用于鉴定可用于情感障碍治疗的试剂的生物标记和方法 【技术领域】
本发明涉及鉴定可用在情感障碍(例如双相型障碍(BD)、抑郁症和焦虑性障碍)治疗中的试剂的方法,以及涉及诊断情感障碍的方法。本发明还涉及情感障碍的生物标记,以及它们在以下各项中的用途:筛选潜在治疗剂的方法、诊断、预后评估、临床试验候选受试者的选择以及监测对治疗干预的反应。
背景技术
双相型情感障碍(BD)是一种严重的缓解-复发的精神障碍,估计的终生风险为约1%。所述障碍的特征在于,躁狂症和抑郁症交替地发作,并且经常出现与精神分裂症中观察到的特征无差别的精神病特征。BD在资金和人员两方面花费巨大。BD具有强的遗传倾向,但是环境因素似乎也在所述障碍的形成中起到重要作用。已经进行大量的连锁和关联研究,试图分别鉴定出BD的病理生理学涉及的或赋予易感性的特定基因和/或染色体区域。然而,至今仍然没有确定与所述障碍关联的特定基因,虽然研究已经涉及到例如18p、22q12和Xq281-2等染色体区域。虽然已经进行了广泛的研究,但是BD的基本病理生理学仍然不清楚。
世界卫生组织在1992年发布的精神和行为障碍ICD-10分类标准(ICD-10 Classification of Mental and Behavioural Disorders)是欧洲精神科医师诊断精神健康病症的最常用手册。由美国精神病学学会(American Psychiatric Association)(华盛顿特区)在1994年出版的精神障碍诊断与统计学手册第四版(Diagnostic and Statistical Manualof Mental Disorders fourth edition)(DSM IV)描述了心理健康障碍的诊断标准、亚型、相关特征和鉴别诊断标准。
已经十分清楚地定义了两种亚型的双相型疾病,给出了它们自身的DSM分类:双相I型(Bipolar I)和双相II型(Bipolar II)。双相I型是一种以躁狂性发作为特征的障碍;是躁狂-抑郁周期的“高”点。通常在该躁狂期之后会有一段抑郁期,尽管有些双相I型个体可能不会经历重性抑郁发作。双相I型患者还经常出现混合的状态,其中躁狂或轻躁狂症状和抑郁症状同时出现(例如,伴随躁狂症的思维奔逸的抑郁症)。烦躁不安性躁狂症也很普遍,这是一种以易怒和易激惹为特征的躁狂。
双相II型:这种障碍以重性抑郁发作和轻躁狂发作(较轻形式的躁狂)相交替为特征。轻躁狂发作为破坏性较轻的躁狂形式,并且可能以低水平的非精神病性的躁狂症状(例如精力旺盛或情绪比平时更加高昂)为特征。这可能并不影响个体的日常生活能力。轻躁狂和躁狂的判断标准的区别仅在于轻躁狂的持续时间较短(轻躁狂的持续时间为至少4天而不是1周)和严重程度较轻(对行为能力没有明显损害,无须住院治疗或没有精神病特征)。
如果抑郁和躁狂症状的交替发作持续两年并且不满足重性抑郁或躁狂发作的标准,则可在诊断时将其归类为循环情感性障碍(Cyclothymic disorder),这是一种较轻形式的双相型情感障碍。循环情感性障碍的确诊要经过两年时间,该障碍是以中间间以稳定期的频繁短轻躁狂期和抑郁症状期为特征的。
当个体的情绪快速连续地由抑郁波动到轻躁狂或躁狂,其间没有或几乎没有稳定期时,发生快速循环。当个体在一定年度内发生过四次或超过四次满足重性抑郁、躁狂、混合或轻躁狂发作标准的发作时,则称该个体经历快速循环。某些经历快速循环的患者可在每月、每周或者甚至每天都经历相型转换(有时也称为超快速循环)。
因服用抗抑郁药物引起而不是自发发生的躁狂性发作,已被归入双相III型诊断类别。令人疑惑的是,对于个体经历轻躁狂或躁郁环性气质(cyclothymia)(即轻度的躁狂)而没有重性抑郁的情况,也已被归入了双相III型诊断类别中。
DSM IV提出了临床上确定重性抑郁的多个标准。所述病症必须已经出现至少两周,并且必须具有下述症状中的五种:基本上每天的大部分时间都情绪低落、基本上每天对于几乎所有的活动都失去兴趣或乐趣、体重和食欲改变、睡眠紊乱、体育活动减少、疲惫和精力减退、没有价值感或过度的犯罪感、注意力不集中、有自杀的念头。
作为表征重性抑郁的五种症状中的两种,情绪抑郁和对日常活动失去兴趣这两个症状都必须是明显的。将具有躁狂抑郁的抑郁情绪的个体的症状和患有重性抑郁患者的症状区别开是很难的。心境恶劣(dysthymia)是一种比单相型抑郁程度轻的抑郁症,但是会更持久。
按DSMIV分类的焦虑性障碍包括许多种障碍,包括广场恐怖症(agoraphobia)、惊恐性障碍至强制性障碍(panic disorder to obsessivecompulsive disorder)、创伤后精神紧张性障碍(post-traumatic stressdisorder)和广义焦虑性障碍(generalised anxiety disorder)。这些障碍在ICD-10中被分类为“神经症的、压力相关的和躯体形式的障碍(Neurotic,stress-related and somatoform disorders)”。
由于使用微阵列技术的基因表达谱可以同时评估数千个基因的表达水平,它已经成为一种用于研究复杂障碍的有前途的方法。已经发表了对精神病障碍患者的死后脑组织的表达谱研究,大多数都报道了精神分裂症的脑中的变化3-7。其他的研究已经研究了精神分裂症和双相型障碍两者,但是至今为止很少有研究聚焦于BD8-12、抑郁或焦虑性障碍。
一项使用前额皮质的死后脑样品的BD微阵列分析报道了,编码应激反应蛋白和伴侣蛋白的基因被上调,而受体、通道和转运蛋白的基因主要为下调9。
已经发现在BD和精神分裂症中大量的少突胶质细胞相关和髓鞘形成基因被改变11。使用QPCR在BD中鉴定了9个这类基因有变化,但是仅2个这类基因被微阵列证实有变化(在该研究中没有使用FDR校正)。该在先研究表明可能存在与髓鞘形成变化相关的亚类,即某些患者显示了非常显著的转录下调,而小部分患者显示了显著的增加。因此,亚类以及可变剪接变体的存在使得使用微阵列技术探测髓鞘形成变化是困难的。
线粒体相关基因的变化已经在BD患者的DLPFC8和海马10中都被观察到;与早期的精神分裂症研究3不同,在双相型的脑中没有发现明显的线粒体功能障碍的迹象。然而,泛素通路基因的下调以前已经在双相型障碍、酗酒中被观察到,并且被几个研究小组在精神分裂症患者中观察到,这表明存在一个相同的疾病通路。最近,一种鉴定BD的候选基因和通路的功能基因组学方法发现了某些变化,包括信号转导、神经递质和突触基因48。
对情感障碍的病原学的了解很少。还需要对标记和靶进行鉴定,所述标记和靶可以被应用于筛选和开发用于治疗情感障碍(例如,双相型障碍、抑郁和焦虑性障碍)的药物。在改善情感障碍诊断和监测的方法以及评估对治疗干预的反应方面也需要这类标记。
【发明内容】
本发明提供一种鉴定用于预防、治疗或缓解情感障碍的潜在治疗剂的方法,所述方法包括:
(a)使一种或多种细胞与一种候选治疗剂相接触,或者
(b)将一种候选治疗剂给予一种或多种生物;
(c)确定在所述一种或多种细胞或者一种或多种生物中一个或多个以下的基因的表达是否会响应于所述候选治疗剂而被调节:AVPR2、AZU1、CELSR1、DRD2、FZD2、GCG、GPR132、GPR4、HTR7、IL8RB、MS4A2、OPN1MW///OPN1LW、OPRL1、OPRM1、OR3A2、OXTR、PARD3、RGS16、SSTR5、SSX2、VIPR2、FZD3、AZU1、C8A、CD7、CD72、CRIP1、GBX2、HLA-E、IL1R2、IL2RA、IL4、IL4R、IL5、IL8RB、KIR2DS1、KNG1、MS4A2、ORM1///ORM2、PFC、PRLR、TNFRSF17、SOCS5、WWP1、APG12L、FLJ11011、HIP2、PCGF4、PJA2、SENP6、TRIM23、UBE2G1、USP14、VPS41、WWP1、FBXL8、FLJ20315、BCAP29、C14orf108、COPA、FUSIP1、G3BP2、GRP58、HSPCA、IPO7、KIAA1012、KPNB1、RAB2、RANBP2、RBM8A、STAM、VPS41、STX11、TIMM17A、SYT1、CREB1、PREPL、SLC29A1、MYT1;和,
(d)如果一个或多个所述基因的表达被调节,则鉴定所述候选治疗剂为潜在治疗剂。
情感障碍包括双相型障碍、抑郁症和焦虑性障碍。
一个或多个所述基因的表达的调节可以通过以下方式评估,即在存在和不存在所述候选治疗剂的情况下比较所述一个或多个基因的表达水平。本文使用的术语“调节”是指基因表达的上调或下调。本文使用的术语“调节物”是指基因表达的上调物或下调物。
在以下情况,所述候选剂被鉴定为潜在治疗剂,所述情况即一个或多个以下的基因的表达升高:
