一段白色念珠菌DNA序列(5)特异性的确定及其应用 技术领域：
本发明涉及一段白色念珠菌(Candida albicans)DNA序列(5)的特异性确定及其应用，属于生物医学技术领域。背景技术：
白色念珠菌是一种妇女阴道经常感染的病原物，准确的诊断是进行即时而可靠的治疗的依据，目前只能根据临床指征进行诊断。PCR和基因芯片诊断是一种快速而准确的检测方法。而这一类的诊断方法依赖于获得特异的核酸序列。发明内容：
本发明在于通过生物信息学和分子生物学技术，确定了一段白色念珠菌特异核苷酸序列及其PCR引物。该序列和相应的PCR引物可用于建立基因芯片和PCR方法进行白色念珠菌的诊断。
本发明的技术方案为：本发明利用现有的方法确定了长度为192bp的一段白色念珠菌(Candida albicans)特异DNA序列(5)及其PCR引物，用引物进行PCR扩增，其序列如下：
aatcaaacac cgttcgtcct aaacatcaaa cacgcggaaa tagggaataa aaagaattga 60
gcatttttta tggtatttag agaccacaca aaattaactg aatgacctca ttacgattgt 120
accataaaga aaagccatat tcaaaggttt cttttgaagg agtttgaaga tgcaatatgg 180
aatatgacgg ga 192
引物序列为：
1.5’-tcccgtcatattccatattgc-3’
2.5’-aatcaaacaccgttcgtcct-3’
上述的白色念珠菌特异DNA序列(5)用于诊断白色念珠菌的基因芯片地探针序列，并通过上述的引物序列进行PCR扩增，标记后进行杂交检测或直接用于PCR诊断。
用本发明建立的临床检测技术所使用的方法具有快速、准确、操作简便、成本低等优点。附图说明：
图1为临床标本的PCR扩增图谱。
图2、图2续是测序图。其中图2是测定的序列、图2续是原始测序图谱。
图3是用Blast软件对PCR扩增产物的测序结果与预计序列的比较分析。
图4、图4续(1)、图4续(2)是基因数据库中Blast搜索结果。
图5.基因芯片杂交结果。具体实施方式：
首先以白色念珠菌(Candida albicans)为关键词，在基因数据库中搜索白色念珠菌的核苷酸序列。共获得数条关系较密切的核苷酸序列，将这些核苷酸序列用NCBI网上的Blast在线使用软件比对基因数据库中的核苷酸序列(nr)，排出非特异性的核苷酸序列，获得了1Kb特异性的核苷酸序列。以这段序列设计了20余对PCR引物，以临床标本提取DNA，进行PCR扩增，筛选到一对适合进行PCR扩增的序列及引物，PCR扩增获得的产物与预计大小一致(见图1，图中序号为：1.标准分子量DNA，分子量大小从上至下为：622，527，404，309，242/238，217，201，190，180，160+160，147+147，123；2.4.5临床阴性标本，没有扩增产物；3.临床阳性标本，扩增产物很纯，大小190左右，与预计大小一致。图谱结果显示用本发明中的引物能特异的扩增临床样品)，然后用T-vector进行克隆，并测序(测序报告见图2，图中从56位开始，到247位，共192bp为克隆序列，其余序列为克隆载体序列)，序列为192bp，通过Blast软件比对预计序列，显示与预计的序列一致(见图3，图中除第46位由a改变成g外，其余均与预计序列一致)，表明该序列可以被特异性的扩增，可用于白色念珠菌PCR检测。序列用NCBI网站的Blast搜索基因数据库的DNA(包含cDNA)序列，该序列只与白色念珠菌的序列一致，而与其它的物种序列没有同源性(见图4、图4续(1)、图4续(2)，图中搜寻结果表明，只有Candida albicans(白色念珠菌)的质粒DNA序列与本序列同源，并且是完全配对，有一段约70bp的序列同源，也是白色念珠菌的序列。而其它的序列只有40字符左右的短序列，由于这些序列没有引物与此配对，故在检测中不会被检测到)。用这一序列标记后作为探针与含有9种泌尿生殖道感染病原物的45个基因位点的基因芯片杂交，只有本发明序列与此有杂交信号，而其它所有序列与此无杂交信号(见图5，图中是四个重复，每个重复含9种泌尿生殖道感染性疾病病原物共45个不同的位点和4个对照位点。杂交结果表明只有本序列有特异信号，而其它均无杂交信号)，表明该序列为白色念珠菌的特异序列。
本发明可用于PCR方法或基因芯片方法进行白色念珠菌的临床检测。用本发明提供的序列进行PCR扩增，根据PCR方法获得产物是否出现和大小判断是否为白色念珠菌感染。也可用本序列为探针，作为基因芯片中的一个检测位点，然后用本发明中的PCR引物序列扩增临床标本，并标记后进行杂交检测。<110>昆明寰基生物芯片开发有限公司<120>一段白色念珠菌DNA序列(5)特异性的确定及其应用<140><141><160>1<210>1<211>192<212>DNA<213>白色念珠菌(Candida albicans)<220><221>gene<222>(1)…(192)<400>1
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