检测IDH1、IDH2基因多态突变位点的引物、方法和试剂盒.pdf

1、(10)申请公布号 CN 103451314 A (43)申请公布日 2013.12.18 CN 103451314 A *CN103451314A* (21)申请号 201310459219.3 (22)申请日 2013.09.30 C12Q 1/68(2006.01) C12N 15/11(2006.01) (71)申请人 南京艾迪康医学检验所有限公司 地址 211100 江苏省南京市江宁区天印大道 671 号卫生应急指挥中心 3-4 楼 (72)发明人 周晓犊 王淑一 (74)专利代理机构 杭州裕阳专利事务所 ( 普通 合伙 ) 33221 代理人 应圣义 (54) 发明名称 检测 ID

2、H1、 IDH2 基因多态突变位点的引物、 方法和试剂盒 (57) 摘要 本发明公开了检测 IDH1、 IDH2 基因多态突变 热点的引物、 方法和试剂盒， 其中所用引物包括 ： ( ) 扩增 IDH1 基因包含第 132 位氨基酸序列的 引物 ； ()扩增IDH2基因包含第140、 172位氨基 酸序列的引物 ； 采用普通 PCR 技术， 可用于快速检 测急性粒细胞白血病 （AML） 患者体内 IDH1、 IDH2 基因多态热点的突变情况。本发明有效地提高自 动化程度， 省去了以往对于IDH1和IDH2进行全外 显子测序的繁琐流程和大量检测费用， 有助于快 速、 准确地诊断患者预后， 且费用

3、低。 (51)Int.Cl. 权利要求书 2 页 说明书 10 页 序列表 1 页 附图 3 页 (19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 权利要求书2页 说明书10页 序列表1页 附图3页 (10)申请公布号 CN 103451314 A CN 103451314 A *CN103451314A* 1/2 页 2 1. 检测 IDH1、 IDH2 基因多态热点突变情况的引物， 其特征在于， 包括 ： ( ) 扩增 IDH1 基因的引物， 其碱基序列为 ： IDH1-132-F ： GATGAGAAGAGGGTTGAGGA IDH1-132-R ： GTTGGAAATTTCT

4、GGGCCAT ( ) 扩增 IDH2 基因的引物， 其碱基序列为 ： IDH2-140/172-F ： CTGTGTTGTTGCTTGGGGTT IDH2-140/172-R ： CAAGAGGATGGCTAGGCGAG。 2. 如权利要求 1 所述的引物， 其特征在于， 还包括测序引物， 其碱基序列为 ： ( ) 检测 IDH1 基因的测序引物碱基序列为 ： IDH1-132-F ： GATGAGAAGAGGGTTGAGGA IDH1-132-R ： GTTGGAAATTTCTGGGCCAT ( ) 检测 IDH2 基因的测序序列的引物碱基序列为 ： IDH2-140/172-F ： CT

5、GTGTTGTTGCTTGGGGTT IDH2-140/172-R ： CAAGAGGATGGCTAGGCGAG。 3.如权利要求1所述的引物， 其特征在于， 引物序列IDH1-132-F和IDH1-132-R是扩增 IDH1 基因包含第 132 位氨基酸序列的引物。 4. 如 权 利 要 求 1 所 述 的 引 物，其 特 征 在 于，引 物 序 列 IDH2-140/172-F 和 IDH2-140/172-R 是扩增扩增 IDH2 基因包含第 140、 第 172 位氨基酸序列的引物。 5. 检测 IDH1、 IDH2 基因多态热点突变情况的方法， 包括以下步骤 ： 抽提血液中的组织 D

6、NA ； 用 PCR 扩增步骤 1 中提取的 DNA ； 对步骤 2 中的扩增产物进行测序 ； 对测序结果进行判断， 确定 IDH1、 IDH2 基因是否发生突变 ； 其中 PCR 扩增引物为 ： ( ) 扩增 IDH1 基因的引物， 其碱基序列为 ： IDH1-132-F ： GATGAGAAGAGGGTTGAGGA IDH1-132-R ： GTTGGAAATTTCTGGGCCAT ( ) 扩增 IDH2 基因的引物， 其碱基序列为 ： IDH2-140/172-F ： CTGTGTTGTTGCTTGGGGTT IDH2-140/172-R ： CAAGAGGATGGCTAGGCGAG。

