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本发明属于医药生物技术领域,具体涉及抗变异链球菌多肽及其应用与制备方法,其特征在于:应用基因克隆技术,构建麦芽糖结合蛋白(MBP)、大肠杆菌素Ia通道结构域(Colicin Ia channel domain)与变异链球菌感受刺激多肽CSP融合基因,并在大肠杆菌中获得高效表达。本发明还公开了编码重组多肽的核苷酸序列,以及所述核苷酸序列的重组质粒。本发明的抗菌多肽是针对致龋的变异链球菌直接在靶细胞的。