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本发明公开了一种除去经反相色谱纯化的蛋白质样品中有机溶剂的方法,其目的是提供一种可有效除去经反相色谱纯化的蛋白质样品中有机溶剂的方法。本发明所提供的除去经反相色谱纯化的蛋白质样品中有机溶剂的方法,是将经反相色谱纯化的蛋白质样品进行离子交换色谱分离,所述离子交换色谱分离中采用的流动相是可保持蛋白质活性的缓冲液,调节所述缓冲液的pH值或盐浓度,得到去除有机溶剂的蛋白质。本发明采用离子交换方法去除反相纯。