标记DNA序列如SEQ ID NO ： 9所示， 其中有 15 个 SNP 位点， 分别位于该序列的第 73、 277、 318、 449、 112、 363、 544、 143、 151、 294、 422、 500、 207、 416 和 470 位碱基。 10. 与鲤鱼免疫相关的遗传标记， 其特征在于该遗传标记 DNA 序列如 SEQ ID NO ： 10 所 示， 其中有13个SNP位点， 分别位于该序列的第32、 269、 410、 455、 884、 1112、 1156、 1258、 39、 386、 464、 584。
8、 和 593 位碱基。 权 利 要 求 书 CN 102936595 A 2 1/4 页 3 与鲤鱼免疫相关的遗传标记 技术领域 0001 本发明涉及鲤鱼的遗传标记。 背景技术 0002 鲤鱼是世界范围内重要的养殖鱼类， 然而随着对水产品需求的增加， 集约化养殖 已成为鲤鱼重要的养殖方式， 而这种集约化养殖带来了鲤鱼多种疾病的爆发， 如疱疹病毒 (KHV)、 嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)。 以疱疹病毒为例， 该病毒感染后的鲤鱼， 其 死亡率高达 80 100。疱疹病毒导致 1997 1998 年以色列和欧洲锦鲤和鲤鱼出现了 大批量死亡事件。目前因疱疹病毒而引发的大规。
9、模死亡事件几乎遍布所有的鲤鱼主养区， 除欧洲和以色列外， 在世界多个鲤鱼养殖区均爆发过大规模的死亡事件， 目前， 药物治疗效 果甚微， 严重影响了鲤鱼产业的健康、 稳定和可持续发展。而且， 药物极易对生态环境造成 污染， 因而从长远看， 采用遗传学方法从遗传本质上提高鲤鱼对病原的抗病， 开展抗病育种 具有治本的功效。 0003 SNP标记， 即单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism)标记， 具有以下 优点 ： 0004 (1) 遗传稳定， 突变率低， 受选择影响小。SNP 的突变概率非常低， 仅为 110-9 510-9， 远低于微卫星的 10-4 10-。
10、6。此外， SNP 在单个基因或整个基因组中的分布是不均 匀的， 在非转录序列中要多于转录序列， 而且即使在转录区也是非同义突变的频率较大。 因 此无论在自然选择还是人工选择的过程中， SNP 标记都能够很稳定的遗传， 不受选择压的影 响。 0005 (2) 准确性高， 方便自动化、 高通量检测。SNP 通常只是二等位基因或二态 (biallelic) 的遗传变异， 即在该位置上存在两种不同的碱基， 因此判型非常简单， 二进制 的形式可以通过计算机实现自动化， 大大减少了人为错误的发生， 提高判型准确性， 节约 劳动力和成本。据报道在目前大规模 SNP 检测的研究中， SNP 的判型错误率为 。
11、0.0001 0.005， 并且 SNP 判型和数据处理技术与软件发展快速， 方便了实验室互相交流和重复实 验。 0006 (3)DNA 样品量要求低。SNP 是单碱基突变， 在 PCR 过程中一般只需要扩增 100bp 左右片段长度， 因此对 DNA 样品量以及样品的质量要求进一步降低， 例如， 使用时间飞行质 谱 (MALDI-TOF) 的方法对 SNP 标记进行分型使用的 DNA 样品量只需达到 2.5 5ng 即可。 0007 因此， 提供与鲤鱼免疫相关的 SNP 遗传标记将对鲤鱼的抗病性提高及生物学检测 具有重大意义。 发明内容 0008 本发明提供与鲤鱼免疫相关的 SNP 遗传标记。
12、为鲤鱼抗病选育提供充足的标记。 0009 本发明与鲤鱼免疫相关的遗传标记1位于鲤鱼ctssb.1基因上， DNA序列如SEQ ID NO ： 1所示， 其中有25个SNP位点， 分别位于该序列的第32、 44、 329、 605、 617、 722、 899、 917、 说 明 书 CN 102936595 A 3 2/4 页 4 947、 38、 99、 119、 153、 310、 507、 1235、 92、 116、 317、 788、 1067、 1107、 1366、 395 和 584 位碱基。 0010 与鲤鱼免疫相关的遗传标记 2 位于鲤鱼 gsk3b 基因上， DNA 序列。
13、如 SEQ ID NO ： 2 所示， 其中有 33 个 SNP 位点， 分别位于该序列的第 24、 50、 95、 148、 223、 321、 372、 416、 529、 577、 675、 687、 711、 794、 806、 868、 47、 187、 214、 291、 377、 514、 615、 690、 339、 398、 499、 661、 803、 624、 789、 666 和 834 位碱基。 0011 与鲤鱼免疫相关的遗传标记 3 位于鲤鱼 arpc3 基因上， DNA 序列如 SEQ ID NO ： 3 所示， 其中有 10 个 SNP 位点， 分别位于该序列的。
