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本发明涉及一种利用甲烷氧化细菌生产甲烷氧化菌素的制备方法。其特点是:是在严格限铜的培养基中对甲烷氧化细菌进行分段发酵培养,从发酵液中通过离心、Dianion HP-20大孔树脂吸附和冷冻干燥获得甲烷氧化菌素。在用本发明的方法对甲烷氧化细菌进行分段培养时,甲烷氧化细菌先在较高铜含量的培养条件下快速生长,待达到一定细胞密度后,在低铜培养条件下大量释放甲烷氧化菌素,释放的甲烷氧化菌素不能与铜结合,无法被。