7、6. 如权利要求 5 所述的方法， 其特征在于， 测序引物碱基序列为 ： ( ) 检测 IDH1 基因的测序引物碱基序列为 ： IDH1-132-F ： GATGAGAAGAGGGTTGAGGA IDH1-132-R ： GTTGGAAATTTCTGGGCCAT ( ) 检测 IDH2 基因的测序序列的引物碱基序列为 ： IDH2-140/172-F ： CTGTGTTGTTGCTTGGGGTT IDH2-140/172-R ： CAAGAGGATGGCTAGGCGAG。 7. 一种检测 IDH1、 IDH2 基因多态突变位点的试剂盒， 包括 (i) 组织 DNA 抽提试剂 ； 权 利 要 求

8、 书 CN 103451314 A 2 2/2 页 3 (ii) 检测体系 PCR 扩增反应液 ； (iii) 测序体系试剂 ； (iv) 阳性对照品和阴性对照品 ； 其中 PCR 扩增反应液引物为 ： ( ) 扩增 IDH1 基因的引物， 其碱基序列为 ： IDH1-132-F ： GATGAGAAGAGGGTTGAGGA IDH1-132-R ： GTTGGAAATTTCTGGGCCAT ( ) 扩增 IDH2 基因的引物， 其碱基序列为 ： IDH2-140/172-F ： CTGTGTTGTTGCTTGGGGTT IDH2-140/172-R ： CAAGAGGATGGCTAGGCGA

9、G。 8. 如权利要求 7 所述的试剂盒， 其特征在于， 测序引物碱基序列为 ： ( ) 检测 IDH1 基因的测序引物碱基序列为 ： IDH1-132-F ： GATGAGAAGAGGGTTGAGGA IDH1-132-R ： GTTGGAAATTTCTGGGCCAT ( ) 检测 IDH2 基因的测序序列的引物碱基序列为 ： IDH2-140/172-F ： CTGTGTTGTTGCTTGGGGTT IDH2-140/172-R ： CAAGAGGATGGCTAGGCGAG。 9. 如权利要求 7 所述的试剂盒， 其特征在于， 阳性对照品 ： 分别为含有 IDH1 第 132 位 氨基酸序

10、列和 IDH2 第 140 位、 172 位氨基酸序列的溶液 ； 阴性对照品 ： 无 IDH1 第 132 位氨 基酸序列和 IDH2 第 140 位、 172 位氨基酸序列的溶液。 权 利 要 求 书 CN 103451314 A 3 1/10 页 4 检测 IDH1、 IDH2 基因多态突变位点的引物、 方法和试剂盒 0001 技术领域 0002 本发明属生命科学和生物技术领域， 特别涉及检测 IDH1、 IDH2 基因多态突变热点 的引物， 采用普通 PCR 技术， 可用于快速检测急性粒细胞白血病 （AML） 患者体内 IDH1、 IDH2 基因多态位点的突变情况。 0003 背景技术

11、0004 造血组细胞的获得性遗传和表观遗传学的改变是急性髓系白血病 （AML） 的发病因 素之一， 这些变化改变了造血组细胞的生长、 增殖和分化的正常机制。AML 发病时骨髓原始 细胞隐藏着一种或以上的染色体变异， 这些变异不仅是 AML 的诊断标志， 更是评价完全缓 解率 (CR)， 复发风险 （RR） ) 及总生存 (OS) 的指标。然而， 国外资料表明， AML 的染色体核型 异常检出率为60-80%。 因此， 仍有一大部分AML患者没有发现染色体变异， 这组患者所患的 疾病为核型正常的 AML (CN-AML)， 是 AML 中占比例最多的亚型， 按细胞遗传学分析， 它们归 为预后中等

12、组。 0005 异柠檬酸脱氢酶 (IDH) 家族包括以 NAD 或 NADP 为辅助因子， 催化异柠檬酸的氧化 脱酸反应生成 - 酮戊二酸的酶类， 同时分别生成 NADH 或 NADPH。在哺乳动物细胞中， IDH 同工酶有以下三种形式 ： 依赖 NAD 的线粒体 IDH， 依赖 NADP 的线粒体 IDH， 依赖 NADP 的胞质 IDH。编码依赖 NADP 的人 IDH 1 酶的 IDH 1 基因位于染色体 2q33.3， 并且定位于细胞质和 过氧化物酶体中 ； 编码依赖 NADP 的线粒体 IDH2 酶的 IDH2 基因位于染色体 15q26.1。尽管 IDH1 和 IDH2 都参与了细

