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本发明提供了层次结构集成方法和系统。所述方法包括:输入第一层次结构和第二层次结构;合并第一层次结构和第二层次结构的根节点以得到合并层次结构;对合并层次结构按层分块,其中每个块包含一层或多层节点;以及分多个阶段按块集成所述合并层次结构上的异源节点对,以实现所述第一和第二层次结构的集成,其中在每个阶段中,选择合并层次结构上距离相等的异源节点对作为待比较节点对并对所选择的待比较节点对进行比较和集成,并且。