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本发明涉及一种利用仿射变换单应矩阵实现的投影光刻对位系统及其对准方法。本发明的硬件系统部分包括紫外准分子激光器(1)、照明系统(2)、平移台(3)、掩模板(4)、投影物镜组(5)、硅板(6)、对焦与扫描曝光装置(7)、旋转平移三自由度微调对位装置(8)、拍摄掩模图的第一图像传感器(9)、拍摄硅板图的第二图像传感器(10)。本发明的对准算法部分,采用了数字图像处理中的机器视觉技术,利用理论上首次提出。