13、胞内氧化损伤的防御机制， 但 IDH1 在脂质的代谢机制中起了重要 作用。 0006 近年来， 更多的研究发现， IDH1 和 IDH2 突变存在于急性髓系白血病 （AML） 、 急性 淋巴性白血病 （ALL） 、 骨髓增殖性疾病 （MPD） 中， 在慢性粒细胞白血病 (CML) 中尚未检测到 突变。文献报道 IDH 1 和 IDH2 热点突变在 CN-AML 患者中的发生率分别为 5.5-9.6% 和 3-11%， 并认为具有 IDH 1 和 IDH2 热点突变的 AML 患者具有较低的 CR， 较高的 RR 和较短的 OS。目前对于 IDH1 和 IDH2 的检测主要采用全外显子测序的方法

14、， 该方法流程繁琐和检测 费用高。 发明内容 0007 本发明的目的是提供一种检测 IDH1、 IDH2 基因多态突变热点的引物， 采用 PCR 技 术， 可用于快速检测急性粒细胞白血病 （AML） 患者体内 IDH1、 IDH2 基因多态位点的突变情 况。所述检测 IDH1、 IDH2 基因多态热点突变情况的引物， 其特征在于， 包括 ： ( ) 扩增 IDH1 基因的引物， 其碱基序列为 ： IDH1-132-F ： GATGAGAAGAGGGTTGAGGA（SEQ NO1） 说 明 书 CN 103451314 A 4 2/10 页 5 IDH1-132-R ： GTTGGAAATTTC

15、TGGGCCAT（SEQ NO2） ( ) 扩增 IDH2 基因的引物， 其碱基序列为 ： IDH2-140/172-F ： CTGTGTTGTTGCTTGGGGTT（SEQ NO3） IDH2-140/172-R ： CAAGAGGATGGCTAGGCGAG（SEQ NO4） 。 0008 进一步地， 还包括测序引物， 其碱基序列为 ： ( ) 检测 IDH1 基因的测序引物碱基序列为 ： IDH1-132-F ： GATGAGAAGAGGGTTGAGGA（SEQ NO1） IDH1-132-R ： GTTGGAAATTTCTGGGCCAT（SEQ NO2） ( ) 检测 IDH2 基因的测

16、序序列的引物碱基序列为 ： IDH2-140/172-F ： CTGTGTTGTTGCTTGGGGTT（SEQ NO3） IDH2-140/172-R ： CAAGAGGATGGCTAGGCGAG（SEQ NO4） 。 0009 进一步地， 引物序列 IDH1-132-F 和 IDH1-132-R 是扩增 IDH1 基因包含第 132 位氨 基酸序列的引物。 0010 进一步地， 引物序列 IDH2-140/172-F 和 IDH2-140/172-R 是扩增扩增 IDH2 基因包 含第 140、 第 172 位氨基酸序列的引物。 0011 本发明还提供了检测 IDH1、 IDH2 基因多态热

17、点突变情况的方法， 包括以下步骤 ： 1. 抽提血液中的组织 DNA ； 2. 用 PCR 扩增步骤 1 中提取的 DNA ； 3. 对步骤 2 中的扩增产物进行测序 ； 4. 对测序结果进行判断， 确定 IDH1、 IDH2 基因是否发生突变 ； 其中 PCR 扩增引物为 ： ( ) 扩增 IDH1 基因的引物， 其碱基序列为 ： IDH1-132-F ： GATGAGAAGAGGGTTGAGGA IDH1-132-R ： GTTGGAAATTTCTGGGCCAT ( ) 扩增 IDH2 基因的引物， 其碱基序列为 ： IDH2-140/172-F ： CTGTGTTGTTGCTTGGGGT

18、T IDH2-140/172-R ： CAAGAGGATGGCTAGGCGAG。 0012 进一步地， 测序引物碱基序列为 ： ( ) 检测 IDH1 基因的测序引物碱基序列为 ： IDH1-132-F ： GATGAGAAGAGGGTTGAGGA IDH1-132-R ： GTTGGAAATTTCTGGGCCAT ( ) 检测 IDH2 基因的测序序列的引物碱基序列为 ： IDH2-140/172-F ： CTGTGTTGTTGCTTGGGGTT IDH2-140/172-R ： CAAGAGGATGGCTAGGCGAG。 0013 本发明还提供了一种检测 IDH1、 IDH2 基因多态突变

