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本发明公开了一种利用双极膜电渗析技术制备甲基磺酸的方法,该方法包括以下步骤:首先以甲基磺酸钠盐水溶液为原料,微孔过滤器处理;然后,将其通入料液室进行双极膜电渗析处理;当料液电导率降至2000s/cm以下时,停止运行,酸室获得甲基磺酸溶液,碱室中的碱溶液回收利用。其中双极膜电渗析过程中,分别设计采用双极膜电渗析二隔室、三隔室和四隔室结构膜堆处理,均有效地提高了甲基磺酸收率。本发明设计的双极膜四隔室结。