一组用于金黄色葡萄球菌多重耐药基因检测的液态芯片引物和探针.pdf

1、(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请号 201610766054.8 (22)申请日 2016.08.30 (71)申请人 孙青菊 地址 266000 山东省青岛市闽江路22号 申请人 黄宁 (72)发明人 孙青菊黄宁梁冰 (74)专利代理机构 北京中济纬天专利代理有限 公司 11429 代理人 李晶晶 (51)Int.Cl. C12Q 1/68(2006.01) C12Q 1/14(2006.01) C12N 15/11(2006.01) C12R 1/445(2006.01) (54)发明名称 一组用于金黄色葡萄球

2、菌多重耐药基因检 测的液态芯片引物和探针 (57)摘要 本发明公开了一组用于金黄色葡萄球菌多 重耐药基因检测的液态芯片引物和探针， 所述5 个耐药基因的引物序列为： 包括MecA、 qacA、 aac （6 ） -aph （2 ） 、 ermA、 TetM。 本发明提供的是 引物和探针的组合之间无交叉反应， 所述的引物 和探针组合用于液态芯片， 可以同时检测金黄色 葡萄球菌多重耐药基因。 权利要求书1页 说明书5页 序列表3页 CN 106119403 A 2016.11.16 CN 106119403 A 1.一组用于金黄色葡萄球菌多重耐药基因检测的液态芯片引物， 其特征在于， 所述金 黄色

3、葡萄球菌多重耐药基因包括MecA、 qacA、 aac(6 )-aph(2 )、 ermA、 TetM共5个耐药基因， 所述5个耐药基因的引物序列为： 2.一组用于金黄色葡萄球菌多重耐药基因检测的液态芯片探针， 其特征在于， 所述金 黄色葡萄球菌多重耐药基因包括MecA、 qacA、 aac(6 )-aph(2 )、 ermA、 TetM共5个耐药基因， 所述5个耐药基因的探针序列为： 权利要求书 1/1 页 2 CN 106119403 A 2 一组用于金黄色葡萄球菌多重耐药基因检测的液态芯片引物 和探针 技术领域 0001 本发明涉及一组用于金黄色葡萄球菌多重耐药基因检测的液态芯片引物及其

4、探 针， 属于生物检测技术领域。 背景技术 0002 2010年， 随着 “超级细菌” 这一名词频繁地见诸报端， 细菌多重耐药、 抗生素的合理 使用重返人们视线。 超级细菌其实并非新事物， 它不是一个细菌的名称， 而是一类细菌的名 称， 这一类细菌的共性是对几乎所有的抗生素都有强劲的耐药性， 它们一直存在并且随着 人 类 滥 用 抗 生 素 而 进 化 出 强 大 耐 药 性 。 细 菌 耐 药 性 ， 尤 其 是 多 重 耐 药 性 (multidrugresistance,MDR)已经成为非常严重的医疗问题及社会问题。 0003 细菌耐药机理十分复杂， 在抗生素的压力选择下， 临床细菌耐药

5、状况的日益恶化。 细菌耐药性的检测与监测对于正确的目标性抗感染治疗以及监测细菌耐药性变迁和耐药 菌感染的流行病学调查， 制定防控细菌耐药性增加的措施至关重要。 然而， 目前临床实验室 多采用耐药表型的检测方法， 其检测周期长时效性差、 检测通量低、 影响因素多是最主要的 问题， 不能满足目前临床抗感染治疗和医院感染控制的要求。 0004 液态芯片(又称流式荧光技术、 液相芯片、 悬浮阵列等)是在后基因组时代发展起 来的新一代标准化开放式高通量技术平台， 它有机地整合了编码微球、 激光技术、 应用流体 学、 最新的高速数字信号处理器和计算机运算法则， 具有高通量、 高速度、 低成本、 灵敏度 高

6、、 重复性好、 线性范围广等优点， 可广泛应用于免疫分析、 核酸研究、 酶学分析、 受体和配 体识别分析等研究， 也是是目前唯一得到权威机构和医学界共同认可用于临床诊断的生物 芯片平台。 发明内容 0005 本发明所要解决的技术问题是： 利用液态芯片技术， 提供一组使金黄色葡萄球菌 的5种耐药基因的PCR产物能在一个杂交条件下完成特异性杂交的引物组和探针。 0006 本发明所述金黄色葡萄球菌5个多重耐药基因包括MecA、 qacA、 aac(6 )-aph(2 )、 ermA、 TetM。 0007 为解决上述技术问题， 本发明采用的技术方案是： 0008 本发明提供的一组用于金黄色葡萄球菌多

7、重耐药基因检测的液态芯片引物， 所述 5个耐药基因的引物序列为： 说明书 1/5 页 3 CN 106119403 A 3 0009 0010 一组用于金黄色葡萄球菌多重耐药基因检测的液态芯片探针， 所述5个耐药基因 的探针序列为： 0011 0012 本发明的有益效果： 0013 本发明提供的是一个引物和探针的组合， 这5组引物和探针之间无交叉反应， 形成 一个多重引物组合， 不能将其单独分开。 所述的引物和探针组合用于液态芯片， 可以同时检 测金黄色葡萄球菌多重耐药基因。 具体实施方式 0014 实施例1 0015 一组用于金黄色葡萄球菌多重耐药基因检测的液态芯片引物， 所述5个耐药基因

