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本发明涉及一种深沟槽隔离结构及其制备方法,所述方法包括:提供半导体衬底,所述半导体衬底中形成有浅沟槽隔离结构;图案化所述浅沟槽隔离结构和所述半导体衬底,以在所述浅沟槽隔离结构和所述半导体衬底中形成深沟槽;在所述深沟槽的侧壁上形成氧化物保护层;选用半导体材料填充所述深沟槽,以形成深沟槽隔离结构。通过本发明所述方法制备得到的深沟槽隔离被所述浅沟槽隔离结构包围,增强了所述深沟槽隔离结构的隔离效果,工艺上。