FZD3、SOCS5、WWP1、APG12L、FLJ11011、HIP2、PCGF4、PJA2、SENP6、TRIM23、UBE2G1、USP14、VPS41、WWP1、BCAP29、C14orf108、COPA、FUSIP1、G3BP2、GRP58、HSPCA、IPO7、KIAA1012、KPNB1、RAB2、RANBP2、RBM8A、STAM、VPS41、SYT1、CREB1、PREPL和/或SLC29A1;
并且/或者,
一个或多个以下的基因的表达降低:
AVPR2、AZU1、CELSR1、DRD2、FZD2、GCG、GPR132、GPR4、HTR7、IL8RB、MS4A2、OPN1MW///OPN1LW、OPRL1、OPRM1、OR3A2、OXTR、PARD3、RGS16、SSTR5、SSX2、VIPR2、AZU1、C8A、CD7、CD72、CRIP1、GBX2、HLA-E、IL1R2、IL2RA、IL4、IL4R、IL5、IL8RB、KIR2DS1、KNG1、MS4A2、ORM1///ORM2、PFC、PRLR、TNFRSF17、FBXL8、FLJ20315;STX11、TIMM17A和/或MYT1。
如果大多数所述基因的表达响应于与所述候选治疗剂的接触而被调节,则所述候选剂可以被鉴定为潜在治疗剂。本文使用的术语“大多数”是指多于50%、优选至少60%、更优选至少70%、更优选至少80%、更优选至少90%、还优选至少95%、最优选所有的所述基因。
所述一种或多种细胞可以选自于:神经元细胞、神经胶质细胞或其他脑细胞,或者周围细胞(peripheral cell)例如T-细胞。
所述生物可以是非人类的生物,例如非人类的动物或者情感障碍的动物模型。动物模型包括模拟情感障碍的模型,例如通过给予所述动物一种刺激物,如苯丙胺(amphetamine)。任何合适的动物可以被用作非人类的动物受试者,例如非人类的灵长类、马、牛、猪、山羊、绵羊、狗、猫、鱼(如斑马鱼)、啮齿动物(如豚鼠、大鼠或小鼠);昆虫(如果蝇(Drosophila))、两栖动物(如非洲蟾蜍(Xenopus))或者线虫(C.elegans)。
本发明的方法和测试可以使用任何适合于测定基因表达变化的方法实现。确定基因表达水平的方法是本领域中公知的。表达的调节可以通过评估以下物质的量或浓度来鉴定:mRNA、mRNA衍生的核酸或所述mRNA翻译的蛋白质。
基因表达可以通过评估mRNA水平进行测量,使用的方法包括反转录聚合酶链式反应(“RT-PCR”)例如定量PCR(特别是实时定量PCR),以及RNA印迹。在一种适合于确定mRNA表达水平的方法中,从一种或多种细胞或者一种或多种生物获得总RNA样品,由一个或多个目的基因的mRNA合成cDNA,并且使用所述cDNA进行实时定量PCR分析以确定目的mRNA在所述样品中的水平。用于实施这些方法的系统和试剂盒可通过市售的途径获得。
适合于确定蛋白表达水平的方法的实例有免疫方法,涉及能够特异性结合目的蛋白的抗体或抗体片段。合适的免疫方法包括夹心免疫测定(sandwich immunoassay),例如夹心ELISA,其中使用两种识别不同表位的抗体进行所述肽的检测;放射免疫测定(RIA)、直接或竞争性的酶联免疫吸附测定(ELISA)、酶免疫测定(EIA)、蛋白质印迹、免疫沉淀和任何基于颗粒的免疫测定(如使用金、银或胶乳颗粒;磁性颗粒;或Q点(Q-dot))。免疫方法可以用例如微量滴定板或条的形式进行。
根据本发明的用于鉴定潜在治疗剂的方法可以以阵列的形式进行,这在以下的实施方案中是特别优选的,即评估大量基因表达水平响应于所述候选的治疗剂的变化这一实施方案。
在一个优选的实施方案中,确定所述一个或多个基因的表达在生物的眶额皮质(OFC)中是否被改变。本发明的发明人对眶额皮质样品进行了转录组学研究,所述样品来自15名双相型患者和15例匹配的对照死后脑。使用Affymetrix HG-U 133A基因芯片分析所述样品,这些基因芯片是包含超过22,000个序列的微阵列。在以前的双相型障碍的微阵列研究中没有研究过OFC。,各种患者人口统计变量作为潜在的致混淆因素被测定,并且在随后的统计分析中被考虑。在所述眶额皮质中,通过微阵列分析鉴定了393种差异表达的转录物,并且通过定量实时PCR验证了一个典型的亚类。通路分析揭示,涉及G-蛋白-偶联受体信号传导和刺激应答(特别是免疫应答)的基因在双相型障碍中显著上调,而与泛素循环和胞内运输相关的基因在双相型障碍中显示出一致的下调。此外,突触功能涉及的几个基因在双相型障碍中也被显著地下调。
这些发现暗示了所述眶额皮质是情感障碍(如双相型障碍、抑郁症和焦虑性障碍)主要涉及的区域,并且所述改变的生物通路表明多个过程受到影响。总之,所述结果表明所述泛素通路和突触功能的失调可能对该疾病过程很重要。
根据本发明的方法还可以包括:如果所述候选治疗剂的给药造成一种或多种副作用,则对它(们)进行鉴定。
本发明还提供一种鉴定用于预防、治疗或缓解情感障碍的潜在治疗剂的方法,所述方法包括:
(a)提供一种能够表达一个或多个以下的基因的系统:AVPR2、AZU1、CELSR1、DRD2、FZD2、GCG、GPR132、GPR4、HTR7、IL8RB、MS4A2、OPN1MW///OPN1LW、OPRL1、OPRM1、OR3A2、OXTR、PARD3、RGS16、SSTR5、SSX2、VIPR2、FZD3、AZU1、C8A、CD7、CD72、CRIP1、GBX2、HLA-E、IL1R2、IL2RA、IL4、IL4R、IL5、IL8RB、KIR2DS1、KNG1、MS4A2、ORM1///ORM2、PFC、PRLR、TNFRSF17、SOCS5、WWP1、APG12L、FLJ11011、HIP2、PCGF4、PJA2、SENP6、TRIM23、UBE2G1、USP14、VPS41、WWP1、FBXL8、FLJ20315、BCAP29、C14orf108、COPA、FUSIP1、G3BP2、GRP58、HSPCA、IPO7、KIAA1012、KPNB1、RAB2、RANBP2、RBM8A、STAM、VPS41、STX11、TIMM17A、SYT1、CREB1、PREPL、SLC29A1或MYT1;
(b)评估在存在和不存在候选化合物的情况下所述一个或多个基因的表达水平,和,
(c)如果存在所述候选化合物的情况下表达被以如下方式调节,则鉴定所述候选化合物为潜在治疗剂:
(i)一个或多个以下的基因被上调:FZD3、SOCS5、WWP1、APG12L、FLJ11011、HIP2、PCGF4、PJA2、SENP6、TRIM23、UBE2G1、USP14、VPS41、WWP1、BCAP29、C14orf108、COPA、FUSIP1、G3BP2、GRP58、HSPCA、IPO7、KIAA1012、KPNB1、RAB2、RANBP2、RBM8A、STAM、VPS41、SYT1、CREB1、PREPL和/或SLC29A1;并且/或者,
(ii)一个或多个以下的基因被下调:AVPR2、AZU1、CELSR1、DRD2、FZD2、GCG、GPR132、GPR4、HTR7、IL8RB、MS4A2、OPN1MW///OPN1LW、OPRL1、OPRM1、OR3A2、OXTR、PARD3、RGS16、SSTR5、SSX2、VIPR2、AZU1、C8A、CD7、CD72、CRIP1、GBX2、HLA-E、IL1R2、IL2RA、IL4、IL4R、IL5、IL8RB、KIR2DS1、KNG1、MS4A2、ORM1///ORM2、PFC、PRLR、TNFRSF17、FBXL8、FLJ20315;STX11、TIMM17A和/或MYT1。
所述系统可以是一种能够转录所述基因和/或翻译mRNA的体外系统,所述mRNA编码由所述基因所编码的蛋白。优选的系统是细胞(例如源自人类患者或者动物或动物模型的细胞,或者培养的细胞或细胞系)。优选地,所述细胞是神经细胞、神经胶质细胞或其他脑细胞或细胞系,或者周围细胞(即任何非中枢神经系统细胞),例如T细胞、B细胞、其他血细胞或成纤维细胞;或者是具有以下细胞的典型表达谱的细胞:神经细胞、神经胶质细胞或其他脑细胞或细胞系,或者周围细胞。或者,所述细胞可以是能够被操作而产生以下细胞的典型表达谱的细胞:神经元细胞、神经胶质细胞或其他脑细胞或细胞系,或者周围细胞。
通过对细胞表型的作用可以在系统(如细胞)中检测表达的调节,例如可以在刺激所述细胞后对此进行检测,所述刺激例如通过例如使用抗体、生长因子、激素或其他信号传导分子激活或阻断受体。当所述一个或多个目的基因涉及所述泛素循环时,泛素循环基因的调节可以导致蛋白聚集、蛋白运输和蛋白定位的变化,以及影响蛋白加工和折叠。
本发明还提供一种鉴定用于预防、治疗或缓解情感障碍的潜在治疗剂的方法,所述方法包括:
