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本发明公开了一种章鱼下脚料中提取分离天然牛磺酸的方法。其步骤为将原料洗净后制成牛磺酸提取液,然后用等电点沉淀法分离出溶液中的水溶性蛋白质,得到含有牛磺酸和其他氨基酸及少量无机盐的分离液,并利用阴阳离子交换树脂的不同特性,联合使用阴阳离子交换树脂分离牛磺酸和其他氨基酸及无机盐,分离后的氨基酸溶液收集后可进行其他利用,阳离子吸附的牛磺酸用热的去离子水洗脱,收集得到的洗脱液经浓缩后加入乙醇在低温下结晶可。