19、位点的试剂盒， 包括 (i) 组织 DNA 抽提试剂 ； (ii) 检测体系 PCR 扩增反应液 ； (iii) 测序体系试剂 ； (iv) 阳性对照品和阴性对照品 ； 说 明 书 CN 103451314 A 5 3/10 页 6 其中 PCR 扩增反应液引物为 ： ( ) 扩增 IDH1 基因的引物， 其碱基序列为 ： IDH1-132-F ： GATGAGAAGAGGGTTGAGGA IDH1-132-R ： GTTGGAAATTTCTGGGCCAT ( ) 扩增 IDH2 基因的引物， 其碱基序列为 ： IDH2-140/172-F ： CTGTGTTGTTGCTTGGGGTT IDH

20、2-140/172-R ： CAAGAGGATGGCTAGGCGAG。 0014 进一步地， 测序引物碱基序列为 ： ( ) 检测 IDH1 基因的测序引物碱基序列为 ： IDH1-132-F ： GATGAGAAGAGGGTTGAGGA IDH1-132-R ： GTTGGAAATTTCTGGGCCAT ( ) 检测 IDH2 基因的测序序列的引物碱基序列为 ： IDH2-140/172-F ： CTGTGTTGTTGCTTGGGGTT IDH2-140/172-R ： CAAGAGGATGGCTAGGCGAG。 0015 进一步地， 阳性对照品 ： 分别为含有 IDH1 第 132 位氨基

21、酸序列和 IDH2 第 140 位、 172 位氨基酸序列的溶液 ； 阴性对照品 ： 无 IDH1 第 132 位氨基酸序列和 IDH2 第 140 位、 172 位氨基酸序列的溶液。 0016 有益效果 ： 本发明设计了扩增 IDH1 第 132 位， IDH2 第 140 位、 172 位氨基酸序列的 引物。采用普通 PCR 技术， 构建了稳定的扩增体系。通过调整引物浓度、 退火温度等反应条 件， 可使扩增效率达到最佳。本发明利用 PCR 技术检测患者 IDH1 和 IDH2 突变热点的方法， 可有效地提高自动化程度， 省去了以往对于 IDH1 和 IDH2 进行全外显子测序的繁琐流程和

22、大量检测费用， 有助于快速、 准确的诊断患者预后， 对于临床上急性粒细胞白血病 （AML） 患 者的治疗和用药有极大的指导意义。 0017 附图说明 0018 图 1 样本 1 IDH1 R132 测序图谱。 0019 图 2 样本 2 IDH1 R132 测序图谱。 0020 图 3 样本 3 IDH1 R132 测序图谱。 0021 图 4 样本 5 IDH2 R140 测序图谱。 0022 图 5 样本 5 IDH2 R172 测序图谱。 0023 图 6 样本 6 IDH2 R140 测序图谱。 0024 图 7 样本 6 IDH2 R172 测序图谱。 0025 图 8 样本 8 I

23、DH2 R140 测序图谱。 0026 图 9 样本 8 IDH2 R172 测序图谱。 0027 具体实施方式 0028 实施例 1 说 明 书 CN 103451314 A 6 4/10 页 7 下面结合具体实施例和附图， 进一步阐述本发明。应当注意的是， 实施例中未说明的 常规条件和方法， 通常按照所属领域实验人员常规采用方法 ： 譬如， 奥斯柏和金斯顿主编的 精编分子生物学实验指南 第四版， 或者按照制造厂商所建议的步骤和条件。 0029 一种检测 IDH1、 IDH2 基因多态突变位点的引物， 该引物的设计是针对 IDH1 和 IDH2 突 变热点所设计的特异性扩增引物， 包括 ：

24、( ) 扩增 IDH1 基因包含第 132 位氨基酸序列的引物， 其碱基序列为 ： IDH1-132-F ： GATGAGAAGAGGGTTGAGGA IDH1-132-R ： GTTGGAAATTTCTGGGCCAT ( ) 扩增 IDH2 基因包含第 140、 第 172 位氨基酸序列的引物， 其碱基序列为 ： IDH2-140/172-F ： CTGTGTTGTTGCTTGGGGTT IDH2-140/172-R ： CAAGAGGATGGCTAGGCGAG 一种检测 IDH1、 IDH2 基因多态突变位点的试剂盒， 包括 (i) 组织 DNA 抽提试剂 ； (ii) 检测体系 PCR

