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本发明公开了一种以万古霉素为活性成分的结肠靶向微丸及其制备方法。该靶向微丸制剂由空白丸芯、涂药层和结肠肠溶性包衣层组成,其中空白丸芯为市售品,涂药层由万古霉素、抗粘剂和丙烯酸甲酯共聚物组成,结肠肠溶性包衣层由抗粘剂、增塑剂和丙烯酸甲酯组成,采用流化床微丸包衣方法制得万古霉素结肠靶向微丸。该结肠靶向微丸制剂用于治疗由于长期服用广谱抗生素所致难辨梭状杆菌引起的伪膜性结肠炎,通过靶向定位释药不仅可以提高。