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本发明涉及是一种无定形S-泮托拉唑钠及其制备方法、应用。其制备方法为:(a)S-泮托拉唑与C1-3烷基醇混合搅拌,加入带有金属钠离子的碱性化合物反应,C1-3烷基醇为甲醇、乙醇、正丙醇、异丙醇中的一种,加入C1-3烷基醇的体积为S-泮托拉唑重量的250倍,带有金属钠离子的碱性化合物为甲醇钠、乙醇钠、正丙醇钠、异丙醇钠中的一种,带有金属钠离子的碱性化合物与S-泮托拉唑摩尔比为11;(b)向上述反应液。