25、反应液 ； 。 0030 (iii) 测序体系试剂 ； (iv) 阳性对照品和阴性对照品。 0031 其中， 组织 DNA 抽提试剂可购自天根 DNA 抽提试剂盒等商品化试剂。 0032 检 测 体 系 PCR 扩 增 反 应 液 包 括 ： 10PCR Buffer ； 2mM dNTPs ； KOD FX DNA Polymerase(1U/l) ； 检测 IDH1 基因第 132 位氨基酸序列的上、 下游引物 IDH1-132-F (10m)、 IDH1-132-R (10m) ； 检测 IDH2 基因第 140、 172 位氨基酸序列的上、 下游引物 IDH2-140/172-F(10

26、m)、 IDH2-140/172-R(10m)。 0033 测序体系试剂包括 ： 测序纯化液 (ExoI:0.6U， CIP:1.2U)、 EDTA(125mmol)、 无 水乙醇、 75% 乙醇、 HIDI（高度去离子甲酰胺） 、 测序引物 ： 检测 IDH1 基因第 132 位氨 基酸序列的上、 下游引物分别为 IDH1-132-F (3.2m)、 IDH1-132-R (3.2m) ； 检测 IDH2 基因第 140、 172 位氨基酸序列的上、 下游引物分别为 IDH2-140/172-F(3.2m)、 IDH2-140/172-R(3.2m)。 0034 阳性对照品 ： 分别为含有

27、IDH1 第 132 位氨基酸序列和 IDH2 第 140 位、 172 位氨基 酸序列的溶液。 0035 阴性对照品 ： 无 IDH1 第 132 位氨基酸序列和 IDH2 第 140 位、 172 位氨基酸序列的 溶液。 0036 实施例 2 血液 / 细胞 / 组织基因组 DNA 抽提试剂盒 （天根生物） 的操作流程 ： （1） 抽提血液中的组织DNA ： 1)抽取500uL血液加入1000uL红细胞裂解液， 颠倒混匀， 室温放置5 分钟， 期间再颠倒混匀几次。 3000rpm离心5min， 吸去上清， 留下白细胞沉淀， 加 200uL 缓冲液 GA， 振荡至彻底混匀。2) 加入 20

28、l 蛋白酶 K 溶液， 混匀。3) 加入 200 l 缓冲液 GB， 充分颠倒混匀， 70放置 10 分钟， 溶液应变清亮， 简短离心以去除管盖内壁的水 珠。4) 加入 200 l 无水乙醇， 充分振荡混匀 15 秒， 此时可能会出现絮状沉淀， 简短离心 以去除管盖内壁的水珠。5） 将上一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱 CB3 中 （吸附 说 明 书 CN 103451314 A 7 5/10 页 8 柱放入收集管中） ， 12， 000 rpm (13， 400g) 离心 30 秒， 倒掉废液， 将吸附柱 CB3 放回收 集管中。6） 向吸附柱 CB3 中加入 500 l 缓冲液 GD

29、（使用前请先检查是否已加入无水乙 醇） ， 12， 000 rpm (13， 400g)离心30 秒， 倒掉废液， 将吸附柱CB3 放入收集管中。 7） 向吸 附柱 CB3 中加入 700 l 漂洗液 PW（使用前请先检查是否已加入无水乙醇） ， 12， 000 rpm (13， 400g) 离心 30 秒， 倒掉废液， 将吸附柱 CB3 放入收集管中。8） 向吸附柱 CB3 中加入 500 l 漂洗液 PW， 12， 000 rpm (13， 400g) 离心 30 秒， 倒掉废液。9） 将吸附柱 CB3 放 回收集管中， 12， 000 rpm(13， 400g)离心2 分钟， 倒掉废液。