14、第 14、 57、 602、 16、 113、 149、 531、 605、 669 和 25 位碱基。 0012 与鲤鱼免疫相关的遗传标记 4 位于鲤鱼 cfl2 基因上， DNA 序列如 SEQ ID NO ： 4 所 示， 其中有15个SNP位点， 分别位于该序列的第68、 125、 191、 254、 272、 367、 71、 83、 104、 141、 149、 358、 170、 187 和 200 位碱基。 0013 与鲤鱼免疫相关的遗传标记 5 位于鲤鱼 wasb 基因上， DNA 序列如 SEQ ID NO ： 5 所 示， 其中有 28 个 SNP 位点， 分别位于该序列。
15、的第 7、 14、 33、 191、 226、 264、 283、 384、 387、 418、 37、 143、 44、 65、 81、 205、 217、 309、 356、 416、 113、 151、 362、 246、 289、 314、 386 和 442 位碱基。 0014 与鲤鱼免疫相关的遗传标记 6 位于鲤鱼 serpinc1 基因上， DNA 序列如 SEQ ID NO ： 6 所示， 其中有 9 个 SNP 位点， 分别位于该序列的第 952、 1310、 1532、 969、 1375、 1447、 1724、 1923 和 1513 位碱基。 0015 与鲤鱼免疫相关。
16、的遗传标记 7 位于鲤鱼 itgb1a 基因上， DNA 序列如 SEQ ID NO ： 7 所示， 其中有 8 个 SNP 位点， 分别位于该序列的第 44、 152、 357、 83、 87、 231、 328 和 370 位碱 基。 0016 与鲤鱼免疫相关的遗传标记 8 位于鲤鱼 itgb1a 基因上， DNA 序列如 SEQ ID NO ： 8 所示， 其中有 8 个 SNP 位点， 分别位于该序列的第 54、 135、 149、 186、 195、 234、 105 和 246 位 碱基。 0017 与鲤鱼免疫相关的遗传标记 9 位于鲤鱼 lck 基因上， DNA 序列如 SEQ 。
17、ID NO ： 9 所 示， 其中有 15 个 SNP 位点， 分别位于该序列的第 73、 277、 318、 449、 112、 363、 544、 143、 151、 294、 422、 500、 207、 416 和 470 位碱基。 0018 与鲤鱼免疫相关的遗传标记10位于鲤鱼actba基因上， DNA序列如SEQ ID NO ： 10 所示， 其中有 13 个 SNP 位点， 分别位于该序列的第 32、 269、 410、 455、 884、 1112、 1156、 1258、 39、 386、 464、 584 和 593 位碱基。 0019 免疫相关功能基因及其 SNP 标记的。
18、挖掘是免疫抗病育种研究的重要部分， 也是目 前鱼类分子抗病辅助育种研究的热点， 而由于目前鲤鱼免疫功能基因开发主要来源于单个 基因的克隆， 因而开发的相关 SNP 标记非常有限， 数量仅在 100 个左右， 严重制约了鲤鱼抗 病育种的研究进展。本发明提供了鲤鱼多个免疫相关基因 DNA 区域内的 156 个 SNP 标记， 为鲤鱼抗病选育提供充足的标记。 0020 随着分子生物学技术的快速发展， 作为与性状直接相关的 SNP 标记是保护遗传 学、 进化遗传学及分子标记辅助育种的最重要的标记。 尤其在动物的选择育种上， 是提高育 种效率的重要手段。免疫相关功能基因 SNP 标记是目前鱼类分子抗病辅。
19、助育种研究的重要 标记， 本专利通过生物信息学方法调取鲤鱼免疫相关功能基因， 并挖掘了批量免疫相关基 因 SNP 标记， 该标记将对目前大规模频繁爆发的鲤鱼抗病选育提供充足的标记， 同时也将 说 明 书 CN 102936595 A 4 3/4 页 5 对该物种进行保护遗传学、 进化遗传遗传学等研究具有重要的作用。 0021 可以根据本发明的与鲤鱼免疫相关的遗传标记直接进行免疫抗病相关性研究 ； 也 可以选取其中的部分片段(约50bp)制成基因芯片用于鲤鱼抗病相关标记的检测和筛选研 究。 0022 与转录组数据库(镜鲤、 兴国红鲤、 黄河鲤及荷包红鲤4种鲤鱼脑、 皮肤、 鳃、 血液、 肾和肌肉。
20、 6 个组织样品的转录组数据库， ncbi 登录号 ： SRA050545) 进行比对， 本发明 10 个 与鲤鱼免疫相关的基因均存在于鲤鱼基因组， 且序列准确无误 ； 本发明遗传标记所在基因 均与免疫调控和应答相关。 具体实施方式 0023 本发明技术方案不局限于以下所列举具体实施方式， 还包括各具体实施方式间的 任意组合。 0024 具体实施方式一 ： 本实施方式与鲤鱼免疫相关的遗传标记位于鲤鱼 ctssb.1 基因 上， DNA 序列如 SEQ ID NO ： 1 所示， 其中有 25 个 SNP 位点， 分别位于该序列的第 32、 44、 329、 605、 617、 722、 899。