8、的引物序列为： 0016 说明书 2/5 页 4 CN 106119403 A 4 0017 0018 一组用于金黄色葡萄球菌多重耐药基因检测的液态芯片探针， 所述5个耐药基因 的探针序列为： 0019 0020 实施例2特异性验证： 0021 1.分别取MecA、 qacA、 aac(6 )-aph(2 )、 ermA、 TetM耐药的金黄色葡萄球菌培养 液， 提取DNA。 利用上述的引物配制多重PCR反应体系(40ul)： 0022 0023 2.配制的反应体系按下述程序扩增： 0024 a)第一阶段： 95， 10min， 1个循环。 0025 b)第二阶段： 95， 30sec； 56

9、， 30sec； 72， 30sec； 40个循环。 0026 c)第三阶段： 72， 10分钟,1个循环。 0027 3.扩增后的PCR产物利用Luminex流式分析仪进行分析， 步骤如下： 说明书 3/5 页 5 CN 106119403 A 5 0028 a.根据PCR反应的管数， 用剪刀剪取相应大小的微孔杂交板。 打开Luminex仪器预 热， 并将仪器上微孔板适配铜板的温度设定在48。 0029 b.将微球杂交液试剂瓶置于涡旋仪上振荡30秒， 使微球充分混悬在溶液中。 并在 每一个杂交孔中加入22 l； 0030 c.每个样本吸取PCR扩增产物3 l， 并依次加入到相应的上述杂交孔中

10、， 并抽吸几 次加以混匀； 0031 d.剪取相应大小的封板纸， 将微孔杂交板覆盖封口。 请用指压封口数次， 确保封 严， 以防在高温变性和杂交时溶液蒸发； 0032 e.将杂交板置于金属恒温浴(可以用PCR仪代替)， 把仪器的盖子压紧已封口的杂 交板， 以防封板膜在加热后张开， 导致液体蒸发。 变性和杂交过程运行如下程序： 0033 955分钟变性 0034 4830分钟杂交 0035 f.小心将封板纸撕下， 每孔加入荧光素SA-PE75 l， 并抽吸几次加以混匀。 加完后 将封板纸重新粘好， 继续在48下孵育15分钟； 0036 g.将微孔杂交板快速转移至预热好的Luminex流式分析仪上

11、进行阅读， 得到检测 结果。 0037 4.MecA、 qacA、 aac(6 )-aph(2 )、 ermA、 TetM耐药金黄色葡萄球菌杂交检测结果如 下表， 结果表明设计的引物和检测探针具有良好的特异性。 0038 0039 实施例3灵敏度验证 0040 分别取MecA、 qacA、 aac(6 )-aph(2 )、 ermA、 TetM耐药的金黄色葡萄球菌培养液， 菌落计数后， 统一稀释到1000/ml,然后梯度稀释并提取DNA， 按实施例2中的步骤进行检测 分析， 结果如下表， 表明设计的引物和检测探针均能检出125/ml的菌。 0041 说明书 4/5 页 6 CN 1061194

12、03 A 6 0042 说明书 5/5 页 7 CN 106119403 A 7 SEQUENCELISTING 孙青菊， 黄宁 一组用于金黄色葡萄球菌多重耐药基因检测的液态芯片引物和探针 15 PatentInversion3.3 1 25 DNA 人工序列 1 GGTTCAACTCAAAAAATATTAACAG25 2 24 DNA 人工序列 2 CCACTTCATATCTTGTAACGTTGT24 3 21 DNA 人工序列 3 AAAAAGATAAATCTTGGGGTG21 4 23 DNA 人工序列 4 GGTACAATTGCTGCATTTATGAC23 5 22 DNA 人工序列

13、5 AGGAGAAAGTTCTTCCACAACC22 6 23 DNA 序列表 1/3 页 8 CN 106119403 A 8 人工序列 6 TTATTAGCTTCACAATGGTTACA23 7 23 DNA 人工序列 7 AAAAGAAAGAAATGCTAATGCAG23 8 21 DNA 人工序列 8 GGTATGCCCTTATTGCTCTTG21 9 23 DNA 人工序列 9 TAGACCCTCATAAAAATAATCCA23 10 24 DNA 人工序列 10 CTCATTTTGACTAGCTCTTTGGTA24 11 25 DNA 人工序列 11 TGAATCACACGAATATCAGTAAACA25 12 21 DNA 人工序列 12 TGATCCGATTTCTATTACGTT21 序列表 2/3 页 9 CN 106119403 A 9 13 21 DNA 人工序列 13 TGGGAAAATACGAAGGTGAAC21 14 24 DNA 人工序列 14 CCATCTAAAACTGATAATGAACGA24 15 20 DNA 人工序列 15 CATAGACACGCCAGGACATA20 序列表 3/3 页 10 CN 106119403 A 10