(a)接触一种或多种由选自以下的基因编码的蛋白:FZD3、SOCS5、WWP1、APG12L、FLJ11011、HIP2、PCGF4、PJA2、SENP6、TRIM23、UBE2G1、USP14、VPS41、WWP1、BCAP29、C14orf108、COPA、FUSIP1、G3BP2、GRP58、HSPCA、IPO7、KIAA1012、KPNB1、RAB2、RANBP2、RBM8A、STAM、VPS41、SYT1、CREB1、PREPL、SLC29A1;AVPR2、AZU1、CELSR1、DRD2、FZD2、GCG、GPR132、GPR4、HTR7、IL8RB、MS4A2、OPN1MW///OPN1LW、OPRL1、OPRM1、OR3A2、OXTR、PARD3、RGS16、SSTR5、SSX2、VIPR2、AZU1、C8A、CD7、CD72、CRIP1、GBX2、HLA-E、IL1R2、IL2RA、IL4、IL4R、IL5、IL8RB、KIR2DS1、KNG1、MS4A2、ORM1///ORM2、PFC、PRLR、TNFRSF17、FBXL8、FLJ20315;STX11、TIMM17A和MYT1,和
(b)测定在存在和不存在所述候选化合物的情况下所述一种或多种蛋白的活性,其中在以下情况下所述候选化合物被鉴定为潜在治疗剂,所述情况即一种或多种由以下的基因编码的蛋白的活性增加:FZD3、SOCS5、WWP1、APG12L、FLJ11011、HIP2、PCGF4、PJA2、SENP6、TRIM23、UBE2G1、USP14、VPS41、WWP1、BCAP29、C14orf108、COPA、FUSIP1、G3BP2、GRP58、HSPCA、IPO7、KIAA1012、KPNB1、RAB2、RANBP2、RBM8A、STAM、VPS41、SYT1、CREB1、PREPL和/或SLC29A1;并且/或者,由以下基因编码的一种或多种蛋白的活性被抑制:AVPR2、AZU1、CELSR1、DRD2、FZD2、GCG、GPR132、GPR4、HTR7、IL8RB、MS4A2、OPN1MW///OPN1LW、OPRL1、OPRM1、OR3A2、OXTR、PARD3、RGS16、SSTR5、SSX2、VIPR2、AZU1、C8A、CD7、CD72、CRIP1、GBX2、HLA-E、IL1R2、IL2RA、IL4、IL4R、IL5、IL8RB、KIR2DS1、KNG1、MS4A2、ORM1///ORM2、PFC、PRLR、TNFRSF17、FBXL8、FLJ20315;STX11、TIMM17A和/或MYT1。
适合于评估蛋白活性的方法是本领域已知的。活性的评估可以通过以下方式完成:检测位于合适的底物上的所述蛋白的催化活性或酶活性;检测报告基因(例如,一个调控元件,它对所述蛋白敏感并且可有效地连接到编码一种可检测的标记物(如萤光素酶)的核酸上)的诱导;或者检测与所述基因产物相关的细胞反应,例如G-蛋白-偶联受体信号传导的诱导或与该信号传导相关的下游事件。
通过比较在存在和不存在所述候选化合物情况下所述蛋白的活性,可以鉴定所述候选化合物为所述蛋白的活性的调节物,并且因此作为潜在治疗剂。
本发明还提供一种鉴定用于预防、治疗或缓解情感障碍的潜在治疗剂的方法,所述方法包括:
(a)在不存在和存在候选化合物的情况下,将由选自下列的基因编码的一种或多种蛋白与所述蛋白的结合配偶体相接触:FZD3、SOCS5、WWP1、APG12L、FLJ11011、HIP2、PCGF4、PJA2、SENP6、TRIM23、UBE2G1、USP14、VPS41、WWP1、BCAP29、C14orf108、COPA、FUSIP1、G3BP2、GRP58、HSPCA、IPO7、KIAA1012、KPNB1、RAB2、RANBP2、RBM8A、STAM、VPS41、SYT1、CREB1、PREPL、SLC29A1;AVPR2、AZU1、CELSR1、DRD2、FZD2、GCG、GPR132、GPR4、HTR7、IL8RB、MS4A2、OPN1MW///OPN1LW、OPRL1、OPRM1、OR3A2、OXTR、PARD3、RGS16、SSTR5、SSX2、VIPR2、AZU1、C8A、CD7、CD72、CRIP1、GBX2、HLA-E、IL1R2、IL2RA、IL4、IL4R、IL5、IL8RB、KIR2DS1、KNG1、MS4A2、ORM1///ORM2、PFC、PRLR、TNFRSF17、FBXL8、FLJ20315;STX11、TIMM17A和MYT1,和
(b)评估在不存在和存在所述候选化合物的情况下所述蛋白与其结合配偶体的结合,
其中在以下情况下所述候选调节物被鉴定为潜在治疗剂,所述情况即一种或多种以下蛋白与其结合配偶体的相互作用被增强:FZD3、SOCS5、WWP1、APG12L、FLJ11011、HIP2、PCGF4、PJA2、SENP6、TRIM23、UBE2G1、USP14、VPS41、WWP1、BCAP29、C14orf108、COPA、FUSIP1、G3BP2、GRP58、HSPCA、IPO7、KIAA1012、KPNB1、RAB2、RANBP2、RBM8A、STAM、VPS41、SYT1、CREB1、PREPL和/或SLC29A1;并且/或者,
一种或多种以下蛋白与其结合配偶体的相互作用被抑制:AVPR2、AZU1、CELSR1、DRD2、FZD2、GCG、GPR132、GPR4、HTR7、IL8RB、MS4A2、OPN1MW///OPN1LW、OPRL1、OPRM1、OR3A2、OXTR、PARD3、RGS16、SSTR5、SSX2、VIPR2、AZU1、C8A、CD7、CD72、CRIP1、GBX2、HLA-E、IL1R2、IL2RA、IL4、IL4R、IL5、IL8RB、KIR2DS1、KNG1、MS4A2、ORM1///ORM2、PFC、PRLR、TNFRSF17、FBXL8、FLJ20315;STX11、TIMM17A和/或MYT1。
在某些本文描述的方法中,所述基因的表达产物的结合配偶体可以被应用于检测该表达产物的水平。
结合配偶体可以是蛋白,并且优选是抗体。本文使用的术语“抗体”包括但不限于:多克隆抗体、单克隆抗体、双特异性抗体、人源化抗体或嵌合抗体、单链抗体、Fab片段和F(ab′)2片段、Fab表达文库产生的片段、抗独特型(anti-idiotypic)(抗-Id)抗体以及上述任一种的表位结合片段。本文使用的术语“抗体”还指免疫球蛋白分子和免疫球蛋白分子的免疫活性部分,即含有与抗原特异性结合的抗原结合位点的分子。本发明的免疫球蛋白分子可以是任何类别(如IgG、IgE、IgM、IgD和IgA)或亚类的免疫球蛋白分子。
所述结合配偶体可以是适体(aptamer)或寡核苷酸,或者任何能够特异地结合所述基因的表达产物(它可以是mRNA或蛋白)的合成化学受体或化合物。所述结合配偶体可以包含一种可检测的标记,例如一种发光标记、荧光标记或发射性标记,和/或一种亲和标签。
此外,本发明提供一种鉴定候选结合配偶体作为用于预防、治疗或缓解情感障碍的治疗剂的方法,所述方法包括:使由选自以下的基因所编码的一种或多种蛋白与含有一种候选结合配偶体的样品相接触,并评估所述候选结合配偶体是否与所述蛋白结合:AVPR2、AZU1、CELSR1、DRD2、FZD2、GCG、GPR132、GPR4、HTR7、IL8RB、MS4A2、OPN1MW///OPN1LW、OPRL1、OPRM1、OR3A2、OXTR、PARD3、RGS16、SSTR5、SSX2、VIPR2、FZD3、AZU1、C8A、CD7、CD72、CRIP1、GBX2、HLA-E、IL1R2、IL2RA、IL4、IL4R、IL5、IL8RB、KIR2DS1、KNG1、MS4A2、ORM1///ORM2、PFC、PRLR、TNFRSF17、SOCS5、WWP1、APG12L、FLJ11011、HIP2、PCGF4、PJA2、SENP6、TRIM23、UBE2G1、USP14、VPS41、WWP1、FBXL8、FLJ20315、BCAP29、C14orf108、COPA、FUSIP1、G3BP2、GRP58、HSPCA、IPO7、KIAA1012、KPNB1、RAB2、RANBP2、RBM8A、STAM、VPS41、STX11、TIMM17A、SYT1、CREB1、PREPL、SLC29A1和MYT1。
此外,本发明提供一种或多种以下的蛋白或核酸在鉴定用于预防、治疗或缓解情感障碍的潜在治疗剂的方法中的用途:
