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本发明涉及一种含壳低聚糖的果醋饮品及其制备方法。果醋饮品是由壳低聚糖果醋原浆和蜂蜜、乳糖醇、果汁调配而成,所述的壳低聚糖果醋原浆是果汁经酵母菌和乙酸菌两步发酵制备果醋的过程中,在乙酸菌发酵2-3天时添加分子量8000-10000道尔顿的壳聚糖0.1-1,继续发酵,所得发酵液逐级过滤除菌而得。本发明还提供含壳低聚糖的果醋饮品的发酵工艺。本发明利用乙酸菌发酵中乙醇转化成的乙酸,对壳聚糖进行降解形成壳低。