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本发明公开了一种利用番木瓜茎、根、叶制备蛋白消化酶的方法,将茎、根和叶子绞碎成浆液后,在其浆液中加入保护剂,然后将浆液离心取上清液放置于鼓风干燥箱中;在50到65的温度下烘干,烘干粉碎,粉碎后加入适量的木瓜乳汁再搅混,呈水酶混合状;将中空纤维超滤膜洗净,然后取一定量絮凝处理后的清液,控制一定压力和流量,进行超滤;在其混合液中加入某种化合物,该化合物与木瓜蛋白酶生成难溶性的复合物,从而使酶从溶液中沉。