i)由选自以下的基因所编码的蛋白或其片段:AVPR2、AZU1、CELSR1、DRD2、FZD2、GCG、GPR132、GPR4、HTR7、IL8RB、MS4A2、OPN1MW///OPN1LW、OPRL1、OPRM1、OR3A2、OXTR、PARD3、RGS16、SSTR5、SSX2、VIPR2、FZD3、AZU1、C8A、CD7、CD72、CRIP1、GBX2、HLA-E、IL1R2、IL2RA、IL4、IL4R、IL5、IL8RB、KIR2DS1、KNG1、MS4A2、ORM1///ORM2、PFC、PRLR、TNFRSF17、SOCS5、WWP1、APG12L、FLJ11011、HIP2、PCGF4、PJA2、SENP6、TRIM23、UBE2G1、USP14、VPS41、WWP1、FBXL8、FLJ20315、BCAP29、C14orf108、COPA、FUSIP1、G3BP2、GRP58、HSPCA、IPO7、KIAA1012、KPNB1、RAB2、RANBP2、RBM8A、STAM、VPS41、STX11、TIMM17A、SYT1、CREB1、PREPL、SLC29A1和MYT1;或者,
ii)一种编码上述(i)的蛋白的核酸,或者所述核酸的片段;和/或;
iii)一种能够与(ii)的核酸杂交的核酸。
根据该方面,所述核酸可以是单链或双链核酸,可以是DNA、RNA或DNA/RNA双链体。所述核酸应该特异地(例如在高度严格的条件下)杂交核酸表达产物,或者与其互补的核酸或由其衍生的核酸,因此可以确定所述核酸表达产物在生物样品中的水平。合适的核酸结合配偶体是寡核苷酸引物,例如在从所述基因的mRNA反转录合成cDNA中使用的引物。在一些优选的实施方案中,所述基因的核酸表达产物的水平通过扩增该核酸表达产物(例如通过PCR)来确定。因此,本发明提供能够扩增所述核酸表达产物的引物。
本发明还提供RNAi分子,它是双链RNA分子,包含与由本文描述的基因所转录的mRNA序列互补的核酸序列。RNAi分子的长度通常为约10至约40个核苷酸,合适的长度为约20至约30个核苷酸。RNAi分子可以被应用于调节由本文描述的基因所编码的蛋白的表达。因此,RNAi分子可以被用作治疗化合物,用于降低在本文描述的情感障碍中过表达的一个或多个基因的表达。这样的RNAi可以合适地通过鞘内给药。本发明还提供含有一种或多种RNAi和可药用载体的药物组合物,优选地将其制成鞘内给药的形式。
此外,RNAi分子可以被应用于下调(即敲弱(knockdown))本文描述的基因的表达,例如在本发明的经遗传修饰(geneticallymodified)的动物或细胞中。
本发明的范围还包括由选自以下的基因所编码的蛋白的表达调节物在鉴定用于预防、治疗或缓解情感障碍的潜在治疗剂的方法中的用途:AVPR2、AZU1、CELSR1、DRD2、FZD2、GCG、GPR132、GPR4、HTR7、IL8RB、MS4A2、OPN1MW///OPN1LW、OPRL1、OPRM1、OR3A2、OXTR、PARD3、RGS16、SSTR5、SSX2、VIPR2、FZD3、AZU1、C8A、CD7、CD72、CRIP1、GBX2、HLA-E、IL1R2、IL2RA、IL4、IL4R、IL5、IL8RB、KIR2DS1、KNG1、MS4A2、ORM1///ORM2、PFC、PRLR、TNFRSF17、SOCS5、WWP1、APG12L、FLJ11011、HIP2、PCGF4、PJA2、SENP6、TRIM23、UBE2G1、USP14、VPS41、WWP1、FBXL8、FLJ20315、BCAP29、C14orf108、COPA、FUSIP1、G3BP2、GRP58、HSPCA、IPO7、KIAA1012、KPNB1、RAB2、RANBP2、RBM8A、STAM、VPS41、STX11、TIMM17A、SYT1、CREB1、PREPL、SLC29A1和MYT1。
本发明还提供以下物质的结合配偶体在鉴定用于预防、治疗或缓解情感障碍的潜在治疗剂的方法中的用途:
(i)由选自以下的基因所编码的蛋白或其片段:AVPR2、AZU1、CELSR1、DRD2、FZD2、GCG、GPR132、GPR4、HTR7、IL8RB、MS4A2、OPN1MW///OPN1LW、OPRL1、OPRM1、OR3A2、OXTR、PARD3、RGS16、SSTR5、SSX2、VIPR2、FZD3、AZU1、C8A、CD7、CD72、CRIP1、GBX2、HLA-E、IL1R2、IL2RA、IL4、IL4R、IL5、IL8RB、KIR2DS1、KNG1、MS4A2、ORM1///ORM2、PFC、PRLR、TNFRSF17、SOCS5、WWP1、APG12L、FLJ11011、HIP2、PCGF4、PJA2、SENP6、TRIM23、UBE2G1、USP14、VPS41、WWP1、FBXL8、FLJ20315、BCAP29、C14orf108、COPA、FUSIP1、G3BP2、GRP58、HSPCA、IPO7、KIAA1012、KPNB1、RAB2、RANBP2、RBM8A、STAM、VPS41、STX11、TIMM17A、SYT1、CREB1、PREPL、SLC29A1和MYT1;或者,
ii)编码上述(i)的蛋白的核酸,或者所述核酸的片段;和/或;
iii)能够与(ii)的核酸杂交的核酸。
本发明还提供包含本发明的核酸的表达载体在鉴定用于预防、治疗或缓解情感障碍的潜在治疗剂的方法中的用途。
此外,本发明还提供一种能够表达根据本发明的核酸的细胞或细胞系在鉴定用于预防、治疗或缓解情感障碍的潜在治疗剂的方法中的用途。
所述细胞优选地是神经细胞、神经胶质细胞或者其他脑细胞或周围细胞,或者由它们衍生的细胞系。
在本发明的优选实施方案中,通过使一种候选治疗剂与培养的细胞或细胞系相接触来筛选潜在治疗剂。
优选地,所述细胞是神经细胞、神经胶质细胞或其他脑细胞或细胞系,或者是具有这些细胞类型的典型表达谱的细胞,又或者它们可以是能够被操作而产生这些细胞类型的典型表达谱的细胞。所述细胞可以是本文描述的经遗传修饰的细胞。当与一种或多种已知的抗精神病药物(例如丙戊酸盐(valproate)、氟哌啶醇、哌仑西平、培拉嗪、维思通、法莫替丁、再普乐、氯氮平(Clozaril)、美索达嗪、喹硫平、利培酮、奥氮平或氯氮平(Clozapine))接触时,所使用的细胞或细胞系还优选地会出现基因表达谱的可重现变化。在特别优选的实施方案中,这些变化与在情感障碍(特别是双相型障碍)中观察到的变化将是相反的。即在这样的实施方案中,在例如双相型障碍的情感障碍中通常高水平表达的基因(或它们的同源物)在与已知的抗精神病药物接触的细胞或细胞系中优选地以低水平表达,反之亦然。
或者,细胞或细胞系还可以取自患有情感障碍(特别是双相型障碍)的患者,或者取自情感障碍(例如双相型障碍)的动物模型;例如取自本文描述的经遗传修饰的非人类动物。
应该理解,对于本发明的方法中使用的细胞或细胞系,应该仔细地保存、培养和操作,以保证维持所述细胞和细胞系的表型。
本发明还提供经遗传修饰的非人类哺乳动物,或者其他非人类脊椎或无脊椎生物,其中选自于以下的一个或多个基因的表达水平与相应的野生型非人类哺乳动物中的表达水平相比有改变:AVPR2、AZU1、CELSR1、DRD2、FZD2、GCG、GPR132、GPR4、HTR7、IL8RB、MS4A2、OPN1MW///OPN1LW、OPRL1、OPRM1、OR3A2、OXTR、PARD3、RGS16、SSTR5、SSX2、VIPR2、FZD3、AZU1、C8A、CD7、CD72、CRIP1、GBX2、HLA-E、IL1R2、IL2RA、IL4、IL4R、IL5、IL8RB、KIR2DS1、KNG1、MS4A2、ORM1///ORM2、PFC、PRLR、TNFRSF17、SOCS5、WWP1、APG12L、FLJ11011、HIP2、PCGF4、PJA2、SENP6、TRIM23、UBE2G1、USP14、VPS41、WWP1、FBXL8、FLJ20315、BCAP29、C14orf108、COPA、FUSIP1、G3BP2、GRP58、HSPCA、IPO7、KIAA1012、KPNB1、RAB2、RANBP2、RBM8A、STAM、VPS41、STX11、TIMM17A、SYT1、CREB1、PREPL、SLC29A1、MYT1。在本发明的该方面的一些实施方案中,两个或多个所述基因的表达被改变。
在所述经遗传修饰的动物中一个或多个所述基因的表达可以升高或者降低,这依赖于所述目的基因。所述遗传修饰可以是:一个或多个所述基因通过例如RNAi被敲弱,或者通过缺失或其他的失活方法被“敲除”。一个或多个所述基因可以通过例如提供更强的启动子被上调,或者可以被“敲入(knocked-in)”。对动物进行这些遗传操作的方法是本领域技术人员熟知的。
合适地,经遗传修饰的非人类哺乳动物选自于:非人类的灵长类、马、牛、猪、绵羊、狗、猫、兔、啮齿动物;豚鼠、大鼠或小鼠。
