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本发明提供具有抑制发酵乳后发酵的生物活性肽及其制备方法,包括如下步骤:对乳蛋白进行麦芽糊精接枝改性,使乳蛋白的接枝度达到410;在4560的条件下加入蛋白酶进行酶解,当所述蛋白酶是中性蛋白酶或碱性蛋白酶时,酶解时pH为5.08.0,当所述蛋白酶为酸性蛋白酶,酶解时pH为2.04.0;当水解度达到510时,8595加热1530min灭酶终止酶解反应以控制生物活性肽的分子量;将灭酶活的酶解液通过大孔树。