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本发明涉及一种采用蒸馏水浸提、硫酸铵分级沉淀和离子交换柱层析分离纯化微藻藻红蛋白的技术。冻干藻粉及藻泥加蒸馏水于4过夜浸提、高速冷冻离心,加入固体硫酸铵至一定的饱和度时进行分级沉淀,磷酸钠缓冲液平衡透析,离心20min后,采用离子交换柱层析将上清液一步纯化,得到藻红蛋白。本发明通过硫酸铵分级沉淀、DEAESepharose FF离子交换柱层析一步纯化得到藻红蛋白,具有纯化效果好、上样量大、样品得率。