优选地,一个或多个选自于以下的基因的表达在所述经遗传修饰的重组动物中被降低:FZD3、SOCS5、WWP1、APG12L、FLJ11011、HIP2、PCGF4、PJA2、SENP6、TRIM23、UBE2G1、USP14、VPS41、WWP1、BCAP29、C14orf108、COPA、FUSIP1、G3BP2、GRP58、HSPCA、IPO7、KIAA1012、KPNB1、RAB2、RANBP2、RBM8A、STAM、VPS41、SYT1、CREB1、PREPL和SLC29A1。
优选地,一个或多个选自于以下的基因的表达在所述经遗传修饰的动物中被增加:AVPR2、AZU1、CELSR1、DRD2、FZD2、GCG、GPR132、GPR4、HTR7、IL8RB、MS4A2、OPN1MW///OPN1LW、OPRL1、OPRM1、OR3A2、OXTR、PARD3、RGS16、SSTR5、SSX2、VIPR2、AZU1、C8A、CD7、CD72、CRIP1、GBX2、HLA-E、IL1R2、IL2RA、IL4、IL4R、IL5、IL8RB、KIR2DS1、KNG1、MS4A2、ORM1///ORM2、PFC、PRLR、TNFRSF17、FBXL8、FLJ20315;STX11、TIMM17A和MYT1。
本发明还提供了根据本发明的经遗传修饰的非人类哺乳动物或其他脊椎或无脊椎生物作为情感障碍(优选双相型障碍)的动物模型的用途。
在本发明的其他优选实施方案中,潜在治疗剂的筛选是通过将候选治疗剂给予一种生物来进行,所述生物优选为非人类动物(例如小鼠、大鼠、兔、非人类的灵长类(例如猴)、豚鼠、狗或猫),但是在一些情况下需要将候选治疗剂给予人,例如作为临床试验的一部分。
应理解,当根据本发明使用非人类细胞、生物或提取物时,所述的蛋白和基因通常是指人类蛋白或基因的适当的同源物(即在该非人类细胞或生物体内的等价蛋白和基因),所述人类蛋白或基因在本文中被鉴定为在人类双相型障碍患者的眶额皮质中异常表达。在一些实施方案中(例如在一些本文描述的筛选测定和方法的实施方案中),所述一个或多个人类基因或一种或多种人蛋白可以在非人类生物体、细胞、系统或提取物中表达。
本发明还提供一种经遗传修饰的细胞,其中选自于以下的一个或多个基因的表达水平与相应的野生型细胞中的该水平相比有变化:AVPR2、AZU1、CELSR1、DRD2、FZD2、GCG、GPR132、GPR4、HTR7、IL8RB、MS4A2、OPN1MW///OPN1LW、OPRL1、OPRM1、OR3A2、OXTR、PARD3、RGS16、SSTR5、SSX2、VIPR2、FZD3、AZU1、C8A、CD7、CD72、CRIP1、GBX2、HLA-E、IL1R2、IL2RA、IL4、IL4R、IL5、IL8RB、KIR2DS1、KNG1、MS4A2、ORM1///ORM2、PFC、PRLR、TNFRSF17、SOCS5、WWP1、APG12L、FLJ11011、HIP2、PCGF4、PJA2、SENP6、TRIM23、UBE2G1、USP14、VPS41、WWP1、FBXL8、FLJ20315、BCAP29、C14orf108、COPA、FUSIP1、G3BP2、GRP58、HSPCA、IPO7、KIAA1012、KPNB1、RAB2、RANBP2、RBM8A、STAM、VPS41、STX11、TIMM17A、SYT1、CREB1、PREPL、SLC29A1和MYT1。在本发明的该方面的一些实施方案中,两个或多个所述基因的表达被改变。
还提供了,根据本发明的经遗传修饰的非人类哺乳动物或者从它们获得或衍生的一种或多种细胞或者根据本发明的细胞,在鉴定用于预防、治疗或缓解情感障碍的潜在治疗剂的方法中的用途。
本发明还提供下列物质在诊断受试者是否患有情感障碍或者是否具有患情感障碍风险的方法中的用途:
(i)编码选自以下的任何基因的核酸的结合配偶体:AVPR2、AZU1、CELSR1、DRD2、FZD2、GCG、GPR132、GPR4、HTR7、IL8RB、MS4A2、OPN1MW///OPN1LW、OPRL1、OPRM1、OR3A2、OXTR、PARD3、RGS16、SSTR5、SSX2、VIPR2、FZD3、AZU1、C8A、CD7、CD72、CRIP1、GBX2、HLA-E、IL1R2、IL2RA、IL4、IL4R、IL5、IL8RB、KIR2DS1、KNG1、MS4A2、ORM1///ORM2、PFC、PRLR、TNFRSF17、SOCS5、WWP1、APG12L、FLJ11011、HIP2、PCGF4、PJA2、SENP6、TRIM23、UBE2G1、USP14、VPS41、WWP1、FBXL8、FLJ20315、BCAP29、C14orf108、COPA、FUSIP1、G3BP2、GRP58、HSPCA、IPO7、KIAA1012、KPNB1、RAB2、RANBP2、RBM8A、STAM、VPS41、STX11、TIMM17A、SYT1、CREB1、PREPL、SLC29A1和MYT1;用于确定所述基因的表达水平,或者,
(ii)由选自于以下的基因所编码的蛋白的结合配偶体:AVPR2、AZU1、CELSR1、DRD2、FZD2、GCG、GPR132、GPR4、HTR7、IL8RB、MS4A2、OPN1MW///OPN1LW、OPRL1、OPRM1、OR3A2、OXTR、PARD3、RGS16、SSTR5、SSX2、VIPR2、FZD3、AZU1、C8A、CD7、CD72、CRIP1、GBX2、HLA-E、IL1R2、IL2RA、IL4、IL4R、IL5、IL8RB、KIR2DS1、KNG1、MS4A2、ORM1///ORM2、PFC、PRLR、TNFRSF17、SOCS5、WWP1、APG12L、FLJ11011、HIP2、PCGF4、PJA2、SENP6、TRIM23、UBE2G1、USP14、VPS41、WWP1、FBXL8、FLJ20315、BCAP29、C14orf108、COPA、FUSIP1、G3BP2、GRP58、HSPCA、IPO7、KIAA1012、KPNB1、RAB2、RANBP2、RBM8A、STAM、VPS41、STX11、TIMM17A、SYT1、CREB1、PREPL、SLC29A1和MYT1;用于确定所述基因的表达水平。
本发明提供一种诊断受试者是否患有情感障碍或者是否具有患情感障碍的风险的方法,所述方法包括评估一个或多个选自以下的基因在取自所述受试者的生物样品中的表达水平:AVPR2、AZU1、CELSR1、DRD2、FZD2、GCG、GPR132、GPR4、HTR7、IL8RB、MS4A2、OPN1MW///OPN1LW、OPRL1、OPRM1、OR3A2、OXTR、PARD3、RGS16、SSTR5、SSX2、VIPR2、FZD3、AZU1、C8A、CD7、CD72、CRIP1、GBX2、HLA-E、IL1R2、IL2RA、IL4、IL4R、IL5、IL8RB、KIR2DS1、KNG1、MS4A2、ORM1///ORM2、PFC、PRLR、TNFRSF17、SOCS5、WWP1、APG12L、FLJ11011、HIP2、PCGF4、PJA2、SENP6、TRIM23、UBE2G1、USP14、VPS41、WWP1、FBXL8、FLJ20315、BCAP29、C14orf108、COPA、FUSIP1、G3BP2、GRP58、HSPCA、IPO7、KIAA1012、KPNB1、RAB2、RANBP2、RBM8A、STAM、VPS41、STX11、TIMM17A、SYT1、CREB1、PREPL、SLC29A1和MYT1。
还提供了一种监测易患或患有情感障碍的受试者对治疗干预的反应的方法,所述方法包括评估一个或多个选自以下的基因在取自所述受试者的生物样品中的表达水平:AVPR2、AZU1、CELSR1、DRD2、FZD2、GCG、GPR132、GPR4、HTR7、IL8RB、MS4A2、OPN1MW///OPN1LW、OPRL1、OPRM1、OR3A2、OXTR、PARD3、RGS16、SSTR5、SSX2、VIPR2、FZD3、AZU1、C8A、CD7、CD72、CRIP1、GBX2、HLA-E、IL1R2、IL2RA、IL4、IL4R、IL5、IL8RB、KIR2DS1、KNG1、MS4A2、ORM1///ORM2、PFC、PRLR、TNFRSF17、SOCS5、WWP1、APG12L、FLJ11011、HIP2、PCGF4、PJA2、SENP6、TRIM23、UBE2G1、USP14、VPS41、WWP1、FBXL8、FLJ20315、BCAP29、C14orf108、COPA、FUSIP1、G3BP2、GRP58、HSPCA、IPO7、KIAA1012、KPNB1、RAB2、RANBP2、RBM8A、STAM、VPS41、STX11、TIMM17A、SYT1、CREB1、PREPL、SLC29A1和MYT1。
