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本发明建立了一种通过生物酶对肝素进行选择性结构修饰,提高其抗凝血活性,减少其结合血小板因子等血液蛋白,降低其毒副作用的方法。本发明属于生物医药领域。该方法制备的肝素衍生物,抗栓、抗凝活性都比普通肝素药物高2-3倍,2-O-硫酸基和6-O-硫酸基含量约为普通肝素的20,与血小板因子的结合能力约为普通肝素的20。这种新型肝素衍生物抗凝血活性高,副作用低。。