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本发明提供了一种酸性含砷废水的处理方法,包括以下步骤:(1)向含砷废水中加入铁氧化细菌生长必需元素,配成培养基,然后加入亚铁盐,完全溶解后,加入晶种,并接种铁氧化细菌,调节pH至1.2-3.0;(2)将步骤(1)所得混合液移入反应器,在55以下的温度下常压反应5-10天,使废水中的砷以臭葱石状态沉淀,完成酸性含砷废水的处理。本发明方法可用于处理砷浓度为0.1-5g/L的含砷废水,并且在较短的处理时。