所述表达水平可以通过评估取自受试者的生物样品中存在的所述一个或多个基因的mRNA水平来评估。替代地或附加地,所述表达水平可以通过评估取自受试者的生物样品中存在一种或多种蛋白的水平来评估,所述蛋白由所述一个或多个基因编码。
合适地,所述生物样品包括其中的所述表达水平与眶额皮质中的所述基因表达水平相关的组织或细胞。
所述生物样品可以选自于:血液、血清、血浆、CSF、尿和泪液。
在诊断方法中,如果如表2所示(以及,在通过基因表达谱鉴定的基因表达变化的总结中所描述的),所述一个或多个基因的表达水平被调节,那么受试者可以被鉴定为患有或者具有患情感障碍(特别是双相型障碍)的风险。在监测对治疗干预的反应的方法中,如果出现如下情况则可以确定所述障碍得到稳定或缓解:所述一个或多个目的基因的表达水平以与表2中描述的变化(以及,在通过基因表达谱鉴定的基因表达变化的总结中所描述的)相反的方式被调节,即所述基因表达水平以朝向正常受试者体内的表达水平的方向被调节。
本发明的方法可以以阵列形式(如在芯片上或者作为多孔阵列(multiwell array)形式)实现。可以调整方法以适用于进行单一测试或多个相同测试或多个非相同测试的平台、系统或试剂盒,并且可以以高通量形式进行所述方法。本发明的方法可以包括进行一次或多次额外的不同测试以证实或排除一项结果。
本发明还提供一种预防、治疗或缓解情感障碍的方法,所述方法包括:在需要这类预防、治疗或缓解的受试者的脑中(特别是在眶额皮质中)增加一种或多种以下的蛋白的水平或活性:FZD3、SOCS5、WWP1、APG12L、FLJ11011、HIP2、PCGF4、PJA2、SENP6、TRIM23、UBE2G1、USP14、VPS41、WWP1、BCAP29、C14orf108、COPA、FUSIP1、G3BP2、GRP58、HSPCA、IPO7、KIAA1012、KPNB1、RAB2、RANBP2、RBM8A、STAM、VPS41、SYT1、CREB1、PREPL和/或SLC29A1。
本发明还提供一种预防、治疗或缓解情感障碍的方法,所述方法包括:在需要这类预防、治疗或缓解的受试者的脑中(特别是在眶额皮质中)降低一种或多种以下的蛋白的水平或活性:AVPR2、AZU1、CELSR1、DRD2、FZD2、GCG、GPR132、GPR4、HTR7、IL8RB、MS4A2、OPN1MW///OPN1LW、OPRL1、OPRM1、OR3A2、OXTR、PARD3、RGS16、SSTR5、SSX2、VIPR2、AZU1、C8A、CD7、CD72、CRIP1、GBX2、HLA-E、IL1R2、IL2RA、IL4、IL4R、IL5、IL8RB、KIR2DS1、KNG1、MS4A2、ORM1///ORM2、PFC、PRLR、TNFRSF17、FBXL8、FLJ20315;STX11、TIMM17A和/或MYT1。
本发明还提供一种固体载体(如以阵列的形式),包括附着一种或多种探针的基质,所述探针能够与由一个或多个选自以下的基因所转录的mRNA特异地杂交:AVPR2、AZU1、CELSR1、DRD2、FZD2、GCG、GPR132、GPR4、HTR7、IL8RB、MS4A2、OPN1MW///OPN1LW、OPRL1、OPRM1、OR3A2、OXTR、PARD3、RGS16、SSTR5、SSX2、VIPR2、FZD3、AZU1、C8A、CD7、CD72、CRIP1、GBX2、HLA-E、IL1R2、IL2RA、IL4、IL4R、IL5、IL8RB、KIR2DS1、KNG1、MS4A2、ORM1///ORM2、PFC、PRLR、TNFRSF17、SOCS5、WWP1、APG12L、FLJ11011、HIP2、PCGF4、PJA2、SENP6、TRIM23、UBE2G1、USP14、VPS41、WWP1、FBXL8、FLJ20315、BCAP29、C14orf108、COPA、FUSIP1、G3BP2、GRP58、HSPCA、IPO7、KIAA1012、KPNB1、RAB2、RANBP2、RBM8A、STAM、VPS41、STX11、TIMM17A、SYT1、CREB1、PREPL、SLC29A1和MYT1。
在这类阵列中,可在固体基质的多个位点上固定相同的探针,或者可在固体基质的多个位点的每个位点上固定不同的探针。合适地,探针是能够与目的mRNA特异杂交的核酸。
本发明还提供一种固体载体(如蛋白阵列),包括由一个或多个以下基因所编码的一种或多种蛋白或其片段:AVPR2、AZU1、CELSR1、DRD2、FZD2、GCG、GPR132、GPR4、HTR7、IL8RB、MS4A2、OPN1MW///OPN1LW、OPRL1、OPRM1、OR3A2、OXTR、PARD3、RGS16、SSTR5、SSX2、VIPR2、FZD3、AZU1、C8A、CD7、CD72、CRIP1、GBX2、HLA-E、IL1R2、IL2RA、IL4、IL4R、IL5、IL8RB、KIR2DS1、KNG1、MS4A2、ORM1///ORM2、PFC、PRLR、TNFRSF17、SOCS5、WWP1、APG12L、FLJ11011、HIP2、PCGF4、PJA2、SENP6、TRIM23、UBE2G1、USP14、VPS41、WWP1、FBXL8、FLJ20315、BCAP29、C14orf108、COPA、FUSIP1、G3BP2、GRP58、HSPCA、IPO7、KIAA1012、KPNB1、RAB2、RANBP2、RBM8A、STAM、VPS41、STX11、TIMM17A、SYT1、CREB1、PREPL、SLC29A1和/或MYT1。
在根据本发明的蛋白阵列中,可在固体基质的多个位点上固定相同的蛋白,或者可在固体基质的多个位点的每个位点上固定不同的蛋白。所述术语蛋白是指全长蛋白及其片段,例如结构域或其他蛋白片段,合适的长度范围是约10至约80个氨基酸。
本发明还提供含有一种或多种蛋白的一种或多种结合配偶体的固体载体,例如含有一种或多种蛋白的一种或多种结合配偶体的结合配偶体阵列,所述一种或多种蛋白由一个或多个以下的基因编码:AVPR2、AZU1、CELSR1、DRD2、FZD2、GCG、GPR132、GPR4、HTR7、IL8RB、MS4A2、OPN1MW///OPN1LW、OPRL1、OPRM1、OR3A2、OXTR、PARD3、RGS16、SSTR5、SSX2、VIPR2、FZD3、AZU1、C8A、CD7、CD72、CRIP1、GBX2、HLA-E、IL1R2、IL2RA、IL4、IL4R、IL5、IL8RB、KIR2DS1、KNG1、MS4A2、ORM1///ORM2、PFC、PRLR、TNFRSF17、SOCS5、WWP1、APG12L、FLJ11011、HIP2、PCGF4、PJA2、SENP6、TRIM23、UBE2G1、USP14、VPS41、WWP1、FBXL8、FLJ20315、BCAP29、C14orf108、COPA、FUSIP1、G3BP2、GRP58、HSPCA、IPO7、KIAA1012、KPNB1、RAB2、RANBP2、RBM8A、STAM、VPS41、STX11、TIMM17A、SYT1、CREB1、PREPL、SLC29A1和/或MYT1。
合适地,阵列中包含的结合配偶体包括抗体。
本文使用的术语“抗体”包括但不限于:多克隆抗体、单克隆抗体、双特异性抗体、人源化或嵌合抗体、单链抗体、Fab片段和F(ab′)2片段、Fab表达库产生的片段、抗独特型(抗-Id)抗体以及上述任一种的表位结合片段。本文使用的术语“抗体”还指免疫球蛋白分子和免疫球蛋白分子的免疫活性部分,即含有与抗原特异性结合的抗原结合位点的分子。本发明的免疫球蛋白分子可以是任何类别(如IgG、IgE、IgM、IgD和IgA)或亚类的免疫球蛋白分子。
本发明的另一方面提供了能够特异性结合由本文描述的基因所编码的蛋白或肽的新结合配偶体(即配体),例如天然存在的或者化学合成的化合物。根据本发明的结合配偶体可以包括能够特异性结合所述蛋白或肽的肽、抗体或其片段,或者适体或寡核苷酸。所述抗体可以是能够特异性结合所述蛋白或肽的单克隆抗体或其片段。根据本发明的结合配偶体可以用一种可检测的标记物标记,例如发光标记物、荧光标记物或放射性标记物;替代地或附加地,根据本发明的结合配偶体可以包括一个亲和标签。
根据本发明的一种载体(如阵列)可以被应用于鉴定用于预防、治疗或缓解情感障碍的潜在治疗剂的方法中,或者被应用于诊断情感障碍或监测情感障碍的方法中,或者被应用于监测治疗干预对情感障碍的有效性,或者被应用于选择临床试验的候选者。