21、、 917、 947、 38、 99、 119、 153、 310、 507、 1235、 92、 116、 317、 788、 1067、 1107、 1366、 395 和 584 位碱基。 0025 本实施方式该序列的第 32、 44、 329、 605、 617、 722、 899、 917 和 947 位碱基为 SNP 位 点 Y(C 或 T) ； 第 38、 99、 119、 153、 310、 507 和 1235 位碱基为 SNP 位点 R(A 或 G) ； 第 92、 116、 317、 788、 1067、 1107 和 1366 位碱基为 SNP 位点 W(A 或 T) 。
22、； 第 395 和 584 位碱基为 SNP 位点 S(G 或 C)。 0026 具体实施方式二 ： 本实施方式与鲤鱼免疫相关的遗传标记位于鲤鱼 gsk3b 基因 上， DNA 序列如 SEQ ID NO ： 2 所示， 其中有 33 个 SNP 位点， 分别位于该序列的第 24、 50、 95、 148、 223、 321、 372、 416、 529、 577、 675、 687、 711、 794、 806、 868、 47、 187、 214、 291、 377、 514、 615、 690、 339、 398、 499、 661、 803、 624、 789、 666 和 834 位。
23、碱基。 0027 本实施方式该序列的第 24、 50、 95、 148、 223、 321、 372、 416、 529、 577、 675、 687、 711、 794、 806 和 868 位碱基为 SNP 位点 Y(C 或 T) ； 第 47、 187、 214、 291、 377、 514、 615 和 690 位碱 基为 SNP 位点 R(A 或 G) ； 第 339、 398、 499、 661 和 803 位碱基为 SNP 位点 M(A 或 C) ； 第 624 和 789 位碱基为 SNP 位点 S(G 或 C) ； 第 666 和 834 位碱基为 SNP 位点 K(G 或 。
24、T)。 0028 具体实施方式三 ： 本实施方式与鲤鱼免疫相关的遗传标记位于鲤鱼 arpc3 基因 上， DNA 序列如 SEQ ID NO ： 3 所示， 其中有 10 个 SNP 位点， 分别位于该序列的第 14、 57、 602、 16、 113、 149、 531、 605、 669 和 25 位碱基。 0029 本实施方式该序列的第16、 113、 149、 531、 605和669位碱基为SNP位点Y(C或T) ； 第 14、 57 和 602 位碱基为 SNP 位点 R(A 或 G) ； 第 25 位碱基为 SNP 位点 S(G 或 C)。 0030 具体实施方式四 ： 本实施方。
25、式与鲤鱼免疫相关的遗传标记位于鲤鱼 cfl2 基因上， DNA 序列如 SEQ ID NO ： 4 所示， 其中有 15 个 SNP 位点， 分别位于该序列的第 68、 125、 191、 254、 272、 367、 71、 83、 104、 141、 149、 358、 170、 187 和 200 位碱基。 0031 本实施方式该序列的第68、 125、 191、 254、 272和367位碱基为SNP位点Y(C或T) ； 第71、 83、 104、 141、 149和358位碱基为SNP位点R(A或G) ； 第170、 187和200位碱基为SNP 位点 S(G 或 C)。 说 明 书。
26、 CN 102936595 A 5 4/4 页 6 0032 具体实施方式五 ： 本实施方式与鲤鱼免疫相关的遗传标记位于鲤鱼 wasb 基因上， DNA 序列如 SEQ ID NO ： 5 所示， 其中有 28 个 SNP 位点， 分别位于该序列的第 7、 14、 33、 191、 226、 264、 283、 384、 387、 418、 37、 143、 44、 65、 81、 205、 217、 309、 356、 416、 113、 151、 362、 246、 289、 314、 386 和 442 位碱基。 0033 本实施方式该序列的第44、 65、 81、 205、 217、 。