30、 将吸附柱CB3 置于室温放置 数分钟， 以彻底晾干吸附材料中残余的漂洗液。10） 将吸附柱 CB3 转入一个干净的离心管 中， 向吸附膜的中间部位悬空滴加 100l 洗脱缓冲液 TE， 室温放置 2-5 分钟， 12， 000 rpm (13， 400g) 离心 2 分钟， 将溶液收集到离心管中。 0037 （2） 试剂配置 ： 按检测人份数配置检测体系 PCR 反应液各 X l， 每人份 18l 分 装 ： X=18l 反应液 （n 份标本 +1 份阳性对照 +1 份阴性对照 +1 份空白对照） n 为检测标本数。 0038 （3） 加样 ： 加入检测体系PCR反应液中2l DNA ； 阳

31、性对照和阴性对照直接加2l 阳性对照品和阴性对照品 ； 空白对照加 2l 生理盐水或不加任何物质。 0039 （4） 扩增 ： 检测在常规 PCR 仪上进行， 可用仪器包括 ABI veriti（美国 Applied Biosystems 公司） 等。反应条件如下 ： PCR 扩增试剂配制方法如下 IDH1 ： 试剂名称用量 2*Buffer10l dNTP（2mM）4l IDH1-132-F(10m)0.5l IDH1-132-R(10m)0.5l KODFXDNAPolymerase(1U/l)Polymerase(1U/l)0.5l ddH203.5l 抽提的 DNA1l 总计20l I

32、DH2 ： 试剂名称用量 2*Buffer10l dNTP（2mM）4l IDH2-140/172-F(10m)0.5l IDH2-140/172-R(10m)0.5l 说 明 书 CN 103451314 A 8 6/10 页 9 KODFXDNAPolymerase(1U/l)0.5l ddH203.5l 抽提的 DNA1l 总计20l 其中， 引物序列为 ： 引物名称引物序列Tm IDH1-132-FGATGAGAAGAGGGTTGAGGA52 IDH1-132-RGTTGGAAATTTCTGGGCCAT53 IDH2-140/172-FCTGTGTTGTTGCTTGGGGTT55 ID

33、H2-140/172-RCAAGAGGATGGCTAGGCGAG56 （5） Sanger 测序 ： 取 9l PCR 产物与 2l 纯化体系。按照以下程序进行纯化 ： 反应阶段反应条件 纯化37 50min 变性95 5min 保存4 将 1l 纯化产物分别与上、 下测序引物按照如下体系进行混合 ：（其中上、 下游引物分 别为 IDH2-140/172-F、 IDH2-140/172-R） 。 0040 测序反应程序 ： 沉淀环节 ： 向完成测序反应的产物中加入2l 125mmol的EDTA， 静置5min ； 加入15ml无水乙醇， 漩涡混匀 ； 3700rpm 离心 30min ； 倒置

34、离心 15sec， 加入 50ml70% 乙醇， 漩涡混匀 ； 3700rpm 离 心 15min ； 倒置离心 15sec， 置于 95金属浴上 ； 加入 10l HIDI 后进行变性试验。变性程 序 ： 说 明 书 CN 103451314 A 9 7/10 页 10 变性程序结束后， 上测序仪 （ABI3730） 测序。 0041 （7）结果判断 ： 分别将测序结果与 IDH1 野生型参考序列 （Genbank accn ： NG_023319.2） 和 IDH2 野生型参考序列 （Genbank accn ： NG_023302.1） 进行比对， 根据实际 突变情况对结果进行报告。 0

35、042 实施例 3 采用本发明核酸检测试剂和方法检测临床标本。 0043 取送检急性粒细胞白血病 （AML） 患者抗凝血标本 20 例， 按实施例 2 所述方法提取 基因组 DNA、 配制试剂并检测。 0044 每份标本加入检测体系 PCR 反应液中 2l。同时做阳性， 阴性， 空白对照， 一台 96 孔的普通 PCR 仪可同时检测 46 份样品， 每个样本 2 次重复， 一份阳性对照， 一份阴性对照和 一份空白对照。检测时间为 160 分钟。 0045 每个样本经 2 次测序后， 比对突变的情况， 对于结果不统一的样本将进行第三次 测序。最后， 根据测序结果对于预后进行判断。检测结果如下表

36、： 说 明 书 CN 103451314 A 10 8/10 页 11 从上表可以看出， 20 例样本中， 本试剂盒检测出 IDH1 和 IDH2 基因一共 8 例突变， 而全 外显子测序法测序法仅检出 6 例突变。经克隆测序确认， 这两例未被市面上的同类检测试 剂盒测出的病例， 的确发生了突变。因此， 相比于市面上同类产品， 本发明检测试剂盒具有 检测结果准确性高等突出特点。能让医生能准确判断患者预后情况， 控制患者的病情。本 发明利用 PCR 技术检测患者 IDH1 和 IDH2 突变热点的方法， 省去了以往对于 IDH1 和 IDH2 进行全外显子测序的繁琐流程和大量检测费用， 实施例