这类方法可以涉及:提供上面固定有由本文描述的一个或多个基因所编码的蛋白或其片段的固体载体(如以阵列的形式),在存在一种候选治疗剂的情况下用固定的蛋白或其片段的结合配偶体探测所述固定的蛋白或其片段,并检测对结合的调节作用;其中,如果所述候选治疗剂能够调节(即抑制或增强)所述固定的蛋白和所述探针结合配偶体之间的结合,那么它被鉴定为潜在治疗剂。在另一种配置中,对所述结合配偶体进行排列,所述探针是由本文描述的基因所编码的蛋白或其片段,在不存在抑制剂的条件下所述结合配偶体和探针能够结合。
合适地,所述探针被一种可检测的标记物标记,并且通过检测所述可检测的标记物评估所述探针的结合。在优选的实施方案中,所述可检测的标记物是荧光标记物、发光标记物或放射性标记物。所述可检测的标记物可以是颗粒标记物,例如上转换发光材料(up-convertingphosphor)和/或量子点(quantum dot)。
所述探针的结合可以通过直接或间接免疫方法或者通过表面等离子体共振(surface plasmon resonance)评估。
或者,所述探针或固定的部分可以通过与能够与所述探针或固定的部分特异性结合的一个或多个配体相互作用来直接或间接地检测,所述配体例如抗体或其生物标记结合片段,或其他的肽,或配体(如适体),或寡核苷酸。所述配体可以具有可检测标记,例如发光标记、荧光标记或放射性标记,和/或亲和标签。
本发明还提供用于以下方法中的试剂盒或其他系统(高通量或其他):鉴定用于预防、治疗或缓解情感障碍的潜在治疗剂的方法或者诊断或监测情感障碍的方法,所述试剂盒或系统包括用于检测以下物质的工具:本文具体所列的一个或多个基因的表达产物或者由核酸表达产物衍生的核酸。
这类试剂盒或系统可以包括本发明的阵列。
本发明的试剂盒或系统可以包括:
i)所述试剂盒的使用说明书;和/或
ii)作为标准或对照的、预定量的权利要求1中指定的一个或多个基因的分离的表述产物。
本发明还提供了一种用于选择临床试验参与者以确定潜在治疗剂用于预防、治疗或缓解情感障碍的效果的方法,包括:确定本文具体所列的一个或多个基因在从所述候选参与者获得的生物样品中的表达水平;并且如果所述的一个或多个基因的表达水平与正常受试者中的水平相比有变化,那么选择该候选者作为所述临床试验的参与者。
【附图说明】
附图显示了经验证的基因的定量实时PCR结果图。
【具体实施方式】
通过下面的实施例对本发明进行举例说明。
组织收集和RNA提取
所有的步骤在以前都已经有描述13。简言之,15例双相型个体和15例良好匹配的对照个体的新鲜冷冻眶额皮质组织从史丹利(Stanley)脑收藏神经病理学协会(美国史丹利医学研究所)获得。在表1中总结了主要的人口统计学特征。
使用Tri-reagent(Sigma,UK)或Trizol(Gibco-Brl)从死后的双相型患者和匹配对照的眶额皮质(布罗德曼野11(Brodmann area 11))中提取总RNA。使用高分辨率电泳系统(Agilent Technologies,Palo Alto,CA,USA)评估RNA的质量。
微阵列分析
分离的总RNA经过Affymetrix制备流程14(Affymetrix preparationprotocol)进行处理,与HGU133A基因芯片(Affymetrix CA,USA)杂交并经过如先前所述13的严格的样品和数据质量控制步骤。
微阵列数据的预处理
Affymetrix微阵列套件5(Affymetrix Microarray Suite 5,MAS5)被应用于图像处理和数据采集。严格的质量控制过程13,15排除(盲诊(blind to diagnosis))了9个OFC样品。在去除这些异常芯片之后,使用鲁棒多芯片平均(robust multi-chip average,RMA)方法16计算表达测量值。最后,过滤基因表达矩阵,以排除对照探针组,以仅包含具有“A类(class A)”赋值的探针组,即11个探针中的至少9个与靶转录序列完全匹配。该过滤步骤将基因表达矩阵减少至19537个探针组。
检测差异表达的基因
为了鉴定在双相型障碍中真正受到差异调控的转录物,对临床变量和人口统计变量的混淆效应进行控制很重要。在对死后脑样品的微阵列研究中最严重的混淆变量是组织pH值,这是因为它对总表达谱的作用幅度可能大于主要目的因素(即疾病状态)的作用幅度17-18。还考虑了药物治疗的作用。由于无法获得所有患者的与锂盐和丙戊酸钠接触的数据,因此氟奋乃静等价物(测量单位为mg并进行以10为底的对数转换)被用作药物治疗的量度。协方差分析(ANCOVA)被用于鉴定差异表达的基因并且同时控制混淆变量的效应。这包括为每个探针组的表达拟合一个线性模型,以区分由障碍造成的变异性和由混淆因素、生物学干扰和实验干扰造成的变异性。因为数据不平衡(即每个处理组合的重复次数不是恒定的),所以使用S-Plus 6(InsightfulCorporation,Seattle,WA,USA)中的ssType3函数,进行III型平方和ANCOVA。使用Benjamini-Hochberg错误发现率(FDR)控制方法19修正P-值,该方法用Bioconductou20的软件包′multtest′21实现。
分析样品,对于OFC样品,发现患者组和对照组之间的平均组织pH无差异(表1)。因此,对于OFC样品,针对每个基因拟合的ANCOVA模型仅包括患者组和氟奋乃静等价物的主效应。
差异表达基因的功能作谱(funtional profiling)
上调和下调基因列表的功能作谱使用GoSurfer22-23和Onto-Express24-25进行。GoSurfer将用户输入的Affymetrix探针组标识符列表与基因本体(gene ontology,GO)项(term)相关联,结果以层次树显示。除了差异调节基因的探针组标识符列表之外,GoSurfer还需要一个基因信息表,在该表中探针组标识符用基因名称、Unigene ID、Locuslink ID和GO项注解。
使用Chiplnfo28,利用NetAffx数据库26(2004年12月7日的版本)和GO数据库27(2005年3月22日的版本)中的数据生成该基因信息表。通过同时提交上调基因列表和下调转录物列表,GoSurfer被应用于鉴定BD中特异性上调或下调的GO类(GO category)。
对上调基因和下调基因分别运行Onto-Express。提交基因符号的列表作为输入文件,参考文件是所有“A类”探针组的基因符号的列表。在运行该程序前选定超几何分布和FDR选项。在树型和同步化视图中检查结果29,其中可以选择自定义的抽象水平以直接与GoSurfer的输出对比。
手工检查差异表达基因的列表以确认功能作谱工具的输出并且鉴定可能与双相型障碍相关的其他基因。
QPCR验证
对于实时定量聚合酶链式反应(QPCR),使用寡核苷酸脱氧胸苷引物和Superscript First-Strand合成系统(Invitrogen),由3μg的总RNA合成互补的DNA。从显著的微阵列基因列表和基因本体类中选出8个TaqMan基因表达测定(详见表3)用于验证。选择了三种内源性对照,它们具有与所述靶基因类似的微阵列表达水平并且在所有样品中是一致的。检查内源性对照测定QPCR的结果以保证疾病组和对照组的循环阈(Ct)值之间没有显著的差异。转铁蛋白受体(TFRC)基因被发现是最合适的对照基因,并且被应用于标准化OFC脑部区域中的所有靶基因。为每项测定构建标准曲线以保证扩增效率接近100%且所有测定之间可相比较。使用Applied Biosystems 1700 Expression Array System根据厂商的说明书进行QPCR。比较Ct法被应用于为转录表达水平定量30。六个测定产生三个ΔCt重复值,两个测定产生两个重复值;每种情况中的中值被应用于后续的分析中。如果重复值的标准偏差大于1,那么从分析中去除样品;然后为每个样品组计算2-ΔΔCT值并构建箱式图。研究了相容异常值(consistent outlier)并且从OFC数据组中去除4个样品;两个具有较差的cDNA谱,两个不符合我们内部的微阵列QC流程。用Student t-检验确定相对表达。由于可以预期变化方向,所以对OFC样品进行单侧检验。
结果
使用微阵列技术研究了来自双相型患者的15个死后脑样品和15个健康对照。
在OFC中,393个转录物被分为差异表达的(p<0.05);在双相型障碍中238个转录物被上调,155个被下调。在精神病障碍的研究中,死后脑组织中基因表达的变化通常是轻度的(低于2倍)9,31;在该研究中,在疾病组和对照组之间1个上调转录物和43个下调转录物的变化超过1.5倍。