27、309、 356和416位碱基为SNP位点Y(C 或 T) ； 第 7、 14、 33、 191、 226、 264、 283、 384、 387 和 418 位碱基为 SNP 位点 R(A 或 G) ； 第 37 和 143 位碱基为 SNP 位点 M(A 或 C) ； 第 246、 289、 314 和 386 位碱基为 SNP 位点 S(G 或 C) ； 第 113、 151 和 362 位碱基为 SNP 位点 W(A 或 T) ； 第 442 位碱基为 SNP 位点 V(A 或 G 或 C)。 0034 具体实施方式六 ： 本实施方式与鲤鱼免疫相关的遗传标记位于鲤鱼 serpinc1 。
28、基 因上， DNA 序列如 SEQ ID NO ： 6 所示， 其中有 9 个 SNP 位点， 分别位于该序列的第 952、 1310、 1532、 969、 1375、 1447、 1724、 1923 和 1513 位碱基。 0035 本实施方式该序列的第 1447、 1724 和 1923 位碱基为 SNP 位点 Y(C 或 T) ； 第 1375 位碱基为 SNP 位点 R(A 或 G) ； 第 952、 1310 和 1532 位碱基为 SNP 位点 M(A 或 C) ； 第 1513 位 碱基为 SNP 位点 S(G 或 C) ； 969 位碱基为 SNP 位点 K(G 或 T)。。
29、 0036 具体实施方式七 ： 本实施方式与鲤鱼免疫相关的遗传标记位于鲤鱼 itgb1a 基因 上， DNA 序列如 SEQ ID NO ： 7 所示， 其中有 8 个 SNP 位点， 分别位于该序列的第 44、 152、 357、 83、 87、 231、 328 和 370 位碱基。 0037 本实施方式该序列的第83、 87、 231、 328和370位碱基为SNP位点Y(C或T) ； 第44、 152 和 357 位碱基为 SNP 位点 R(A 或 G)。 0038 具体实施方式八 ： 本实施方式与鲤鱼免疫相关的遗传标记位于鲤鱼 itgb1a 基因 上， DNA 序列如 SEQ ID 。
30、NO ： 8 所示， 其中有 8 个 SNP 位点， 分别位于该序列的第 54、 135、 149、 186、 195、 234、 105 和 246 位碱基。 0039 本实施方式该序列的第 105 和 246 位碱基为 SNP 位点 Y(C 或 T) ； 第 54、 135、 149、 186、 195 和 234 位碱基为 SNP 位点 R(A 或 G)。 0040 具体实施方式九 ： 本实施方式与鲤鱼免疫相关的遗传标记9位于鲤鱼1ck基因上， DNA 序列如 SEQ ID NO ： 9 所示， 其中有 15 个 SNP 位点， 分别位于该序列的第 73、 277、 318、 449、 。
31、112、 363、 544、 143、 151、 294、 422、 500、 207、 416 和 470 位碱基。 0041 本实施方式该序列的第 143、 151、 294、 422 和 500 位碱基为 SNP 位点 Y(C 或 T) ； 第 73、 277、 318 和 449 位碱基为 SNP 位点 R(A 或 G) ； 第 470 位碱基为 SNP 位点 M(A 或 C) ； 第 112、 363、 544 位碱基为 SNP 位点 S(G 或 C) ； 第 207 和 416 位碱基为 SNP 位点 W(A 或 T)。 0042 具体实施方式十 ： 本实施方式与鲤鱼免疫相关的遗传。
32、标记10位于鲤鱼actba基因 上， DNA 序列如 SEQ ID NO ： 10 所示， 其中有 13 个 SNP 位点， 分别位于该序列的第 32、 269、 410、 455、 884、 1112、 1156、 1258、 39、 386、 464、 584 和 593 位碱基。 0043 本实施方式该序列的第 32、 269、 410、 455、 884、 1112、 1156 和 1258 位碱基为 SNP 位 点 Y(C 或 T) ； 第 39 位碱基为 SNP 位点 M(A 或 C) ； 第 593 位碱基为 SNP 位点 S(G 或 C) ； 第 386、 464 和 584 。
33、位碱基为 SNP 位点 W(A 或 T)。 说 明 书 CN 102936595 A 6 1/9 页 7 0001 0002 序 列 表 CN 102936595 A 7 2/9 页 8 0003 序 列 表 CN 102936595 A 8 3/9 页 9 0004 序 列 表 CN 102936595 A 9 4/9 页 10 0005 序 列 表 CN 102936595 A 10 5/9 页 11 0006 序 列 表 CN 102936595 A 11 6/9 页 12 0007 序 列 表 CN 102936595 A 12 7/9 页 13 0008 序 列 表 CN 102936595 A 13 8/9 页 14 0009 序 列 表 CN 102936595 A 14 9/9 页 15 序 列 表 CN 102936595 A 15 。