37、4 取 AML 患者临床样品 6 份， 按实施例 2 所述方法提取基因组、 配制试剂并检测。每份样 品加入检测体系 PCR 反应液中 2l。同时做阳性， 阴性， 空白对照各一份。用普通 PCR 仪检 测， 时间为 160 分钟。其中前 4 例进行 IDH1 突变检测， 后 4 例进行 IDH2 检测。 说 明 书 CN 103451314 A 11 9/10 页 12 0046 样品 1 经融合基因筛查检测， 发现 AML-ETO 融合基因表达活跃， 临床诊断预后良 好。本试剂盒的检测结果的检测结果图如图 1 所示， R132 未发生突变， 为 IDH1 野生型， 预 后与临床结果吻合， 建议

38、维持当前治疗方案。 0047 样品 2 经融合基因筛查检测， 发现 MLL-ENL 融合基因表达活跃， 临床诊断预后不 佳。本试剂盒的检测结果图如图 2 所示， 395G/A 杂合， 导致产生 IDH1 132R、 H 杂合， 该突变 预后不良， 预后判断与临床结果吻合， 建议尽快进行异基因移植。 0048 样品 3 经融合基因筛查检测， 发现 MLL-AF4 融合基因表达活跃， 临床诊断预后不 佳。 本试剂盒的检测结果图如图3所示， 394CA， 导致产生IDH1 R132S， 该突变预后不良， 预后判断与临床结果吻合， 建议尽快进行异基因移植。 0049 样品 4 经融合基因筛查检测， 发

39、现 MLL-AF9 融合基因表达活跃， 临床诊断预后不 佳。本试剂盒的的检测结果图如图 4-5 所示， 419G A， 导致产生 IDH2 R140Q ； R172 无突 变， 该类型预后不良， 预后判断与临床结果吻合， 建议尽快进行异基因移植。 0050 样品 5 经融合基因筛查检测， 未发现标志性融合基因转录本， 临床诊断预后一般。 本试剂盒的的检测结果图如图 6-7 所示， R140 和 R172 均未发生突变， 为 IDH2 野生型， 该类 型预后良好， 预后判断与临床结果吻合， 建议维持当前治疗方案。 0051 样品 6 经融合基因筛查检测， 发现 MLL-ELL 融合基因表达活跃，

40、 临床诊断预后不 佳。本试剂盒的检测结果图如图 8-9 所示， R140 无突变 ； 515G A， 导致产生 IDH2 R172K， 该突变预后不良， 预后判断与临床结果吻合， 建议尽快进行异基因移植。 0052 序列表 南京艾迪康医学检验所有限公司 检测 IDH1、 IDH2 基因多态突变位点的引物、 方法和试剂盒 4 PatentIn version 3.3 1 20 DNA 人工序列 1 gatgagaaga gggttgagga 20 2 20 DNA 人工序列 2 gttggaaatt tctgggccat 20 3 20 说 明 书 CN 103451314 A 12 10/10

41、 页 13 DNA 人工序列 3 ctgtgttgtt gcttggggtt 20 4 20 DNA 人工序列 4 caagaggatg gctaggcgag 20 说 明 书 CN 103451314 A 13 1/1 页 14 序列表 南京艾迪康医学检验所有限公司 检测 IDH1、 IDH2 基因多态突变位点的引物、 方法和试剂盒 4 PatentIn version 3.3 1 20 DNA 人工序列 1 gatgagaaga gggttgagga 20 2 20 DNA 人工序列 2 gttggaaatt tctgggccat 20 3 20 DNA 人工序列 3 ctgtgttgtt gcttggggtt 20 4 20 DNA 人工序列 4 caagaggatg gctaggcgag 20 序 列 表 CN 103451314 A 14 1/3 页 15 图 1 图 2 图 3 说 明 书 附 图 CN 103451314 A 15 2/3 页 16 图 4 图 5 图 6 说 明 书 附 图 CN 103451314 A 16 3/3 页 17 图 7 图 8 图 9 说 明 书 附 图 CN 103451314 A 17