3个转录物的降低超过2倍,它们是突触结合蛋白I(SYT1);ATP酶,H+运输,溶酶体70kDa,V1亚基A(ATPase,H+tranporing,lysosomal70kDa,V1 subunit A,ATP6V1A);和父性表达基因3(paternallyexpressed 3,PEG3)。
通路分析
使用GoSurfer进行的通路分析显示在双相型患者的OFC中4个主要的GO类(生物过程分支(biological process branch))被显著改变(p<0.01)。G-蛋白偶联受体(GPCR)的信号传导和对刺激的应答(特别是免疫应答)这两个类被显著上调,而胞内运输和泛素循环这两个类被下调。在使用Onto-Express列出的差异表达的转录物列表中,这些通路还被鉴定为最过表达。GPCR信号传导通路(校正的p=0.003)和对刺激的应答(校正的p=0.033)被显著上调,同时免疫应答显示出被显著上调的趋势(校正的p=0.062)。在所有三个类中鉴定出的基因数量与使用GoSurfer在每个类中列出的上调基因的数量相符。然而,两个程序都没有给出用每个GO项注解的基因总数,这会影响显著性的计算。据报道,胞内运输下调(校正的p=0.012);Onto-Express注解了该类中的11个基因,而GoSurfer注解了15个。类似地,泛素循环显示了下调的趋势(校正的p=0.066),但是仅包括该类中的7个基因,而GoSurfer注解了11个。GoSurfer基因本体注解已经被其他的资源所确认32。因此,Onto-Express报告的胞内运输和泛素循环通路的校正p-值可能被低估。因此,我们确信本文记录的通路在BD中被显著改变。
在GPCR信号传递通路中,BD中21个转录物被上调;其中的15个编码受体,所述受体包括多巴胺受体D2和5-羟色胺受体7(表2)。在双相型组中阿片受体mu 1(OPRM1)和类阿片受体1(opiatereceptor-like 1,OPRL1)的转录物增加。两个基因都涉及调节痛觉传导,并且在某些神经元群中共表达33。记录的其他上调的转录物包括促生长素抑制素受体(SSTR5)、精氨酸加压素受体(AVPR2)、催产素受体(OXTR)和舒血管肠肽受体(VIPR2)。
在双相型障碍患者体内,免疫应答中所涉及的20个转录物上调(表2)。它们包括白细胞介素家族的6个基因和受体,以及SOCS5(一种与炎症过程相关并涉及抑制细胞因子信号传递的调节蛋白)。天青杀素1(azurocidin 1,AZU1)是中性粒细胞产生的溶酶体颗粒蛋白,它的上调可以表明循环系统中性粒细胞数量的增加。与免疫应答相关的其他上调的转录物包括几种补体级联组份(ORM2、PFC和C8A)和TNFRSF17,TNFRSF17是一种与B细胞存活和自身免疫相关的肿瘤坏死因子受体家族成员。
在患有双相型障碍受试者的脑中,15个胞内运输所涉及的基因的转录物降低(表2)。它们中的7个涉及更具体的核质运输过程。蛋白入核转运(对正确的细胞靶向至关重要)由运输分子中的核转运蛋白(karyopherin)(内输蛋白(importin))家族介导34。核转运蛋白(内输蛋白)β1(KPNβ1)和内输蛋白7(IPO7)在转录水平是下调的。两个独立的探针组检测到IPO7被高度显著地下调(p=0.00036和p=0.018),并且该基因位于11p15,许多连锁和基因关联研究表明该区域与BD有关35(OMIM 125480)。此外,在BD组中RAN结合蛋白2(RANBP2)的转录物显示出1.58倍的降低,它编码一种供装配和解离内输/外排复合体的支架蛋白。
在双相型障碍中涉及泛素循环的13个转录物下调(表2)。它们中的3个代表泛素缀合酶(ubiquitin-conjugating enzyme)家族(E2)的基因:泛素缀合酶E2G 1(UBE2G1)、亨廷顿蛋白相互作用蛋白2(huntingtin interacting protein 2,HIP2)和假定蛋白(FLJ11011)。HIP2可以在亨廷顿氏病(Huntington)36和阿尔茨海默氏病37中都起作用。在BD中减少的6种转录物具有泛素蛋白连接酶活性(WWP1、TRIM23、PJA2、PCGF4、HIP2和VPS41);连接酶(E3)是泛素化中关键的调节决定因子38。在BD中下调的另一个基因是泛素特异性蛋白酶14(USP14),它编码一种去泛素化酶并且位于染色体的18p11,该位点是公认的BD和精神分裂症两者的敏感位点39。虽然RAD23同源物B(酿酒酵母(S.cerevisiae))没有被注解为GO项“泛素循环”,但是它含有一个N-端的泛素样结构域(UbI),所述结构域可与26S蛋白酶体相互作用40。RAD23B的转录物在BD中被下调1.4倍,并且认为其蛋白产物将泛素化的底物穿梭运输到蛋白酶体中41。
其他失调的目的转录物包括突触结合蛋白I(SYT1),它是一种突触囊泡蛋白。在双相型障碍中SYT1的表达降低2.44倍,这是所有鉴定的差异表达的转录物中倍数变化最大的。
在双相型患者体内类脯氨酰内肽酶(prolyl endopeptidase-like,PREPL)降低1.7倍,并且在该疾病组中脯氨酰内肽酶(PREP)转录物本身显示出表达降低但是没有达到显著的程度。PREP被认为参与其神经肽底物的成熟和降解,所述底物包括P物质、催产素、加压素和血管紧张素42。
QPCR验证
使用QPCR,8个被检查的基因中有5个基因的显著下调在OFC中被确认。这些基因是:PJA2、USP14、CREB1、PREPL和SYT1。而且,使用微阵列和QPCR研究的数据得到的变化倍数都是相当的(表2)。HTR7的上调无法通过QPCR验证;这很可能是因为该转录物在疾病样品和对照样品两者中的表达量都很低。
QPCR显示,在背外侧前额皮质DLPFC的样品中两个泛素相关基因显著降低。
总之,许多细胞表面受体的表达增加可能影响对胞外刺激物(包括神经递质)的应答。下游效应可包括第二信使信号级联传导的紊乱,最后导致转录模式的改变。这是BD中信号转导异常的有力证据,特别是可能与在转录水平观察到的受体上调相对应的增强应答。
在双相型障碍中类脯氨酰内肽酶(PREPL)的表达也显示出很大程度的降低,在OFC中用微阵列测得为-1.7倍的降低,用QPCR测得为-1.83倍的降低。人脑中脯氨酰内肽酶(PREP)的活性在额皮质、顶叶皮层和枕叶皮质中最高43,并且该酶的血浆浓度在狂躁症中增加且在抑郁症中降低44。PREP在神经肽信号传导分子的成熟/降解中的作用可能很重要,特别是在情感障碍中一些神经肽(P物质、促生长素抑制素和加压素)的水平也被报告为有改变的时候45,46。值得注意的是,三种主要的情绪稳定药物(锂盐、丙戊酸钠和卡马西平)对神经元的通常作用可通过抑制PREP的活性来消除47。
参考文献
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表1.患者的人口统计总结
*平均±SD
t-检验用于数值型变量(metric variable);Fisher精确检验应用于名义变量(nominal variable)
表3.比较双相型障碍的OFC和DLPFC中基因表达的微阵列结果和QPCR结果
1倍数变化是通过比较双相型组与对照组中的平均表达值计算的。负值表示双相型障碍中表达降低。
2使用双-侧Student t检验计算微阵列数据的P值。
使用单侧t检验进行OFC中的QPCR验证,这是因为变化方向是可以预期的。P<0.05时用粗体标出。
缩写:QPCR,定量实时聚合酶链式反应;OFC,眶额皮质。
通过基因表达谱鉴定的基因表达变化的总结:
G-蛋白偶联受体信号传导通路
增加
AVPR2,AZU1,CELSR1,DRD2,FZD2,GCG,GPR132,GPR4,HTR7,IL8RB,MS4A2,OPN1MW///OPN1LW,OPRL1,OPRM1,OR3A2,OXTR,PARD3,RGS16,SSTR5,SSX2,VIPR2,
降低
FZD3.
免疫应答
增加
AZU1,C8A,CD7,CD72,CRIP1*,GBX2,HLA-E,IL1R2,IL2RA,IL4,IL4R,IL5,IL8RB,KIR2DS1,KNG1,MS4A2,ORM1///ORM2,PFC,PRLR,TNFRSF17,
降低
SOCS5,WWP1
泛素循环
降低
APG12L,FLJ11011,HIP2,PCGF4,PJA2,SENP6,TRIM23,UBE2G1,USP14,VPS41,WWP1,
增加
FBXL8,FLJ20315
胞内运输
降低
BCAP29,C14orf108,COPA,FUSIP1,G3BP2,GRP58,HSPCA,IPO7,KIAA1012,KPNB1,RAB2,RANBP2,RBM8A,STAM,VPS41,
增加
STX11,TIMM17A
其他
降低SYT1,CREB1,PREPL,SLC29A1,增加MYT1